BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-342D09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 171,547,519 - 171,674,442
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRgs5, Rgs4
Upstream geneEG383613, Nuf2
Downstream geneLOC100039960, 1700084C01Rik, Hsd17b7, Ddr2, LOC100040571, Uap1, Uhmk1, Sh2d1b2, EG622708, Sh2d1b1, EG665574, 1700015E13Rik, Nos1ap, LOC100040002, LOC640532, Olfml2b, Atf6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-342D09.bB6Ng01-342D09.g
ACCGA125361GA125362
length1,0981,218
definitionB6Ng01-342D09.b B6Ng01-342D09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(171,547,519 - 171,548,631)(171,673,223 - 171,674,442)
sequence
gaattctttatgtagatcagtctggcctgaaattcaagatatctacttgc
ttgaatgtgaggattaaaggtgtgcaccagcatgctcgccctcagagaag
tagttatgctatttgcaggaaagtgggtagagccagagattgtcacctta
agccagacttagaaagaaaaaggaaaacagaaaaaggctggagggatgga
tgctagttggagctaaacatgagcaaaccctatgctgtatatttatgaaa
ataccacaatggaaaccataattttgtacaatacacattctaactttaat
ttgaaaaaaataaaaatggaaaatttactttaagaatccttttgaggttt
tgaaagcaagaaactcaaatcatgatagcaaaacaaatgaaaaattgcaa
aaaaaaaaaaaacctatcgggttataggtttgaatcaagatttcatagca
gaggcagaggcaggtggatttctgagttcgaggccagcctggtctacaaa
gtgagttccaggacagccagggctatacagagaaaccctgtcttgaaaaa
ccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatcatagcaaatagcaaagccactgtg
accgaagcatgtatgtatggtcagtgttcgggcaagaaggccctgatcac
aaggtctagggacagggttgataagcccttttacaccagcatcttgccaa
gcattttctaagggccaggcacagagctctagaatgtaatattcccagtg
cttgatttcagtcttctttggtccagttcctcccttttcaataggaaatg
ttttccctaagccactgtatcttggataacttgtgtttttatttcttacc
tggccttacagtgcaagttatactctacctaatggtataagcagagactt
ttggacctaactactgaatgatgccgcaacatcagatttcagggacttct
tggaaacagagagatctagcttgcatgttagatgcacatgagactttggc
agctgctggcagattgtcatatttggacatgtcctctaggcgagtgctga
tgcacaatcacagtgcgtggtgatgtaggcatgattctttatgggaag
gaattcctaggacaggcattcagggtcagggatctttagaactactagtt
aaaggagccactgagctggctgttataatctcgacaatattccaaggaag
tctactagggaaaaaggctgcttttgtctatatgatcaatgagtcttctt
aataaatataaccataaatctccccaatgagagagtaaaggaaaagaaag
ttctccttccacttagaggcagagggaaccttttatacacatatgtcagg
gcagacccaaatgtcccgggtttcattccggggagaaatgtaaagaaagg
gtcccagccactccttgttcattccaagcctgcagcctcctctcttcaac
agggcactagatctaatgcaaccttggtctttgcacttcaggtgaacctg
gactcttgcaccagagaggagacaagccggaacatgttacagcccacaat
aacctgttttgatgaagcccagaagaagattttcaacctgatggaaaagg
attcctaccgccgcttcctcaagtctcgattctatcttgacctgaccaat
ccttccagctgcggggcagagaagcagaaaggagccaagagttctgcaga
ctgcacttccctggtctcccagtgtgcctaattctcacacagaggcaggg
agcccaaatgccaagactctatgctctgaaaaacctgaggccaaatattg
atcttaagcaccaatgctttatccacattgtagcctagtgtccatgctgc
ctgccgcgtgtgagtcacttccatgtaaaactagccttagttgtggtgtt
ggggttttcactagggtaagacccaatttgttttaaattttcccaagtct
ccttaaggtgagcaagtttccaaataatggctccgtaggtctggattttc
aaagatggctggcagtctgcccctttcacagtttgacctcaagttagtta
gttggtacacttcatgtgacattccatgcacatgtaatgttggcagcagc
acttctacggactctcatgttaaggtgatatttgtgtatgcatatgttac
attaaaatatacataacatatgcatatacattctgtatataatttatact
atgcattcatggggggtgaaatgtgcatgaaaatgcatcaatcctatcta
taatgtatatacctgacacaatgacacacacatccttaagaaagatggaa
gagaatctctaggtgctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_171547519_171548631
seq2: B6Ng01-342D09.b_49_1146

seq1  GAATTCTTTATGTAGATCAGTCTGGCCTGAAATTCAAGATATCTACTTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTATGTAGATCAGTCTGGCCTGAAATTCAAGATATCTACTTGC  50

seq1  TTGAATGTGAGGATTAAAGGTGTGCACCAGCATGCTCGCCCTCAGAGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATGTGAGGATTAAAGGTGTGCACCAGCATGCTCGCCCTCAGAGAAG  100

seq1  TAGTTATGCTATTTGCAGGAAAGTGGGTAGAGCCAGAGATTGTCACCTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTATGCTATTTGCAGGAAAGTGGGTAGAGCCAGAGATTGTCACCTTA  150

seq1  AGCCAGACTTAGAAAGAAAAAGGAAAACAGAAAAAGGCTGGAGGGATGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGACTTAGAAAGAAAAAGGAAAACAGAAAAAGGCTGGAGGGATGGA  200

seq1  TGCTAGTTGGAGCTAAACATGAGCAAACCCTATGCTGTATATTTATGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGTTGGAGCTAAACATGAGCAAACCCTATGCTGTATATTTATGAAA  250

seq1  ATACCACAATGGAAACCATAATTTTGTACAATACACATTCTAACTTTAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCACAATGGAAACCATAATTTTGTACAATACACATTCTAACTTTAAT  300

seq1  TTGAAAAAAATAAAAATGGAAAATTTACTTTAAGAATCCTTTTGAGGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAAAAATAAAAATGGAAAATTTACTTTAAGAATCCTTTTGAGGTTT  350

seq1  TGAAAGCAAGAAACTCAAATCATGATAGCAAAACAAATGAAAAATTGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGCAAGAAACTCAAATCATGATAGCAAAACAAATGAAAAATTGCAA  400

seq1  AAAAAAAAAAAACCTATCGGGTTATAGGTTTGAATCAAGATTTCATAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAACCTATCGGGTTATAGGTTTGAATCAAGATTTCATAGCA  450

seq1  GAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAA  500

seq1  GTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAA  550

seq1  CCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCATAGCAAATAGCAAAGCCACTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCATAGCAAATAGCAAAGCCACTGTG  600

seq1  ACCGAAGCATGTATGTATGGTCAGTGTTCGGGCAAGAAGGCCCTGATCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGAAGCATGTATGTATGGTCAGTGTTCGGGCAAGAAGGCCCTGATCAC  650

seq1  AAGGTCTAGGGACAGGGTTGATAAGCCCTTTTACACCAGCATCTTGCCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCTAGGGACAGGGTTGATAAGCCCTTTTACACCAGCATCTTGCCAA  700

seq1  GCATTTTCTAAGGGCCAGGCACAGAGCTCTAGAATGTAATATTCCCAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTCTAAGGGCCAGGCACAGAGCTCTAGAATGTAATATTCCCAGTG  750

seq1  CTTGATTTCAGTCTTCTTTGGTCCAGTTCCTCCCTTTTCAATAGGAAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATTTCAGTCTTCTTTGGTCCAGTTCCTCCCTTTTCAATAGGAAATG  800

seq1  TTTTCCCTAAGCCACTGTATCTTGGATAACTTGTGTTTTTTATTTCTTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTTTCCCTAAGCCACTGTATCTTGGATAACTTGTG-TTTTTATTTCTTAC  849

seq1  CTGGCCTTACAGTGCAAGTTATACTCTACCT-ATGGTATAAGCAGAGACT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTTACAGTGCAAGTTATACTCTACCTAATGGTATAAGCAGAGACT  899

seq1  TTTGGACCTAACTACTGAATGATGCCGCAACAATCAAGATTCCAGGGAC-  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| 
seq2  TTTGGACCTAACTACTGAATGATGCCGCAAC-ATC-AGATTTCAGGGACT  947

seq1  TCTTGGAAACAGAGAAGATCTAGCTTGCATGTTAAGATGCACATGAGACT  998
      |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCTTGGAAACAGAG-AGATCTAGCTTGCATGTT-AGATGCACATGAGACT  995

seq1  TTGGAAGCTGCTGGCAGAATGTCAATATTTGGACAAATGTCCCTCTAAGG  1048
      |||| ||||||||||||| |||| ||||||||||  |||| ||||||  |
seq2  TTGGCAGCTGCTGGCAGATTGTC-ATATTTGGAC--ATGT-CCTCTA--G  1039

seq1  CCGAGTGCTTGATGCACAGCCCACAGTGCCGTGGTGATGTTTAGGGCATG  1098
       ||||||| |||||||||   ||||||| |||||||||||    ||||||
seq2  GCGAGTGC-TGATGCACA-ATCACAGTG-CGTGGTGATGT---AGGCATG  1083

seq1  GTTCTTTATGGGAAG  1113
       ||||||||||||||
seq2  ATTCTTTATGGGAAG  1098

seq1: chr1_171673223_171674442
seq2: B6Ng01-342D09.g_69_1286 (reverse)

seq1  GAGCACCTAG-GA-TCTTTCCCATCTTTTCTTAAAGAAATGTGTGTGCAT  48
      |||||||||| || ||| | ||||| |||||||| ||  |||||||   |
seq2  GAGCACCTAGAGATTCTCTTCCATC-TTTCTTAAGGATGTGTGTGTCATT  49

seq1  GTGTCA-GTATATACATATATAGATA-GATAGATACATATTCATGCACA-  95
      |||||| |||||||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||||| 
seq2  GTGTCAGGTATATACAT-TATAGATAGGATTGATGCATTTTCATGCACAT  98

seq1  TTCACACACATTGAATACATAGGTATAA--TATATACAGAATGTATATGC  143
      ||||| | |  ||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCCCCCATGAATGCATA-GTATAAATTATATACAGAATGTATATGC  147

seq1  ATATGTTATGTATATTTTAATGTATACATATGCATACACAAATATCACCT  193
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTTATGTATATTTTAATGTA-ACATATGCATACACAAATATCACCT  196

seq1  AAACATTGAGAGTCCGTAGGAAGTGCTGCTGGCCAACATTACATGTGCAT  243
       |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TAACA-TGAGAGTCCGTA-GAAGTGCTGCT-GCCAACATTACATGTGCAT  243

seq1  GGAATGTCACATGAAGTGTACCAACTAACTAACTTGAGGTCAAACTGTTG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGAATGTCACATGAAGTGTACCAACTAACTAACTTGAGGTCAAACTG-TG  292

seq1  AAAGGGGCAGACTGCCAGCCATCTTTGAAAATCCAGACCTACGGAGCCAT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGCAGACTGCCAGCCATCTTTGAAAATCCAGACCTACGGAGCCAT  342

seq1  TATTTGGAAACTTGCTCACCCTTAAGGAGACTTGGGAAAATTTAAAACAA  393
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGGAAACTTGCTCA-CCTTAAGGAGACTTGGGAAAATTTAAAACAA  391

seq1  ATTGGGTCTTACCCTAGTGAAAACCCCAACACCACAACTAAGGCTAGTTT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGTCTTACCCTAGTGAAAACCCCAACACCACAACTAAGGCTAGTTT  441

seq1  TACATGGAAGTGACTCACACGCGGCAGGCAGCATGGACACTAGGCTACAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGGAAGTGACTCACACGCGGCAGGCAGCATGGACACTAGGCTACAA  491

seq1  TGTGGATAAAGCATTGGTGCTTAAGATCAATATTTGGCCTCAGGTTTTTC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGATAAAGCATTGGTGCTTAAGATCAATATTTGGCCTCAGGTTTTTC  541

seq1  AGAGCATAGAGTCTTGGCATTTGGGCTCCCTGCCTCTGTGTGAGAATTAG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCATAGAGTCTTGGCATTTGGGCTCCCTGCCTCTGTGTGAGAATTAG  591

seq1  GCACACTGGGAGACCAGGGAAGTGCAGTCTGCAGAACTCTTGGCTCCTTT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACTGGGAGACCAGGGAAGTGCAGTCTGCAGAACTCTTGGCTCCTTT  641

seq1  CTGCTTCTCTGCCCCGCAGCTGGAAGGATTGGTCAGGTCAAGATAGAATC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCTCTGCCCCGCAGCTGGAAGGATTGGTCAGGTCAAGATAGAATC  691

seq1  GAGACTTGAGGAAGCGGCGGTAGGAATCCTTTTCCATCAGGTTGAAAATC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTTGAGGAAGCGGCGGTAGGAATCCTTTTCCATCAGGTTGAAAATC  741

seq1  TTCTTCTGGGCTTCATCAAAACAGGTTATTGTGGGCTGTAACATGTTCCG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTGGGCTTCATCAAAACAGGTTATTGTGGGCTGTAACATGTTCCG  791

seq1  GCTTGTCTCCTCTCTGGTGCAAGAGTCCAGGTTCACCTGAAGTGCAAAGA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTCTCCTCTCTGGTGCAAGAGTCCAGGTTCACCTGAAGTGCAAAGA  841

seq1  CCAAGGTTGCATTAGATCTAGTGCCCTGTTGAAGAGAGGAGGCTGCAGGC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGTTGCATTAGATCTAGTGCCCTGTTGAAGAGAGGAGGCTGCAGGC  891

seq1  TTGGAATGAACAAGGAGTGGCTGGGACCCTTTCTTTACATTTCTCCCCGG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAATGAACAAGGAGTGGCTGGGACCCTTTCTTTACATTTCTCCCCGG  941

seq1  AATGAAACCCGGGACATTTGGGTCTGCCCTGACATATGTGTATAAAAGGT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAACCCGGGACATTTGGGTCTGCCCTGACATATGTGTATAAAAGGT  991

seq1  TCCCTCTGCCTCTAAGTGGAAGGAGAACTTTCTTTTCCTTTACTCTCTCA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTGCCTCTAAGTGGAAGGAGAACTTTCTTTTCCTTTACTCTCTCA  1041

seq1  TTGGGGAGATTTATGGTTATATTTATTAAGAAGACTCATTGATCATATAG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGAGATTTATGGTTATATTTATTAAGAAGACTCATTGATCATATAG  1091

seq1  ACAAAAGCAGCCTTTTTCCCTAGTAGACTTCCTTGGAATATTGTCGAGAT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGCAGCCTTTTTCCCTAGTAGACTTCCTTGGAATATTGTCGAGAT  1141

seq1  TATAACAGCCAGCTCAGTGGCTCCTTTAACTAGTAGTTCTAAAGATCCCT  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACAGCCAGCTCAGTGGCTCCTTTAACTAGTAGTTCTAAAGATCCCT  1191

seq1  GACCCTGAATGCCTGTCCTAGGAATTC  1220
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTGAATGCCTGTCCTAGGAATTC  1218