BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-338N03
Chromosome1 (Build37)
Map Location 177,852,206 - 177,988,123
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm104, Pld5, B020018G12Rik
Upstream geneRgs7, Fh1, Kmo, Opn3, Chml, Wdr64, Exo1
Downstream geneCep170, Sdccag8, LOC666235, Akt3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-338N03.bB6Ng01-338N03.g
ACCGA122994GA122995
length1,065214
definitionB6Ng01-338N03.b B6Ng01-338N03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(177,987,064 - 177,988,123)(177,852,206 - 177,852,419)
sequence
gaattcctcccattctctgtattaactgcccaagaggaagaaaacaaaag
gattgctaggtatctgggaggtgtgtgacagggagctcaggccagaacag
cccttcaatgaaaggaaggaggacaccaagagctatgggagagcaggggg
cacgacaggtgctcaactttctcatcatttcctgacctggatttaatatg
tgtccattttccttcataacacaaacacacatgttctcattctccatgta
ctctcctctcctccccttcacatctatctatctatctatctatctatcta
tctatctatctatctatctatctatctctatctttatctctcataccctt
ggtctcaatttccttcatgtcttgcgaacattttctatttcaaacttttg
agtttccctggctcagtgaagagttggggactccatggttatgcaccgag
ttttctgctgggtgtggacaatcaatactattcatgaagaatttaatttt
agagcttgagcaatcctcatgatggtatatgataattttatcatgtgatt
ataacatgtatgctgtgatctctcagtggcttttgaagaaacagcatcta
tacatggttctacagaaactagctaaatgtttccagatattataagccag
aactctcacttcctgaatgagatttacaccctaataaggaagattgggtt
catcaaagaataaaatgactatgaaggatggttacagaaaacagtctgtg
aattgtatcctgagtattctgaacttgtgagctaatatccacttatcaag
gagtgcatatcatgtgtgttcttttgtgactgggttacctcactcaggat
gatattttctagttccatccatttgcctaagaacttcatgaattcatcgt
ttttaatagttgagtagtactccagacactattgtggatcctaacaagtg
cttgctgacaggaacctgatatagctgtctcctgggaatctctgccagtg
cctgacaaatgcagaagtggatgctcacagccatccataggactggaggc
aagggtctccaatgg
tgtggtgactttactgtttacagtggacctttggagggcagcggtcatgg
ggtgggacctttcagggactgcgtttctgttgttgtatagtataagcctt
tccttttcatctctaagatgattttaataaatgtcatgttcttaaatgac
taaaagtgagaagtgtgattctgtgtgtgtgtgtgtggagagagagagag
agagagagagagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_177987064_177988123
seq2: B6Ng01-338N03.b_46_1110 (reverse)

seq1  CCATTGGGAACCCCTTGCT-CAGTCCTATGGATGGCTGTGAGCATCCACT  49
      |||||||  |||| |  || ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGGAGACCCTTGCCTCCAGTCCTATGGATGGCTGTGAGCATCCACT  50

seq1  TCTGCATTTGTCAGGCACTGGCAGAGATTCCCAGGAGACAGCTATATCAG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATTTGTCAGGCACTGGCAGAGATTCCCAGGAGACAGCTATATCAG  100

seq1  GTTCCTGTCAGCAAGCACTTGTTAGGATCCACAATAGTGTCTGGAGTACT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGTCAGCAAGCACTTGTTAGGATCCACAATAGTGTCTGGAGTACT  150

seq1  ACTCAACTATTAAAAACGATGAATTCATGAAGTTCTTAGGCAAATGGATG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAACTATTAAAAACGATGAATTCATGAAGTTCTTAGGCAAATGGATG  200

seq1  GAACTAGAAAATATCATCCTGAGTGAGGTAACCCAGTCACAAAAGAACAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTAGAAAATATCATCCTGAGTGAGGTAACCCAGTCACAAAAGAACAC  250

seq1  ACATGATATGCACTCCTTGATAAGTGGATATTAGCTCACAAGTTCAGAAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGATATGCACTCCTTGATAAGTGGATATTAGCTCACAAGTTCAGAAT  300

seq1  ACTCAGGATACAATTCACAGACTGTTTTCTGTAACCATCCTTCATAGTCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGGATACAATTCACAGACTGTTTTCTGTAACCATCCTTCATAGTCA  350

seq1  TTTTATTCTTTGATGAACCCAATCTTCCTTATTAGGGTGTAAATCTCATT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTCTTTGATGAACCCAATCTTCCTTATTAGGGTGTAAATCTCATT  400

seq1  CAGGAAGTGAGAGTTCTGGCTTATAATATCTGGAAACATTTAGCTAGTTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGTGAGAGTTCTGGCTTATAATATCTGGAAACATTTAGCTAGTTT  450

seq1  CTGTAGAACCATGTATAGATGCTGTTTCTTCAAAAGCCACTGAGAGATCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGAACCATGTATAGATGCTGTTTCTTCAAAAGCCACTGAGAGATCA  500

seq1  CAGCATACATGTTATAATCACATGATAAAATTATCATATACCATCATGAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATACATGTTATAATCACATGATAAAATTATCATATACCATCATGAG  550

seq1  GATTGCTCAAGCTCTAAAATTAAATTCTTCATGAATAGTATTGATTGTCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCTCAAGCTCTAAAATTAAATTCTTCATGAATAGTATTGATTGTCC  600

seq1  ACACCCAGCAGAAAACTCGGTGCATAACCATGGAGTCCCCAACTCTTCAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCAGCAGAAAACTCGGTGCATAACCATGGAGTCCCCAACTCTTCAC  650

seq1  TGAGCCAGGGAAACTCAAAAGTTTGAAATAGAAAATGTTCGCAAGACATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCAGGGAAACTCAAAAGTTTGAAATAGAAAATGTTCGCAAGACATG  700

seq1  AAGGAAATTGAGACCAAGGGTATGAGAGATAAAGATAG----AGATAGAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||
seq2  AAGGAAATTGAGACCAAGGGTATGAGAGATAAAGATAGAGATAGATAGAT  750

seq1  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGTGAAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGTGAAG  800

seq1  GGGAGGAGAGGAGAGTACATGGAGAATGAGAACATGTGTGTTTGTGTTAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGAGAGGAGAGTACATGGAGAATGAGAACATGTGTGTTTGTGTTAT  850

seq1  GAAGGAAAATGGACACATATTAAATCCAGGTCAGGAAATGATGAGAAAGT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAAATGGACACATATTAAATCCAGGTCAGGAAATGATGAGAAAGT  900

seq1  TGAGCACCTGTCGTGCCCCCTGCTCTCCCATAGCTCTTGGTGTCCTCCTT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCACCTGTCGTGCCCCCTGCTCTCCCATAGCTCTTGGTGTCCTCCTT  950

seq1  CCTTTCATTGAAGGGCTGTTCTGGCCTGAGCTCCCTGTCACACACCTCCC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCATTGAAGGGCTGTTCTGGCCTGAGCTCCCTGTCACACACCTCCC  1000

seq1  AGATACCTAGCAATCCTTTTGTTTTCTTCCTCTTGGGCAGTTAATACAGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACCTAGCAATCCTTTTGTTTTCTTCCTCTTGGGCAGTTAATACAGA  1050

seq1  GAATGGGAGGAATTC  1060
      |||||||||||||||
seq2  GAATGGGAGGAATTC  1065

seq1: chr1_177852206_177852419
seq2: B6Ng01-338N03.g_72_285

seq1  TGTGGTGACTTTACTGTTTACAGTGGACCTTTGGAGGGCAGCGGTCATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGACTTTACTGTTTACAGTGGACCTTTGGAGGGCAGCGGTCATGG  50

seq1  GGTGGGACCTTTCAGGGACTGCGTTTCTGTTGTTGTATAGTATAAGCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGACCTTTCAGGGACTGCGTTTCTGTTGTTGTATAGTATAAGCCTT  100

seq1  TCCTTTTCATCTCTAAGATGATTTTAATAAATGTCATGTTCTTAAATGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTCATCTCTAAGATGATTTTAATAAATGTCATGTTCTTAAATGAC  150

seq1  TAAAAGTGAGAAGTGTGATTCTGTGTGTGTGTGTGTGGAGAGAGAGAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTGAGAAGTGTGATTCTGTGTGTGTGTGTGTGGAGAGAGAGAGAG  200

seq1  AGAGAGAGAGAGAG  214
      ||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAG  214