BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344C22
Chromosome1 (Build37)
Map Location 10,570,408 - 10,657,109
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCpa6
Upstream gene3110035E14Rik, Mybl1, Vcpip1, LOC100039536, LOC665173, Sgk3, EG620986, LOC100039643, 6030422M02Rik, LOC100039596, 4930418G15Rik, Cops5, Cspp1, Arfgef1
Downstream geneLOC433271, C030045D06Rik, A830018L16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344C22.bB6Ng01-344C22.g
ACCGA126753GA126754
length1,1271,129
definitionB6Ng01-344C22.b B6Ng01-344C22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,570,408 - 10,571,530)(10,655,977 - 10,657,109)
sequence
gaattctcttatctgctgtttttcttcctagccccccccccccccggctt
tctctggacctcagtggaagtcactctaagaacatctggaacaggaggct
gcagaagctgaagcacttcactcctaatctcactcactttgcaaacatga
acactaacatagtcttctctgcactcaaagttttcagtcttattttctaa
agtctagaatctgtctgatcgtgctgccttggtggaactctgtttccttt
tcctcaccttccaaactgagctcagagtttcttctttgagtcacgttctg
tattatttttaatgatcctaaaaaatagtatgtctataatacaaaagaaa
attatttcttggtcatgtaacagataaacatgggtatttcttgtgaaatt
tccctgtataatatttcacaaatccaagaaatgccaacaccaggcttcct
tattctcttggcctctggattttctgtcattcagaaagcagcaggaggca
tggagggagagcctccattctttaaggtctcatttcagaaatgagccatg
tcttttggtggatatgttctgttagctatgcttagttataaagctacaac
tagacacaggggagattgaaaaatgcagtgttcacgaaggaaagggaaga
gaatgtgttgcatcactaacagtctgccataggagtggagttcactgtag
atcctcaagatcctggcacccttccatctcagatgcctgacctggacata
ttcccgcactacactctcattccacgtcatcaatacctcctccccagggt
ttgcccgtgtgactttatgcttttccttgcctggacttatatttctgagc
tttctgaacttcttccaataagtgcttgtgtattagccgttgattctata
ttttagaatgatggatcttctccagtgagcattgttcaaagatttgatga
agaaaaaggcgttaaatattactggtcagagactaactttcaaggcttgt
aaatttaatattccattaagattcatttccacttatgggtctgtttatat
aactgtatttataacatgtttattaagaaaataaattatgcttaggtgat
acctaagctctgtaatgtccatattta
gaattcccataatgcaaatgttttctcatataatgtgtcttataaactct
gtaaagtattgagtaactgatactctaactgcttctctaatagaccattg
tcattctgcctgggtagtaagaccagtgaattcagtgaaaatgagcccaa
tattatacttcttagtctgtgaagaaagtccttgattataaaaaaatacc
tttgtgtgcagaattcagtaataacaaataaatattatgtaagttcacat
atggaagtttgaacagaatattacatgtaaagaagggaaatctatattca
aaaagagcacctattctaagaaggagaaaatattgtccttcctatgagag
aaatgtttcagtgtagtccacttgccaccaggtaagtgcctatggaagat
ggtatcatatcagaaacctaatagttgatcagtgctatagaggaagcact
catagaggctacaataggcaggccttcttggataaacaaatgtctatcac
caagctcacgcatagcctccaccattgccatcataaccacctgatgagcc
cacttgtcattaacaagactgactgtagcatttatagatcatcttctatt
tatgcaggtctttgcacatttgcaagttctttgataatatggcagccatc
aaaagctaataatatgtaataagtagatgttatgttattttaaatcactt
tggagtttttactcatttttcttcccacttgcattaaagacctttgtgtc
ttgggcatgtgggtccttgctaatttgtatgacttttacaactctgcata
ttaacagcatgtaatgatcacacatgagctactttagacattaatcttca
aggattatctgcgtttcaatttgaagcaaagagaccaataccagtgtagg
ctttctgctgctaactgataattaaaaggtcaggatttctgtatgatatg
ggttttaatgcaaatgtctactatgtcagctttgggaaataaaatataag
agacatggtttatagttgttattattatgtcaaaaaagaatgacctttca
ctatttaagctctactgtaaaattcttattttcataaatgatttatagaa
gaaggtttggtaagagaatactggtatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_10570408_10571530
seq2: B6Ng01-344C22.b_47_1173

seq1  GAATTCTCTTATCTGCTGTTTTTCTTCCTAGCCCCCCCCCCCCCCGGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTATCTGCTGTTTTTCTTCCTAGCCCCCCCCCCCCCCGGCTT  50

seq1  TCTCTGGACCTCAGTGGAAGTCACTCTAAGAACATCTGGAACAGGAGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGACCTCAGTGGAAGTCACTCTAAGAACATCTGGAACAGGAGGCT  100

seq1  GCAGAAGCTGAAGCACTTCACTCCTAATCTCACTCACTTTGCAAACATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGCTGAAGCACTTCACTCCTAATCTCACTCACTTTGCAAACATGA  150

