BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336G08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 148,587,520 - 148,689,579
singlet/doubletdoublet
Overlap geneB830045N13Rik
Upstream geneLOC383571, LOC100043240
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336G08.bB6Ng01-336G08.g
ACCGA121331GA121332
length1,1511,199
definitionB6Ng01-336G08.b B6Ng01-336G08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(148,587,520 - 148,588,679)(148,688,385 - 148,689,579)
sequence
gaattcataagaagccatgattacttttgccaaaaatgtcctaattttta
atgttatatgtaaaacccccaaaataaaagcattgtgagataaaatgtat
ctgttagtgagtggaacagaacttgctaataatacactagacacaatatt
caatgttcaacactacaaaaattcagaacaaacaaataaatagaaattgt
actcaagtcatattattcaaagacagtcttaatactaaaatgagtgttga
tcaaaattatgatagtttaaagttaatgtataattacaaaaatgtatgat
tgcatatatgtgttaatgtccaagacaatgtaatttatattcaatataaa
taaatacattttttgcttaatgttaattttcaaaattcctcaattataca
cagtacaactccttttattttcctgggtgttatttttccctgctctgtga
ctatgcttaatcaactttctgtaatagtatagcaattgtaattcttatat
tgttatttacttacttgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtccatgtgtgt
gtgtattacatgttccatgataagttaatttggaatttggcattactaag
aagtaagtgtattatatttttcaaaagtaactgtatcgataacaaaaaca
atgctataaggaagagcagcatgcgacaaattccccatggaattgataca
gagacagagagctcgatcaatggaagagaactgaaaacacagaaataaac
ccacacttatagacacttgatatttgagaaagaagccaaaattatacagt
gtgaaaaaaggaagcatcttcaacaaatggtgcttgtctaactggcagtc
tgaatgtagaagaatgaaaattgatccagatttatcactttatacaaagt
tcaagtctaagacaatcaaggacctccacataaaaccagatacactgaat
ctaatcaaagagaaagtgagaaagagccttgaacacattggcacagggga
aactttcctgacagatcaccaatgactcagatctagatcaagatgataat
ggacttcatgaaactaaaaagcttctgtatgcaagaacacagtcaataag
aacaaacagcactacagaatggaaaatatctttaaccaacttctacatat
g

gaattccctataacttagagataactgtaagtcacaatatggttctgaga
accaacgtggtcatctgttagaccagtgagtattttatccagtgagttat
ctatcttatccctttatttggattagttatgtttcttttctatgacagac
tactgcattcattttagttttaatttcagtatttttttaaatctcaccaa
gtgcattttcatttgcttgttttacttttcatgttccaatgcttgttcat
gaaataaacagactccaaattctttgagatgttggtttgcaaggctgttc
atagaagctaaagctcaaagttcttaaatgtattcttagagcaatagcac
caccaaaatttggcattctgttaagtaaggaaaaacatatatagtgtttg
gaatagtgtttgacacagtccatgcttaacacgcattggttgctaactaa
caagacagttctcagtagggagtttgcccccaaattatcaccttttatgc
aggtttgtttgtagcaatacatcaagggatactgttcatggcaatcaagg
attcctccgtctgttatacaaacaaatatgacagtgatatgctgatcatt
gcttcctgcttgccagcttattttctacaatatgttattcataaaaatct
gtacttattttttcttgtgattggtggttttaatacccactgagcaaaaa
gaactccagtagtttactactaaaaggaattgtgttacatcataatcatg
aatggttcttatgtcttagagtttaccaacatgtatatatttgtgtttgc
attgagcataatgtagcgaatacgtcttttgtgtgtgtctctctctgtga
ggtatgtatatgatgtacaagtatgcaaacaatttacatcttaacttgga
tagactttccttatatttgttctgttttcattttttgattcatttagagc
taacattcctatttctatgaactaattttactgcagtttattctaaggtg
ttaccttagattgataccactttgtttcctttgagaaacctacaagaagc
ctgcctgctttttatattagacaataaccagctgaccttcatcttcccca
gttccttttgttgcctgtttgtttcctgcctgtctgaagtggtcttctag
attgggaaggaggaattttttttaattccaatgccattggatttttgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_148587520_148588679
seq2: B6Ng01-336G08.b_46_1196

seq1  GAATTCATAAGAAGCCATGATTACTTTTGCCAAAAATGTCCTAATTTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAAGAAGCCATGATTACTTTTGCCAAAAATGTCCTAATTTTTA  50

seq1  ATGTTATATGTAAAACCCCCAAAATAAAAGCATTGTGAGATAAAATGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATATGTAAAACCCCCAAAATAAAAGCATTGTGAGATAAAATGTAT  100

seq1  CTGTTAGTGAGTGGAACAGAACTTGCTAATAATACACTAGACACAATATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAGTGAGTGGAACAGAACTTGCTAATAATACACTAGACACAATATT  150

seq1  CAATGTTCAACACTACAAAAATTCAGAACAAACAAATAAATAGAAATTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTTCAACACTACAAAAATTCAGAACAAACAAATAAATAGAAATTGT  200

seq1  ACTCAAGTCATATTATTCAAAGACAGTCTTAATACTAAAATGAGTGTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAGTCATATTATTCAAAGACAGTCTTAATACTAAAATGAGTGTTGA  250

seq1  TCAAAATTATGATAGTTTAAAGTTAATGTATAATTACAAAAATGTATGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATTATGATAGTTTAAAGTTAATGTATAATTACAAAAATGTATGAT  300

seq1  TGCATATATGTGTTAATGTCCAAGACAATGTAATTTATATTCAATATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATATGTGTTAATGTCCAAGACAATGTAATTTATATTCAATATAAA  350

seq1  TAAATACATTTTTTGCTTAATGTTAATTTTCAAAATTCCTCAATTATACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATACATTTTTTGCTTAATGTTAATTTTCAAAATTCCTCAATTATACA  400

seq1  CAGTACAACTCCTTTTATTTTCCTGGGTGTTATTTTTCCCTGCTCTGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACAACTCCTTTTATTTTCCTGGGTGTTATTTTTCCCTGCTCTGTGA  450

seq1  CTATGCTTAATCAACTTTCTGTAATAGTATAGCAATTGTAATTCTTATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCTTAATCAACTTTCTGTAATAGTATAGCAATTGTAATTCTTATAT  500

seq1  TGTTATTTACTTACTTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTCCATGTGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATTTACTTACTTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTCCATGTGTGT  550

seq1  GTGTATTACATGTTCCATGATAAGTTAATTTGGAATTTGGCATTACTAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATTACATGTTCCATGATAAGTTAATTTGGAATTTGGCATTACTAAG  600

seq1  AAGTAAGTGTATTATATTTTTCAAAAGTAACTGTATCGATAACAAAAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAGTGTATTATATTTTTCAAAAGTAACTGTATCGATAACAAAAACA  650

seq1  ATGCTATAAGGAAGAGCAGCATGCGACAAATTCCCCATGGAATTGATACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTATAAGGAAGAGCAGCATGCGACAAATTCCCCATGGAATTGATACA  700

seq1  GAGACAGAGAGCTCGATCAATGGAAGAGAACTGAAAACACAGAAATAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGAGAGCTCGATCAATGGAAGAGAACTGAAAACACAGAAATAAAC  750

seq1  CCACACTTATAGACACTTGATATTTGAGAAAGAAGCCAAAATTATACAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACTTATAGACACTTGATATTTGAGAAAGAAGCCAAAATTATACAGT  800

seq1  GTGAAAAAAGGAAGCATCTTCAACAAATGGTGCTTGTCTAACTGGCAGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAAAAGGAAGCATCTTCAACAAATGGTGCTTGTCTAACTGGCAGTC  850

seq1  TGAATGTAGAAGAATGAAAATTGATCCAGATTTATCACTTTATACAAAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTAGAAGAATGAAAATTGATCCAGATTTATCACTTTATACAAAGT  900

seq1  TCAAGTCTAAGACAATCAAGGACCTCCACATAAAACCAGATACACTGAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTCTAAGACAATCAAGGACCTCCACATAAAACCAGATACACTGAAT  950

seq1  CTAATCAAAGAGAAAGTGAGAAAGAGCCTTGAACACATTGGCACAGGGGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCAAAGAGAAAGTGAGAAAGAGCCTTGAACACATTGGCACAGGGGA  1000

seq1  AACTTTCCTGAACAGATCACCAATGACTCAGAATCTAAGATCAAGAATTG  1050
      |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||
seq2  AACTTTCCTG-ACAGATCACCAATGACTCAG-ATCT-AGATCAAGA--TG  1045

seq1  ATAAATGGACTTCATGAAACTAAAAAGCTTCTGTAATGCAAAGAACACAG  1100
      || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  AT-AATGGACTTCATGAAACTAAAAAGCTTCTGT-ATGC-AAGAACACAG  1092

seq1  TCAATAAGACAAAACAGCAACCTACAGATTGGAAAAATATCTTT-ACCAA  1149
      |||||||||  ||||||||  ||||||| ||| ||||||||||| |||||
seq2  TCAATAAGAACAAACAGCA--CTACAGAATGG-AAAATATCTTTAACCAA  1139

seq1  C-TCTACATATG  1160
      | ||||||||||
seq2  CTTCTACATATG  1151


seq1: chr1_148688385_148689579
seq2: B6Ng01-336G08.g_62_1260 (reverse)

seq1  TTCAAAAAT-CAATGGCAATTGAAATAAAAAAAAAATCCTCCTTCTCACA  49
      ||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||| |||||||  || ||
seq2  TTCAAAAATCCAATGGC-ATTGGAATTAAAAAAAATTCCTCCT--TCCCA  47

seq1  ATCTAGAAG--CACTTCAGACA-GCAGGAAACAA-----CAGCACAAAGG  91
      |||||||||  ||||||||||| |||||||||||     || || |||||
seq2  ATCTAGAAGACCACTTCAGACAGGCAGGAAACAAACAGGCAACA-AAAGG  96

seq1  AACTGGGGAAGATGAAGGTCAGCCTGTTTATTGTCCTATTAT-AAAAGCA  140
      |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||| |||||||
seq2  AACTGGGGAAGATGAAGGTCAG-CTGGTTATTGT-CTAATATAAAAAGCA  144

seq1  GGCAGGCTTCTTGTAGGTTTCTCAAAGGAAACAAAGT-GTATCAATTCTA  189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  GGCAGGCTTCTTGTAGGTTTCTCAAAGGAAACAAAGTGGTATCAA-TCTA  193

seq1  AGGTAACACCTTAGAATAAACTGCAGTAAAATTAGTTCATAGAAATAGGA  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAACACCTTAGAATAAACTGCAGTAAAATTAGTTCATAGAAATAGGA  243

seq1  ATGTTAGCTCTAAATGAATCAAAAAATGAAAACAGAACAAATATAAGGAA  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAGCTCTAAATGAATCAAAAAATGAAAACAGAACAAATATAAGGAA  293

seq1  AGTCTATCCAAGTTAAGATGTAAATTGTTTGCATACTTGTACATCATATA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTATCCAAGTTAAGATGTAAATTGTTTGCATACTTGTACATCATATA  343

seq1  CATACCTCACAGAGAGAGACACACACAAAAGACGTATTCGCTACATTATG  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCTCACAGAGAGAGACACACACAAAAGACGTATTCGCTACATTATG  393

seq1  CTCAATGCAAACACAAATATATACATGTTGGTAAACTCTAAGACATAAGA  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATGCAAACACAAATATATACATGTTGGTAAACTCTAAGACATAAGA  443

seq1  ACCATTCATGATTATGATGTAACACAATTCCTTTTAGTAGTAAACTACTG  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTCATGATTATGATGTAACACAATTCCTTTTAGTAGTAAACTACTG  493

seq1  GAGTTCTTTTTGCTCAGTGGGTATTAAAACCACCAATCACAAGAAAAAAT  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCTTTTTGCTCAGTGGGTATTAAAACCACCAATCACAAGAAAAAAT  543

seq1  AAGTACAGATTTTTATGAATAACATATTGTAGAAAATAAGCTGGCAAGCA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACAGATTTTTATGAATAACATATTGTAGAAAATAAGCTGGCAAGCA  593

seq1  GGAAGCAATGATCAGCATATCACTGTCATATTTGTTTGTATAACAGACGG  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCAATGATCAGCATATCACTGTCATATTTGTTTGTATAACAGACGG  643

seq1  AGGAATCCTTGATTGCCATGAACAGTATCCCTTGATGTATTGCTACAAAC  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATCCTTGATTGCCATGAACAGTATCCCTTGATGTATTGCTACAAAC  693

seq1  AAACCTGCATAAAAGGTGATAATTTGGGGGCAAACTCCCTACTGAGAACT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTGCATAAAAGGTGATAATTTGGGGGCAAACTCCCTACTGAGAACT  743

seq1  GTCTTGTTAGTTAGCAACCAATGCGTGTTAAGCATGGACTGTGTCAAACA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGTTAGTTAGCAACCAATGCGTGTTAAGCATGGACTGTGTCAAACA  793

seq1  CTATTCCAAACACTATATATGTTTTTCCTTACTTAACAGAATGCCAAATT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCCAAACACTATATATGTTTTTCCTTACTTAACAGAATGCCAAATT  843

seq1  TTGGTGGTGCTATTGCTCTAAGAATACATTTAAGAACTTTGAGCTTTAGC  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGGTGCTATTGCTCTAAGAATACATTTAAGAACTTTGAGCTTTAGC  893

seq1  TTCTATGAACAGCCTTGCAAACCAACATCTCAAAGAATTTGGAGTCTGTT  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATGAACAGCCTTGCAAACCAACATCTCAAAGAATTTGGAGTCTGTT  943

seq1  TATTTCATGAACAAGCATTGGAACATGAAAAGTAAAACAAGCAAATGAAA  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCATGAACAAGCATTGGAACATGAAAAGTAAAACAAGCAAATGAAA  993

seq1  ATGCACTTGGTGAGATTTAAAAAAATACTGAAATTAAAACTAAAATGAAT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACTTGGTGAGATTTAAAAAAATACTGAAATTAAAACTAAAATGAAT  1043

seq1  GCAGTAGTCTGTCATAGAAAAGAAACATAACTAATCCAAATAAAGGGATA  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAGTCTGTCATAGAAAAGAAACATAACTAATCCAAATAAAGGGATA  1093

seq1  AGATAGATAACTCACTGGATAAAATACTCACTGGTCTAACAGATGACCAC  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATAACTCACTGGATAAAATACTCACTGGTCTAACAGATGACCAC  1143

seq1  GTTGGTTCTCAGAACCATATTGTGACTTACAGTTATCTCTAAGTTATAGG  1189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTTCTCAGAACCATATTGTGACTTACAGTTATCTCTAAGTTATAGG  1193

seq1  GAATTC  1195
      ||||||
seq2  GAATTC  1199


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |