BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-323P22
Chromosome1 (Build37)
Map Location 33,553,728 - 33,701,151
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrim2
Upstream geneKhdrbs2, EG408191, EG633498, LOC213711, LOC100040828, EG666108
Downstream gene1700001G17Rik, Rab23, Bag2, Zfp451, OTTMUSG00000022109, B230209C24Rik, Dst, LOC100040913, LOC383629, LOC100040938, Ccdc115, Imp4, Ptpn18, Tesp1, Cfc1, Tesp2, 9430069J07Rik, AA619741
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-323P22.bB6Ng01-323P22.g
ACCGA112427GA112428
length7551,104
definitionB6Ng01-323P22.b B6Ng01-323P22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,700,403 - 33,701,151)(33,553,728 - 33,554,832)
sequence
gaattcagtgcgagcttatcactcgtgctatatctccatgacaaggtata
agaacttcaggggtgttgctaatagaatttgaaatccttcaggcttacag
tgagagagtgtaggttttatttcagctcttgcttctttgcatgttctgtg
aggggggttaaggatacgtatagactctagagaatgccgactaatacaaa
acccaacccgctttcttatgtctacggaagcagagcaagtggcccttctg
tactggcaggcgctgcggcagatcttgtggcagtttgtttaagggcagga
gagtcatggtgaatgtagatgcttacaggccatttgagtctcctgctcag
ctttctggattccttgagctgtatctcttttgggttttagtgatctttgt
ggaggtgcaaaacaaaacaaacggcatgtagcattaattctgttttagtc
ctattcctttgggagactgaggcaggagctgcaagttcagggttagcctg
cactatgtagggaggtcagtggtagcctggactacataataggaccctgt
ctcaaaaaacaaaaaaaagtttttttcttcaaggtgctattattttctac
aaagtacaaatagtaattccttacttttcatttgtaaatcaaaactagca
tttatagcctgggaagagtaacttaagggagcaagtgactgattgtatta
gaaggagcccagttgccagtgtaatcagtgtgggtcatggacctggaggg
ctgta
gaattccagccaagctgtaaaggctgtaatggtggatatccatttacttc
atgtgttcgggaagcacttcaagtatgtttatgcttttacatttattttg
cttaaatcttaacactataaaacaaatccagtttgacctcatagatagaa
gaatgggggctctgagcagtaaaggtactaatgagatctgcactcccagg
gagttagttcagctgagggccttagaggtagtctatgtacctaccagcaa
caatttgttaaaatacctttattacatttgtgtatgtgtgtgcatgtgcc
aggttggggaccagagaataacttgcaggattcagttaactccctctccc
tgtgtgtcctggggacaatcccgggttgtcagggttggctgcatgggcct
ttccccctgagctgtctcactgaccctgaaaaggttaacgttccacactg
tcctagagcgttacaaatgtgactgagcaagtgaagcagcatccgatgct
attttccaagtcctgtggtccatcccatttcccagattgaaaggtaaact
actgatcgccaactgcttccttctagatcaaagaagctgatctgagatac
ctgttatgcaatgtgactatattaagggtagtctggctataagattagat
ttaccttgtgtataagtataagtataaaatcaacgccgttcttccaacag
atactatggtatttcacatcagtgtataaagtgccctgggatctgacttt
ctgagagtaagcttggtagctgtaatgaaatgtggccacaagggcatatg
tatgcagctccgagacactacacaggaaaatatatcttctttttcaaaca
aaacctgtcggcatttcagtcttcatcatccaattagtttcgttcctgca
aacgtgctgaaaggcaggagcctcttcaagtcacagaggacatgttgcaa
agccaccaactcttttacctgatcctaaaaaatccatcttttcttcagca
cccaaggatttttataagttctgtacaggaaacttgcctacatgacacaa
gttactgctgtacagaaccagagaaacggagacgagctgggatgttccat
gggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_33700403_33701151
seq2: B6Ng01-323P22.b_47_801 (reverse)

seq1  TACAGCCCTCCAGGTCCATGA-CCACACTG-TTACACTGGC-ACTGGGCT  47
      ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  TACAGCCCTCCAGGTCCATGACCCACACTGATTACACTGGCAACTGGGCT  50

seq1  CCTTCTAATACTATCAGTCACTTGCTCCCTTAAGTTACTCTTCCCAGGCT  97
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTAATACAATCAGTCACTTGCTCCCTTAAGTTACTCTTCCCAGGCT  100

seq1  ATAAATGCTAGTTTTGATTTACAAATGAAAAGT-AGGAATTACTATTTGT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATAAATGCTAGTTTTGATTTACAAATGAAAAGTAAGGAATTACTATTTGT  150

seq1  ACTTTGTAG-AAATAATAGCACCTTGAAGAAAAAAAC-TTTTTTTGTTTT  194
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACTTTGTAGAAAATAATAGCACCTTGAAGAAAAAAACTTTTTTTTGTTTT  200

seq1  TTGAGACAGGGTCCTATTATGTAGTCCAGGCTACCACTGACCTCCCTACA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGACAGGGTCCTATTATGTAGTCCAGGCTACCACTGACCTCCCTACA  250

seq1  TAGTGCAGGCTAACCCTGAACTTGCAGCTCCTGCCTCAGTCTCCCAAAGG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCAGGCTAACCCTGAACTTGCAGCTCCTGCCTCAGTCTCCCAAAGG  300

seq1  AATAGGACTAAAACAGAATTAATGCTACATGCCGTTTGTTTTGTTTTGCA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGACTAAAACAGAATTAATGCTACATGCCGTTTGTTTTGTTTTGCA  350

seq1  CCTCCACAAAGATCACTAAAACCCAAAAGAGATACAGCTCAAGGAATCCA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCACAAAGATCACTAAAACCCAAAAGAGATACAGCTCAAGGAATCCA  400

seq1  GAAAGCTGAGCAGGAGACTCAAATGGCCTGTAAGCATCTACATTCACCAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTGAGCAGGAGACTCAAATGGCCTGTAAGCATCTACATTCACCAT  450

seq1  GACTCTCCTGCCCTTAAACAAACTGCCACAAGATCTGCCGCAGCGCCTGC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTCCTGCCCTTAAACAAACTGCCACAAGATCTGCCGCAGCGCCTGC  500

seq1  CAGTACAGAAGGGCCACTTGCTCTGCTTCCGTAGACATAAGAAAGCGGGT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACAGAAGGGCCACTTGCTCTGCTTCCGTAGACATAAGAAAGCGGGT  550

seq1  TGGGTTTTGTATTAGTCGGCATTCTCTAGAGTCTATACGTATCCTTAACC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTTGTATTAGTCGGCATTCTCTAGAGTCTATACGTATCCTTAACC  600

seq1  CCCCTCACAGAACATGCAAAGAAGCAAGAGCTGAAATAAAACCTACACTC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCACAGAACATGCAAAGAAGCAAGAGCTGAAATAAAACCTACACTC  650

seq1  TCTCACTGTAAGCCTGAAGGATTTCAAATTCTATTAGCAACACCCCTGAA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTGTAAGCCTGAAGGATTTCAAATTCTATTAGCAACACCCCTGAA  700

seq1  GTTCTTATACCTTGTCATGGAGATATAGCACGAGTGATAAGCTCGCACTG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTATACCTTGTCATGGAGATATAGCACGAGTGATAAGCTCGCACTG  750

seq1  AATTC  749
      |||||
seq2  AATTC  755

seq1: chr1_33553728_33554832
seq2: B6Ng01-323P22.g_68_1171

seq1  GAATTCCAGCCAAGCTGTAAAGGCTGTAATGGTGGATATCCATTTACTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCCAAGCTGTAAAGGCTGTAATGGTGGATATCCATTTACTTC  50

seq1  ATGTGTTCGGGAAGCACTTCAAGTATGTTTATGCTTTTACATTTATTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTCGGGAAGCACTTCAAGTATGTTTATGCTTTTACATTTATTTTG  100

seq1  CTTAAATCTTAACACTATAAAACAAATCCAGTTTGACCTCATAGATAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATCTTAACACTATAAAACAAATCCAGTTTGACCTCATAGATAGAA  150

seq1  GAATGGGGGCTCTGAGCAGTAAAGGTACTAATGAGATCTGCACTCCCAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGGGGCTCTGAGCAGTAAAGGTACTAATGAGATCTGCACTCCCAGG  200

seq1  GAGTTAGTTCAGCTGAGGGCCTTAGAGGTAGTCTATGTACCTACCAGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAGTTCAGCTGAGGGCCTTAGAGGTAGTCTATGTACCTACCAGCAA  250

seq1  CAATTTGTTAAAATACCTTTATTACATTTGTGTATGTGTGTGCATGTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTGTTAAAATACCTTTATTACATTTGTGTATGTGTGTGCATGTGCC  300

seq1  AGGTTGGGGACCAGAGAATAACTTGCAGGATTCAGTTAACTCCCTCTCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGGGGACCAGAGAATAACTTGCAGGATTCAGTTAACTCCCTCTCCC  350

seq1  TGTGTGTCCTGGGGACAATCCCGGGTTGTCAGGGTTGGCTGCATGGGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTCCTGGGGACAATCCCGGGTTGTCAGGGTTGGCTGCATGGGCCT  400

seq1  TTCCCCCTGAGCTGTCTCACTGACCCTGAAAAGGTTAACGTTCCACACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCCTGAGCTGTCTCACTGACCCTGAAAAGGTTAACGTTCCACACTG  450

seq1  TCCTAGAGCGTTACAAATGTGACTGAGCAAGTGAAGCAGCATCCGATGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGAGCGTTACAAATGTGACTGAGCAAGTGAAGCAGCATCCGATGCT  500

seq1  ATTTTCCAAGTCCTGTGGTCCATCCCATTTCCCAGATTGAAAGGTAAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCAAGTCCTGTGGTCCATCCCATTTCCCAGATTGAAAGGTAAACT  550

seq1  ACTGATCGCCAACTGCTTCCTTCTAGATCAAAGAAGCTGATCTGAGATAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATCGCCAACTGCTTCCTTCTAGATCAAAGAAGCTGATCTGAGATAC  600

seq1  CTGTTATGCAATGTGACTATATTAAGGGTAGTCTGGCTATAAGATTAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTATGCAATGTGACTATATTAAGGGTAGTCTGGCTATAAGATTAGAT  650

seq1  TTACCTTGTGTATAAGTATAAGTATAAAATCAACGCCGTTCTTCCAACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTTGTGTATAAGTATAAGTATAAAATCAACGCCGTTCTTCCAACAG  700

seq1  ATACTATGGTATTTCACATCAGTGTATAAAGTGCCCTGGGATCTGACTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTATGGTATTTCACATCAGTGTATAAAGTGCCCTGGGATCTGACTTT  750

seq1  CTGAGAGTAAGCTTGGTAGCTGTAATGAAATGTGGCCACAAGGGCATATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGTAAGCTTGGTAGCTGTAATGAAATGTGGCCACAAGGGCATATG  800

seq1  TATGCAGCTCCGAGACACTACACAGGAAAATATATCTTCTTTTTCAAACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAGCTCCGAGACACTACACAGGAAAATATATCTTCTTTTTCAAACA  850

seq1  AAACCTGTCGGCATTTCAGTCTTCATCATCCAATTAGTTTCGTTCCTGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTGTCGGCATTTCAGTCTTCATCATCCAATTAGTTTCGTTCCTGCA  900

seq1  AACGTGCTGAAAGGCAGGAGCCTCTTCAAGTCACAGAGGACATGTTGCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTGCTGAAAGGCAGGAGCCTCTTCAAGTCACAGAGGACATGTTGCAA  950

seq1  AGCCACCAACTCTTTTACCTGAATCCTAAAAAATCCATCTTTTC-TCAGC  999
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGCCACCAACTCTTTTACCTG-ATCCTAAAAAATCCATCTTTTCTTCAGC  999

seq1  ACCCAAGGA-TTTTATAAGGTCTGTACAGGAAACTTGCCTACATGACAAC  1048
      ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACCCAAGGATTTTTATAAGTTCTGTACAGGAAACTTGCCTACATGAC-AC  1048

seq1  AAG-TACTGCTGTAACAGAACCAGAGAAACGGAGACCGAGCTGGGATGTC  1097
      ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  AAGTTACTGCTGT-ACAGAACCAGAGAAACGGAGA-CGAGCTGGGATGTT  1096

seq1  CCATGGGG  1105
      ||||||||
seq2  CCATGGGG  1104