BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-332P24
Chromosome1 (Build37)
Map Location 36,538,556 - 36,704,149
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCnnm4, Cnnm3, Ankrd23, Ankrd39, Sema4c, 1700024G10Rik, BC050210, EG623414
Upstream geneLOC100041544, LOC666283, LOC100041091, EG666290, Hs6st1, Ugcgl1, LOC100041123, Lincr, Arid5a, 4632411B12Rik, 4930533C12Rik, Lman2l
Downstream geneCox5b, Actr1b, 4933424G06Rik, Zap70, Tmem131, EG241053, A230074B11Rik, 4921511C04Rik, Cnga3, Inpp4a, 6330578E17Rik, Unc50, Mgat4a, 2010300C02Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-332P24.bB6Ng01-332P24.g
ACCGA118938GA118939
length6821,094
definitionB6Ng01-332P24.b B6Ng01-332P24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,703,468 - 36,704,149)(36,538,556 - 36,539,649)
sequence
gaattccaggccagccaagctgcagtgaggctgtgtctcaaacaaaaaac
aaaactaaacacacaaaaacagaacaaagaactcagataacaaacagact
ttgtctcaaacaaggtagccagtaagaaccaacatctactcttgtcctct
gacccctagatgaacacacaagcgcactatcacatatgtcatacagaata
cacacagaaacatttacatttttaaaatttgtattacatttatttatttg
gagtggggtgtgcatgtgccacagctgaggtcagaagacatttgtaggag
ttggttctctccttccaccatatgggtctcagggattgaactcaggtcgt
caagtctgatgataaataccttagcccactgagccatcttgctggcccaa
aattttaaaaaatgcttttgaaaactcagtagtaagaataattttgctgc
ctttgacctttctactgagtgcacacaggattgtggaagcatgacttaaa
ggtcagagaattccacacaaaaagggagctacatgtgtggctgcttacat
cagaaggtgtttgtgactgaaattgtggctcattttctgggcacatggca
ttctccagtggagaaaccattctctgagaaaggctctctgacagcagcca
ctttgaggtggtggttttgatgtaggatcatt
gaattcatttcaggatagggaggaagaggcctggaccagcggagactcaa
aggggacaaggacatgacaagagcctacagacatacatggtgggggtgca
gacagacagtgagaaacagagacacagagagatttgtttgtttatctatt
aggatgagagtcttataacccagagtgatctagagctcactgtataaaac
agacaaattacagcaatcttcctgcctcagggagctgtctgattgctgca
atcataggcatgaaccaccgtgcctggcccaaaatgtttatctcatggtg
atacacaactgtgtcccaaaaacactctgggaggcagagacaagaggatg
gagagttgaaggttaacttggcctctacagcgaccctgtcttgaaaaatc
agacgagcaaacagaaacagaatgccttagaagtgtctaagcaagatggg
tgagggaacatgcaagtgctgctgcctgggaactatggcataagcaggtg
gtggcttccagcccagaggggctgccaagatggccacggcccctttgggc
aaaggtacttgctgctaagcatggtgacctgagtttagtccacatgatgg
aaggagagaactggcttcctcagtttgtcttctgacctccaaaaggaaac
ttgtacaatcacacccccaaataagtgaagaaacatagcttaagataata
ataaataaaataaaagagggggcaagctgagagcttaaagaaggaaatgt
ccgaatactgactcttgtgggatccgtatctaatgcttagccagtgctga
ggtgctgaggctcagcaggctgagtcctctcgctctagctgatgctccag
gagctgcactgctgagcactgggtggggccactttgagttatcaatttag
agatcgtggtgggaccgttatcctagctactagacagactgaaggcagga
ggattgcaagttcaaggcctgcctgggcttttggcacgtgttgagctcag
agggtcacttcaggagaagtttccccacttcacctcgggcattccaggga
actgactcagggttctcacactcacagttcaatgcctctagttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_36703468_36704149
seq2: B6Ng01-332P24.b_50_731 (reverse)

seq1  AATGATCCTACATCAAAACCACCACCTCAAAGTGGCTGCTGTCAGAGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATCCTACATCAAAACCACCACCTCAAAGTGGCTGCTGTCAGAGAGC  50

seq1  CTTTCTCAGAGAATGGTTTCTCCACTGGAGAATGCCATGTGCCCAGAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCAGAGAATGGTTTCTCCACTGGAGAATGCCATGTGCCCAGAAAA  100

seq1  TGAGCCACAATTTCAGTCACAAACACCTTCTGATGTAAGCAGCCACACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCACAATTTCAGTCACAAACACCTTCTGATGTAAGCAGCCACACAT  150

seq1  GTAGCTCCCTTTTTGTGTGGAATTCTCTGACCTTTAAGTCATGCTTCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTCCCTTTTTGTGTGGAATTCTCTGACCTTTAAGTCATGCTTCCAC  200

seq1  AATCCTGTGTGCACTCAGTAGAAAGGTCAAAGGCAGCAAAATTATTCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTGTGTGCACTCAGTAGAAAGGTCAAAGGCAGCAAAATTATTCTTA  250

seq1  CTACTGAGTTTTCAAAAGCATTTTTTAAAATTTTGGGCCAGCAAGATGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGAGTTTTCAAAAGCATTTTTTAAAATTTTGGGCCAGCAAGATGGC  300

seq1  TCAGTGGGCTAAGGTATTTATCATCAGACTTGACGACCTGAGTTCAATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGGCTAAGGTATTTATCATCAGACTTGACGACCTGAGTTCAATCC  350

seq1  CTGAGACCCATATGGTGGAAGGAGAGAACCAACTCCTACAAATGTCTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGACCCATATGGTGGAAGGAGAGAACCAACTCCTACAAATGTCTTCT  400

seq1  GACCTCAGCTGTGGCACATGCACACCCCACTCCAAATAAATAAATGTAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCAGCTGTGGCACATGCACACCCCACTCCAAATAAATAAATGTAAT  450

seq1  ACAAATTTTAAAAATGTAAATGTTTCTGTGTGTATTCTGTATGACATATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTTTAAAAATGTAAATGTTTCTGTGTGTATTCTGTATGACATATG  500

seq1  TGATAGTGCGCTTGTGTGTTCATCTAGGGGTCAGAGGACAAGAGTAGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGTGCGCTTGTGTGTTCATCTAGGGGTCAGAGGACAAGAGTAGATG  550

seq1  TTGGTTCTTACTGGCTACCTTGTTTGAGACAAAGTCTGTTTGTTATCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTCTTACTGGCTACCTTGTTTGAGACAAAGTCTGTTTGTTATCTGA  600

seq1  GTTCTTTGTTCTGTTTTTGTGTGTTTAGTTTTGTTTTTTGTTTGAGACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTGTTCTGTTTTTGTGTGTTTAGTTTTGTTTTTTGTTTGAGACAC  650

seq1  AGCCTCACTGCAGCTTGGCTGGCCTGGAATTC  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCACTGCAGCTTGGCTGGCCTGGAATTC  682

seq1: chr1_36538556_36539649
seq2: B6Ng01-332P24.g_69_1162

seq1  GAATTCATTTCAGGATAGGGAGGAAGAGGCCTGGACCAGCGGAGACTCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTCAGGATAGGGAGGAAGAGGCCTGGACCAGCGGAGACTCAA  50

seq1  AGGGGACAAGGACATGACAAGAGCCTACAGACATACATGGTGGGGGTGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGACAAGGACATGACAAGAGCCTACAGACATACATGGTGGGGGTGCA  100

seq1  GACAGACAGTGAGAAACAGAGACACAGAGAGATTTGTTTGTTTATCTATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACAGTGAGAAACAGAGACACAGAGAGATTTGTTTGTTTATCTATT  150

seq1  AGGATGAGAGTCTTATAACCCAGAGTGATCTAGAGCTCACTGTATAAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGAGAGTCTTATAACCCAGAGTGATCTAGAGCTCACTGTATAAAAC  200

seq1  AGACAAATTACAGCAATCTTCCTGCCTCAGGGAGCTGTCTGATTGCTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAATTACAGCAATCTTCCTGCCTCAGGGAGCTGTCTGATTGCTGCA  250

seq1  ATCATAGGCATGAACCACCGTGCCTGGCCCAAAATGTTTATCTCATGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAGGCATGAACCACCGTGCCTGGCCCAAAATGTTTATCTCATGGTG  300

seq1  ATACACAACTGTGTCCCAAAAACACTCTGGGAGGCAGAGACAAGAGGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACAACTGTGTCCCAAAAACACTCTGGGAGGCAGAGACAAGAGGATG  350

seq1  GAGAGTTGAAGGTTAACTTGGCCTCTACAGCGACCCTGTCTTGAAAAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTTGAAGGTTAACTTGGCCTCTACAGCGACCCTGTCTTGAAAAATC  400

seq1  AGACGAGCAAACAGAAACAGAATGCCTTAGAAGTGTCTAAGCAAGATGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGAGCAAACAGAAACAGAATGCCTTAGAAGTGTCTAAGCAAGATGGG  450

seq1  TGAGGGAACATGCAAGTGCTGCTGCCTGGGAACTATGGCATAAGCAGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGAACATGCAAGTGCTGCTGCCTGGGAACTATGGCATAAGCAGGTG  500

seq1  GTGGCTTCCAGCCCAGAGGGGCTGCCAAGATGGCCACGGCCCCTTTGGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTTCCAGCCCAGAGGGGCTGCCAAGATGGCCACGGCCCCTTTGGGC  550

seq1  AAAGGTACTTGCTGCTAAGCATGGTGACCTGAGTTTAGTCCACATGATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTACTTGCTGCTAAGCATGGTGACCTGAGTTTAGTCCACATGATGG  600

seq1  AAGGAGAGAACTGGCTTCCTCAGTTTGTCTTCTGACCTCCAAAAGGAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAGAACTGGCTTCCTCAGTTTGTCTTCTGACCTCCAAAAGGAAAC  650

seq1  TTGTACAATCACACCCCCAAATAAGTGAAGAAACATAGCTTAAGATAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACAATCACACCCCCAAATAAGTGAAGAAACATAGCTTAAGATAATA  700

seq1  ATAAATAAAATAAAAGAGGGGGCAAGCTGAGAGCTTAAAGAAGGAAATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAAATAAAAGAGGGGGCAAGCTGAGAGCTTAAAGAAGGAAATGT  750

seq1  CCGAATACTGACTCTTGTGGGATCCGTATCTAATGCTTAGCCAGTGCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAATACTGACTCTTGTGGGATCCGTATCTAATGCTTAGCCAGTGCTGA  800

seq1  GGTGCTGAGGCTCAGCAGGCTGAGTCCTCTCGCTCTAGCTGATGCTCCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTGAGGCTCAGCAGGCTGAGTCCTCTCGCTCTAGCTGATGCTCCAG  850

seq1  GAGCTGCACTGCTGAGCACTGGGTGGGGCCAC-TTGAGTTATCAATTTAG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAGCTGCACTGCTGAGCACTGGGTGGGGCCACTTTGAGTTATCAATTTAG  900

seq1  AGATCGTGGTGGGACCGTTATCCTAGCTACTAGACAGACTG-AGGCAGGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGATCGTGGTGGGACCGTTATCCTAGCTACTAGACAGACTGAAGGCAGGA  950

seq1  GGATTGCAAGTTCAAGGCCTGCCTGGGCTTTTGGCACGTGTTGAGCTCAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGCAAGTTCAAGGCCTGCCTGGGCTTTTGGCACGTGTTGAGCTCAG  1000

seq1  AGGGTCACTTTCAGGAGGAAGTTT-CCCACTTCACCTCGGGCA-TCCAGG  1046
      |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGGGTCAC-TTCAGGA-GAAGTTTCCCCACTTCACCTCGGGCATTCCAGG  1048

seq1  G-ACTGAACTCAGGTCTC-CACACTCACAAGTTCAAATGCCCTCTAGTTG  1094
      | |||| |||||||  || ||||||||| ||||| |||| ||||||||||
seq2  GAACTG-ACTCAGGGTTCTCACACTCAC-AGTTC-AATG-CCTCTAGTTG  1094