BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329M18
Chromosome1 (Build37)
Map Location 113,529,642 - 113,657,266
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCdh19
Downstream geneEG666578, Dsel, LOC547247, EG626897, LOC666615
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329M18.bB6Ng01-329M18.g
ACCGA116657GA116658
length1,1481,064
definitionB6Ng01-329M18.b B6Ng01-329M18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,529,642 - 113,530,801)(113,656,199 - 113,657,266)
sequence
gaattctcctctttgaagacttgttctcatagtgttgaacaggctatgaa
agagagaaaaatcagtcaatagcacagtacatccttaaatgctatgaaca
gcattaataaaaacatggcaagatattctaaaagatacaactgtgggaat
tgcatcctcattgatctcctgttatttaagatcagctcaataggaaatat
ttcatgccaggtattataaacttagcccactactcattgctggtgggcag
tggtccccagaaggtaacctactacgaataaatacctacaccagtataat
tccaaataccttatccttatacctacagataactcactgcagctcttact
ccttaacaaagatgccctatttttgcagtagcagacatagaccgataaat
attcacacacacacacacacacgcacacaccaataataactaataaattt
caaaaagattgtaacgtgtgggtgcaggaaaaaatagagtgaagagagag
caaaagaaatgatataaatataataggctcatacgaagtaaaaaaaaaaa
ttcttaaaaatgtctaaacctccactgtgacagatataatattgaattat
acataaagattgtgacctgttttgttgtgagtgtatactggtactatgca
tattcacaatggtaaatcatttgcaattcactgttagcaaataacaaaaa
ggtttttaagggaaccaaattatattttatttctgaaatataatttttaa
tttttatcttggtaatatttagttctttaaaataatttaattagtcctta
aataatttatcaattaaaatgtgcatttgaaattaaaatgtaatgtaaaa
tgcaatttatagacattctctagtggagaccaatgcttgtgggaaatcag
actgttcttctgagtttagtcttcagttgtaattcacagctaaatctata
atccttgatcgtggacgctaataacatactatgacagatgcctcatggag
ggaagagcccactcagccactgtgatggtgctcagattgatcttctcaat
agatattgtcttgtagggaaaaaatacacccagtggctctctttataacg
taaaattcctttcttctacatccttagctttgtcgctcctctgatttg

gaattcaccccgttccctataagaaggcctgtgagccttgtctatggttg
atgttttggaaaatgattgaccctgaatgttgaatgtttttatggaataa
acagtctttgtgtctgcatactatctgaatctggggtcttccttcagtga
tttttggacccttacatttggtgtgttgactgagaaatgctggggtcccc
cttaactcgatattaaagcagagcatttttcaaccaagcagtggcagaca
tctgccaaaaacttcagcagctggaaggatttgaaggtaagtgcatgtct
gagctcctggctataaccaaaaccatgtttaacaacagggaagctcaaga
ggataggcagagtagggaactagccaaggtgctattaaccatgggttatc
taagaaatagtaccttattacacaagggttgccagcttgcctaagtattg
tggctgcttctgttttgcttatcaacaatgcagataaaatcaccagggga
caagaactgattttacccacccctcatgccatcaaaagagttctcaaaaa
ccccctgaccacaggatatttaatttccggcttttacatcaccagtccct
gtttctgaacccatcacatattaaatatcacccccaccaccaccttaaac
ctggctactctcctcctaattctgtaccaggactttatgaacctgagaac
agacgttaccgatattctgtgtccagatgcacacatgatttacttcatgg
atgggagcagcctcatgcacaggacacagggatccaggtgtgcggtgctc
ttgactctataatgtgggctttggccatacctcctcgaactttggcttta
aaactgtttagttcttttgacataggccccaacctctctacagacagatg
atatgccttcactatggctcattttcatggacttgtatacaaagaaaggg
gctgctcacagcagtgttaaaagactgtcaaaaataaggacagatttggc
cattgtccactgcccaggatatctaaggacatggatgagaggaaaagaat
attagcttatctgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_113529642_113530801
seq2: B6Ng01-329M18.b_47_1194

seq1  GAATTCTCCTCTTTGAAGACTTGTTCTCATAGTGTTGAACAGGCTATGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTCTTTGAAGACTTGTTCTCATAGTGTTGAACAGGCTATGAA  50

seq1  AGAGAGAAAAATCAGTCAATAGCACAGTACATCCTTAAATGCTATGAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAAAAATCAGTCAATAGCACAGTACATCCTTAAATGCTATGAACA  100

seq1  GCATTAATAAAAACATGGCAAGATATTCTAAAAGATACAACTGTGGGAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAATAAAAACATGGCAAGATATTCTAAAAGATACAACTGTGGGAAT  150

seq1  TGCATCCTCATTGATCTCCTGTTATTTAAGATCAGCTCAATAGGAAATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCCTCATTGATCTCCTGTTATTTAAGATCAGCTCAATAGGAAATAT  200

seq1  TTCATGCCAGGTATTATAAACTTAGCCCACTACTCATTGCTGGTGGGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGCCAGGTATTATAAACTTAGCCCACTACTCATTGCTGGTGGGCAG  250

seq1  TGGTCCCCAGAAGGTAACCTACTACGAATAAATACCTACACCAGTATAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCCCAGAAGGTAACCTACTACGAATAAATACCTACACCAGTATAAT  300

seq1  TCCAAATACCTTATCCTTATACCTACAGATAACTCACTGCAGCTCTTACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAATACCTTATCCTTATACCTACAGATAACTCACTGCAGCTCTTACT  350

seq1  CCTTAACAAAGATGCCCTATTTTTGCAGTAGCAGACATAGACCGATAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAACAAAGATGCCCTATTTTTGCAGTAGCAGACATAGACCGATAAAT  400

seq1  ATTCACACACACACACACACACGCACACACCAATAATAACTAATAAATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACACACACACACACACACGCACACACCAATAATAACTAATAAATTT  450

seq1  CAAAAAGATTGTAACGTGTGGGTGCAGGAAAAAATAGAGTGAAGAGAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGATTGTAACGTGTGGGTGCAGGAAAAAATAGAGTGAAGAGAGAG  500

seq1  CAAAAGAAATGATATAAATATAATAGGCTCATACGAAGTAAAAAAAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAAATGATATAAATATAATAGGCTCATACGAAGTAAAAAAAAAAA  550

seq1  TTCTTAAAAATGTCTAAACCTCCACTGTGACAGATATAATATTGAATTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAAAAATGTCTAAACCTCCACTGTGACAGATATAATATTGAATTAT  600

seq1  ACATAAAGATTGTGACCTGTTTTGTTGTGAGTGTATACTGGTACTATGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAAGATTGTGACCTGTTTTGTTGTGAGTGTATACTGGTACTATGCA  650

seq1  TATTCACAATGGTAAATCATTTGCAATTCACTGTTAGCAAATAACAAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCACAATGGTAAATCATTTGCAATTCACTGTTAGCAAATAACAAAAA  700

seq1  GGTTTTTAAGGGAACCAAATTATATTTTATTTCTGAAATATAATTTTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTTAAGGGAACCAAATTATATTTTATTTCTGAAATATAATTTTTAA  750

seq1  TTTTTATCTTGGTAATATTTAGTTCTTTAAAATAATTTAATTAGTCCTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATCTTGGTAATATTTAGTTCTTTAAAATAATTTAATTAGTCCTTA  800

seq1  AATAATTTATCAATTAAAATGTGCATTTGAAATTAAAATGTAATGTAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTTATCAATTAAAATGTGCATTTGAAATTAAAATGTAATGTAAAA  850

seq1  TGCAATTTATAGACATTCTCTAGTGGAGACCAATGCTTGTGGGAAATCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATTTATAGACATTCTCTAGTGGAGACCAATGCTTGTGGGAAATCAG  900

seq1  ACTGTTCTTCTGAGTTTAGTCTTCAGTTGTAATTCACAGCTAAATCTATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTCTTCTGAGTTTAGTCTTCAGTTGTAATTCACAGCTAAATCTATA  950

seq1  ATCCTTGATCGTGGACGCTAATAACATACTATGACAGATGCCTCATGGAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTGATCGTGGACGCTAATAACATACTATGACAGATGCCTCATGGAG  1000

seq1  GGAAGAGCCCCACTCAGCCACTGTGATGGTTGCTCAGATTGATCTTCTTC  1050
      ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  
seq2  GGAAGAG-CCCACTCAGCCACTGTGATGG-TGCTCAGATTGATCTTCT--  1046

seq1  AAATAGATA-TGTCTTGTAGGGGAAAAAATTACA-CCAGTGGGTTTCTTT  1098
       |||||||| ||||||||||||  ||||| |||| |||||||       |
seq2  CAATAGATATTGTCTTGTAGGG--AAAAAATACACCCAGTGG------CT  1088

seq1  CTTTTTTTTACGTAAAATTTCTTTCTTCTAACAAATCCTTAGCTTTGTTG  1148
      || ||| | |||||||||| |||||||||   | |||||||||||||| |
seq2  CTCTTTATAACGTAAAATTCCTTTCTTCT---ACATCCTTAGCTTTGTCG  1135

seq1  CTCCTCTG-TTTG  1160
      |||||||| ||||
seq2  CTCCTCTGATTTG  1148


seq1: chr1_113656199_113657266
seq2: B6Ng01-329M18.g_64_1127 (reverse)

seq1  GCAGATAGCCTATTTATTCTTTTCCTCTCATCCATGTCCTTTAGATATCC  50
      |||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GCAGATAAGCTA-ATATTCTTTTCCTCTCATCCATGTCC-TTAGATATCC  48

seq1  TGGGCAGTGGACAATGGCCAAAATCTTGTCCTTATTTTTGACAGTCTTTT  100
      ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGTGGACAATGGCC-AAATC-TGTCCTTATTTTTGACAGTCTTTT  96

seq1  -ACACTGCTGTGAGCAGCCCCCTTTCTTTGTATACAAGTCCATGAAAATG  149
       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTGCTGTGAGCAG-CCCCTTTCTTTGTATACAAGTCCATGAAAATG  145

seq1  AGCCATAGTGAAGGCATATCATCTGTCTGTAGAGAGGTTGGGGCCTATGT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATAGTGAAGGCATATCATCTGTCTGTAGAGAGGTTGGGGCCTATGT  195

seq1  CAAAAGAACTAAACAGTTTTAAAGCCAAAGTTCGAGGAGGTATGGCCAAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAACTAAACAGTTTTAAAGCCAAAGTTCGAGGAGGTATGGCCAAA  245

seq1  GCCCACATTATAGAGTCAAGAGCACCGCACACCTGGATCCCTGTGTCCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACATTATAGAGTCAAGAGCACCGCACACCTGGATCCCTGTGTCCTG  295

seq1  TGCATGAGGCTGCTCCCATCCATGAAGTAAATCATGTGTGCATCTGGACA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGAGGCTGCTCCCATCCATGAAGTAAATCATGTGTGCATCTGGACA  345

seq1  CAGAATATCGGTAACGTCTGTTCTCAGGTTCATAAAGTCCTGGTACAGAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATATCGGTAACGTCTGTTCTCAGGTTCATAAAGTCCTGGTACAGAA  395

seq1  TTAGGAGGAGAGTAGCCAGGTTTAAGGTGGTGGTGGGGGTGATATTTAAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAGGAGAGTAGCCAGGTTTAAGGTGGTGGTGGGGGTGATATTTAAT  445

seq1  ATGTGATGGGTTCAGAAACAGGGACTGGTGATGTAAAAGCCGGAAATTAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATGGGTTCAGAAACAGGGACTGGTGATGTAAAAGCCGGAAATTAA  495

seq1  ATATCCTGTGGTCAGGGGGTTTTTGAGAACTCTTTTGATGGCATGAGGGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCTGTGGTCAGGGGGTTTTTGAGAACTCTTTTGATGGCATGAGGGG  545

seq1  TGGGTAAAATCAGTTCTTGTCCCCTGGTGATTTTATCTGCATTGTTGATA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAAAATCAGTTCTTGTCCCCTGGTGATTTTATCTGCATTGTTGATA  595

seq1  AGCAAAACAGAAGCAGCCACAATACTTAGGCAAGCTGGCAACCCTTGTGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAACAGAAGCAGCCACAATACTTAGGCAAGCTGGCAACCCTTGTGT  645

seq1  AATAAGGTACTATTTCTTAGATAACCCATGGTTAATAGCACCTTGGCTAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGGTACTATTTCTTAGATAACCCATGGTTAATAGCACCTTGGCTAG  695

seq1  TTCCCTACTCTGCCTATCCTCTTGAGCTTCCCTGTTGTTAAACATGGTTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTACTCTGCCTATCCTCTTGAGCTTCCCTGTTGTTAAACATGGTTT  745

seq1  TGGTTATAGCCAGGAGCTCAGACATGCACTTACCTTCAAATCCTTCCAGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTATAGCCAGGAGCTCAGACATGCACTTACCTTCAAATCCTTCCAGC  795

seq1  TGCTGAAGTTTTTGGCAGATGTCTGCCACTGCTTGGTTGAAAAATGCTCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAAGTTTTTGGCAGATGTCTGCCACTGCTTGGTTGAAAAATGCTCT  845

seq1  GCTTTAATATCGAGTTAAGGGGGACCCCAGCATTTCTCAGTCAACACACC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAATATCGAGTTAAGGGGGACCCCAGCATTTCTCAGTCAACACACC  895

seq1  AAATGTAAGGGTCCAAAAATCACTGAAGGAAGACCCCAGATTCAGATAGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTAAGGGTCCAAAAATCACTGAAGGAAGACCCCAGATTCAGATAGT  945

seq1  ATGCAGACACAAAGACTGTTTATTCCATAAAAACATTCAACATTCAGGGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGACACAAAGACTGTTTATTCCATAAAAACATTCAACATTCAGGGT  995

seq1  CAATCATTTTCCAAAACATCAACCATAGACAAGGCTCACAGGCCTTCTTA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCATTTTCCAAAACATCAACCATAGACAAGGCTCACAGGCCTTCTTA  1045

seq1  TAGGGAACGGGGTGAATTC  1068
      |||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAACGGGGTGAATTC  1064


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |