BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333G01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 124,023,856 - 124,132,064
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666971
Upstream geneInsig2, Ccdc93, LOC100041926, Htr5b, LOC666656, Ddx18
Downstream geneLOC666983
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333G01.bB6Ng01-333G01.g
ACCGA119208GA119209
length1,2491,071
definitionB6Ng01-333G01.b B6Ng01-333G01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,023,856 - 124,025,042)(124,130,986 - 124,132,064)
sequence
gaattctcaactgaggaatatcaaatggctgagaagcacctaaagaaaag
ttcaacttccttagtcatcagggaaatgcaaatcaaaatgaccccagacc
aaaatgaccagtcagactggctaagatctttggagattttgtacatgtat
acaatgtccttagaacatattcacccctcacacacccccctcacaatttc
attcccacttattcctattattttaataacttagctaaaaacagttgtgt
tgcctatatgcccagtggtgtagggccattcactgagcgcacatttaacc
tactagggatcatgttctcccttaaaactaacttcctttccttcagcaga
taccagttgcagatagctcctcagctagtggctgggcctcagtacccatc
ccccactttagccctgctggaatatcgctggcttcaccttgtatcggtcc
tgtgcagatcaccagaacctctgtaatcgttttctttgacttcttgctcc
ttttacttaacaggatgctgttgagactgtccacatagatacacatcgtt
gaggttatttcttctcattgctgtagggtacctcaccacccatacaatta
tttacactctgttcagctgcctataaaaaaggtaattgctttctagcact
gtgtttcctcttcatcagaagctgtaccagatgtcttatagcagaatgct
tagctgtattgaacaaagctaacgttttaaatcactggctacattttttt
ttctgtaaaagtgaatgacagtgctcctttttattatgtccttgggcaaa
cttttaatttttgcctaagtagataaatgtaaaatcatatttttaaacta
acatttcccttatgaataatgagtagtccatttaagcttatatctttatt
caaatgttcttttctattaaaatcattgctcatatctgtctattttaatt
agatcaattttattaattcatagaatttgcataatacttagacattagct
tcttcttaattatgtgctcaaaatatctactcctttgttgtggtctttat
atatacacacttgggcatctttaaattatcttttacattatgtgtttcta
ttggttacctgtggtgtgtaacaatatgttgtatagaaatcggaagaaca
gcttgacaagatcaatttattcttcattctgttgcctgatcaatcgttat
atgcttggcacaggatcttaacctctgagacatctgccgtggctcttag

gaattcagggcctacagtatttataagagatcactcccttaaaatataat
acttaggtggaagtcattaacctcaacacctggatatgagagccatgtta
tgtaattctcttgcagtttgcagctgaaaacgtatttggattcattttta
caaaattgagctgaacagcataggcatagataggtcctttagaatatttt
taaattctaattaattggcattggtcttcatgattaaacatgttctttgg
tctccctcctacccctatttttctcccttctccctacaggtcccttttct
acatttaccccaactaaaaccagtgggtcacaaaagcaatattaggatat
ttatgtttttatcaatgtttaatattgatagtgctaatactagccctgac
agtgtgtcaacatgtctagaaaatggtcttattttaaaggaaattatcat
gtagcttgagactgtatggaaattagacactaaaacttcaaatcataaga
gattgaatcaaagaaaactggaaacttgagtaaacactgtgtttgtagca
gagtgaaatcttttgatttgcaagagaggaaaaagagagaaggtggatag
aaagcatttacaggcattgaattaacagctgaaaaagaaataatgacgga
gaagtaaaagttaatgaggtgagggaaattggactttattgattaacaaa
ctaactaagcaggtaactaaccatgaatctatttggaatcaagaacctaa
ataggtttccaaggagtagtcatcaataatgtcatcaataatgtgaattt
attaaaatgaaagggaatccagttcataaacattcggcctcaccctacaa
aattatggagagcactgactccctcaagctgtcctctgacattggaccat
gcattgtgacatgtgtgtatgcacatatacacacacacaccaccaccacc
acacgaccaccaccaccaccaccacactataaaatatgattttagagacc
aaatgaaaccctagaaaaaatataataaaatgaaatctcagtggaaagtc
agggccaagaagtgggagtag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_124023856_124025042
seq2: B6Ng01-333G01.b_128_1296

seq1  AATCAAAATGACCCCAGACCAAAATGACCAGTCAGACTGGCTAAGATCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAAATGACCCCAGACCAAAATGACCAGTCAGACTGGCTAAGATCTT  50

seq1  TGGAGATTTTGTACATGTATACAATGTCCTTAGAACATATTCACCCCTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGATTTTGTACATGTATACAATGTCCTTAGAACATATTCACCCCTCA  100

seq1  CACACCCCCCTCACAATTTCATTCCCACTTATTCCTATTATTTTAATAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCCCCTCACAATTTCATTCCCACTTATTCCTATTATTTTAATAAC  150

seq1  TTAGCTAAAAACAGTTGTGTTGCCTATATGCCCAGTGGTGTAGGGCCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTAAAAACAGTTGTGTTGCCTATATGCCCAGTGGTGTAGGGCCATT  200

seq1  CACTGAGCGCACATTTAACCTACTAGGGATCATGTTCTCCCTTAAAACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGCGCACATTTAACCTACTAGGGATCATGTTCTCCCTTAAAACTA  250

seq1  ACTTCCTTTCCTTCAGCAGATACCAGTTGCAGATAGCTCCTCAGCTAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTTTCCTTCAGCAGATACCAGTTGCAGATAGCTCCTCAGCTAGTG  300

seq1  GCTGGGCCTCAGTACCCATCCCCCACTTTAGCCCTGCTGGAATATCGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGCCTCAGTACCCATCCCCCACTTTAGCCCTGCTGGAATATCGCTG  350

seq1  GCTTCACCTTGTATCGGTCCTGTGCAGATCACCAGAACCTCTGTAATCGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCACCTTGTATCGGTCCTGTGCAGATCACCAGAACCTCTGTAATCGT  400

seq1  TTTCTTTGACTTCTTGCTCCTTTTACTTAACAGGATGCTGTTGAGACTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGACTTCTTGCTCCTTTTACTTAACAGGATGCTGTTGAGACTGT  450

seq1  CCACATAGATACACATCGTTGAGGTTATTTCTTCTCATTGCTGTAGGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATAGATACACATCGTTGAGGTTATTTCTTCTCATTGCTGTAGGGTA  500

seq1  CCTCACCACCCATACAATTATTTACACTCTGTTCAGCTGCCTATAAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACCACCCATACAATTATTTACACTCTGTTCAGCTGCCTATAAAAAA  550

seq1  GGTAATTGCTTTCTAGCACTGTGTTTCCTCTTCATCAGAAGCTGTACCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATTGCTTTCTAGCACTGTGTTTCCTCTTCATCAGAAGCTGTACCAG  600

seq1  ATGTCTTATAGCAGAATGCTTAGCTGTATTGAACAAAGCTAACGTTTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTATAGCAGAATGCTTAGCTGTATTGAACAAAGCTAACGTTTTAA  650

seq1  ATCACTGGCTACATTTTTTTTTCTGTAAAAGTGAATGACAGTGCTCCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGGCTACATTTTTTTTTCTGTAAAAGTGAATGACAGTGCTCCTTT  700

seq1  TTATTATGTCCTTGGGCAAACTTTTAATTTTTGCCTAAGTAGATAAATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATGTCCTTGGGCAAACTTTTAATTTTTGCCTAAGTAGATAAATGT  750

seq1  AAAATCATATTTTTAAACTAACATTTCCCTTATGAATAATGAGTAGTCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCATATTTTTAAACTAACATTTCCCTTATGAATAATGAGTAGTCCA  800

seq1  TTTAAGCTTATATCTTTATTCAAATGTTCTTTTCTATTAAAATCATTGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGCTTATATCTTTATTCAAATGTTCTTTTCTATTAAAATCATTGCT  850

seq1  CATATCTGTCTATTTTAATTAGATCAATTTTATTAATTCATAGAATTTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTGTCTATTTTAATTAGATCAATTTTATTAATTCATAGAATTTGC  900

seq1  ATAATACTTAGACATTAGCTTCTTCTTAATTTATGTGCTCAAAATATCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATAATACTTAGACATTAGCTTCTTCTTAA-TTATGTGCTCAAAATATCTA  949

seq1  CT-CTTTGTTGTGGTTCCTTTATATATACACACTTGGGCATCTTTTAAAA  999
      || ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  |||
seq2  CTCCTTTGTTGTGGT--CTTTATATATACACACTTGGGCATCTTT--AAA  995

seq1  TTTAATCTTTTACATTTATGTGTTTCTATTGTGTACCTGT-GTGTGTAAC  1048
      ||  |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||
seq2  TT--ATCTTTTACA-TTATGTGTTTCTATTGGTTACCTGTGGTGTGTAAC  1042

seq1  AATATG-TGTATAGAAATCAGAAG-ACAGCTTG-CAAGAATCAATTATAT  1095
      |||||| |||||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||| |||
seq2  AATATGTTGTATAGAAATCGGAAGAACAGCTTGACAAG-ATCAATT-TAT  1090

seq1  TCTTCCATCCTGTTGGTCCTGGGTATCAAAATCAGTTTATCATGCTTGGC  1145
      |||| ||| ||||||  ||||   |||  ||||   |||| |||||||||
seq2  TCTT-CATTCTGTTG--CCTG---ATC--AATC--GTTAT-ATGCTTGGC  1129

seq1  AGCAAGTATCTTTACCCTCTGAGCTATCTTGC-TGGCTCTTAG  1187
      |   || ||| ||| ||||||||  ||||  | ||||||||||
seq2  A--CAGGATC-TTAACCTCTGAGACATCTGCCGTGGCTCTTAG  1169


seq1: chr1_124130986_124132064
seq2: B6Ng01-333G01.g_65_1135 (reverse)

seq1  CTACTCCCACTTCTTGGCCCTGACTTTCCACTGAGAATTTCATTTTATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTACTCCCACTTCTTGGCCCTGACTTTCCACTGAG-ATTTCATTTTATTA  49

seq1  TATTTTTTTCTAGGGTTTTCATTTGGTTCTCTAAAATCATTAATTTTATA  100
      || |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||||
seq2  TA-TTTTTTCTAGGG-TTTCATTTGG-TCTCTAAAATCAT--ATTTTATA  94

seq1  GTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTCGTGGTGGTGGTGGTGGTGTGTGTGTG  150
      || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GT-GTGGTGGTGGTGGTGGTGGTCGT-GTGGTGGTGGTGGTGTGTGTGTG  142

seq1  TATATGTGCATACACACATGTCACAATGCATGGTCCAATGTCAGAGGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTGCATACACACATGTCACAATGCATGGTCCAATGTCAGAGGACA  192

seq1  GCTTGAGGGAGTCAGTGCTCTCCATAATTTTGTAGGGTGAGGCCGAATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAGGGAGTCAGTGCTCTCCATAATTTTGTAGGGTGAGGCCGAATGT  242

seq1  TTATGAACTGGATTCCCTTTCATTTTAATAAATTCACATTATTGATGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAACTGGATTCCCTTTCATTTTAATAAATTCACATTATTGATGACA  292

seq1  TTATTGATGACTACTCCTTGGAAACCTATTTAGGTTCTTGATTCCAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGATGACTACTCCTTGGAAACCTATTTAGGTTCTTGATTCCAAATA  342

seq1  GATTCATGGTTAGTTACCTGCTTAGTTAGTTTGTTAATCAATAAAGTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCATGGTTAGTTACCTGCTTAGTTAGTTTGTTAATCAATAAAGTCCA  392

seq1  ATTTCCCTCACCTCATTAACTTTTACTTCTCCGTCATTATTTCTTTTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCCTCACCTCATTAACTTTTACTTCTCCGTCATTATTTCTTTTTCA  442

seq1  GCTGTTAATTCAATGCCTGTAAATGCTTTCTATCCACCTTCTCTCTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTAATTCAATGCCTGTAAATGCTTTCTATCCACCTTCTCTCTTTTT  492

seq1  CCTCTCTTGCAAATCAAAAGATTTCACTCTGCTACAAACACAGTGTTTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTTGCAAATCAAAAGATTTCACTCTGCTACAAACACAGTGTTTAC  542

seq1  TCAAGTTTCCAGTTTTCTTTGATTCAATCTCTTATGATTTGAAGTTTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTTTCCAGTTTTCTTTGATTCAATCTCTTATGATTTGAAGTTTTAG  592

seq1  TGTCTAATTTCCATACAGTCTCAAGCTACATGATAATTTCCTTTAAAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAATTTCCATACAGTCTCAAGCTACATGATAATTTCCTTTAAAATA  642

seq1  AGACCATTTTCTAGACATGTTGACACACTGTCAGGGCTAGTATTAGCACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCATTTTCTAGACATGTTGACACACTGTCAGGGCTAGTATTAGCACT  692

seq1  ATCAATATTAAACATTGATAAAAACATAAATATCCTAATATTGCTTTTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATATTAAACATTGATAAAAACATAAATATCCTAATATTGCTTTTGT  742

seq1  GACCCACTGGTTTTAGTTGGGGTAAATGTAGAAAAGGGACCTGTAGGGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCACTGGTTTTAGTTGGGGTAAATGTAGAAAAGGGACCTGTAGGGAG  792

seq1  AAGGGAGAAAAATAGGGGTAGGAGGGAGACCAAAGAACATGTTTAATCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAGAAAAATAGGGGTAGGAGGGAGACCAAAGAACATGTTTAATCAT  842

seq1  GAAGACCAATGCCAATTAATTAGAATTTAAAAATATTCTAAAGGACCTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACCAATGCCAATTAATTAGAATTTAAAAATATTCTAAAGGACCTAT  892

seq1  CTATGCCTATGCTGTTCAGCTCAATTTTGTAAAAATGAATCCAAATACGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCCTATGCTGTTCAGCTCAATTTTGTAAAAATGAATCCAAATACGT  942

seq1  TTTCAGCTGCAAACTGCAAGAGAATTACATAACATGGCTCTCATATCCAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCTGCAAACTGCAAGAGAATTACATAACATGGCTCTCATATCCAG  992

seq1  GTGTTGAGGTTAATGACTTCCACCTAAGTATTATATTTTAAGGGAGTGAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGAGGTTAATGACTTCCACCTAAGTATTATATTTTAAGGGAGTGAT  1042

seq1  CTCTTATAAATACTGTAGGCCCTGAATTC  1079
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTATAAATACTGTAGGCCCTGAATTC  1071


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |