BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-337H02
Chromosome1 (Build37)
Map Location 162,549,557 - 162,577,874
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRabgap1l
Upstream geneTnr, 4930523C07Rik, 4930562F07Rik, Tnn, Mrps14, Cacybp, Gpr52
Downstream geneEG620750, Rc3h1, Serpinc1, Zbtb37, Gas5, Dars2, Cenpl, Klhl20, Ankrd45, 4930469G21Rik, EG665117, EG640200, EG620839, Prdx6, Tnfsf4, Tnfsf18, EG435650
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-337H02.bB6Ng01-337H02.g
ACCGA122068GA122069
length1,114614
definitionB6Ng01-337H02.b B6Ng01-337H02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(162,549,557 - 162,550,688)(162,577,264 - 162,577,874)
sequence
gaattctcacaatcctataaaatatcagatattaagtacattttacaagc
aagggaactgagatagagagtcactcagggtcataaatgttgagagtttg
aaatatggactccatttctcactccatcatgagtgtgttcttgtcaaagg
aagccactagcacttttcccatagcttaaactcctactgaggctacatgg
atgcaacataattctctgtgaatgtggaccgaatagctattctgaactgt
cctcttggtcctagactccataaggaagttggtctgtggatgatctacaa
ttatcaatcctgctcaacttcatctgaatatagtttggtacttttaaaaa
atattttctccacaacatttactatcaaaccacccccaaatcatgtttgt
tcttagattatattattataaaaacaacaaaccataaaatgcttgtccca
cactgtaagcagacatctttctatctactagaaaagtacacactgagaaa
gtaaaggcagatcaatggcagagttcttgccttatatatgcagagctctg
ggtttttattcctacctatacctagagagaaactaaaagcacactaccat
agcctcattttctgcaacaatgacatcacaaaacaaagctgctttgagga
atatcattttgaaggctatggagcaacgagaggtaagtataaggtaaaac
agctgacacagaggagcttatgctacaatgtacaatgtctcacaaagcac
atctaaaaagaatggcatccctcatagggacacctctaaacagaatctgt
gcctttaaattctaattttacagaattaaatgacaggacactttttctta
acagccaagtctttagaaaaatttcttcatactttgtcccctttgtacaa
tctatggtttctgaaaccttctataaagaaattctgttcaactgaattgt
ttgattagtcgaccttagaaatctcattgttccctatagagaagaaattt
accagaggaacaaaatagaagacacagctgctgatctgatgaccagcaca
gcatgtagcatttctcagaatcgtctgggtgatatgaatcttctcgctga
tggtaagctcggat
gaattcaaatccctggacctgggcctgggtgatacctgagtttgtcaacc
ccacagctttcctgcacatacaccacagggtgagctctccagcactgtac
catgtagctcactcaaggccgataatggcaagggggagagccagctctcc
cacctaccaaaggtggcaagggacaagggagggggatgagggggcttggg
gacaatctctttggtgcctatgccacctcaatgtatccatacatttaaag
tattagaatatgccagaaatataacactaaaaagtgaaaactatattctg
taaatatttacttagtgcttggtgtgtgggaagacaaataacttctaatg
gtctccattctcaatggtgcctaattttctgtgagaatgtagggattata
tggggtagttgtttcctgggctgctgctttaggataggtactgtagtact
ggatcttcaatggtttgagtttgcactcactgttctgatactggtgaaag
ttcatttgctttagctttagaacaaaacctcttattcctacttgtcatga
tgagcttgtttactaattttcacaggtgcttatgtgagctattttccaga
atggatctatcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_162549557_162550688
seq2: B6Ng01-337H02.b_45_1158

seq1  GAATTCTCACAATCCTATAAAATATCAGATATTAAGTACATTTTACAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACAATCCTATAAAATATCAGATATTAAGTACATTTTACAAGC  50

seq1  AAGGGAACTGAGATAGAGAGTCACTCAGGGTCATAAATGTTGAGAGTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAACTGAGATAGAGAGTCACTCAGGGTCATAAATGTTGAGAGTTTG  100

seq1  AAATATGGACTCCATTTCTCACTCCATCATGAGTGTGTTCTTGTCAAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGGACTCCATTTCTCACTCCATCATGAGTGTGTTCTTGTCAAAGG  150

seq1  AAGCCACTAGCACTTTTCCCATAGCTTAAACTCCTACTGAGGCTACATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCACTAGCACTTTTCCCATAGCTTAAACTCCTACTGAGGCTACATGG  200

seq1  ATGCAACATAATTCTCTGTGAATGTGGACCGAATAGCTATTCTGAACTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAACATAATTCTCTGTGAATGTGGACCGAATAGCTATTCTGAACTGT  250

seq1  CCTCTTGGTCCTAGACTCCATAAGGAAGTTGGTCTGTGGATGATCTACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTGGTCCTAGACTCCATAAGGAAGTTGGTCTGTGGATGATCTACAA  300

seq1  TTATCAATCCTGCTCAACTTCATCTGAATATAGTTTGGTACTTTTAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAATCCTGCTCAACTTCATCTGAATATAGTTTGGTACTTTTAAAAA  350

seq1  ATATTTTCTCCACAACATTTACTATCAAACCACCCCCAAATCATGTTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTCTCCACAACATTTACTATCAAACCACCCCCAAATCATGTTTGT  400

seq1  TCTTAGATTATATTATTATAAAAACAACAAACCATAAAATGCTTGTCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGATTATATTATTATAAAAACAACAAACCATAAAATGCTTGTCCCA  450

seq1  CACTGTAAGCAGACATCTTTCTATCTACTAGAAAAGTACACACTGAGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTAAGCAGACATCTTTCTATCTACTAGAAAAGTACACACTGAGAAA  500

seq1  GTAAAGGCAGATCAATGGCAGAGTTCTTGCCTTATATATGCAGAGCTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGGCAGATCAATGGCAGAGTTCTTGCCTTATATATGCAGAGCTCTG  550

seq1  GGTTTTTATTCCTACCTATACCTAGAGAGAAACTAAAAGCACACTACCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTTATTCCTACCTATACCTAGAGAGAAACTAAAAGCACACTACCAT  600

seq1  AGCCTCATTTTCTGCAACAATGACATCACAAAACAAAGCTGCTTTGAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCATTTTCTGCAACAATGACATCACAAAACAAAGCTGCTTTGAGGA  650

seq1  ATATCATTTTGAAGGCTATGGAGCAACGAGAGGTAAGTATAAGGTAAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCATTTTGAAGGCTATGGAGCAACGAGAGGTAAGTATAAGGTAAAAC  700

seq1  AGCTGACACAGAGGAGCTTATGCTACAATGTACAATGTCTCACAAAGCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGACACAGAGGAGCTTATGCTACAATGTACAATGTCTCACAAAGCAC  750

seq1  ATCTAAAAAGAATGGCATCCCTCATAGGGACACCTCTAAACAGAATCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAAAAGAATGGCATCCCTCATAGGGACACCTCTAAACAGAATCTGT  800

seq1  GCCTTTAAATTCTAATTTTACAGAATTAAATGACAGGACACTTTTTCTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTAAATTCTAATTTTACAGAATTAAATGACAGGACACTTTTTCTTA  850

seq1  ACAGCCAAGTCTTTAGAAAAATTTCTTCATACTTTGTCCCCTTTGTACAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCAAGTCTTTAGAAAAATTTCTTCATACTTTGTCCCCTTTGTACAA  900

seq1  TCTATGGTTTCTGAAACCTTCTATAAAGAAATTCTGTTCAAACTGAATTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCTATGGTTTCTGAAACCTTCTATAAAGAAATTCTGTTC-AACTGAATTG  949

seq1  TTTGATTAGTCGACCTTAGAAATCTCATTGTTCCCTTAATAGAGAAGAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||
seq2  TTTGATTAGTCGACCTTAGAAATCTCATTGTTCCCT--ATAGAGAAGAAA  997

seq1  ATTTAACCAGAGGACCAAAATAAGAGACCAACAGCTGCTGAATCCTGATG  1050
        || ||||||||| |||||||  ||||  |||||||||||   ||||||
seq2  --TTTACCAGAGGAACAAAATAGAAGAC--ACAGCTGCTGA--TCTGATG  1041

seq1  AACAAGCACCAAGCATGTAGCATTTCTCCAGAAAACCCTCTGGGTGTTTA  1100
       || |||||  |||||||||||||||||   | || | ||||||||  ||
seq2  -ACCAGCAC--AGCATGTAGCATTTCTC---AGAATCGTCTGGGTG-ATA  1084

seq1  TG-ATCTTCTCGCTGAGTGGTGTAAGCTCGGAT  1132
      || ||||||||||||| ||  ||||||||||||
seq2  TGAATCTTCTCGCTGA-TG--GTAAGCTCGGAT  1114

seq1: chr1_162577264_162577874
seq2: B6Ng01-337H02.g_64_677 (reverse)

seq1  AAAGCTAGATCCATTCTGG-AAATAGCTCACATAAGCAGCTGTG-AAGTT  48
      |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || ||
seq2  AAAGATAGATCCATTCTGGAAAATAGCTCACATAAGCACCTGTGAAAATT  50

seq1  AGT-AACAAGCTCATCATGACAAGTAGGAATAAGAGGTTTTGTTCTAAAG  97
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAACAAGCTCATCATGACAAGTAGGAATAAGAGGTTTTGTTCTAAAG  100

seq1  CTAAAGCAAATGAACTTTCACCAGTATCAGAACAGTGAGTGCAAACTCAA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGCAAATGAACTTTCACCAGTATCAGAACAGTGAGTGCAAACTCAA  150

seq1  ACCATTGAAGATCCAGTACTACAGTACCTATCCTAAAGCAGCAGCCCAGG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTGAAGATCCAGTACTACAGTACCTATCCTAAAGCAGCAGCCCAGG  200

seq1  AAACAACTACCCCATATAATCCCTACATTCTCACAGAAAATTAGGCACCA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACTACCCCATATAATCCCTACATTCTCACAGAAAATTAGGCACCA  250

seq1  TTGAGAATGGAGACCATTAGAAGTTATTTGTCTTCCCACACACCAAGCAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAATGGAGACCATTAGAAGTTATTTGTCTTCCCACACACCAAGCAC  300

seq1  TAAGTAAATATTTACAGAATATAGTTTTCACTTTTTAGTGTTATATTTCT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAAATATTTACAGAATATAGTTTTCACTTTTTAGTGTTATATTTCT  350

seq1  GGCATATTCTAATACTTTAAATGTATGGATACATTGAGGTGGCATAGGCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATATTCTAATACTTTAAATGTATGGATACATTGAGGTGGCATAGGCA  400

seq1  CCAAAGAGATTGTCCCCAAGCCCCCTCATCCCCCTCCCTTGTCCCTTGCC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGAGATTGTCCCCAAGCCCCCTCATCCCCCTCCCTTGTCCCTTGCC  450

seq1  ACCTTTGGTAGGTGGGAGAGCTGGCTCTCCCCCTTGCCATTATCGGCCTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTGGTAGGTGGGAGAGCTGGCTCTCCCCCTTGCCATTATCGGCCTT  500

seq1  GAGTGAGCTACATGGTACAGTGCTGGAGAGCTCACCCTGTGGTGTATGTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGCTACATGGTACAGTGCTGGAGAGCTCACCCTGTGGTGTATGTG  550

seq1  CAGGAAAGCTGTGGGGTTGACAAACTCAGGTATCACCCAGGCCCAGGTCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAGCTGTGGGGTTGACAAACTCAGGTATCACCCAGGCCCAGGTCC  600

seq1  AGGGATTTGAATTC  611
      ||||||||||||||
seq2  AGGGATTTGAATTC  614