BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-339P10
Chromosome1 (Build37)
Map Location 58,120,533 - 58,256,013
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAox1, Aox3
Upstream geneLOC383509, 1700066M21Rik, 1110034B05Rik, 9430016H08Rik, LOC667339, 2810022L02Rik, Kctd18, Sgol2
Downstream geneAox4, Aox3l1, EG628262, Bzw1, Clk1, Ppil3, Nif3l1, Orc2l, BC049806, Ndufb3, EG667397, Als2cr12, Cflar, LOC100042431, Casp8, EG667419, Trak2, Als2cr2, 4930408G06Rik, EG667447, Als2cr11, Als2cr4, Mpp4, Als2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-339P10.bB6Ng01-339P10.g
ACCGA123813GA123814
length1,0771,112
definitionB6Ng01-339P10.b B6Ng01-339P10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,254,937 - 58,256,013)(58,120,533 - 58,121,639)
sequence
gaattcattcttatcccacaaatagaatttctcacagattctttcaaaag
cataagctgatgtagcataattaatttaaagatcttttatttgtcaaatg
cttcctttatatgtgatgcacatgtaatatgtaagacaagatggccatct
gggatggcgatcctggaagggagaggcaagtagatgctggatggcgttgg
gccgagagcaatggatatccgttacacctgatggataacagtggtgaatg
aaagaccacagtgatcttggagcagctgcacaagagcagaacttacaagt
gtgctgccctagggagcaggacatgggcagaattttgatttccacctcac
accactagatattctcaagttggaggggtgagtactaattttgcaaattc
aagttctgacgcttctgaaagtgagaggggatttgattgggaagctgact
ttcaagactgtaaaacacacagatgtgctagagggctcattcagtgttca
aggataaataattctagcaaagcattcaggcatggtgccagccaggccct
gagcctctcccagtgtatctccttatctgctcctaggttcagcgtccctg
ccctgcaaaaggatgccttgaaaacagcatagtccttttgcagtagcaaa
tactctgttctcaccctggaagcccactgctggtgacagtcctcagcagg
cgctgttgccctatctcaaagataacagtttcatcgacacctttggaaaa
gcatgtctttgagtcagtggaacctacctgtgcagagcatgcgctacata
gacataaattgctgcaaagccaaccccacacttgtttgtatttgtattac
gtcaaaacacagatttctatgaggatttacccagggccatgccatgttga
tccatctgtgtccctcatgctccaggtgggtgtaaaaccaagttagtgaa
ctgtttggggtgagtccttatttttcccttccctattccctctccccccc
cttttcttttatttcccttccttacagggcttgtcatgtaggccaggatg
gttcagggtcttatttatgcagtttaa
gaattccaaggaggcctcagacctgaacgggggttttgcttaacaccact
cagttattaccacttcatgataaacatggcatgtctggataattctgaga
aaacttgttaatgtgtgtaatgcatttcctttcatatactgaatcttgta
agtaaagcttacctcttaggcttggttttcttgactgggtttccttcatt
tataagatgatggcagccactggagcaccgtgaagatgagtcatcatagg
gaaaaggcttaccatagtccctggtgcctcacagtccctggtgcttcata
gtccctggtgctccatagtctctggtgctttgggggaatgccaggtagaa
atggtagtacttactaacactagtgatgcacgggtatttgtttgcctgct
tccccttatcaaagggctatgtgattgttgcttagagaaatccgatggga
aaacgttctctagaaactgttttctggttccaaggaacctgtacctatta
tcctcgtgagcctcatgctgcccgtcaacccaactagacgagaagccatg
gccccttgccttatatagaaaccaacacaataactttaagtagttgggag
aggcagtgggtttgataaaattgaatcatacagagctcacaaataattaa
tgagatttaatgcataaataaataaacaaacaaacagaagtcaagaaatc
ctctttgatggagactttgagaggtgtcttcccaggatagatgagaataa
gagccaatgggtgggctgtatcagacttttcagatgaggaccttgaagta
atatagaaacgtatgacctatttctaccatgtgatcaaaagtggaaaagc
aaggctaactgtagactcgaacacaatttcttggtgagtcagctgatgta
attagcgcttcttgtgctccactcagcttcctctctttgaaaacaaatag
cttgttgttagcttttatcttctattaaaatggtataaggttataaaaat
aatcatagagtatagttaatgtctcatctaagacgccgcgtggaccattc
ctcttgtcctcagaggtctctgctgtgggggtggcgcagcttggtccacc
ctctgcaatacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_58254937_58256013
seq2: B6Ng01-339P10.b_48_1124 (reverse)

seq1  TTAAACTGCAT-AATAGGA-CCTGGACCATCCTGGGCTACATGACAAGCC  48
      ||||||||||| |||| || |||| |||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTAAACTGCATAAATAAGACCCTGAACCATCCTGGCCTACATGACAAGCC  50

seq1  CTTGTTAAAGGAAGGGAAAT-AAAGAAAA-GGGGGGGAGAGGGAATAGGG  96
      | |||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  C-TGT--AAGGAAGGGAAATAAAAGAAAAGGGGGGGGAGAGGGAATA-GG  96

seq1  GAAGGGAAAAATAAGGACTCACCCAAAACAGTTTCACTAACTTGGTTTTA  146
      |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGAAAAATAAGGACTCACCCCAAACAG-TTCACTAACTTGGTTTTA  145

seq1  CACCCACCTGGAGCATGAGGGACACAGATGGATCAACATGGCATGGCCCT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCACCTGGAGCATGAGGGACACAGATGGATCAACATGGCATGGCCCT  195

seq1  GGGTAAAT-CTCATAGAAATCTGTGTTTTGACGTAATACAAATACAAACA  245
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAATCCTCATAGAAATCTGTGTTTTGACGTAATACAAATACAAACA  245

seq1  AGTGTGGGGTTGGCTTTGCAGCAATTTATGTCTATGTAGCGCATGCTCTG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGGGTTGGCTTTGCAGCAATTTATGTCTATGTAGCGCATGCTCTG  295

seq1  CACAGGTAGGTTCCACTGACTCAAAGACATGCTTTTCCAAAGGTGTCGAT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGTAGGTTCCACTGACTCAAAGACATGCTTTTCCAAAGGTGTCGAT  345

seq1  GAAACTGTTATCTTTGAGATAGGGCAACAGCGCCTGCTGAGGACTGTCAC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTGTTATCTTTGAGATAGGGCAACAGCGCCTGCTGAGGACTGTCAC  395

seq1  CAGCAGTGGGCTTCCAGGGTGAGAACAGAGTATTTGCTACTGCAAAAGGA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGTGGGCTTCCAGGGTGAGAACAGAGTATTTGCTACTGCAAAAGGA  445

seq1  CTATGCTGTTTTCAAGGCATCCTTTTGCAGGGCAGGGACGCTGAACCTAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCTGTTTTCAAGGCATCCTTTTGCAGGGCAGGGACGCTGAACCTAG  495

seq1  GAGCAGATAAGGAGATACACTGGGAGAGGCTCAGGGCCTGGCTGGCACCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGATAAGGAGATACACTGGGAGAGGCTCAGGGCCTGGCTGGCACCA  545

seq1  TGCCTGAATGCTTTGCTAGAATTATTTATCCTTGAACACTGAATGAGCCC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGAATGCTTTGCTAGAATTATTTATCCTTGAACACTGAATGAGCCC  595

seq1  TCTAGCACATCTGTGTGTTTTACAGTCTTGAAAGTCAGCTTCCCAATCAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCACATCTGTGTGTTTTACAGTCTTGAAAGTCAGCTTCCCAATCAA  645

seq1  ATCCCCTCTCACTTTCAGAAGCGTCAGAACTTGAATTTGCAAAATTAGTA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCTCTCACTTTCAGAAGCGTCAGAACTTGAATTTGCAAAATTAGTA  695

seq1  CTCACCCCTCCAACTTGAGAATATCTAGTGGTGTGAGGTGGAAATCAAAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCCCTCCAACTTGAGAATATCTAGTGGTGTGAGGTGGAAATCAAAA  745

seq1  TTCTGCCCATGTCCTGCTCCCTAGGGCAGCACACTTGTAAGTTCTGCTCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCCATGTCCTGCTCCCTAGGGCAGCACACTTGTAAGTTCTGCTCT  795

seq1  TGTGCAGCTGCTCCAAGATCACTGTGGTCTTTCATTCACCACTGTTATCC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAGCTGCTCCAAGATCACTGTGGTCTTTCATTCACCACTGTTATCC  845

seq1  ATCAGGTGTAACGGATATCCATTGCTCTCGGCCCAACGCCATCCAGCATC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGTGTAACGGATATCCATTGCTCTCGGCCCAACGCCATCCAGCATC  895

seq1  TACTTGCCTCTCCCTTCCAGGATCGCCATCCCAGATGGCCATCTTGTCTT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGCCTCTCCCTTCCAGGATCGCCATCCCAGATGGCCATCTTGTCTT  945

seq1  ACATATTACATGTGCATCACATATAAAGGAAGCATTTGACAAATAAAAGA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTACATGTGCATCACATATAAAGGAAGCATTTGACAAATAAAAGA  995

seq1  TCTTTAAATTAATTATGCTACATCAGCTTATGCTTTTGAAAGAATCTGTG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAATTAATTATGCTACATCAGCTTATGCTTTTGAAAGAATCTGTG  1045

seq1  AGAAATTCTATTTGTGGGATAAGAATGAATTC  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTCTATTTGTGGGATAAGAATGAATTC  1077

seq1: chr1_58120533_58121639
seq2: B6Ng01-339P10.g_66_1177

seq1  GAATTCCAAGGAGGCCTCAGACCTGAACGGGGGTTTTGCTTAACACCACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGGAGGCCTCAGACCTGAACGGGGGTTTTGCTTAACACCACT  50

seq1  CAGTTATTACCACTTCATGATAAACATGGCATGTCTGGATAATTCTGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTATTACCACTTCATGATAAACATGGCATGTCTGGATAATTCTGAGA  100

seq1  AAACTTGTTAATGTGTGTAATGCATTTCCTTTCATATACTGAATCTTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTGTTAATGTGTGTAATGCATTTCCTTTCATATACTGAATCTTGTA  150

seq1  AGTAAAGCTTACCTCTTAGGCTTGGTTTTCTTGACTGGGTTTCCTTCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAGCTTACCTCTTAGGCTTGGTTTTCTTGACTGGGTTTCCTTCATT  200

seq1  TATAAGATGATGGCAGCCACTGGAGCACCGTGAAGATGAGTCATCATAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGATGATGGCAGCCACTGGAGCACCGTGAAGATGAGTCATCATAGG  250

seq1  GAAAAGGCTTACCATAGTCCCTGGTGCCTCACAGTCCCTGGTGCTTCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGCTTACCATAGTCCCTGGTGCCTCACAGTCCCTGGTGCTTCATA  300

seq1  GTCCCTGGTGCTCCATAGTCTCTGGTGCTTTGGGGGAATGCCAGGTAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTGGTGCTCCATAGTCTCTGGTGCTTTGGGGGAATGCCAGGTAGAA  350

seq1  ATGGTAGTACTTACTAACACTAGTGATGCACGGGTATTTGTTTGCCTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAGTACTTACTAACACTAGTGATGCACGGGTATTTGTTTGCCTGCT  400

seq1  TCCCCTTATCAAAGGGCTATGTGATTGTTGCTTAGAGAAATCCGATGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTTATCAAAGGGCTATGTGATTGTTGCTTAGAGAAATCCGATGGGA  450

seq1  AAACGTTCTCTAGAAACTGTTTTCTGGTTCCAAGGAACCTGTACCTATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGTTCTCTAGAAACTGTTTTCTGGTTCCAAGGAACCTGTACCTATTA  500

seq1  TCCTCGTGAGCCTCATGCTGCCCGTCAACCCAACTAGACGAGAAGCCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCGTGAGCCTCATGCTGCCCGTCAACCCAACTAGACGAGAAGCCATG  550

seq1  GCCCCTTGCCTTATATAGAAACCAACACAATAACTTTAAGTAGTTGGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTTGCCTTATATAGAAACCAACACAATAACTTTAAGTAGTTGGGAG  600

seq1  AGGCAGTGGGTTTGATAAAATTGAATCATACAGAGCTCACAAATAATTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGTGGGTTTGATAAAATTGAATCATACAGAGCTCACAAATAATTAA  650

seq1  TGAGATTTAATGCATAAATAAATAAACAAACAAACAGAAGTCAAGAAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTTAATGCATAAATAAATAAACAAACAAACAGAAGTCAAGAAATC  700

seq1  CTCTTTGATGGAGACTTTGAGAGGTGTCTTCCCAGGATAGATGAGAATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGATGGAGACTTTGAGAGGTGTCTTCCCAGGATAGATGAGAATAA  750

seq1  GAGCCAATGGGTGGGCTGTATCAGACTTTTCAGATGAGGACCTTGAAGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAATGGGTGGGCTGTATCAGACTTTTCAGATGAGGACCTTGAAGTA  800

seq1  ATATAGAAACGTATGACCTATTTCTACCATGTGATCAAAAGTGGAAAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGAAACGTATGACCTATTTCTACCATGTGATCAAAAGTGGAAAAGC  850

seq1  AAGGCTAACTGTAGACTCGAACACAATTTCTTGGTGAGTCAGCTGATGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTAACTGTAGACTCGAACACAATTTCTTGGTGAGTCAGCTGATGTA  900

seq1  ATTAGCGCTTC-TGTGCTCCACTCAGCTTCCTCTCTTTGAAAAC-AATAG  948
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATTAGCGCTTCTTGTGCTCCACTCAGCTTCCTCTCTTTGAAAACAAATAG  950

seq1  C-TGTTGTTAGC-TTTATCTTCTATTAAAATTGTATAA-GTTATAAAAAT  995
      | |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
seq2  CTTGTTGTTAGCTTTTATCTTCTATTAAAATGGTATAAGGTTATAAAAAT  1000

seq1  AATCATAGAGTATAGTTTAATGTCTCATCTAAAGACG-CGCGTGGCCCAT  1044
      ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||| 
seq2  AATCATAGAGTATAG-TTAATGTCTCATCT-AAGACGCCGCGTGGACCA-  1047

seq1  TTCCTC-TGTCCTCAGAGGGTCCTCTGCTGT-GGGGTGGCGGCAGC-TGG  1091
      |||||| ||||||||||||   ||||||||| |||||||| ||||| |||
seq2  TTCCTCTTGTCCTCAGAGG--TCTCTGCTGTGGGGGTGGC-GCAGCTTGG  1094

seq1  GCCA-CCTCTGC-ATACC  1107
       ||| ||||||| |||||
seq2  TCCACCCTCTGCAATACC  1112