BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-332E19
Chromosome1 (Build37)
Map Location 187,807,216 - 187,891,321
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMark1, Iars2, Bpnt1, Eprs, 9630028B13Rik, LOC100039138, Slc30a10, 5033404E19Rik, LOC677785
Downstream geneLyplal1, Tgfb2, Rrp15, LOC666832, LOC100042375, D1Pas1, Spata17
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-332E19.bB6Ng01-332E19.g
ACCGA118439GA118440
length1,187983
definitionB6Ng01-332E19.b B6Ng01-332E19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(187,890,144 - 187,891,321)(187,807,216 - 187,807,926)
sequence
gaattcaagtacataaatctttgaaaagagctaataaaatgactgacaat
gacaacttactgtacagggaatgttgaaggaaatataaccctacttttag
agagtccctcttgccggtatgttgaaatgattggaattttaaataaatca
tcctcttgagatccttaatggtctttcatggattggggctgggtgggggg
aatatcttgcatgcataggaatgacctccatctgaggagaagactgtatg
aaatacaataaaggagaacactgagcacatcagacacagaggactgtgac
taggagcataaatacacaaagagtgcaggcaggtagagataccaaaatac
acagcattcccagtcaatctttttaaaaatgaaagtatctgtattttata
tcaacaagagattagcctgaaagtatgaatatattcatacaaataatcat
gttaatataatacaatcttacaggcatttatactttgtacatgcatacat
gtatatttatatatccacagtttttagggatagatatggttagttgataa
taaaaggaaaaagttccattaagtctgtatgttctaattttcttgacagt
ggtcccaagattgtaatatataaaattggaaacgatcaccacttttttaa
acatatggcaaaatgctctctagggaagtacaaccagactgatgttttgt
ctgcatcaatttctctgtggactatctgccatgccttgacaagcctggca
catttcccttatatggtgagcatcaatatgtatagacaactgttcatatg
ttcccagaaaggacaagggttacatcaaacaattactaatttgggtgtgt
aattgctttctatcaagcatgtagctatcttatttttattatatattcag
tctttccagaactagatattattctctatttacccaggctctccatggca
cacacattggaaagttgcagcacagttggaatcctgcactattgatcagc
ttgcaactaatgtagtcacttatggaaagcagcctgactgttctgcaaca
actaaacctagacttgctttaccattcttggtggtttctttcagaagttg
tctggagttaatttaaaattaggatctttgagaaataatctgtttaccac
atagcccacattctctcgtgatagcctcacatatcca
gaattcttttccttatgatatgtactgtcattgttaaatgcttagtaaaa
gtaaggtcattgtgatgacatccctgctataatttatgaatcaagaatca
ctgtgtgatatatacacatagatatgcatatatatcacattaggaccatt
aaattttatagtttttatttgtcatgtgtcctcattacaggaaatgccac
aagtgctttaaaatatctggcagttcctcagaaaatggacatagtactac
ctgaggacccagctatatcactcctgggcatatacctaaaaggtgctcca
acacataagtaggacacatgttccactatgttcatagcagctttatttat
aatggtcagaagctggaaagatcccagatgtccttcatcagagaaatgca
ttcagaaagtgtacatttacacaatggagtactactcagctattacaatg
acttcatgaaattcttaggcaaatggatggaactagaaaatatcatcctg
agtgaggtaacccactcacaaaagaacacacatagtatgaattgacttaa
aaatgcatattagctcaaaagtttggaatacctaagatgcaattcacaaa
ccacatgaaactcaagaagaaggaagactaaaatgtggtttcttaggtcc
ttcttagaagggggaacaaaatactaatgggagggaatatggagacaaag
tatggagcagagactgaaggaaggaccatccagagactgccccacctggg
aatccatctcatatacagtcaccaaatgcagaaattattgtagatgccaa
gaaatgaatactgacaggaacctgatatagctgtcccctgagaggctctg
ccagaacctgatgaatacagaggtggatgctcacagccaaccattggatg
gagcatggggtccccaaaagaggagttagagaaggactgaagcagctgaa
ggggtttgcagcctcataggagagcataatatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_187890144_187891321
seq2: B6Ng01-332E19.b_46_1232 (reverse)

seq1  TGGATATTTG-GGTTATCACGAAAG-ATGT-GGCTATGT-GTATACAGA-  45
      ||||||| || || |||||||| || |||| |||||||| ||| ||||| 
seq2  TGGATATGTGAGGCTATCACGAGAGAATGTGGGCTATGTGGTAAACAGAT  50

seq1  TATTTCTCAAAGATCCT-ATTTTTAATTTACT-CAGACAACTTCCTGAAA  93
      ||||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||| ||||||
seq2  TATTTCTCAAAGATCCTAATTTTAAATTAACTCCAGACAACTT-CTGAAA  99

seq1  G-AACCACCA--GATGGTAAAGCAAGTCTAGTTTTAGTTGTTTGCAGAAC  140
      | ||||||||   |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  GAAACCACCAAGAATGGTAAAGCAAGTCTAGGTTTAGTTG-TTGCAGAAC  148

seq1  AGTCAGGCTGCTTTCCAT-AGTGACTACATTAGTTTGCAAGCTGATCAAT  189
      |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGCTGCTTTCCATAAGTGACTACATTAG-TTGCAAGCTGATCAAT  197

seq1  AGTGCAGGATTCCAACTGTGCTGCAACTTTCCAATGTGTGTGCCATGGAG  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCAGGATTCCAACTGTGCTGCAACTTTCCAATGTGTGTGCCATGGAG  247

seq1  AGCCTGGGTAAATAGAGAATAATATCTAGTTCTGGAAAGACTGAATATAT  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGGTAAATAGAGAATAATATCTAGTTCTGGAAAGACTGAATATAT  297

seq1  AATAAAAATAAGATAGCTACATGCTTGATAGAAAGCAATTACACACCCAA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAATAAGATAGCTACATGCTTGATAGAAAGCAATTACACACCCAA  347

seq1  ATTAGTAATTGTTTGATGTAACCCTTGTCC-TTCTGGGAACATATGAACA  388
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTAATTGTTTGATGTAACCCTTGTCCTTTCTGGGAACATATGAACA  397

seq1  GTTGTCTATACATATTGATGCTCACCATATAAGGGAAATGTGCCAGGCTT  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCTATACATATTGATGCTCACCATATAAGGGAAATGTGCCAGGCTT  447

seq1  GTCAAGGCATGGCAGATAGTCCACAGAGAAATTGATGCAGACAAAACATC  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGGCATGGCAGATAGTCCACAGAGAAATTGATGCAGACAAAACATC  497

seq1  AGTCTGGTTGTACTTCCCTAGAGAGCATTTTGCCATATGTTTAAAAAAGT  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGGTTGTACTTCCCTAGAGAGCATTTTGCCATATGTTTAAAAAAGT  547

seq1  GGTGATCGTTTCCAATTTTATATATTACAATCTTGGGACCACTGTCAAGA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATCGTTTCCAATTTTATATATTACAATCTTGGGACCACTGTCAAGA  597

seq1  AAATTAGAACATACAGACTTAATGGAACTTTTTCCTTTTATTATCAACTA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAGAACATACAGACTTAATGGAACTTTTTCCTTTTATTATCAACTA  647

seq1  ACCATATCTATCCCTAAAAACTGTGGATATATAAATATACATGTATGCAT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATATCTATCCCTAAAAACTGTGGATATATAAATATACATGTATGCAT  697

seq1  GTACAAAGTATAAATGCCTGTAAGATTGTATTATATTAACATGATTATTT  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAAAGTATAAATGCCTGTAAGATTGTATTATATTAACATGATTATTT  747

seq1  GTATGAATATATTCATACTTTCAGGCTAATCTCTTGTTGATATAAAATAC  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAATATATTCATACTTTCAGGCTAATCTCTTGTTGATATAAAATAC  797

seq1  AGATACTTTCATTTTTAAAAAGATTGACTGGGAATGCTGTGTATTTTGGT  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACTTTCATTTTTAAAAAGATTGACTGGGAATGCTGTGTATTTTGGT  847

seq1  ATCTCTACCTGCCTGCACTCTTTGTGTATTTATGCTCCTAGTCACAGTCC  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTACCTGCCTGCACTCTTTGTGTATTTATGCTCCTAGTCACAGTCC  897

seq1  TCTGTGTCTGATGTGCTCAGTGTTCTCCTTTATTGTATTTCATACAGTCT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTCTGATGTGCTCAGTGTTCTCCTTTATTGTATTTCATACAGTCT  947

seq1  TCTCCTCAGATGGAGGTCATTCCTATGCATGCAAGATATTCCCCCCACCC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCAGATGGAGGTCATTCCTATGCATGCAAGATATTCCCCCCACCC  997

seq1  AGCCCCAATCCATGAAAGACCATTAAGGATCTCAAGAGGATGATTTATTT  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCAATCCATGAAAGACCATTAAGGATCTCAAGAGGATGATTTATTT  1047

seq1  AAAATTCCAATCATTTCAACATACCGGCAAGAGGGACTCTCTAAAAGTAG  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCCAATCATTTCAACATACCGGCAAGAGGGACTCTCTAAAAGTAG  1097

seq1  GGTTATATTTCCTTCAACATTCCCTGTACAGTAAGTTGTCATTGTCAGTC  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATATTTCCTTCAACATTCCCTGTACAGTAAGTTGTCATTGTCAGTC  1147

seq1  ATTTTATTAGCTCTTTTCAAAGATTTATGTACTTGAATTC  1178
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATTAGCTCTTTTCAAAGATTTATGTACTTGAATTC  1187

seq1: chr1_187807216_187807926
seq2: B6Ng01-332E19.g_65_775

seq1  GAATTCTTTTCCTTATGATATGTACTGTCATTGTTAAATGCTTAGTAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCCTTATGATATGTACTGTCATTGTTAAATGCTTAGTAAAA  50

seq1  GTAAGGTCATTGTGATGACATCCCTGCTATAATTTATGAATCAAGAATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGTCATTGTGATGACATCCCTGCTATAATTTATGAATCAAGAATCA  100

seq1  CTGTGTGATATATACACATAGATATGCATATATATCACATTAGGACCATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGATATATACACATAGATATGCATATATATCACATTAGGACCATT  150

seq1  AAATTTTATAGTTTTTATTTGTCATGTGTCCTCATTACAGGAAATGCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTATAGTTTTTATTTGTCATGTGTCCTCATTACAGGAAATGCCAC  200

seq1  AAGTGCTTTAAAATATCTGGCAGTTCCTCAGAAAATGGACATAGTACTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTTTAAAATATCTGGCAGTTCCTCAGAAAATGGACATAGTACTAC  250

seq1  CTGAGGACCCAGCTATATCACTCCTGGGCATATACCTAAAAGGTGCTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGACCCAGCTATATCACTCCTGGGCATATACCTAAAAGGTGCTCCA  300

seq1  ACACATAAGTAGGACACATGTTCCACTATGTTCATAGCAGCTTTATTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATAAGTAGGACACATGTTCCACTATGTTCATAGCAGCTTTATTTAT  350

seq1  AATGGTCAGAAGCTGGAAAGATCCCAGATGTCCTTCATCAGAGAAATGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTCAGAAGCTGGAAAGATCCCAGATGTCCTTCATCAGAGAAATGCA  400

seq1  TTCAGAAAGTGTACATTTACACAATGGAGTACTACTCAGCTATTACAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAAGTGTACATTTACACAATGGAGTACTACTCAGCTATTACAATG  450

seq1  ACTTCATGAAATTCTTAGGCAAATGGATGGAACTAGAAAATATCATCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCATGAAATTCTTAGGCAAATGGATGGAACTAGAAAATATCATCCTG  500

seq1  AGTGAGGTAACCCACTCACAAAAGAACACACATAGTATGAATTGACTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGGTAACCCACTCACAAAAGAACACACATAGTATGAATTGACTTAA  550

seq1  AAATGCATATTAGCTCAAAAGTTTGGAATACCTAAGATGCAATTCACAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCATATTAGCTCAAAAGTTTGGAATACCTAAGATGCAATTCACAAA  600

seq1  CCACATGAAACTCAAGAAGAAGGAAGACTAAAATGTGGTTTCTTAGGTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGAAACTCAAGAAGAAGGAAGACTAAAATGTGGTTTCTTAGGTCC  650

seq1  TTCTTAGAAGGGGGAACAAAATACTAATGGGAGGGAATATGGAGACAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAGAAGGGGGAACAAAATACTAATGGGAGGGAATATGGAGACAAAG  700

seq1  TATGGAGCAGA  711
      |||||||||||
seq2  TATGGAGCAGA  711