BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-326O09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 51,996,303 - 52,137,565
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667014, Stat4
Upstream geneTmeff2, Sdpr, LOC383504, Obfc2a, Myo1b, EG667010
Downstream geneLOC100042634, Stat1, Gls, LOC546735, Nab1, LOC546736, Gm553, LOC100042094, EG433305, 5330401P04Rik, 2210010L05Rik, Inpp1, Hibch, 1700019D03Rik, Gdf8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-326O09.bB6Ng01-326O09.g
ACCGA114587GA114588
length1,1881,112
definitionB6Ng01-326O09.b B6Ng01-326O09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,136,368 - 52,137,565)(51,996,303 - 51,997,420)
sequence
gaattcacatgaagaaattgactgagagatttaattaggggttttgaaat
gcaaattgaaaagcgccttccctttaacaattgggttccaacgctactat
gagatcaataatcctgccaagagaaccttcagttgctccctcccgtggaa
taaacagacttctttaatttgctcggacttcccgaggtgactactctgca
gctttgggatggagtttaaagcacgatagaaatctttgaaagtaacacta
acatgatcttaaatttcctagagaaaacccaagttttgattctgatacaa
gaataccaaatatataagaaaccacctaaaattctacaggtcccacgtgt
ctctaaataaggcactcttgcaaggatatgctgaaagctgcgctgttcaa
agtttttgtgggaaccccattcagccacttaccaggtaatcacaagcgaa
gaatgtgctactgcatttcctgtctattcaaagccttctaccgcctgccc
ccatctggcttttgtattctgtttctccctgctccactcttccaaaacag
actcaaagccattacttctataggctcgctctcctgcaatcctcccttct
gtctttccaagtctttttccacactaaccttttcagcaattaatcccaga
gtgcctggtattatgattgcatactttcatgctaatatccctcatgtctt
cattaatttcccacgttgtcatgctcttgacaagcaagttctcatcacac
catttctgcagggatttaccaaagttcagcactgggctcccagcaggtgc
tctatgaggagcagctgcatgcaaggcgccttaattagcagtggctacag
tgccacagacataaaaggacagagtgtgttctgcctacctcagttttaca
gtgaactgaatgagggttttaagtaccatcggcctctgaggtgcgttggc
atgcatggctgtcgctcgaccacaaatgagctagataaaaaggaaatatc
atgtgaaacattaaaaaatattgacagctcaaacctagagaaataggtac
tattttcctctagagtccaaacattttacacctaggagatgctgaaatcc
cattccactccaatctcccacagcacttctcgaatgattatttaaataat
gatgagaaaaagctgaagatctttcctattagaaatct
gaattcttagctcctcctgcaccatgcctgtctagatgctgctatactcc
caccttgatgataatagactgaacttctaaacctgtaagccagctccaat
taaatgatgtcctttataagacttgccttggtggtgatgtctgttcacaa
tagtaaaaccctaattaagacagtcatatattatatttagtaatatataa
tataaaattatatatttgtgtgtatgtgtatacatacacacatttaaaat
catatgtctgccatatgggatctcaaaatcaatgtatgttcaatacactc
agctataacatatctctgtttctagtaagtcccttgattgactatgtccc
aaggaaaataccaaagtatgaccttgaccatgatagtgtgacgattggaa
aaagaatggactccataggttcctatacatgaatgcttggttagcagaaa
atttaaaaagattttcaaacagtttggaactgtttgaaaggattaccagc
attctgaggcatgccctttggagtgggcgtggccttgttaaaggaagtgt
gtcactggagatggcaggctttgaggcttcaaaagccgatgccaggccca
gtctctctccgtttccctcttctcctttccatatatggatcaggatgtag
ctcttagctactcctccagcacatacatgtgtgcctgcctgctgccatgc
tcctaaccatgatgatgatggactgaacctctgaaactgtaagccagcct
ccagttaaatgcttttccttataagagttgctttggtcatggtgtctctt
cacagccacaaaaaaagtgactaagacagacaggtattggacaaatattt
tttcatcacttgatgtgaaaaatgaatagctggggatattatgcatgttt
caaatgatgtccaagctgaacaaccggatgtcctacccattctatgctat
aaggctttctctcattaagggagactcttgttaacagtggacacagttca
ttatgcagggaaagaatactactaacacagattgaaatataaattctcta
tcaacaaactcaatgtcaaaagatgtttattcccagcaacaaaatgtaca
gtaatattaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_52136368_52137565
seq2: B6Ng01-326O09.b_51_1238 (reverse)

seq1  AGATTACTAATTAGGAAAGATCTTCAGGCCTTTTTTTCTATCATTTATTT  50
      ||||| |||| ||||||||||||||||  |||||| || |||| ||||||
seq2  AGATTTCTAA-TAGGAAAGATCTTCAG--CTTTTTCTC-ATCA-TTATTT  45

seq1  ATAATAATCATCTGAGAAGTTGCTGT-GGAGATTGGAGTGGAATGGGGAT  99
      | |||||||||  |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  A-AATAATCATTCGAGAAG-TGCTGTGGGAGATTGGAGTGGAAT-GGGAT  92

seq1  TTCAGCATCTCCTAGGTGTAAAATGTTTGGACTCTAAGAGAAAATAGTAC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| 
seq2  TTCAGCATCTCCTAGGTGTAAAATGTTTGGACTCTAGAGGAAAATAGTA-  141

seq1  CCTATTTCTCTAGGTTTGAGCTGTCAATATTTTTTAATGTTTTCACATGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCTATTTCTCTAGGTTTGAGCTGTCAATATTTTTTAATG-TTTCACATGA  190

seq1  TATTTCCTTTTTATCTAGCTCATTTGTGGTCGAGCGACAGCCATGCATGC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCCTTTTTATCTAGCTCATTTGTGGTCGAGCGACAGCCATGCATGC  240

seq1  CAACGCACCCTCAGAGGCCGATGGTACTTAAAACCCTCATTCAGTTCACT  299
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGCA-CCTCAGAGGCCGATGGTACTTAAAACCCTCATTCAGTTCACT  289

seq1  GTAAAACTGAGGTAGGCAGAACACACTCTGTCCTTTTATGTCTGTGGCAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAACTGAGGTAGGCAGAACACACTCTGTCCTTTTATGTCTGTGGCAC  339

seq1  TGTAGCCACTGCTAATTAAGGCGCCTTGCATGCAGCTGCTCCTCATAGAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCCACTGCTAATTAAGGCGCCTTGCATGCAGCTGCTCCTCATAGAG  389

seq1  CACCTGCTGGGAGCCCAGTGCTGAACTTTGGTAAATCCCTGCAGAAATGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGCTGGGAGCCCAGTGCTGAACTTTGGTAAATCCCTGCAGAAATGG  439

seq1  TGTGATGAGAACTTGCTTGTCAAGAGCATGACAACGTGGGAAATTAATGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGAGAACTTGCTTGTCAAGAGCATGACAACGTGGGAAATTAATGA  489

seq1  AGACATGAGGGATATTAGCATGAAAGTATGCAATCATAATACCAGGCACT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATGAGGGATATTAGCATGAAAGTATGCAATCATAATACCAGGCACT  539

seq1  CTGGGATTAATTGCTGAAAAGGTTAGTGTGGAAAAAGACTTGGAAAGACA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATTAATTGCTGAAAAGGTTAGTGTGGAAAAAGACTTGGAAAGACA  589

seq1  GAAGGGAGGATTGCAGGAGAGCGAGCCTATAGAAGTAATGGCTTTGAGTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGAGGATTGCAGGAGAGCGAGCCTATAGAAGTAATGGCTTTGAGTC  639

seq1  TGTTTTGGAAGAGTGGAGCAGGGAGAAACAGAATACAAAAGCCAGATGGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGGAAGAGTGGAGCAGGGAGAAACAGAATACAAAAGCCAGATGGG  689

seq1  GGCAGGCGGTAGAAGGCTTTGAATAGACAGGAAATGCAGTAGCACATTCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGCGGTAGAAGGCTTTGAATAGACAGGAAATGCAGTAGCACATTCT  739

seq1  TCGCTTGTGATTACCTGGTAAGTGGCTGAATGGGGTTCCCACAAAAACTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTTGTGATTACCTGGTAAGTGGCTGAATGGGGTTCCCACAAAAACTT  789

seq1  TGAACAGCGCAGCTTTCAGCATATCCTTGCAAGAGTGCCTTATTTAGAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAGCGCAGCTTTCAGCATATCCTTGCAAGAGTGCCTTATTTAGAGA  839

seq1  CACGTGGGACCTGTAGAATTTTAGGTGGTTTCTTATATATTTGGTATTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGGGACCTGTAGAATTTTAGGTGGTTTCTTATATATTTGGTATTCT  889

seq1  TGTATCAGAATCAAAACTTGGGTTTTCTCTAGGAAATTTAAGATCATGTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCAGAATCAAAACTTGGGTTTTCTCTAGGAAATTTAAGATCATGTT  939

seq1  AGTGTTACTTTCAAAGATTTCTATCGTGCTTTAAACTCCATCCCAAAGCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTACTTTCAAAGATTTCTATCGTGCTTTAAACTCCATCCCAAAGCT  989

seq1  GCAGAGTAGTCACCTCGGGAAGTCCGAGCAAATTAAAGAAGTCTGTTTAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGTAGTCACCTCGGGAAGTCCGAGCAAATTAAAGAAGTCTGTTTAT  1039

seq1  TCCACGGGAGGGAGCAACTGAAGGTTCTCTTGGCAGGATTATTGATCTCA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACGGGAGGGAGCAACTGAAGGTTCTCTTGGCAGGATTATTGATCTCA  1089

seq1  TAGTAGCGTTGGAACCCAATTGTTAAAGGGAAGGCGCTTTTCAATTTGCA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGCGTTGGAACCCAATTGTTAAAGGGAAGGCGCTTTTCAATTTGCA  1139

seq1  TTTCAAAACCCCTAATTAAATCTCTCAGTCAATTTCTTCATGTGAATTC  1198
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAAACCCCTAATTAAATCTCTCAGTCAATTTCTTCATGTGAATTC  1188

seq1: chr1_51996303_51997420
seq2: B6Ng01-326O09.g_70_1181

seq1  GAATTCTTAGCTCCTCCTGCACCATGCCTGTCTAGATGCTGCTATACTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAGCTCCTCCTGCACCATGCCTGTCTAGATGCTGCTATACTCC  50

seq1  CACCTTGATGATAATAGACTGAACTTCTAAACCTGTAAGCCAGCTCCAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTGATGATAATAGACTGAACTTCTAAACCTGTAAGCCAGCTCCAAT  100

seq1  TAAATGATGTCCTTTATAAGACTTGCCTTGGTGGTGATGTCTGTTCACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGATGTCCTTTATAAGACTTGCCTTGGTGGTGATGTCTGTTCACAA  150

seq1  TAGTAAAACCCTAATTAAGACAGTCATATATTATATTTAGTAATATATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAAACCCTAATTAAGACAGTCATATATTATATTTAGTAATATATAA  200

seq1  TATAAAATTATATATTTGTGTGTATGTGTATACATACACACATTTAAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAATTATATATTTGTGTGTATGTGTATACATACACACATTTAAAAT  250

seq1  CATATGTCTGCCATATGGGATCTCAAAATCAATGTATGTTCAATACACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTCTGCCATATGGGATCTCAAAATCAATGTATGTTCAATACACTC  300

seq1  AGCTATAACATATCTCTGTTTCTAGTAAGTCCCTTGATTGACTATGTCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATAACATATCTCTGTTTCTAGTAAGTCCCTTGATTGACTATGTCCC  350

seq1  AAGGAAAATACCAAAGTATGACCTTGACCATGATAGTGTGACGATTGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAATACCAAAGTATGACCTTGACCATGATAGTGTGACGATTGGAA  400

seq1  AAAGAATGGACTCCATAGGTTCCTATACATGAATGCTTGGTTAGCAGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATGGACTCCATAGGTTCCTATACATGAATGCTTGGTTAGCAGAAA  450

seq1  ATTTAAAAAGATTTTCAAACAGTTTGGAACTGTTTGAAAGGATTACCAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAAAGATTTTCAAACAGTTTGGAACTGTTTGAAAGGATTACCAGC  500

seq1  ATTCTGAGGCATGCCCTTTGGAGTGGGCGTGGCCTTGTTAAAGGAAGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGAGGCATGCCCTTTGGAGTGGGCGTGGCCTTGTTAAAGGAAGTGT  550

seq1  GTCACTGGAGATGGCAGGCTTTGAGGCTTCAAAAGCCGATGCCAGGCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGGAGATGGCAGGCTTTGAGGCTTCAAAAGCCGATGCCAGGCCCA  600

seq1  GTCTCTCTCCGTTTCCCTCTTCTCCTTTCCATATATGGATCAGGATGTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCTCCGTTTCCCTCTTCTCCTTTCCATATATGGATCAGGATGTAG  650

seq1  CTCTTAGCTACTCCTCCAGCACATACATGTGTGCCTGCCTGCTGCCATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAGCTACTCCTCCAGCACATACATGTGTGCCTGCCTGCTGCCATGC  700

seq1  TCCTAACCATGATGATGATGGACTGAACCTCTGAAACTGTAAGCCAGCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAACCATGATGATGATGGACTGAACCTCTGAAACTGTAAGCCAGCCT  750

seq1  CCAGTTAAATGCTTTTCCTTATAAGAGTTGCTTTGGTCATGGTGTCTCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTAAATGCTTTTCCTTATAAGAGTTGCTTTGGTCATGGTGTCTCTT  800

seq1  CACAGCCACAAAAAAAGTGACTAAGACAGACAGGTATTGGACAAATATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCACAAAAAAAGTGACTAAGACAGACAGGTATTGGACAAATATTT  850

seq1  TTTCATCACTTGATGTGAAAAATGAATAGCTGGGGATATTATGCATGTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTCATCACTTGATGTGAAAAATGAATAGCTGGGGATATTATGCATGTTT  900

seq1  CAAATGATGTCCAAGCTGAACAACCGGATGTCCTACCCATTCTATGCTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGATGTCCAAGCTGAACAACCGGATGTCCTACCCATTCTATGCTAT  950

seq1  AGGGCTTCCTCTCATAAGGGGAGACCTCTTGTTAACAGTGGACACCAGTC  1000
      | ||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||   ||
seq2  AAGGCTTTCTCTCATTAAGGGAGA-CTCTTGTTAACAGTGGACACAGTTC  999

seq1  ATTAATGCAAGGAAAGATAACTACT-ACACAGGAATGGAATATAAA-TCT  1048
      ||| ||||| |||||||  |||||| ||||| || || |||||||| |||
seq2  ATT-ATGCAGGGAAAGAATACTACTAACACA-GATTGAAATATAAATTCT  1047

seq1  CTATCCACAAACTCAAATGTGCAAAAGATGTTTTATTTCTCAGCAACAAA  1098
      ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||   ||| ||||||||||
seq2  CTATCAACAAACTC-AATGT-CAAAAGATGTTT--ATTCCCAGCAACAAA  1093

seq1  ATGGTACAATAATATAAAAA  1118
      || ||||| |||||| ||||
seq2  AT-GTACAGTAATATTAAAA  1112