BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-322J16
Chromosome1 (Build37)
Map Location 50,095,613 - 50,235,527
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666962, EG666970
Upstream gene2900045O20Rik, LOC666924, C230029F24Rik, LOC627430, LOC100041981
Downstream geneLOC100041993, Tmeff2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-322J16.bB6Ng01-322J16.g
ACCGA111403GA111404
length1,1831,155
definitionB6Ng01-322J16.b B6Ng01-322J16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,234,333 - 50,235,527)(50,095,613 - 50,096,780)
sequence
gaattctctactctgactctggcacccagagactgggctcagctcactgg
gttttcttcttccaatatttgcatttttttaaaaaaactgtcgtgttaag
gaactgtgtttgggtaggactcattctgagtagaccagaatggtacttaa
ctagttctattatttgcaaaacggttagaagttacagttatttatacagg
ctaaattcaaacctttgtgggtatatactgatcatgttcaaacttcttgt
ttttcctaatcaaattctcaggaactcttccctattgtttaatgattcaa
tatgctgaaatgacaggtgtactttcatcataaattaaacgtttgttttc
aaatcgggtaagcttgatccaatgcccaaacccacgcccaccatggctga
caaaacggacatgtctttggaagacatcattaagctgaacaagagccagc
aaggacatcaaagcaggcctgattcctggatgaatcaaagccctgggccg
aaaaggtactggcccgctatcactggtggcgaaaggaaagggctggcacc
atactgcagaccaaacaacttccagacaagtggcagcatgacctaatcat
tggtgacttcaggggtggaaaccacatggatactggtgggaagctgctcc
tgtcaaacctgtacttcggagtgtcagatgctgatattcagaaactcttt
gctgaatttggaacgttgaaaaaatctgctgtccactatgattgctctgg
aagaagtttagggacagcacatctgcactttgaaaggaaagcagatgtcc
tgaatgctatgcgactgtaaaatggcacctctttggatggctgccctagg
aacatccagcttgtcacctcaaagattaatacacaaagatgacctgcaca
aagcagaaaaaggggtgggcggcatgacaagaaaccctgtctctggaggt
tttggtggtggaggcaacaggagagggacacttgggaggcagccaggaaa
gagggagaggcagcagcaggaactcaagcagcagcagcagcagcagcagc
agcagcttatctgcagagagtagagcctagcctggatgcttatcaggaag
atgacacagctaaccacctgacgatctaccaacaatgggaaccgagcctg
gtctgggaacctgaacaaggtttggctactgga

gaattctgtatatgtgtatagttactaccaaggatcatctatcacacaga
caaccaagtcctagacttcctagatggaatctcctgtttcgtccccacaa
gagccaagaaagatcaacctccactataaccctggtgtttctcataggat
tagacatgggtgacacaggaactgggtagtttccctggtgttacaaaagg
gagtccatagatgctaatatagagagataaagaaaaggaatctctcaact
gcaagattctctgagaacactgacagaggtagtattccaaaataggagag
ggctaaatatactgtttatgcaaaagggaggactatgtgcagctctgaaa
aagaatgctatttctatgttgaccactctggaggagtcaaaaatgtcgat
gggcaaagttagagaaagcctgccaagagaaaaagagaatgagaacctgc
aaaaagttgttttgaatcatgctttaacagctatccctggttgcctaccc
tgatgcctaccctactggaccccttgctcatttaacgtctgcccctcacc
tggaggtccagcattttaaacaaatttgttcagctcatgaaagagagact
ttggactattcagtttgtggtaaataaacatcactgccagtccctccata
aggaagcctaagagtttcaggtagtcccatgattagggcttctagctacc
agagaaaggtcagaatgagaggccaaacctacaccttcttgtgatctgca
tccaatttaagagaaaaagagcctgagaacttgacttgcaactgaaccca
agctgcactcaagttccaggtttatctctggcacatactccagagttact
ctctagctactcctgagcaatagctaatcaagaggggactgatatagttc
cagatgtacttttagattatgattgttcatggtttgctttcgagtacccc
tgtcagcttacatagtccttcagttagtgcttgacaggcttgaaccctgg
tggttgcttgccttttcttaaaaccttgtcctgctaagggtgtagattac
attctggtcatgctgtagcagttagtgtagcccagctgagcttgaataaa
aagactctagcgggatgtatctgaatggcctctttgaatggatcttttga
aggtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_50234333_50235527
seq2: B6Ng01-322J16.b_48_1230 (reverse)

seq1  TCCAGTAGCCAACACTTGGTCTAAGTGTCCCAGACCAGGCTTCTGGGTCC  50
      ||||||||||||  |||| ||  ||  ||||||||||||||   || |||
seq2  TCCAGTAGCCAAACCTTGTTC--AGGTTCCCAGACCAGGCT--CGGTTCC  46

seq1  CATTGTTGTTTAGATCTGCTCAGTTGTTTAGCTGGTGTCCATCCTTTCCT  100
      ||||||||  ||||||   |||| || |||||| |||| ||||  |||||
seq2  CATTGTTG-GTAGATC--GTCAGGTGGTTAGCT-GTGT-CATC--TTCCT  89

seq1  GATAAGCATCCA-GCTGGGCTTCTAACTCTTCTGCAGAT-AGCTGCTGCT  148
      |||||||||||| ||| ||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||
seq2  GATAAGCATCCAGGCTAGGC-TCT-ACTC-TCTGCAGATAAGCTGCTGCT  136

seq1  GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTTTGAGTTCCTGCTGCTGCCTCTCCCTCTT  198
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGCTGCTGCTGCTGC-TTGAGTTCCTGCTGCTGCCTCTCCCTCTT  185

seq1  TCCTGGCTGCCT-CCAAGTGTCCCTCTCCTGTTGCCTCCACCACCAAAAC  247
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGCTGCCTCCCAAGTGTCCCTCTCCTGTTGCCTCCACCACCAAAAC  235

seq1  CTCCAGAGACAGGGTTTCTTGTCATGCCGCCCACCCCTTTTTCTGCTTTG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGAGACAGGGTTTCTTGTCATGCCGCCCACCCCTTTTTCTGCTTTG  285

seq1  TGCAGGTCATCTTTGTGTATTAATCTTTGAGGTGACAAGCTGGATGTTCC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGTCATCTTTGTGTATTAATCTTTGAGGTGACAAGCTGGATGTTCC  335

seq1  TAGGGCAGCCATCCAAAGAGGTGCCATTTTACAGTCGCATAGCATTCAGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCAGCCATCCAAAGAGGTGCCATTTTACAGTCGCATAGCATTCAGG  385

seq1  ACATCTGCTTTCCTTTCAAAGTGCAGATGTGCTGTCCCTAAACTTCTTCC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTGCTTTCCTTTCAAAGTGCAGATGTGCTGTCCCTAAACTTCTTCC  435

seq1  AGAGCAATCATAGTGGACAGCAGATTTTTTCAACGTTCCAAATTCAGCAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAATCATAGTGGACAGCAGATTTTTTCAACGTTCCAAATTCAGCAA  485

seq1  AGAGTTTCTGAATATCAGCATCTGACACTCCGAAGTACAGGTTTGACAGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTCTGAATATCAGCATCTGACACTCCGAAGTACAGGTTTGACAGG  535

seq1  AGCAGCTTCCCACCAGTATCCATGTGGTTTCCACCCCTGAAGTCACCAAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTTCCCACCAGTATCCATGTGGTTTCCACCCCTGAAGTCACCAAT  585

seq1  GATTAGGTCATGCTGCCACTTGTCTGGAAGTTGTTTGGTCTGCAGTATGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGGTCATGCTGCCACTTGTCTGGAAGTTGTTTGGTCTGCAGTATGG  635

seq1  TGCCAGCCCTTTCCTTTCGCCACCAGTGATAGCGGGCCAGTACCTTTTCG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGCCCTTTCCTTTCGCCACCAGTGATAGCGGGCCAGTACCTTTTCG  685

seq1  GCCCAGGGCTTTGATTCATCCAGGAATCAGGCCTGCTTTGATGTCCTTGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGGGCTTTGATTCATCCAGGAATCAGGCCTGCTTTGATGTCCTTGC  735

seq1  TGGCTCTTGTTCAGCTTAATGATGTCTTCCAAAGACATGTCCGTTTTGTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCTTGTTCAGCTTAATGATGTCTTCCAAAGACATGTCCGTTTTGTC  785

seq1  AGCCATGGTGGGCGTGGGTTTGGGCATTGGATCAAGCTTACCCGATTTGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGGTGGGCGTGGGTTTGGGCATTGGATCAAGCTTACCCGATTTGA  835

seq1  AAACAAACGTTTAATTTATGATGAAAGTACACCTGTCATTTCAGCATATT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACGTTTAATTTATGATGAAAGTACACCTGTCATTTCAGCATATT  885

seq1  GAATCATTAAACAATAGGGAAGAGTTCCTGAGAATTTGATTAGGAAAAAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCATTAAACAATAGGGAAGAGTTCCTGAGAATTTGATTAGGAAAAAC  935

seq1  AAGAAGTTTGAACATGATCAGTATATACCCACAAAGGTTTGAATTTAGCC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGTTTGAACATGATCAGTATATACCCACAAAGGTTTGAATTTAGCC  985

seq1  TGTATAAATAACTGTAACTTCTAACCGTTTTGCAAATAATAGAACTAGTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAAATAACTGTAACTTCTAACCGTTTTGCAAATAATAGAACTAGTT  1035

seq1  AAGTACCATTCTGGTCTACTCAGAATGAGTCCTACCCAAACACAGTTCCT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACCATTCTGGTCTACTCAGAATGAGTCCTACCCAAACACAGTTCCT  1085

seq1  TAACACGACAGTTTTTTTAAAAAAATGCAAATATTGGAAGAAGAAAACCC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACGACAGTTTTTTTAAAAAAATGCAAATATTGGAAGAAGAAAACCC  1135

seq1  AGTGAGCTGAGCCCAGTCTCTGGGTGCCAGAGTCAGAGTAGAGAATTC  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGCTGAGCCCAGTCTCTGGGTGCCAGAGTCAGAGTAGAGAATTC  1183


seq1: chr1_50095613_50096780
seq2: B6Ng01-322J16.g_68_1222

seq1  GAATTCTGTATATGTGTATAGTTACTACCAAGGATCATCTATCACACAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTATATGTGTATAGTTACTACCAAGGATCATCTATCACACAGA  50

seq1  CAACCAAGTCCTAGACTTCCTAGATGGAATCTCCTGTTTCGTCCCCACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAAGTCCTAGACTTCCTAGATGGAATCTCCTGTTTCGTCCCCACAA  100

seq1  GAGCCAAGAAAGATCAACCTCCACTATAACCCTGGTGTTTCTCATAGGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAAGAAAGATCAACCTCCACTATAACCCTGGTGTTTCTCATAGGAT  150

seq1  TAGACATGGGTGACACAGGAACTGGGTAGTTTCCCTGGTGTTACAAAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACATGGGTGACACAGGAACTGGGTAGTTTCCCTGGTGTTACAAAAGG  200

seq1  GAGTCCATAGATGCTAATATAGAGAGATAAAGAAAAGGAATCTCTCAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCATAGATGCTAATATAGAGAGATAAAGAAAAGGAATCTCTCAACT  250

seq1  GCAAGATTCTCTGAGAACACTGACAGAGGTAGTATTCCAAAATAGGAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGATTCTCTGAGAACACTGACAGAGGTAGTATTCCAAAATAGGAGAG  300

seq1  GGCTAAATATACTGTTTATGCAAAAGGGAGGACTATGTGCAGCTCTGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAATATACTGTTTATGCAAAAGGGAGGACTATGTGCAGCTCTGAAA  350

seq1  AAGAATGCTATTTCTATGTTGACCACTCTGGAGGAGTCAAAAATGTCGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGCTATTTCTATGTTGACCACTCTGGAGGAGTCAAAAATGTCGAT  400

seq1  GGGCAAAGTTAGAGAAAGCCTGCCAAGAGAAAAAGAGAATGAGAACCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAAAGTTAGAGAAAGCCTGCCAAGAGAAAAAGAGAATGAGAACCTGC  450

seq1  AAAAAGTTGTTTTGAATCATGCTTTAACAGCTATCCCTGGTTGCCTACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTTGTTTTGAATCATGCTTTAACAGCTATCCCTGGTTGCCTACCC  500

seq1  TGATGCCTACCCTACTGGACCCCTTGCTCATTTAACGTCTGCCCCTCACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCCTACCCTACTGGACCCCTTGCTCATTTAACGTCTGCCCCTCACC  550

seq1  TGGAGGTCCAGCATTTTAAACAAATTTGTTCAGCTCATGAAAGAGAGACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGTCCAGCATTTTAAACAAATTTGTTCAGCTCATGAAAGAGAGACT  600

seq1  TTGGACTATTCAGTTTGTGGTAAATAAACATCACTGCCAGTCCCTCCATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACTATTCAGTTTGTGGTAAATAAACATCACTGCCAGTCCCTCCATA  650

seq1  AGGAAGCCTAAGAGTTTCAGGTAGTCCCATGATTAGGGCTTCTAGCTACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCCTAAGAGTTTCAGGTAGTCCCATGATTAGGGCTTCTAGCTACC  700

seq1  AGAGAAAGGTCAGAATGAGAGGCCAAACCTACACCTTCTTGTGATCTGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAGGTCAGAATGAGAGGCCAAACCTACACCTTCTTGTGATCTGCA  750

seq1  TCCAATTTAAGAGAAAAAGAGCCTGAGAACTTGACTTGCAACTGAACCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATTTAAGAGAAAAAGAGCCTGAGAACTTGACTTGCAACTGAACCCA  800

seq1  AGCTGCACTCAAGTTCCAGGTTTATCTCTGGCACATACTCCAGAGTTACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCACTCAAGTTCCAGGTTTATCTCTGGCACATACTCCAGAGTTACT  850

seq1  CTCTAGCTACTCCTGAGCAATAGCTAATCAAGAGGGGACTGATATAGTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGCTACTCCTGAGCAATAGCTAATCAAGAGGGGACTGATATAGTTC  900

seq1  CAGATGTACTTTTAGATTATGATTGTTCATGGTTTGCTTTCGAGTACCCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTACTTTTAGATTATGATTGTTCATGGTTTGCTTTCGAGTACCCC  950

seq1  TGTCAGCTTACAATAGTCCTTCAAGTTAGGTGCTTGACAGGCTTGAAACC  1000
      ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  TGTCAGCTTAC-ATAGTCCTTC-AGTTA-GTGCTTGACAGGCTTG-AACC  996

seq1  CTGTGGTTTGCTTGCCTTTTCCTTTAAAACCTTGTCCTGCTAAGGGGTTG  1050
      |||  | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||
seq2  CTGGTGGTTGCTTGCCTTTTC--TTAAAACCTTGTCCTGCTAAGGG--TG  1042

seq1  TAGATTTACCATCTGGTCATGCTGTAGCAGGGTTAGTGGTAAGCCCAAGC  1100
      |||| ||||  ||||||||||||||||||  |||||||   ||||| |||
seq2  TAGA-TTACATTCTGGTCATGCTGTAGCA--GTTAGTG--TAGCCC-AGC  1086

seq1  TGAAGCTTGAATAAAAAGACTCTAGCGTGAATGTATCTGAATTGGCTCTT  1150
      || |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| | |||||
seq2  TG-AGCTTGAATAAAAAGACTCTAGCG-GGATGTATCTGAATGGCCTCTT  1134

seq1  TG-ATGG-TCTTTTG-AGGTT  1168
      || |||| ||||||| |||||
seq2  TGAATGGATCTTTTGAAGGTT  1155


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |