BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-341B13
Chromosome1 (Build37)
Map Location 114,773,027 - 114,877,832
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC547247, EG626897, LOC666615, LOC666635
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-341B13.bB6Ng01-341B13.g
ACCGA124584GA124585
length7261,169
definitionB6Ng01-341B13.b B6Ng01-341B13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,877,107 - 114,877,832)(114,773,027 - 114,774,216)
sequence
gaattctacaacttgttgccaggagtggggtaccacccttgtagcttgaa
catatggatctcaaatgctgccaccttacttcctccaactaggctacacc
tattttaacaaggccacatttcttaatagtgccattccctatggaccaag
cattcaaacacatgaatctgttgaaaccatcattgtggtcttcatacttg
tgtcctgaatggtgctacatgccacaaagatgaaactaacacagaaagct
aaaggtaaagctgggggactcaatcgttgattgttacttggacaacagtt
atatttgaaattattctcaagttcagtttttttttaccccgaacctgtat
ttcaactaattgtagactattttgtatatttttagtgaaaaaatgtaact
caaaagaacatcaatagtcaataaatccttattcatgtgtgtgcatgtga
atatgtaggtcagtgtttacatttatgtgcttgcatatgaagaccagaaa
gttaatgtcagggtgtctctttcaatttttcaccatttgaataataatta
gttaattaattttcaaaagatctctcattgaacataaagattacaaatta
ggataatctggttggtacttgtaagagcactgttgtctgctgtcctgaga
ttacaagtgcatgcaatgtcctaaatgctgattttttttttgtggttttt
gtttggtttggtttggtttggtttgg

gaattcaaggatcgggcatttgggatattcttctaaatgtccttttaaaa
gaataagtcagagttcaaaacagagactatgagagtagagaagcaaaata
gatggagaacccacaccctacccatgaacttctcccaaatgccatttcat
ttgtctatgagtgtggacggaattttgtactaaatatggaatttatgaaa
caaatttagtgagaactaatccagtaaattcacaccttattacctgatca
ctagacaatagctctcaagatttctttcatatctcccacagatgctcagt
aagaaagatgatgatccaatctccatgtttatattactaatcagagaggc
agaggcaggggcaggagcacaactcagacttatgtatgtacttgagattt
caagtcaatgtttaggggtacacaagtatgtgggagtttccttgtagggg
ccaaaggacaaatttgggtgtcattctttaagtgccttctacctttgaga
caggctttctcattggcctggagtttcactaagcaagatacacaagcata
ccagtgagctgccagggaacttctgcttccattttccctcctcccattgc
tggagtttagtgtgaacccatatggccaaatatattagagggctctagag
gtgatctaaatcagatcttcccacttgataggaaaacaattttctaatta
agctacctctcctgctcttaacttaagtgttttaataagatttttaagac
aagattattttcatagtttcttaaaactattaaagaaaatttgttcctca
agccctcaccaaaatgttggatctctattcttaggagaaaattataccta
cagttcatcctttataaaacaagtgctatgtttgtaatattcttttatct
gttgtggatttatataaaaacatcaagatattttatggcccatacttagt
tatgtatttatatgatcaaagacttttagaatcaacttcattattgcatt
tagcactcaggatgtaaggagtcaggcgtatttaccattcattcttgttg
ttagcctttactacatgcatgtaacaaagaaatcattttatttttattgt
caaaacttctttaatagtcttttatacagcagaagaagttatccttttta
ggatgcactgtagccatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_114877107_114877832
seq2: B6Ng01-341B13.b_47_772 (reverse)

seq1  CCAAACCAAACCAAACCAAACCAAACAAAAACCACAAAAAAAAAATCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACCAAACCAAACCAAACCAAACAAAAACCACAAAAAAAAAATCAGC  50

seq1  ATTTAGGACATTGCATGCACTTGTAATCTCAGGACAGCAGACAACAGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGGACATTGCATGCACTTGTAATCTCAGGACAGCAGACAACAGTGC  100

seq1  TCTTACAAGTACCAACCAGATTATCCTAATTTGTAATCTTTATGTTCAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACAAGTACCAACCAGATTATCCTAATTTGTAATCTTTATGTTCAAT  150

seq1  GAGAGATCTTTTGAAAATTAATTAACTAATTATTATTCAAATGGTGAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATCTTTTGAAAATTAATTAACTAATTATTATTCAAATGGTGAAAA  200

seq1  ATTGAAAGAGACACCCTGACATTAACTTTCTGGTCTTCATATGCAAGCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAAGAGACACCCTGACATTAACTTTCTGGTCTTCATATGCAAGCAC  250

seq1  ATAAATGTAAACACTGACCTACATATTCACATGCACACACATGAATAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGTAAACACTGACCTACATATTCACATGCACACACATGAATAAGG  300

seq1  ATTTATTGACTATTGATGTTCTTTTGAGTTACATTTTTTCACTAAAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTGACTATTGATGTTCTTTTGAGTTACATTTTTTCACTAAAAATA  350

seq1  TACAAAATAGTCTACAATTAGTTGAAATACAGGTTCGGGGTAAAAAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAATAGTCTACAATTAGTTGAAATACAGGTTCGGGGTAAAAAAAAA  400

seq1  CTGAACTTGAGAATAATTTCAAATATAACTGTTGTCCAAGTAACAATCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACTTGAGAATAATTTCAAATATAACTGTTGTCCAAGTAACAATCAA  450

seq1  CGATTGAGTCCCCCAGCTTTACCTTTAGCTTTCTGTGTTAGTTTCATCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATTGAGTCCCCCAGCTTTACCTTTAGCTTTCTGTGTTAGTTTCATCTT  500

seq1  TGTGGCATGTAGCACCATTCAGGACACAAGTATGAAGACCACAATGATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCATGTAGCACCATTCAGGACACAAGTATGAAGACCACAATGATGG  550

seq1  TTTCAACAGATTCATGTGTTTGAATGCTTGGTCCATAGGGAATGGCACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAACAGATTCATGTGTTTGAATGCTTGGTCCATAGGGAATGGCACTA  600

seq1  TTAAGAAATGTGGCCTTGTTAAAATAGGTGTAGCCTAGTTGGAGGAAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAAATGTGGCCTTGTTAAAATAGGTGTAGCCTAGTTGGAGGAAGTA  650

seq1  AGGTGGCAGCATTTGAGATCCATATGTTCAAGCTACAAGGGTGGTACCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGCAGCATTTGAGATCCATATGTTCAAGCTACAAGGGTGGTACCCC  700

seq1  ACTCCTGGCAACAAGTTGTAGAATTC  726
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTGGCAACAAGTTGTAGAATTC  726


seq1: chr1_114773027_114774216
seq2: B6Ng01-341B13.g_69_1237

seq1  GAATTCAAGGATCGGGCATTTGGGATATTCTTCTAAATGTCCTTTTAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGATCGGGCATTTGGGATATTCTTCTAAATGTCCTTTTAAAA  50

seq1  GAATAAGTCAGAGTTCAAAACAGAGACTATGAGAGTAGAGAAGCAAAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAGTCAGAGTTCAAAACAGAGACTATGAGAGTAGAGAAGCAAAATA  100

seq1  GATGGAGAACCCACACCCTACCCATGAACTTCTCCCAAATGCCATTTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGAACCCACACCCTACCCATGAACTTCTCCCAAATGCCATTTCAT  150

seq1  TTGTCTATGAGTGTGGACGGAATTTTGTACTAAATATGGAATTTATGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTATGAGTGTGGACGGAATTTTGTACTAAATATGGAATTTATGAAA  200

seq1  CAAATTTAGTGAGAACTAATCCAGTAAATTCACACCTTATTACCTGATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTAGTGAGAACTAATCCAGTAAATTCACACCTTATTACCTGATCA  250

seq1  CTAGACAATAGCTCTCAAGATTTCTTTCATATCTCCCACAGATGCTCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACAATAGCTCTCAAGATTTCTTTCATATCTCCCACAGATGCTCAGT  300

seq1  AAGAAAGATGATGATCCAATCTCCATGTTTATATTACTAATCAGAGAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGATGATGATCCAATCTCCATGTTTATATTACTAATCAGAGAGGC  350

seq1  AGAGGCAGGGGCAGGAGCACAACTCAGACTTATGTATGTACTTGAGATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCAGGGGCAGGAGCACAACTCAGACTTATGTATGTACTTGAGATTT  400

seq1  CAAGTCAATGTTTAGGGGTACACAAGTATGTGGGAGTTTCCTTGTAGGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCAATGTTTAGGGGTACACAAGTATGTGGGAGTTTCCTTGTAGGGG  450

seq1  CCAAAGGACAAATTTGGGTGTCATTCTTTAAGTGCCTTCTACCTTTGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGGACAAATTTGGGTGTCATTCTTTAAGTGCCTTCTACCTTTGAGA  500

seq1  CAGGCTTTCTCATTGGCCTGGAGTTTCACTAAGCAAGATACACAAGCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTTTCTCATTGGCCTGGAGTTTCACTAAGCAAGATACACAAGCATA  550

seq1  CCAGTGAGCTGCCAGGGAACTTCTGCTTCCATTTTCCCTCCTCCCATTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGAGCTGCCAGGGAACTTCTGCTTCCATTTTCCCTCCTCCCATTGC  600

seq1  TGGAGTTTAGTGTGAACCCATATGGCCAAATATATTAGAGGGCTCTAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTTTAGTGTGAACCCATATGGCCAAATATATTAGAGGGCTCTAGAG  650

seq1  GTGATCTAAATCAGATCTTCCCACTTGATAGGAAAACAATTTTCTAATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCTAAATCAGATCTTCCCACTTGATAGGAAAACAATTTTCTAATTA  700

seq1  AGCTACCTCTCCTGCTCTTAACTTAAGTGTTTTAATAAGATTTTTAAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACCTCTCCTGCTCTTAACTTAAGTGTTTTAATAAGATTTTTAAGAC  750

seq1  AAGATTATTTTCATAGTTTCTTAAAACTATTAAAGAAAATTTGTTCCTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTATTTTCATAGTTTCTTAAAACTATTAAAGAAAATTTGTTCCTCA  800

seq1  AGCCCTCACCAAAATGTTGGATCTCTATTCTTAGGAGAAAATTATACCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTCACCAAAATGTTGGATCTCTATTCTTAGGAGAAAATTATACCTA  850

seq1  CAGTTCATCCTTTATAAAAACAAGTGCTATGTTTGTAATATTCTTTTATC  900
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCATCCTTTAT-AAAACAAGTGCTATGTTTGTAATATTCTTTTATC  899

seq1  TGTTGTGGATTTATATAAAAACATCAAGATATTTTATGGCCCATACTTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGGATTTATATAAAAACATCAAGATATTTTATGGCCCATACTTAG  949

seq1  TTATGTATTTATATGATCAAAGACTTTTAGGAATCAACTTCATTA-TGCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  TTATGTATTTATATGATCAAAGACTTTTA-GAATCAACTTCATTATTGCA  998

seq1  TTTAAGCAACTCAGGAATGTAAGGAGTCCAGCGTATTTACCATTCATTCT  1049
      ||| ||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  TTT-AGC-ACTCAGG-ATGTAAGGAGTCAGGCGTATTTACCATTCATTCT  1045

seq1  TGTTGTAAGCCTTTAACTACAATGCCAATGTAAACAAAGAAATCATTTTT  1099
      |||||| ||||||| ||||| ||||  |||| ||||||||||||| ||||
seq2  TGTTGTTAGCCTTT-ACTAC-ATGC--ATGT-AACAAAGAAATCA-TTTT  1089

seq1  ATTTTTTAATTGTCAAAAACCTTCTTTAATAGTCTTTATTTAACAGCAAG  1149
      ||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||  ||  ||||| ||
seq2  ATTTTT--ATTGTCAAAA--CTTCTTTAATAGTCTT--TTATACAGC-AG  1132

seq1  AGGAAATTTTATTCTTTTTTATGTATGCACTGTAGCCATCT  1190
      | |||   |||| ||||||   | |||||||||||||||||
seq2  AAGAA--GTTATCCTTTTT--AGGATGCACTGTAGCCATCT  1169


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |