BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334F10
Chromosome1 (Build37)
Map Location 116,423,671 - 116,575,614
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC227506
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334F10.bB6Ng01-334F10.g
ACCGA119865GA119866
length1,1811,204
definitionB6Ng01-334F10.b B6Ng01-334F10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,423,671 - 116,424,852)(116,574,402 - 116,575,614)
sequence
gaattctgctccatctcacacagccttgctatcttaacatctgaccttac
cacagaagaacactctggaacataagaacatggacagaaaccatgaacta
agtaaaactttccacattttcaggttttctttcaggtgactgcaacagca
ggtctcagcaacacataatctaaagatagcaatgtctaattctgagcaat
acatataatccagagataatattggctacttcatagttgttccctcttat
cttcatggcacattctttaaaccacatatattgccaaaatgagtgcatac
aatgtttgtttctgtatttacatatgtttcatttctaaattaggtaatac
taagcacaaacaaccactcccaacatatttttaaagtactatcctatgat
acaaaataaaatttatgtgaatatggcctggagtttttgtctcaaaataa
tgtgtttctacatatgtgcatccatgtacttgtgtgtataacatgtgtgt
gtaaggtatgcatttatgctttgtagggttgttcaagtctctgcatacat
gtgcccaggtcagaggagaacattggcttttctgctgtgtcaaccttagc
cttattcatttgagacaggatttgtctctgagtttggagctaggctagca
gccagaaagaactagttatcttcttgtctcagctttcaaaggaactctgg
aactacaggttcatatacagctatgcatagcctattaaatgggtggtagg
ttccaatcttgacgctaggaacttgtgtaacaaatacttttacccactgt
accctctctcaaaacatcttattgtgctttacagaccacagttgcatttg
taaacaaatcatggaaaattaccctgtacatgtaagtcacctaaacacga
aaggctgtattgatcagaaaggatgaactctgaagcatggtcagcaccgt
gtgtatatcctaactacttgcttcatcattgtgtctgcctatgtctggtg
aatgcatcacaatttacaacatgaagtcaaccaggaagccctgtatctcc
tatctccttcccaccaggtactatggtgtatgcccagtacagtggccacc
caacacctttaccttcttctaggatcggaacttcagatcctcatgtttgt
aacccaggatctccagggctcttgggtagtt

gaattccataggttctaagacagaaagttgcatgttagggaaaaatttta
tcttctcttccaatgtttaaagaaggcatttttcttttcttaataaaaat
tgatggttctaccagcctaagcactctgatgactctttctgcttgtctac
ttgactgttagcgggatgaaccacaatccataaatggagggcatacctct
gagagatttgtttgtgtgattgattgattgattgatttgaagtgggtgaa
ttcacttttaggcaggaagacaaatgctagatatgtagcttgaggcaaga
aaatatacctttaatctggaatagtttctgctgtaaacctatatacaagg
gaagagcagaaggaagatttggcctttgccttcttgccctcagtttgcca
gcatgtccattttttcactggcactagagcctacttcttcaagattccag
caaatacagagactaagacatggaagcttgtgaattgagcaatgactgta
ctcttgactaatacaaacacaaatatatagagatggggtttattgaagtt
ttataataattacttttaggattgaaatttataagaaatagcttccttaa
caggcaacagttagatgtactaactgatgcatacaggtttaatattatga
tcatcgcttttcctgattgcacaaatgaaagagatgctgaatgttttgcc
tttcagttgatggcttggaatctgcattggaattttaaccagaaactcag
ggttaaagtggctgccagttaagcaggatagtgaaaaagcagttgtttcc
atattagttggatgaacttctgcctattgtttctgatggtagaagcatgc
taatagccaggaaggcaccttccctgaaactgctggagaagtactgataa
gttgtgcttagttaggcagtgataccacatttgcatatcttatctcctgt
gaggcaaaggtagttagtcccttatctggtactttctggccactgaatta
taaattctttccagagaatccatgacaagtttgttggataaaccgactgt
tagttacaatgctactaatgatattggaatataatttttcttctgcaata
tgtaactcttgtccaaaaatatacttctgttcaaacattaaaaaatccag
gttagcacatggctatttctgctggaaaaggtgtcccccacccctgtgca
tgcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_116423671_116424852
seq2: B6Ng01-334F10.b_49_1229

seq1  GAATTCTGCTCCATCTCACACAGCCTTGCTATCTTAACATCTGACCTTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCTCCATCTCACACAGCCTTGCTATCTTAACATCTGACCTTAC  50

seq1  CACAGAAGAACACTCTGGAACATAAGAACATGGACAGAAACCATGAACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAGAACACTCTGGAACATAAGAACATGGACAGAAACCATGAACTA  100

seq1  AGTAAAACTTTCCACATTTTCAGGTTTTCTTTCAGGTGACTGCAACAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAACTTTCCACATTTTCAGGTTTTCTTTCAGGTGACTGCAACAGCA  150

seq1  GGTCTCAGCAACACATAATCTAAAGATAGCAATGTCTAATTCTGAGCAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCAGCAACACATAATCTAAAGATAGCAATGTCTAATTCTGAGCAAT  200

seq1  ACATATAATCCAGAGATAATATTGGCTACTTCATAGTTGTTCCCTCTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATAATCCAGAGATAATATTGGCTACTTCATAGTTGTTCCCTCTTAT  250

seq1  CTTCATGGCACATTCTTTAAACCACATATATTGCCAAAATGAGTGCATAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGGCACATTCTTTAAACCACATATATTGCCAAAATGAGTGCATAC  300

seq1  AATGTTTGTTTCTGTATTTACATATGTTTCATTTCTAAATTAGGTAATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTGTTTCTGTATTTACATATGTTTCATTTCTAAATTAGGTAATAC  350

seq1  TAAGCACAAACAACCACTCCCAACATATTTTTAAAGTACTATCCTATGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCACAAACAACCACTCCCAACATATTTTTAAAGTACTATCCTATGAT  400

seq1  ACAAAATAAAATTTATGTGAATATGGCCTGGAGTTTTTGTCTCAAAATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATAAAATTTATGTGAATATGGCCTGGAGTTTTTGTCTCAAAATAA  450

seq1  TGTGTTTCTACATATGTGCATCCATGTACTTGTGTGTATAACATGTGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTCTACATATGTGCATCCATGTACTTGTGTGTATAACATGTGTGT  500

seq1  GTAAGGTATGCATTTATGCTTTGTAGGGTTGTTCAAGTCTCTGCATACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGTATGCATTTATGCTTTGTAGGGTTGTTCAAGTCTCTGCATACAT  550

seq1  GTGCCCAGGTCAGAGGAGAACATTGGCTTTTCTGCTGTGTCAACCTTAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCAGGTCAGAGGAGAACATTGGCTTTTCTGCTGTGTCAACCTTAGC  600

seq1  CTTATTCATTTGAGACAGGATTTGTCTCTGAGTTTGGAGCTAGGCTAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTCATTTGAGACAGGATTTGTCTCTGAGTTTGGAGCTAGGCTAGCA  650

seq1  GCCAGAAAGAACTAGTTATCTTCTTGTCTCAGCTTTCAAAGGAACTCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAAAGAACTAGTTATCTTCTTGTCTCAGCTTTCAAAGGAACTCTGG  700

seq1  AACTACAGGTTCATATACAGCTATGCATAGCCTATTAAATGGGTGGTAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACAGGTTCATATACAGCTATGCATAGCCTATTAAATGGGTGGTAGG  750

seq1  TTCCAATCTTGACGCTAGGAACTTGTGTAACAAATACTTTTACCCACTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAATCTTGACGCTAGGAACTTGTGTAACAAATACTTTTACCCACTGT  800

seq1  ACCCTCTCTCAAAACATCTTATTGTGCTTTACAGACCACAGTTGCATTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCTCTCAAAACATCTTATTGTGCTTTACAGACCACAGTTGCATTTG  850

seq1  TAAACAAATCATGGAAAATTACCCTGTACATGTAAGTCACCTAAACACG-  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TAAACAAATCATGGAAAATTACCCTGTACATGTAAGTCACCTAAACACGA  900

seq1  AAGGCTGTATTGATCAGAAAGGATGAACTCTGAAGCATGGTCAGCACCGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTGTATTGATCAGAAAGGATGAACTCTGAAGCATGGTCAGCACCGT  950

seq1  GTGTATATCCTAACTACTTGCTTCATCATTGTGTCTGCCTATGTCTGGTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATATCCTAACTACTTGCTTCATCATTGTGTCTGCCTATGTCTGGTG  1000

seq1  AATGCATCACAATTTACAACAATGAAGTCAACCAGGAAGCCCTGGTAATT  1049
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||  |
seq2  AATGCATCACAATTTACAAC-ATGAAGTCAACCAGGAAGCCCT-GTA--T  1046

seq1  CTCCTATCTCCTTCCCACCA-GTACTATGGTGTAATGCCCAAGTACAGTG  1098
      |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||
seq2  CTCCTATCTCCTTCCCACCAGGTACTATGGTGT-ATGCCC-AGTACAGTG  1094

seq1  G-CACCCAACA-CTTTACC-TCTTCTAGGATCAGAAC-TCAGATCCTCAT  1144
      | ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||
seq2  GCCACCCAACACCTTTACCTTCTTCTAGGATCGGAACTTCAGATCCTCAT  1144

seq1  GTTTGTAAACCCCCAGGATCT-CAAGGCTC-TGGGTAGTT  1182
      ||||||||   |||||||||| || ||||| |||||||||
seq2  GTTTGTAA---CCCAGGATCTCCAGGGCTCTTGGGTAGTT  1181


seq1: chr1_116574402_116575614
seq2: B6Ng01-334F10.g_67_1270 (reverse)

seq1  GGCAT--ACAGGGGTGGGGGGTACATTTTTTCTCAGCAGAAATTAGCATG  48
      |||||  |||||||||||||  |||  ||||| ||||||||||   ||  
seq2  GGCATGCACAGGGGTGGGGG--ACACCTTTTC-CAGCAGAAATAGCCA--  45

seq1  TGTGCTAACCT-GATTTTTTTATGGTTG-ACAGAAGTATATTTT--GAC-  93
      ||||||||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||||||  ||| 
seq2  TGTGCTAACCTGGATTTTTTAATGTTTGAACAGAAGTATATTTTTGGACA  95

seq1  AGAGTTAACATAATTTCCAAGAAGGAAAA-TATAATCCAAATATCAATTT  142
      |||||| |||||  || | ||||| |||| |||| ||| |||||||  ||
seq2  AGAGTT-ACATA--TTGC-AGAAGAAAAATTATATTCC-AATATCA--TT  138

seq1  AGTAGCATGTTACCTACCAGTCGGTTTATCCAACAAACTTGTCATGGATT  192
      ||||||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCATTGTAACTAACAGTCGGTTTATCCAACAAACTTGTCATGGATT  188

seq1  CTCTGAAAAGAATTTTATAAATCAAGTGGCCAGAAAGTACCAGATAAGGG  242
      ||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGAAAGAA-TTTATAATTC-AGTGGCCAGAAAGTACCAGATAAGGG  236

seq1  ACTAACTACCTTTGCCTCACAGGAGATAAGATATGCAAAATGTGGTATCA  292
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACTAACTACCTTTGCCTCACAGGAGATAAGATATGC-AAATGTGGTATCA  285

seq1  CCTGCCTAACTAAGCACAACTTATCAGTACTTCTCCAGCAGTTTTCAGGG  342
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  -CTGCCTAACTAAGCACAACTTATCAGTACTTCTCCAGCAG-TTTCAGGG  333

seq1  AAGGTGCCTTCCTGGCTATTAGCATGCTTCTACCATCAGAAACAATAGGC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGCCTTCCTGGCTATTAGCATGCTTCTACCATCAGAAACAATAGGC  383

seq1  AGAAGTTCATCCAACTAATATGGAAACAACTGCTTTTTCACTATCCTGCT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTTCATCCAACTAATATGGAAACAACTGCTTTTTCACTATCCTGCT  433

seq1  TAACTGGCAGCCACTTTAACCCTGAGTTTCTGGTTAAAATTCCAATGCAG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGGCAGCCACTTTAACCCTGAGTTTCTGGTTAAAATTCCAATGCAG  483

seq1  ATTCCAAGCCATCAACTGAAAGGCAAAACATTCAGCATCTCTTTCATTTG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAAGCCATCAACTGAAAGGCAAAACATTCAGCATCTCTTTCATTTG  533

seq1  TGCAATCAGGAAAAGCGATGATCATAATATTAAACCTGTATGCATCAGTT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATCAGGAAAAGCGATGATCATAATATTAAACCTGTATGCATCAGTT  583

seq1  AGTACATCTAACTGTTGCCTGTTAAGGAAGCTATTTCTTATAAATTTCAA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACATCTAACTGTTGCCTGTTAAGGAAGCTATTTCTTATAAATTTCAA  633

seq1  TCCTAAAAGTAATTATTATAAAACTTCAATAAACCCCATCTCTATATATT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAAAGTAATTATTATAAAACTTCAATAAACCCCATCTCTATATATT  683

seq1  TGTGTTTGTATTAGTCAAGAGTACAGTCATTGCTCAATTCACAAGCTTCC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTGTATTAGTCAAGAGTACAGTCATTGCTCAATTCACAAGCTTCC  733

seq1  ATGTCTTAGTCTCTGTATTTGCTGGAATCTTGAAGAAGTAGGCTCTAGTG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTAGTCTCTGTATTTGCTGGAATCTTGAAGAAGTAGGCTCTAGTG  783

seq1  CCAGTGAAAAAATGGACATGCTGGCAAACTGAGGGCAAGAAGGCAAAGGC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGAAAAAATGGACATGCTGGCAAACTGAGGGCAAGAAGGCAAAGGC  833

seq1  CAAATCTTCCTTCTGCTCTTCCCTTGTATATAGGTTTACAGCAGAAACTA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCTTCCTTCTGCTCTTCCCTTGTATATAGGTTTACAGCAGAAACTA  883

seq1  TTCCAGATTAAAGGTATATTTTCTTGCCTCAAGCTACATATCTAGCATTT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGATTAAAGGTATATTTTCTTGCCTCAAGCTACATATCTAGCATTT  933

seq1  GTCTTCCTGCCTAAAAGTGAATTCACCCACTTCAAATCAATCAATCAATC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCCTGCCTAAAAGTGAATTCACCCACTTCAAATCAATCAATCAATC  983

seq1  AATCACACAAACAAATCTCTCAGAGGTATGCCCTCCATTTATGGATTGTG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACACAAACAAATCTCTCAGAGGTATGCCCTCCATTTATGGATTGTG  1033

seq1  GTTCATCCCGCTAACAGTCAAGTAGACAAGCAGAAAGAGTCATCAGAGTG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATCCCGCTAACAGTCAAGTAGACAAGCAGAAAGAGTCATCAGAGTG  1083

seq1  CTTAGGCTGGTAGAACCATCAATTTTTATTAAGAAAAGAAAAATGCCTTC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGCTGGTAGAACCATCAATTTTTATTAAGAAAAGAAAAATGCCTTC  1133

seq1  TTTAAACATTGGAAGAGAAGATAAAATTTTTCCCTAACATGCAACTTTCT  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACATTGGAAGAGAAGATAAAATTTTTCCCTAACATGCAACTTTCT  1183

seq1  GTCTTAGAACCTATGGAATTC  1213
      |||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAGAACCTATGGAATTC  1204


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |