BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336M01
Chromosome1 (Build37)
Map Location 115,990,448 - 116,108,117
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336M01.bB6Ng01-336M01.g
ACCGA121581GA121582
length1,1981,179
definitionB6Ng01-336M01.b B6Ng01-336M01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,106,928 - 116,108,117)(115,990,448 - 115,991,619)
sequence
gaattcactctcgcacctgcgtacaaggcttgtttactagttaggcacag
cggaggcccgcaccatcttataatggcgattgctcgctgcacacacggct
ctcctcagagattactggcggcacacatgcgattgcttgcagcacgtacc
ggctctccacacccttgggctatttccagcacatcaaaaacccagcaacc
cacatagcattctcatactttattttactcttcaaagtactggatgcttg
ctttccctctaccatatttcacttctgcacaaattaatttcaggaaacag
cctcctcaggaatctcctataacctatgaactctgcatttggagctccac
agaaatatgggaaaaggccctagcaactggaagattgcagtgctgtgtta
agaaatgctgagacaacaacacagaggtaggcatttctatgcaaattcac
atgggccctgatgatcaagcaggattcccctcctgtttctctatttcttt
acttaatagcttttactgctctagtagctttcatcctcaaatccagaaat
gtatttggtgtctattgctagcaaccggtgtttgtgttctgcctcctcca
cactcagcatgagaataccaagcatgaacaatgtacatatgctatatagg
tatgtggtaattttgtagagtaccaaatctattgaaactttgaatttttg
agtctctgaagagctggctatgtaaatataagaattgaattcaaatgaaa
atgactgcttcagaagaaaacagctaattccagcttcattaccatccaat
tatgaatgacagtgtctaaaatgtgtgtattcaaaattttataaaatgat
gtttgcaggtttataacgtgtcatatgattcacagtgtaaaggcatttgg
atccacacttgtcatcttgacttcaatccccaggactcatatagtggaaa
tagagaactgatttctgtgtatgtatatatacagaatatacatatacata
cccatacacatacacatacacatacccatacacatacccataccatacac
atattactatataagggcaagcattatcctgaacacatctgcaaataaaa
atgtgaagaattgtttagtaagtggttgttcagtgtttatggtctaggga
actgcctgctacccagcacaaaagccaatagcctctccatgttacttg

gaattcaacctgaacaatgatattgtgttatgaagacattcaaatgcaat
tttccttatatgtttacctttgccctatgcaatttcagaatcttctttct
gtgtatcttagattattttatatttttcttactaaaatatttgtgacaaa
aatcttcttggggtgccatcacatacagtgtgtaaaatgatggtgggaga
atgagattgctagaatggaaacaaagtcttgttgattactaattttactg
agagtggagaagagaggagtgtttcccccatctgttctgtcctctcaaca
tcttttcctgcttgccaatattttttttctgttttctattcacttattgc
aagatcctatgtttatcctctaatgaaactgatttacaatgttaatagaa
cttaaatttgatatgactgatagtcacatgttggtttgtagtttatggat
tctttgacttttaggatgatcctataaagttatattaattggtattttaa
aaactattaaaggccgggcatggtggcacatgcctttaatcccagcactt
gggaggcagaggcaggcgggtttctgagttcaaggccagcctggtctaca
aagtgagttccaggacatccagggctatacagagaattcctgtctcgaaa
aaacaaaaaacaaagaacaaaaaaacctagtaagtggtggctcaataaag
ttttctatgtttgttaaatttcctcagttggtgagtagtggatttcttat
tattgagattttcttccactattcctgcacattgccacatgtgctgtggg
ttattattgtagctcttctgaatataaatgtgaattttaacacaggattc
ctatacaagtaagactaaggtatttcagatttgtggctaattaggaggga
aagcatttcaagttgccagttaattttgagcccttgggttaggataaaca
tctagggtactattgaatttgttatgtgtgacttaaaagaacactcacta
tgtgaggacagtgaagttgaccactggagagtgtggggacactgacagac
tgactgctagaattctgagccaaggacatgaagcaatagcttggcagctt
cagaacaccaacaccaattaattacacacagctgtatcctgaagtgtcat
ccaggtgtctcaaggtcttagactggata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_116106928_116108117
seq2: B6Ng01-336M01.b_45_1242 (reverse)

seq1  CAAGTAACATGGGAGA-GCTATT-GCTTTTGTGCTGGGTAGCA-GCAGT-  46
      |||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  CAAGTAACAT-GGAGAGGCTATTGGCTTTTGTGCTGGGTAGCAGGCAGTT  49

seq1  -CCTAGACCAT-AACACTG-ACAACCACTTACT-AACACT--CTCACATT  90
       |||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| |   |||||||
seq2  CCCTAGACCATAAACACTGAACAACCACTTACTAAACAATTCTTCACATT  99

seq1  TTTATTTTGCAGATGTGTTCA-GAT-ATGCTTGCCCTTTATATATGTATA  138
      |||| |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||   |||
seq2  TTTA-TTTGCAGATGTGTTCAGGATAATGCTTGCCC-TTATATAGTAATA  147

seq1  TGTGTATGTGTATGTGTATGTGTATGTGTATGTGTATGTGTATGTGTATG  188
      |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATG-GTATGGGTATGTGTATGGGTATGTGTATGTGTATGTGTATG  196

seq1  TGTATGTATATGTATATTCTGTATATATACATACACAGAAATCAGTTCTC  238
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGTATATGTATATTCTGTATATATACATACACAGAAATCAGTTCTC  246

seq1  TATTTCCACTATATGAGTCCTGGGGATTGAAGTCAAGATGACAAGTGTGG  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCCACTATATGAGTCCTGGGGATTGAAGTCAAGATGACAAGTGTGG  296

seq1  ATCCAAATGCCTTTACACTGTGAATCATATGACACGTTATAAACCTGCAA  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAATGCCTTTACACTGTGAATCATATGACACGTTATAAACCTGCAA  346

seq1  ACATCATTTTATAAAATTTTGAATACACACATTTTAGACACTGTCATTCA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATTTTATAAAATTTTGAATACACACATTTTAGACACTGTCATTCA  396

seq1  TAATTGGATGGTAATGAAGCTGGAATTAGCTGTTTTCTTCTGAAGCAGTC  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGGATGGTAATGAAGCTGGAATTAGCTGTTTTCTTCTGAAGCAGTC  446

seq1  ATTTTCATTTGAATTCAATTCTTATATTTACATAGCCAGCTCTTCAGAGA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCATTTGAATTCAATTCTTATATTTACATAGCCAGCTCTTCAGAGA  496

seq1  CTCAAAAATTCAAAGTTTCAATAGATTTGGTACTCTACAAAATTACCACA  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAAATTCAAAGTTTCAATAGATTTGGTACTCTACAAAATTACCACA  546

seq1  TACCTATATAGCATATGTACATTGTTCATGCTTGGTATTCTCATGCTGAG  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTATATAGCATATGTACATTGTTCATGCTTGGTATTCTCATGCTGAG  596

seq1  TGTGGAGGAGGCAGAACACAAACACCGGTTGCTAGCAATAGACACCAAAT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAGGAGGCAGAACACAAACACCGGTTGCTAGCAATAGACACCAAAT  646

seq1  ACATTTCTGGATTTGAGGATGAAAGCTACTAGAGCAGTAAAAGCTATTAA  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCTGGATTTGAGGATGAAAGCTACTAGAGCAGTAAAAGCTATTAA  696

seq1  GTAAAGAAATAGAGAAACAGGAGGGGAATCCTGCTTGATCATCAGGGCCC  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGAAATAGAGAAACAGGAGGGGAATCCTGCTTGATCATCAGGGCCC  746

seq1  ATGTGAATTTGCATAGAAATGCCTACCTCTGTGTTGTTGTCTCAGCATTT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAATTTGCATAGAAATGCCTACCTCTGTGTTGTTGTCTCAGCATTT  796

seq1  CTTAACACAGCACTGCAATCTTCCAGTTGCTAGGGCCTTTTCCCATATTT  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACACAGCACTGCAATCTTCCAGTTGCTAGGGCCTTTTCCCATATTT  846

seq1  CTGTGGAGCTCCAAATGCAGAGTTCATAGGTTATAGGAGATTCCTGAGGA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGAGCTCCAAATGCAGAGTTCATAGGTTATAGGAGATTCCTGAGGA  896

seq1  GGCTGTTTCCTGAAATTAATTTGTGCAGAAGTGAAATATGGTAGAGGGAA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTTTCCTGAAATTAATTTGTGCAGAAGTGAAATATGGTAGAGGGAA  946

seq1  AGCAAGCATCCAGTACTTTGAAGAGTAAAATAAAGTATGAGAATGCTATG  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCATCCAGTACTTTGAAGAGTAAAATAAAGTATGAGAATGCTATG  996

seq1  TGGGTTGCTGGGTTTTTGATGTGCTGGAAATAGCCCAAGGGTGTGGAGAG  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTGCTGGGTTTTTGATGTGCTGGAAATAGCCCAAGGGTGTGGAGAG  1046

seq1  CCGGTACGTGCTGCAAGCAATCGCATGTGTGCCGCCAGTAATCTCTGAGG  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGTACGTGCTGCAAGCAATCGCATGTGTGCCGCCAGTAATCTCTGAGG  1096

seq1  AGAGCCGTGTGTGCAGCGAGCAATCGCCATTATAAGATGGTGCGGGCCTC  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCGTGTGTGCAGCGAGCAATCGCCATTATAAGATGGTGCGGGCCTC  1146

seq1  CGCTGTGCCTAACTAGTAAACAAGCCTTGTACGCAGGTGCGAGAGTGAAT  1188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGTGCCTAACTAGTAAACAAGCCTTGTACGCAGGTGCGAGAGTGAAT  1196

seq1  TC  1190
      ||
seq2  TC  1198


seq1: chr1_115990448_115991619
seq2: B6Ng01-336M01.g_65_1243

seq1  GAATTCAACCTGAACAATGATATTGTGTTATGAAGACATTCAAATGCAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACCTGAACAATGATATTGTGTTATGAAGACATTCAAATGCAAT  50

seq1  TTTCCTTATATGTTTACCTTTGCCCTATGCAATTTCAGAATCTTCTTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTATATGTTTACCTTTGCCCTATGCAATTTCAGAATCTTCTTTCT  100

seq1  GTGTATCTTAGATTATTTTATATTTTTCTTACTAAAATATTTGTGACAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATCTTAGATTATTTTATATTTTTCTTACTAAAATATTTGTGACAAA  150

seq1  AATCTTCTTGGGGTGCCATCACATACAGTGTGTAAAATGATGGTGGGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTCTTGGGGTGCCATCACATACAGTGTGTAAAATGATGGTGGGAGA  200

seq1  ATGAGATTGCTAGAATGGAAACAAAGTCTTGTTGATTACTAATTTTACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATTGCTAGAATGGAAACAAAGTCTTGTTGATTACTAATTTTACTG  250

seq1  AGAGTGGAGAAGAGAGGAGTGTTTCCCCCATCTGTTCTGTCCTCTCAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGGAGAAGAGAGGAGTGTTTCCCCCATCTGTTCTGTCCTCTCAACA  300

seq1  TCTTTTCCTGCTTGCCAATATTTTTTTTCTGTTTTCTATTCACTTATTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCCTGCTTGCCAATATTTTTTTTCTGTTTTCTATTCACTTATTGC  350

seq1  AAGATCCTATGTTTATCCTCTAATGAAACTGATTTACAATGTTAATAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCCTATGTTTATCCTCTAATGAAACTGATTTACAATGTTAATAGAA  400

seq1  CTTAAATTTGATATGACTGATAGTCACATGTTGGTTTGTAGTTTATGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATTTGATATGACTGATAGTCACATGTTGGTTTGTAGTTTATGGAT  450

seq1  TCTTTGACTTTTAGGATGATCCTATAAAGTTATATTAATTGGTATTTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGACTTTTAGGATGATCCTATAAAGTTATATTAATTGGTATTTTAA  500

seq1  AAACTATTAAAGGCCGGGCATGGTGGCACATGCCTTTAATCCCAGCACTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTATTAAAGGCCGGGCATGGTGGCACATGCCTTTAATCCCAGCACTT  550

seq1  GGGAGGCAGAGGCAGGCGGGTTTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGCAGAGGCAGGCGGGTTTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACA  600

seq1  AAGTGAGTTCCAGGACATCCAGGGCTATACAGAGAATTCCTGTCTCGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGTTCCAGGACATCCAGGGCTATACAGAGAATTCCTGTCTCGAAA  650

seq1  AAACAAAAAACAAAGAACAAAAAAACCTAGTAAGTGGTGGCTCAATAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAAACAAAGAACAAAAAAACCTAGTAAGTGGTGGCTCAATAAAG  700

seq1  TTTTCTATGTTTGTTAAATTTCCTCAGTTGGTGAGTAGTGGATTTCTTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTATGTTTGTTAAATTTCCTCAGTTGGTGAGTAGTGGATTTCTTAT  750

seq1  TATTGAGATTTTCTTCCACTATTCCTGCACATTGCCACATGTGCTGTGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAGATTTTCTTCCACTATTCCTGCACATTGCCACATGTGCTGTGGG  800

seq1  TTATTATTGTAGCTCTTCTGAATATAAATGTGAATTTTAACACAGGATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTGTAGCTCTTCTGAATATAAATGTGAATTTTAACACAGGATTC  850

seq1  CTATACAAGTAAG-CTAAGGTATTTCAGATTTGTGGCTAATTAGGAGGGA  899
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACAAGTAAGACTAAGGTATTTCAGATTTGTGGCTAATTAGGAGGGA  900

seq1  AAGCATTTCAAGTTGCCAGTTAATTTTGAGCCCTTGGGTTAGGATAAACA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATTTCAAGTTGCCAGTTAATTTTGAGCCCTTGGGTTAGGATAAACA  950

seq1  TCTAGGGGTACTATTGAATTTGTTATGTGTGACTTAAAAGAACACTCACT  999
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTA-GGGTACTATTGAATTTGTTATGTGTGACTTAAAAGAACACTCACT  999

seq1  ATGTGAGGACAGTGAAG-TGACCACTGGAGAGTGTGGGGACACTGACAGA  1048
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAGGACAGTGAAGTTGACCACTGGAGAGTGTGGGGACACTGACAGA  1049

seq1  CTGACTGCTAGAATTCTGAGCCAAGGACATGAAAGCAATAGC-TGGCAGC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
seq2  CTGACTGCTAGAATTCTGAGCCAAGGACATG-AAGCAATAGCTTGGCAGC  1098

seq1  -TCAGAACACCAGACACAAATTAAT---ACACAG-TG-ATCCTGAAGTGC  1141
       ||||||||||| |||| |||||||   |||||| || ||||||||||| 
seq2  TTCAGAACACCA-ACACCAATTAATTACACACAGCTGTATCCTGAAGTGT  1147

seq1  CATCCAGTTGTCTC-AGGTCATAGACTGGATA  1172
      ||||||| |||||| ||||| |||||||||||
seq2  CATCCAGGTGTCTCAAGGTCTTAGACTGGATA  1179


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |