BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-338G06
Chromosome1 (Build37)
Map Location 195,667,358 - 195,810,740
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667208
Upstream geneSertad4, LOC100039677, Syt14, AA408296, Irf6, A130010J15Rik, Traf3ip3, Hsd11b1, G0s2, Lamb3, Camk1g
Downstream geneEG623172, Plxna2, Cd34
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-338G06.bB6Ng01-338G06.g
ACCGA122711GA122712
length1,1531,159
definitionB6Ng01-338G06.b B6Ng01-338G06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(195,809,581 - 195,810,740)(195,667,358 - 195,668,520)
sequence
gaattcctcctctctgcctctgagtactggaattatatgtaggccatcat
gctcactaagcactaacatagttctagggatccaaacttcagttcctccc
atttatatagcaagtgttttgctctcaaccacccagatcctccagttacc
ttttgatattcagttgaagctgggcataaagcattcactctaggctctgc
ttactaaatttgaaggctaagtccaaaagctcttttgcctattaaacatt
ttctagccatgcttatgagtaagtaactcattttctatgcttccatgtcc
acatctgttaaatgacaataataatgagagaatatgtgttgtggaaaatt
aaaggaacatgagaaggaaagaggccacttataccaggacctagtttata
tttccaactggctgaaaacaaaaatctgtaacacaattgacaaaatcaag
ttgctgaaagagacattatttttccaagagacgtctcaaacaaggctgtg
gagacaaatgaactgtgcctgtatataaccagagcacatgtatcctatca
cctgctctctttcctacatctgaataatgtacctcatgaggcaacatcac
acttcacttacaaaatgaaattgtagaagtaggtaaaccaactcatattt
tacttaattctaatacttcacttaatttctataatttatctactgtgtgg
tttgaatatgcatggcccatggtaagaactactactaggaggtgtggcct
tgttggagaggtgtggccttgttgcaggaagtgcatcactgtgggggtgg
gcttggaggtcttctgctcaagctccacccaatgtggaagagatcctgct
ccttcctgcctgcctacagaagccagtctccttctggctgtcttcagatc
aaaatgtataacttttagctccttctccagcaccacatctgcctggatgc
tgccatgatgttaatggactgaatttctgaaactgtaaccagcccaatta
aatgttgtcctttatgagagttgccttggtcatcgtgtctctcaaagcaa
tgaaacccttaagacaccttactctttaaatgtcttggaaaatacacact
tttagccatttactcagagcccactggtcaccagtagcattatcagatat
tta

gaattccaatctaggctcttctcattttaaaagtttgcttttgtgtgaaa
tggtattcttcaatagactccaggcttttcacgtggaccctgtatacagg
aatggtccacttggagccctaactgctaccagaattattgccctttagtt
ttgtcaactgtgtctttagttttgtcagtctgctgttgttattttcttaa
acacacacacacaaacaaacaggcatgcacacatgtatggggtagatggt
gatcaatatcatggctgttgatatacatggttgtgctagtttcctgtctc
tggtggatcatatttacacaaactagctttaaaccatgaacggtcacatc
tcaagatctcagaagtccaaaataaagggttcaatacaattatttccttt
tggagtcctcaggaagtctgccctttgcctagctcatgatggtgccaatg
aatcttggcatccttgtatcaattgtctatcactcacattctgcctgtgt
gccttctctttgcctgcctacagtgctctctttttctctcatggagtctt
gcctaagtcagtagagtctcttctgaaatgagagtgggaccaaaatcatg
agctctgtataaagacatgctcacaagtctagggttagacattgaacagg
tcctgttgagtgatatcatccaagtcagcactggtgaggaaaattatagc
atgatgacaatatcctcagagtgcatatgaatatagcttcaaaggagaaa
acatactggatatacaaggaggaaacatccaggacaatggatggtttgca
gcaggtcagttgctggatggctcatgtgacctgttctggtagattatggg
cctatactgacagacaccactgtcactttctccctctccatcttgagtag
cctcacagaaatgagctccccgactccttcctcatgagcagtgtccacac
agatgttttgggatttgccaatttgcagcaaggtacattcttttcacatc
agatgactagtgaggtagaactgctgtctttgtcagctctgcttctggtg
agccacctggtcataaaacattttgtgatctatttattatttctaattgc
gggtcatggttcctggcaattcctgtggtcatgggagttaatcttggatc
tattcccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_195809581_195810740
seq2: B6Ng01-338G06.b_49_1201 (reverse)

seq1  TAAATATCTTGATAATGGCTACTGTGTGACCATGTGGCTCTTGAAGTTAA  50
      |||||||| ||||||| ||||||| |||||||   ||||| |||   |||
seq2  TAAATATC-TGATAAT-GCTACTG-GTGACCAGTGGGCTC-TGA--GTAA  44

seq1  ATTGCTAAAAGTGTGTAATTTTCAAAGACATTTAAAGAGTAA-GTGTCTT  99
      || ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATGGCTAAAAGTGTGT-ATTTTCCAAGACATTTAAAGAGTAAGGTGTCTT  93

seq1  -AGGGTTTCATTGCTTTGAGGAGACACGATGACCAAGGCAACTCTCATAA  148
       |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTTTCATTGCTTTGA-GAGACACGATGACCAAGGCAACTCTCATAA  142

seq1  AGGACAACATTTAATTGGGCTGGTTTACAGTTTCAGAAATTCAGTCCATT  198
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAACATTTAATTGGGCTGG-TTACAGTTTCAGAAATTCAGTCCATT  191

seq1  AACATCATGGCAGCATCCAGGCAGATGTGGTGCTGGAGAAGGAGCTAAAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCATGGCAGCATCCAGGCAGATGTGGTGCTGGAGAAGGAGCTAAAA  241

seq1  GTTATACATTTTGATCTGAAGACAGCCAGAAGGAGACTGGCTTCTGTAGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATACATTTTGATCTGAAGACAGCCAGAAGGAGACTGGCTTCTGTAGG  291

seq1  CAGGCAGGAAGGAGCAGGATCTCTTCCACATTGGGTGGAGCTTGAGCAGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGGAAGGAGCAGGATCTCTTCCACATTGGGTGGAGCTTGAGCAGA  341

seq1  AGACCTCCAAGCCCACCCCCACAGTGATGCACTTCCTGCAACAAGGCCAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTCCAAGCCCACCCCCACAGTGATGCACTTCCTGCAACAAGGCCAC  391

seq1  ACCTCTCCAACAAGGCCACACCTCCTAGTAGTAGTTCTTACCATGGGCCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTCCAACAAGGCCACACCTCCTAGTAGTAGTTCTTACCATGGGCCA  441

seq1  TGCATATTCAAACCACACAGTAGATAAATTATAGAAATTAAGTGAAGTAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATTCAAACCACACAGTAGATAAATTATAGAAATTAAGTGAAGTAT  491

seq1  TAGAATTAAGTAAAATATGAGTTGGTTTACCTACTTCTACAATTTCATTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTAAGTAAAATATGAGTTGGTTTACCTACTTCTACAATTTCATTT  541

seq1  TGTAAGTGAAGTGTGATGTTGCCTCATGAGGTACATTATTCAGATGTAGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTGAAGTGTGATGTTGCCTCATGAGGTACATTATTCAGATGTAGG  591

seq1  AAAGAGAGCAGGTGATAGGATACATGTGCTCTGGTTATATACAGGCACAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAGCAGGTGATAGGATACATGTGCTCTGGTTATATACAGGCACAG  641

seq1  TTCATTTGTCTCCACAGCCTTGTTTGAGACGTCTCTTGGAAAAATAATGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTGTCTCCACAGCCTTGTTTGAGACGTCTCTTGGAAAAATAATGT  691

seq1  CTCTTTCAGCAACTTGATTTTGTCAATTGTGTTACAGATTTTTGTTTTCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCAGCAACTTGATTTTGTCAATTGTGTTACAGATTTTTGTTTTCA  741

seq1  GCCAGTTGGAAATATAAACTAGGTCCTGGTATAAGTGGCCTCTTTCCTTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTTGGAAATATAAACTAGGTCCTGGTATAAGTGGCCTCTTTCCTTC  791

seq1  TCATGTTCCTTTAATTTTCCACAACACATATTCTCTCATTATTATTGTCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTCCTTTAATTTTCCACAACACATATTCTCTCATTATTATTGTCA  841

seq1  TTTAACAGATGTGGACATGGAAGCATAGAAAATGAGTTACTTACTCATAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACAGATGTGGACATGGAAGCATAGAAAATGAGTTACTTACTCATAA  891

seq1  GCATGGCTAGAAAATGTTTAATAGGCAAAAGAGCTTTTGGACTTAGCCTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGCTAGAAAATGTTTAATAGGCAAAAGAGCTTTTGGACTTAGCCTT  941

seq1  CAAATTTAGTAAGCAGAGCCTAGAGTGAATGCTTTATGCCCAGCTTCAAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTAGTAAGCAGAGCCTAGAGTGAATGCTTTATGCCCAGCTTCAAC  991

seq1  TGAATATCAAAAGGTAACTGGAGGATCTGGGTGGTTGAGAGCAAAACACT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATCAAAAGGTAACTGGAGGATCTGGGTGGTTGAGAGCAAAACACT  1041

seq1  TGCTATATAAATGGGAGGAACTGAAGTTTGGATCCCTAGAACTATGTTAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATATAAATGGGAGGAACTGAAGTTTGGATCCCTAGAACTATGTTAG  1091

seq1  TGCTTAGTGAGCATGATGGCCTACATATAATTCCAGTACTCAGAGGCAGA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAGTGAGCATGATGGCCTACATATAATTCCAGTACTCAGAGGCAGA  1141

seq1  GAGGAGGAATTC  1160
      ||||||||||||
seq2  GAGGAGGAATTC  1153


seq1: chr1_195667358_195668520
seq2: B6Ng01-338G06.g_65_1223

seq1  GAATTCCAATCTAGGCTCTTCTCATTTTAAAAGTTTGCTTTTGTGTGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATCTAGGCTCTTCTCATTTTAAAAGTTTGCTTTTGTGTGAAA  50

seq1  TGGTATTCTTCAATAGACTCCAGGCTTTTCACGTGGACCCTGTATACAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATTCTTCAATAGACTCCAGGCTTTTCACGTGGACCCTGTATACAGG  100

seq1  AATGGTCCACTTGGAGCCCTAACTGCTACCAGAATTATTGCCCTTTAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTCCACTTGGAGCCCTAACTGCTACCAGAATTATTGCCCTTTAGTT  150

seq1  TTGTCAACTGTGTCTTTAGTTTTGTCAGTCTGCTGTTGTTATTTTCTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAACTGTGTCTTTAGTTTTGTCAGTCTGCTGTTGTTATTTTCTTAA  200

seq1  ACACACACACACAAACAAACAGGCATGCACACATGTATGGGGTAGATGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACAAACAAACAGGCATGCACACATGTATGGGGTAGATGGT  250

seq1  GATCAATATCATGGCTGTTGATATACATGGTTGTGCTAGTTTCCTGTCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAATATCATGGCTGTTGATATACATGGTTGTGCTAGTTTCCTGTCTC  300

seq1  TGGTGGATCATATTTACACAAACTAGCTTTAAACCATGAACGGTCACATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGATCATATTTACACAAACTAGCTTTAAACCATGAACGGTCACATC  350

seq1  TCAAGATCTCAGAAGTCCAAAATAAAGGGTTCAATACAATTATTTCCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATCTCAGAAGTCCAAAATAAAGGGTTCAATACAATTATTTCCTTT  400

seq1  TGGAGTCCTCAGGAAGTCTGCCCTTTGCCTAGCTCATGATGGTGCCAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTCCTCAGGAAGTCTGCCCTTTGCCTAGCTCATGATGGTGCCAATG  450

seq1  AATCTTGGCATCCTTGTATCAATTGTCTATCACTCACATTCTGCCTGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTGGCATCCTTGTATCAATTGTCTATCACTCACATTCTGCCTGTGT  500

seq1  GCCTTCTCTTTGCCTGCCTACAGTGCTCTCTTTTTCTCTCATGGAGTCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTCTTTGCCTGCCTACAGTGCTCTCTTTTTCTCTCATGGAGTCTT  550

seq1  GCCTAAGTCAGTAGAGTCTCTTCTGAAATGAGAGTGGGACCAAAATCATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAAGTCAGTAGAGTCTCTTCTGAAATGAGAGTGGGACCAAAATCATG  600

seq1  AGCTCTGTATAAAGACATGCTCACAAGTCTAGGGTTAGACATTGAACAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGTATAAAGACATGCTCACAAGTCTAGGGTTAGACATTGAACAGG  650

seq1  TCCTGTTGAGTGATATCATCCAAGTCAGCACTGGTGAGGAAAATTATAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTGAGTGATATCATCCAAGTCAGCACTGGTGAGGAAAATTATAGC  700

seq1  ATGATGACAATATCCTCAGAGTGCATATGAATATAGCTTCAAAGGAGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGACAATATCCTCAGAGTGCATATGAATATAGCTTCAAAGGAGAAA  750

seq1  ACATACTGGATATACAAGGAGGAAACATCCAGGACAATGGATGGTTTGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTGGATATACAAGGAGGAAACATCCAGGACAATGGATGGTTTGCA  800

seq1  GCAGGTCAGTTGCTGGATGGCTCATGTGACCTGTTCTGGTAGATTATGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTCAGTTGCTGGATGGCTCATGTGACCTGTTCTGGTAGATTATGGG  850

seq1  CCTATACTGACAGACACCACTGTCACTTCCTCCCTCTCCATCTTGAGTAG  900
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCTATACTGACAGACACCACTGTCACTTTCTCCCTCTCCATCTTGAGTAG  900

seq1  CCTCACAGAAATGAGCTCCCCGACTCCTTCCTCATGAGCAGTGTCCACAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACAGAAATGAGCTCCCCGACTCCTTCCTCATGAGCAGTGTCCACAC  950

seq1  AGATGTTTTGGGATTTGCCAATTTGCAGCAAAGGTACATTCTTTTCACAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTTTTGGGATTTGCCAATTTGCAGC-AAGGTACATTCTTTTCACAT  999

seq1  CAGATGACTAGTGAGGTAGAACTGCTGTCTTTGTCAGCTCTGCTTCT-GT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAGATGACTAGTGAGGTAGAACTGCTGTCTTTGTCAGCTCTGCTTCTGGT  1049

seq1  GAGCCACCTGGTCATAAACATTTTTGTTGATCTATTTATTATTTTCTTAA  1099
      ||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||   |||
seq2  GAGCCACCTGGTCATAAAACATTTTG-TGATCTATTTATTATTT--CTAA  1096

seq1  TTTGCGGTCATGGTCCCT-GCATTTTCTGTGGTCATGGGAGTTATATTCT  1148
      ||   ||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||  || |||
seq2  TTGCGGGTCATGGTTCCTGGCAATTCCTGTGGTCATGGGAGT--TAATCT  1144

seq1  TGGAATCATTCCCAG  1163
      ||||   ||||||||
seq2  TGGATCTATTCCCAG  1159


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |