BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321F09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 133,314,035 - 133,456,123
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSrgap2, LOC100042821, 2700049P18Rik
Upstream geneDaf2, Cd55, Zp3r, C4bp, C4bp-ps1, Pfkfb2, Yod1, AA986860, Fcamr, Pigr, Faim3, Il24, Il20, Il19, Il10, Mapkapk2, Dyrk3, Lgtn, Rassf5, Ikbke, LOC100042826
Downstream geneAvpr1b, LOC667238, Ctse, 5430435G22Rik, Slc26a9, 4732466D17Rik, Slc41a1, Rab7l1, Nucks1, Slc45a3, Elk4, Mfsd4, Pctk3, LOC100042221, Lemd1, EG638532, Klhdc8a, Nuak2, Tmcc2, Ripk5, Rbbp5, Tmem81, Cntn2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321F09.bB6Ng01-321F09.g
ACCGA110472GA110473
length1,1471,090
definitionB6Ng01-321F09.b B6Ng01-321F09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(133,454,971 - 133,456,123)(133,314,035 - 133,315,129)
sequence
gaattccccgtgagacaaacctggtttgcaaggaggttggtatctgtttt
caaccttatcctaaggatttttctaaggctctgcctcccctccccaaaag
ataccaagagccatgactgtgggttatgatggtacccccaagaggaatca
ggtcaatgctcccaacccctgatggttaacgcccactcatccaaggatga
gatgactattgatcactccagctccgtagggccttattgaaaagaattaa
aagggaggacaaagccaaacatggcaagatttgggttgagctggggttcc
tagggaaagatttaagagtcgatcttgtcagtattctactgatgtgaaga
gacaccatgtccatggcaacttttgtaaggaaagcatttagatgggcctg
gcttatagttcagaggtttatagttcattattgtcatgttggaaagtaat
ggaaagctggcaggcatgactctggagaaggaacagagttctacatctgg
atctccaaccagcaggaaagagcatgagttgttgggcctagcttgagctt
ctgaaacatcaaagcccactccaagtgacttactttctcaaacaaggcca
cacagtactccaacaaggccacatgtcctaacccttttaaataatggcac
tctttatgcacctatggggggtggcattttcactcaaaccaccacagagc
cccaactcaaggttctggctgtcaactggcttttatgcagctgaagcttt
tctttcttttgtcaactgatgctgcatcaatagctatgagccctctgttc
tttgtggatcctgagcccttagggcttgaacctaagaaaactccatatgg
agttcctacctatccctgagtggggcaaacgagccctatcccaggtatat
ttatctcctactatagaagaatgactccaccactaggacaaggcttactc
ttttcctccatgaactgttccccaggcttttccaggcatatctaacccac
accatgagctgcatgtgtcccaggacagctatagatgtggcacgagacac
ttgtaaacacatgactatcacattgccaaaaggtggagatctcttatcac
tgcagagactgaagttaagcctgaagactactgaagaattctagttt
gaattcaaagggagcccagaatcccagtaacaccagcaacttccaaagcc
tccactccagagaagaatccctatcagacctgccaatttctaaaaagctg
gcaattgtcactgcatctaagaacacaatttctcactttgagataacagt
tctgtgatgatagacaaaactctgaatgatttaaattcatcattcaatat
atgttattaaggctccaatgagaaaaagagcaggtatgtgtgtgataaaa
gagctcatttggtgatggtttgacagcaaacgaatgacgagagagaagct
gaattcaaagaaataaaataaataaaaaaaatgcaaacccaaattccctc
ttggcaccttgattaaaatgaaatgaactgaagcagccaaagagattatt
ttattcagatgagtgttattagcctttctggcttattttctttattatgc
attttgctgatgctgacagaaacagacgagctcatagaggaaaagctgca
gcggatttgtggtctgacagtgctgtgcataaaatcagacccttgctgac
ccagataagccagaggatggattggatttgctagagaaggtgttaaaagg
aggggagaatttaaaaattaaatcgccaaggcagaaactgacttaaaaag
attttgcctggaatggtggctgcgggttgtgtgacacagtagtacagtgg
cagcctggaggtacctttcaaagacaggcaagcagacaggaggtgggcac
acttctctggatttatcacagctgtggcttcagctctgccaacaatgaga
tcagagtaggagagcttagagacaggaacagagaggtacccaaggcaaaa
ccaatatacactatgactgaagaaataagctctcaaaatgtcaagttagg
accatatgcttgcctagacagacgattagaaaggattcaagaagctgtgt
atgtgccttactcaaacagtctactgtcccctctaatcaagtttagggca
gagctattgtggaatggggtttatagcagtgagcagtcccatggagctca
gctgtactttcagatagggaatgtccaaagagctgaagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_133454971_133456123
seq2: B6Ng01-321F09.b_45_1191 (reverse)

seq1  AAACTAAGAATTCTCAATTAGGTCTTCAGGCCCTACTTTCAGTCTCTGCA  50
      ||||| ||||||||  | || ||||||||| | ||  |||||||||||||
seq2  AAACT-AGAATTCTTCAGTA-GTCTTCAGG-CTTAACTTCAGTCTCTGCA  47

seq1  GTGATAAGAGATCTTCAACCTTTTGGCATTGTGATATGTCATTGTGTTTA  100
      ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| |||| ||||||||
seq2  GTGATAAGAGATC-TCCACCTTTTGGCAATGTGATA-GTCA-TGTGTTTA  94

seq1  CAAGTGTCTCGTGCCACATCTATAGCTGTCCTGGGACACATGCAGCTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGTCTCGTGCCACATCTATAGCTGTCCTGGGACACATGCAGCTCAT  144

seq1  GGGTTGTGGGTTAGATATGCCTGGAAAAGCCTGGGGAACAGTTCATGGAG  200
      ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GG--TGTGGGTTAGATATGCCTGGAAAAGCCTGGGGAACAGTTCATGGAG  192

seq1  G-AAAGAGTAAG-CTTGTCCTAGTGGTGGAGTCATTCTTCTATAGTAGGA  248
      | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAGTAAGCCTTGTCCTAGTGGTGGAGTCATTCTTCTATAGTAGGA  242

seq1  GATAAATATACCTGGGATAGGGCTCGTTTGCCCCACTCAGGGATAGGTAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATATACCTGGGATAGGGCTCGTTTGCCCCACTCAGGGATAGGTAG  292

seq1  GAACTCCATATGGAGTTTTCTTAGGTTCAAGCCCTAAGGGCTCAGGATCC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCCATATGGAGTTTTCTTAGGTTCAAGCCCTAAGGGCTCAGGATCC  342

seq1  ACAAAGAACAGAGGGCTCATAGCTATTGATGCAGCATCAGTTGACAAAAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGAACAGAGGGCTCATAGCTATTGATGCAGCATCAGTTGACAAAAG  392

seq1  AAAGAAAAGCTTCAGCTGCATAAAAGCCAGTTGACAGCCAGAACCTTGAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAAGCTTCAGCTGCATAAAAGCCAGTTGACAGCCAGAACCTTGAG  442

seq1  TTGGGGCTCTGTGGTGGTTTGAGTGAAAATGCCACCCCCCATAGGTGCAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGCTCTGTGGTGGTTTGAGTGAAAATGCCACCCCCCATAGGTGCAT  492

seq1  AAAGAGTGCCATTATTTAAAAGGGTTAGGACATGTGGCCTTGTTGGAGTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTGCCATTATTTAAAAGGGTTAGGACATGTGGCCTTGTTGGAGTA  542

seq1  CTGTGTGGCCTTGTTTGAGAAAGTAAGTCACTTGGAGTGGGCTTTGATGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGGCCTTGTTTGAGAAAGTAAGTCACTTGGAGTGGGCTTTGATGT  592

seq1  TTCAGAAGCTCAAGCTAGGCCCAACAACTCATGCTCTTTCCTGCTGGTTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAGCTCAAGCTAGGCCCAACAACTCATGCTCTTTCCTGCTGGTTG  642

seq1  GAGATCCAGATGTAGAACTCTGTTCCTTCTCCAGAGTCATGCCTGCCAGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCCAGATGTAGAACTCTGTTCCTTCTCCAGAGTCATGCCTGCCAGC  692

seq1  TTTCCATTACTTTCCAACATGACAATAATGAACTATAAACCTCTGAACTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATTACTTTCCAACATGACAATAATGAACTATAAACCTCTGAACTA  742

seq1  TAAGCCAGGCCCATCTAAATGCTTTCCTTACAAAAGTTGCCATGGACATG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCAGGCCCATCTAAATGCTTTCCTTACAAAAGTTGCCATGGACATG  792

seq1  GTGTCTCTTCACATCAGTAGAATACTGACAAGATCGACTCTTAAATCTTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTCTTCACATCAGTAGAATACTGACAAGATCGACTCTTAAATCTTT  842

seq1  CCCTAGGAACCCCAGCTCAACCCAAATCTTGCCATGTTTGGCTTTGTCCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGGAACCCCAGCTCAACCCAAATCTTGCCATGTTTGGCTTTGTCCT  892

seq1  CCCTTTTAATTCTTTTCAATAAGGCCCTACGGAGCTGGAGTGATCAATAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTTAATTCTTTTCAATAAGGCCCTACGGAGCTGGAGTGATCAATAG  942

seq1  TCATCTCATCCTTGGATGAGTGGGCGTTAACCATCAGGGGTTGGGAGCAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCATCCTTGGATGAGTGGGCGTTAACCATCAGGGGTTGGGAGCAT  992

seq1  TGACCTGATTCCTCTTGGGGGTACCATCATAACCCACAGTCATGGCTCTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTGATTCCTCTTGGGGGTACCATCATAACCCACAGTCATGGCTCTT  1042

seq1  GGTATCTTTTGGGGAGGGGAGGCAGAGCCTTAGAAAAATCCTTAGGATAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCTTTTGGGGAGGGGAGGCAGAGCCTTAGAAAAATCCTTAGGATAA  1092

seq1  GGTTGAAAACAGATACCAACCTCCTTGCAAACCAGGTTTGTCTCACGGGG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAAAACAGATACCAACCTCCTTGCAAACCAGGTTTGTCTCACGGGG  1142

seq1  AATTC  1153
      |||||
seq2  AATTC  1147

seq1: chr1_133314035_133315129
seq2: B6Ng01-321F09.g_66_1155

seq1  GAATTCAAAGGGAGCCCAGAATCCCAGTAACACCAGCAACTTCCAAAGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGGGAGCCCAGAATCCCAGTAACACCAGCAACTTCCAAAGCC  50

seq1  TCCACTCCAGAGAAGAATCCCTATCAGACCTGCCAATTTCTAAAAAGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTCCAGAGAAGAATCCCTATCAGACCTGCCAATTTCTAAAAAGCTG  100

seq1  GCAATTGTCACTGCATCTAAGAACACAATTTCTCACTTTGAGATAACAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTGTCACTGCATCTAAGAACACAATTTCTCACTTTGAGATAACAGT  150

seq1  TCTGTGATGATAGACAAAACTCTGAATGATTTAAATTCATCATTCAATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGATGATAGACAAAACTCTGAATGATTTAAATTCATCATTCAATAT  200

seq1  ATGTTATTAAGGCTCCAATGAGAAAAAGAGCAGGTATGTGTGTGATAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATTAAGGCTCCAATGAGAAAAAGAGCAGGTATGTGTGTGATAAAA  250

seq1  GAGCTCATTTGGTGATGGTTTGACAGCAAACGAATGACGAGAGAGAAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCATTTGGTGATGGTTTGACAGCAAACGAATGACGAGAGAGAAGCT  300

seq1  GAATTCAAAGAAATAAAATAAATAAAAAAAATGCAAACCCAAATTCCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGAAATAAAATAAATAAAAAAAATGCAAACCCAAATTCCCTC  350

seq1  TTGGCACCTTGATTAAAATGAAATGAACTGAAGCAGCCAAAGAGATTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCACCTTGATTAAAATGAAATGAACTGAAGCAGCCAAAGAGATTATT  400

seq1  TTATTCAGATGAGTGTTATTAGCCTTTCTGGCTTATTTTCTTTATTATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCAGATGAGTGTTATTAGCCTTTCTGGCTTATTTTCTTTATTATGC  450

seq1  ATTTTGCTGATGCTGACAGAAACAGACGAGCTCATAGAGGAAAAGCTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGCTGATGCTGACAGAAACAGACGAGCTCATAGAGGAAAAGCTGCA  500

seq1  GCGGATTTGTGGTCTGACAGTGCTGTGCATAAAATCAGACCCTTGCTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGATTTGTGGTCTGACAGTGCTGTGCATAAAATCAGACCCTTGCTGAC  550

seq1  CCAGATAAGCCAGAGGATGGATTGGATTTGCTAGAGAAGGTGTTAAAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATAAGCCAGAGGATGGATTGGATTTGCTAGAGAAGGTGTTAAAAGG  600

seq1  AGGGGAGAATTTAAAAATTAAATCGCCAAGGCAGAAACTGACTTAAAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAGAATTTAAAAATTAAATCGCCAAGGCAGAAACTGACTTAAAAAG  650

seq1  ATTTTGCCTGGAATGGTGGCTGCGGGTTGTGTGACACAGTAGTACAGTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGCCTGGAATGGTGGCTGCGGGTTGTGTGACACAGTAGTACAGTGG  700

seq1  CAGCCTGGAGGTACCTTTCAAAGACAGGCAAGCAGACAGGAGGTGGGCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGGAGGTACCTTTCAAAGACAGGCAAGCAGACAGGAGGTGGGCAC  750

seq1  ACTTCTCTGGATTTATCACAGCTGTGGCTTCAGCTCTGCCAACAATGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCTGGATTTATCACAGCTGTGGCTTCAGCTCTGCCAACAATGAGA  800

seq1  TCAGAGTAGGAGAGCTTAGAGACAGGAACAGAGAGGTACCCAAGGCAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTAGGAGAGCTTAGAGACAGGAACAGAGAGGTACCCAAGGCAAAA  850

seq1  CCAATATACACTATGACTGAAGAAATAAGCTCTCAAAATGTCAAGTTAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATATACACTATGACTGAAGAAATAAGCTCTCAAAATGTCAAGTTAGG  900

seq1  ACCATATGCTTGCCTAGACAGACGATTAGAAAGGATTCAAGAAGCTGTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATATGCTTGCCTAGACAGACGATTAGAAAGGATTCAAGAAGCTGTGT  950

seq1  ATGTGCCTTACTCAAAACAGTCTAACTGTCCCCTCTAATCAGGTTTAGGG  1000
      ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATGTGCCTTACTC-AAACAGTCT-ACTGTCCCCTCTAATCAAGTTTAGGG  998

seq1  CAAGAGCTATTGT-GAATGGGGTTTATAGCAGTGGAGCAGTCCCATGGAG  1049
      | ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  C-AGAGCTATTGTGGAATGGGGTTTATAGCAGT-GAGCAGTCCCATGGAG  1046

seq1  CTCAGCTGTAACCTTCAGATAGGGACATG-CCCAAGAGCTGAGAGCT  1095
      ||||||||| || |||||||||||| ||| || ||||||||| ||||
seq2  CTCAGCTGT-ACTTTCAGATAGGGA-ATGTCCAAAGAGCTGA-AGCT  1090