BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329I08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 82,496,157 - 82,616,138
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol4a4, Col4a3
Upstream geneEG621020, LOC433328, EG665145, Irs1, Rhbdd1
Downstream gene5230400G24Rik, Tm4sf20, LOC100039491, Hrb, A030005L19Rik, A030014E15Rik, EG621362, A030003K21Rik, LOC665225, LOC100039524, EG665236, LOC665246, Slc19a3, LOC665196, LOC621495, A030005K14Rik, 5530401N06Rik, EG665272, Ccl20, LOC100039575, 4930563E19Rik, EG621614, 4930544G21Rik, EG622958
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329I08.bB6Ng01-329I08.g
ACCGA116461GA116462
length1,126143
definitionB6Ng01-329I08.b B6Ng01-329I08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,496,157 - 82,497,276)(82,615,996 - 82,616,138)
sequence
gaattctatattgatatgcaacctcaccacgagtcttaaataaaattgta
tcctaaataaatatgtatcatcaatactgttttaaatgattttagccttt
gatctgtggaaatgagagcaaaaagagggagggtaacatacaagcttcca
cagagctcaaggaggggaaagtggccagggaatacagaggtgttcgtgaa
agtgggtaagaaagagaaagggagatgagatttccccccatggtgttatc
ctggtcccccatctctaagcacaataccatgaatgtaatatagagagaag
acatcagaaatatcctcaacccaatgagtaatcgaacaactgaattaata
ccttacccataatagccctgaacaaactagtagtccacgatgcaaaaacg
ttagcccttagaagcaactaaacacaaagccacaacaatattttagagtc
agtaaaaagattaggtagcaacatatacaaataaaaataaactgtggtaa
aaaattaaattttacaaaatgagctgtaatatataaattacagcatggtt
tcagcatgattattccctatccatgcactaaggattgcgctgagctttat
cctttaagtttccttctgggccagctttgcaggtgtgctgtgggcatgcg
ggtagggtaaggctggagctctgaatcatcattttcactgaagataagat
tttcgttttcatttgattcttttcgaagagatggagaatgatttgggaaa
ttcggaattgagtcacaggtcaccccagcatagaggaagagcgggctgtc
tccagagtccaggggaggactcctgggagcagtgatggtcaacaacaggg
gaggactcctgggagcagtgtgtcaacaagtgagcaccgtattgtgatgg
acagattcatgcggagtagcttctcaggatctttgactgttactgtccat
ctaggttaccacagctaggggttctttcatccagtttcaagggacctttt
ggaccagagtgattctgataaattcattctgtgtagattctgtctgtgtg
actcccccacatccatctctctctaggactgaacatcacatagaacttca
ataaagccactttccaccctcaacct
ctgatattagggcaggtgctggggatccagcaaagaacattagataaagc
ttataaggtttgtattggagagggatgtgcttgatgtgtgtctaataatt
atagaatattatatatgtgtgtgtgtgagagagagagagaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_82496157_82497276
seq2: B6Ng01-329I08.b_45_1170

seq1  GAATTCTATATTGATATGCAACCTCACCACGAGTCTTAAATAAAATTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATATTGATATGCAACCTCACCACGAGTCTTAAATAAAATTGTA  50

seq1  TCCTAAATAAATATGTATCATCAATACTGTTTTAAATGATTTTAGCCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAATAAATATGTATCATCAATACTGTTTTAAATGATTTTAGCCTTT  100

seq1  GATCTGTGGAAATGAGAGCAAAAAGAGGGAGGGTAACATACAAGCTTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGTGGAAATGAGAGCAAAAAGAGGGAGGGTAACATACAAGCTTCCA  150

seq1  CAGAGCTCAAGGAGGGGAAAGTGGCCAGGGAATACAGAGGTGTTCGTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTCAAGGAGGGGAAAGTGGCCAGGGAATACAGAGGTGTTCGTGAA  200

seq1  AGTGGGTAAGAAAGAGAAAGGGAGATGAGATTTCCCCCCATGGTGTTATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGTAAGAAAGAGAAAGGGAGATGAGATTTCCCCCCATGGTGTTATC  250

seq1  CTGGTCCCCCATCTCTAAGCACAATACCATGAATGTAATATAGAGAGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCCCCCATCTCTAAGCACAATACCATGAATGTAATATAGAGAGAAG  300

seq1  ACATCAGAAATATCCTCAACCCAATGAGTAATCGAACAACTGAATTAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAGAAATATCCTCAACCCAATGAGTAATCGAACAACTGAATTAATA  350

seq1  CCTTACCCATAATAGCCCTGAACAAACTAGTAGTCCACGATGCAAAAACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACCCATAATAGCCCTGAACAAACTAGTAGTCCACGATGCAAAAACG  400

seq1  TTAGCCCTTAGAAGCAACTAAACACAAAGCCACAACAATATTTTAGAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCCTTAGAAGCAACTAAACACAAAGCCACAACAATATTTTAGAGTC  450

seq1  AGTAAAAAGATTAGGTAGCAACATATACAAATAAAAATAAACTGTGGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAAAGATTAGGTAGCAACATATACAAATAAAAATAAACTGTGGTAA  500

seq1  AAAATTAAATTTTACAAAATGAGCTGTAATATATAAATTACAGCATGGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAAATTTTACAAAATGAGCTGTAATATATAAATTACAGCATGGTT  550

seq1  TCAGCATGATTATTCCCTATCCATGCACTAAGGATTGCGCTGAGCTTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCATGATTATTCCCTATCCATGCACTAAGGATTGCGCTGAGCTTTAT  600

seq1  CCTTTAAGTTTCCTTCTGGGCCAGCTTTGCAGGTGTGCTGTGGGCATGCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAAGTTTCCTTCTGGGCCAGCTTTGCAGGTGTGCTGTGGGCATGCG  650

seq1  GGTAGGGTAAGGCTGGAGCTCTGAATCATCATTTTCACTGAAGATAAGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGGTAAGGCTGGAGCTCTGAATCATCATTTTCACTGAAGATAAGAT  700

seq1  TTTCGTTTTCATTTGATTCTTTTCGAAGAGATGGAGAATGATTTGGGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGTTTTCATTTGATTCTTTTCGAAGAGATGGAGAATGATTTGGGAAA  750

seq1  TTCGGAATTGAGTCACAGGTCACCCCAGCATAGAGGAAGAGCGGGCTGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGGAATTGAGTCACAGGTCACCCCAGCATAGAGGAAGAGCGGGCTGTC  800

seq1  TCCAGAGTCCAGGGGAGGACTCCTGGGAGCAGTGATGGTCAACAACAGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGTCCAGGGGAGGACTCCTGGGAGCAGTGATGGTCAACAACAGGG  850

seq1  GAGGACTCCTGGGAGCAGTGTGTCAACAAGTGAGCACCGTATTGTGATGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACTCCTGGGAGCAGTGTGTCAACAAGTGAGCACCGTATTGTGATGG  900

seq1  ACAGATTCATGCGGAGTAGCTTCTCAGGGATCTTTGACTGTTACTGTCCA  950
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATTCATGCGGAGTAGCTTCTCA-GGATCTTTGACTGTTACTGTCCA  949

seq1  TCTAGGTTACCACAGCTAGGGGTTCTTTCATCCAG-TTCAA-GGACCTTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  TCTAGGTTACCACAGCTAGGGGTTCTTTCATCCAGTTTCAAGGGACCTTT  999

seq1  TGGACCAGAGTGATTCTGATAAATTCATTCTGTGTAGGATTCTGTCTGTG  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGGACCAGAGTGATTCTGATAAATTCATTCTGTGTA-GATTCTGTCTGTG  1048

seq1  TGACT-CCCCACATCCATCTCCTCTCTAGAACTGAACATCACATAG-ACT  1096
      ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  TGACTCCCCCACATCCATCT-CTCTCTAGGACTGAACATCACATAGAACT  1097

seq1  CCAATAAAGCCACTTTCC-----CAACCT  1120
       |||||||||||||||||     ||||||
seq2  TCAATAAAGCCACTTTCCACCCTCAACCT  1126

seq1: chr1_82615996_82616138
seq2: B6Ng01-329I08.g_72_214 (reverse)

seq1  CCCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACATATATAATATTCTATAATTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACATATATAATATTCTATAATTATT  50

seq1  AGACACACATCAAGCACATCCCTCTCCAATACAAACCTTATAAGCTTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACACATCAAGCACATCCCTCTCCAATACAAACCTTATAAGCTTTAT  100

seq1  CTAATGTTCTTTGCTGGATCCCCAGCACCTGCCCTAATATCAG  143
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGTTCTTTGCTGGATCCCCAGCACCTGCCCTAATATCAG  143