seq1  ACACTAACATAGTCTTCTCTGCACTCAAAGTTTTCAGTCTTATTTTCTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAACATAGTCTTCTCTGCACTCAAAGTTTTCAGTCTTATTTTCTAA  200

seq1  AGTCTAGAATCTGTCTGATCGTGCTGCCTTGGTGGAACTCTGTTTCCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAGAATCTGTCTGATCGTGCTGCCTTGGTGGAACTCTGTTTCCTTT  250

seq1  TCCTCACCTTCCAAACTGAGCTCAGAGTTTCTTCTTTGAGTCACGTTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCACCTTCCAAACTGAGCTCAGAGTTTCTTCTTTGAGTCACGTTCTG  300

seq1  TATTATTTTTAATGATCCTAAAAAATAGTATGTCTATAATACAAAAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTTTTAATGATCCTAAAAAATAGTATGTCTATAATACAAAAGAAA  350

seq1  ATTATTTCTTGGTCATGTAACAGATAAACATGGGTATTTCTTGTGAAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTCTTGGTCATGTAACAGATAAACATGGGTATTTCTTGTGAAATT  400

seq1  TCCCTGTATAATATTTCACAAATCCAAGAAATGCCAACACCAGGCTTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTATAATATTTCACAAATCCAAGAAATGCCAACACCAGGCTTCCT  450

seq1  TATTCTCTTGGCCTCTGGATTTTCTGTCATTCAGAAAGCAGCAGGAGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTCTTGGCCTCTGGATTTTCTGTCATTCAGAAAGCAGCAGGAGGCA  500

seq1  TGGAGGGAGAGCCTCCATTCTTTAAGGTCTCATTTCAGAAATGAGCCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGGAGAGCCTCCATTCTTTAAGGTCTCATTTCAGAAATGAGCCATG  550

seq1  TCTTTTGGTGGATATGTTCTGTTAGCTATGCTTAGTTATAAAGCTACAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGGTGGATATGTTCTGTTAGCTATGCTTAGTTATAAAGCTACAAC  600

seq1  TAGACACAGGGGAGATTGAAAAATGCAGTGTTCACGAAGGAAAGGGAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACACAGGGGAGATTGAAAAATGCAGTGTTCACGAAGGAAAGGGAAGA  650

seq1  GAATGTGTTGCATCACTAACAGTCTGCCATAGGAGTGGAGTTCACTGTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGTTGCATCACTAACAGTCTGCCATAGGAGTGGAGTTCACTGTAG  700

seq1  ATCCTCAAGATCCTGGCACCCTTCCATCTCAGATGCCTGACCTGGACATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCAAGATCCTGGCACCCTTCCATCTCAGATGCCTGACCTGGACATA  750

seq1  TTCCCGCACTACACTCTCATTCCACGTCATCAATACCTCCTCCCCAGGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCGCACTACACTCTCATTCCACGTCATCAATACCTCCTCCCCAGGGT  800

seq1  TTGCCCGTGTGACTTTATGCTTTTCCTTGCCTGGACTTATATTTCTGAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCGTGTGACTTTATGCTTTTCCTTGCCTGGACTTATATTTCTGAGC  850

seq1  -TTCTGAACTTCTTCCAATAAGTGCTTGTGTATTAGCCGTTGATTCTATA  899
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAACTTCTTCCAATAAGTGCTTGTGTATTAGCCGTTGATTCTATA  900

seq1  TTTTAGAATGATGGATCTTCTCCAGTGAGCATTGTTCAAAGATTTGATGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGAATGATGGATCTTCTCCAGTGAGCATTGTTCAAAGATTTGATGA  950

seq1  AGAAAAAGGCGTTAAATATTACTGGTCAGAGAACTAACTTTCAAGGCTTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAGGCGTTAAATATTACTGGTCAGAG-ACTAACTTTCAAGGCTTG  999

seq1  TAAATTT-ATATTCCCATTAAGATTCA-TTCCACTTATGGTTCTGTTATA  1047
      ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||
seq2  TAAATTTAATATT-CCATTAAGATTCATTTCCACTTATGGGTCTGTT-TA  1047

seq1  TA-AATTGTATTTAT-ACATG-TTATTAAG-AAATAAATTATGC-TAGGT  1092
      || || ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  TATAACTGTATTTATAACATGTTTATTAAGAAAATAAATTATGCTTAGGT  1097

seq1  GATACCTAAGCTCTGTAAATGTCAATATTTA  1123
      |||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  GATACCTAAGCTCTGT-AATGTCCATATTTA  1127

seq1: chr1_10655977_10657109
seq2: B6Ng01-344C22.g_65_1193 (reverse)

seq1  CCATA-CAGTATTCTCTTTTACCAAAACTTC-TCTATAAATCATTTTAAT  48
      ||||| ||||||||||  |||||||| |||| ||||||||||||||  ||
seq2  CCATACCAGTATTCTC--TTACCAAACCTTCTTCTATAAATCATTT--AT  46

seq1  GAAAATAAGAATTTTTCCAAGTAAGAGGCTTAAATAGTG-AAGGTCA-TC  96
      ||||||||||||||| |  ||| ||| |||||||||||| ||||||| ||
seq2  GAAAATAAGAATTTTAC--AGT-AGA-GCTTAAATAGTGAAAGGTCATTC  92

seq1  TTTTTTGACATAAT-ATAACAACTATAAACCATGTCTTCTTTAATTATTT  145
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    |||||
seq2  TTTTTTGACATAATAATAACAACTATAAACCATGTC-TCTT---ATATTT  138

seq1  TATTT-CCAAAGCTGACATAGTAGACATTTGCATTAAAA-CCATATCATA  193
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TATTTCCCAAAGCTGACATAGTAGACATTTGCATTAAAACCCATATCATA  188

seq1  CAGAAATCCTGACC-TTTAATTATCAGTTAGCAGCAGAAAGCCTACACTG  242
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATCCTGACCTTTTAATTATCAGTTAGCAGCAGAAAGCCTACACTG  238

seq1  GTATTGGTCTCTTTGCTTCAAATTGAAACGCAGATAATCCTTGAAGATTA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGGTCTCTTTGCTTCAAATTGAAACGCAGATAATCCTTGAAGATTA  288

seq1  ATGTCTAAAGTAGCTCATGTGTGATCATTACATGCTGTTAATATGCAGAG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTAAAGTAGCTCATGTGTGATCATTACATGCTGTTAATATGCAGAG  338

seq1  TTGTAAAAGTCATACAAATTAGCAAGGACCCACATGCCCAAGACACAAAG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAAAGTCATACAAATTAGCAAGGACCCACATGCCCAAGACACAAAG  388

seq1  GTCTTTAATGCAAGTGGGAAGAAAAATGAGTAAAAACTCCAAAGTGATTT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTAATGCAAGTGGGAAGAAAAATGAGTAAAAACTCCAAAGTGATTT  438

seq1  AAAATAACATAACATCTACTTATTACATATTATTAGCTTTTGATGGCTGC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAACATAACATCTACTTATTACATATTATTAGCTTTTGATGGCTGC  488

seq1  CATATTATCAAAGAACTTGCAAATGTGCAAAGACCTGCATAAATAGAAGA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTATCAAAGAACTTGCAAATGTGCAAAGACCTGCATAAATAGAAGA  538

seq1  TGATCTATAAATGCTACAGTCAGTCTTGTTAATGACAAGTGGGCTCATCA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTATAAATGCTACAGTCAGTCTTGTTAATGACAAGTGGGCTCATCA  588

seq1  GGTGGTTATGATGGCAATGGTGGAGGCTATGCGTGAGCTTGGTGATAGAC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTTATGATGGCAATGGTGGAGGCTATGCGTGAGCTTGGTGATAGAC  638

seq1  ATTTGTTTATCCAAGAAGGCCTGCCTATTGTAGCCTCTATGAGTGCTTCC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTTATCCAAGAAGGCCTGCCTATTGTAGCCTCTATGAGTGCTTCC  688

seq1  TCTATAGCACTGATCAACTATTAGGTTTCTGATATGATACCATCTTCCAT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAGCACTGATCAACTATTAGGTTTCTGATATGATACCATCTTCCAT  738

seq1  AGGCACTTACCTGGTGGCAAGTGGACTACACTGAAACATTTCTCTCATAG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACTTACCTGGTGGCAAGTGGACTACACTGAAACATTTCTCTCATAG  788

seq1  GAAGGACAATATTTTCTCCTTCTTAGAATAGGTGCTCTTTTTGAATATAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGACAATATTTTCTCCTTCTTAGAATAGGTGCTCTTTTTGAATATAG  838

seq1  ATTTCCCTTCTTTACATGTAATATTCTGTTCAAACTTCCATATGTGAACT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCCTTCTTTACATGTAATATTCTGTTCAAACTTCCATATGTGAACT  888

seq1  TACATAATATTTATTTGTTATTACTGAATTCTGCACACAAAGGTATTTTT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAATATTTATTTGTTATTACTGAATTCTGCACACAAAGGTATTTTT  938

seq1  TTATAATCAAGGACTTTCTTCACAGACTAAGAAGTATAATATTGGGCTCA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATCAAGGACTTTCTTCACAGACTAAGAAGTATAATATTGGGCTCA  988

seq1  TTTTCACTGAATTCACTGGTCTTACTACCCAGGCAGAATGACAATGGTCT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCACTGAATTCACTGGTCTTACTACCCAGGCAGAATGACAATGGTCT  1038

seq1  ATTAGAGAAGCAGTTAGAGTATCAGTTACTCAATACTTTACAGAGTTTAT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAGAAGCAGTTAGAGTATCAGTTACTCAATACTTTACAGAGTTTAT  1088

seq1  AAGACACATTATATGAGAAAACATTTGCATTATGGGAATTC  1133
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACACATTATATGAGAAAACATTTGCATTATGGGAATTC  1129