BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344D12
Chromosome1 (Build37)
Map Location 169,763,945 - 169,885,773
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLmx1a, LOC100039879
Upstream geneLOC622102, C030014K22Rik, Uck2, LOC100039844, Tmco1, Aldh9a1, Mgst3, Lrrc52, Rxrg
Downstream genePbx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344D12.bB6Ng01-344D12.g
ACCGA126773GA126774
length1,0681,113
definitionB6Ng01-344D12.b B6Ng01-344D12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(169,763,945 - 169,764,466)(169,884,650 - 169,885,773)
sequence
gaattcatttttctagtatctcactgtagtggctattcctggttgtcaac
ttgacaatatttggaatgaactacaattcggaattggaaggctcaccagt
gacccttatctggaggcttggagatccttatctggatcttggtttgaaga
tcttgagccatagtggctatggattccagaagattgaatctccgagttta
aggaacacacctttaatctgggctactcctttcatctgggattaaaggtg
tggtggaacacaccttaatctgggctacaccttctgctggagacaatata
aggacattggaagaagggagtctagctcttgctcctgctccttcgcctgc
ttgctgcgtgagactgagtaactgctagatccttggacttccattcacag
ctgtgactgaacgattgttgggaattgagctgccgactgtaagtcatcaa
taaattcctttattatctagagactatccataagttctgtgactctagag
aaccctgactaatacagaagttggtaccaggagtggttctagagtaacag
aagtacaaggatgaatcttttaaaattctggaattggcttgttgatccac
cagcactttcaactattgaaacctctacagattctctccctcctgggagc
tcagagaattttgaagacccatggttgaaactatattccgaacttaaaga
agctaatgcccttgattttcttaatgaattaggtgattcagtgcacaaag
ctttctacaagatggggaaaaaatcgaaaaatgattttactggctggctg
ctcttagtatctgtggaaaaaatgatgaatgaaaggaaggagttgtgtga
taaaatcgaaaggctccagacacaagtaaacaatctaaaagttgctaagt
gtgtccttgaggagaatcttctctcttgtagcaatagagctcaagttgca
gaaaatcaaacggaaactctcattgtaagattggctgaactacagcgaaa
attcagtctcagcctcagagtgtgtcgacagttaaagtaagggctcctaa
ttggcaaagaatgggatc

gaattcatcagttttcatgggccctgggcacagctaaaatgatctatttc
ttatagactcttgatgtgagttatgatgctcagtatagggtaagtcatat
gatcagtatcagtggaggcctacgaggctgctgagatacccaccctggcc
tataaggaggtccagcacccaacagctgaatgaagagtgttttctgacac
tggagagactgtgcatctccaagctcataacatatgctctgactgagctc
tggctcatctggagaagcaagatcctagacttacacagtgatcctgtcca
tttggggtcttatcacaactgtgtcagattagtcaggtcttaggctagaa
gaacaaggatcatcctgtatagatcaactcaactgaggcagttcttgcat
agtacagcaacaatataaccttttcagccttaagagtgaggagagagatc
ctaccaatttgtttcattaactcaacataaagcacctgtaggaaaactag
catatggacacatgataagatgcaaaggctggcagatgacacagccagaa
ctgaggggaggacaagccatggtcagcatgtgcatgtgggtttatggtgc
tgcctcctgcactgctgtctcttggtgtgaaaacgaacatgaatttatac
tgcttcacaaccataggtcattatgaaactagtaataaaatacaattaga
gcttaatgaaaatttattaagtcctcgtgtgtgttctcttaatgctggag
tagatacagagttttgggtaaacagagatttttatcctcaaggacatttt
tattaattcacaaactatttttaagtgccggaatgtgttcaccagaaaca
ctttagtgttcaaagaagaacaaactccccgtccctcgagaacttacatt
ctatccaggagagaccataaatggaatcttgaaagtaatggatataaaat
tgagtgagtggcttagaggatagatatgtggttgggattgatgcttttaa
atgatgctttttaaaggagtatggggtagggggagatggaaacttagaga
gtgagtggagcaccttctagaagaaaggtatcacctagtcagtcatgtaa
aattctgagaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_169763945_169764466
seq2: B6Ng01-344D12.b_50_571

seq1  GAATTCATTTTTCTAGTATCTCACTGTAGTGGCTATTCCTGGTTGTCAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTTCTAGTATCTCACTGTAGTGGCTATTCCTGGTTGTCAAC  50

seq1  TTGACAATATTTGGAATGAACTACAATTCGGAATTGGAAGGCTCACCAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAATATTTGGAATGAACTACAATTCGGAATTGGAAGGCTCACCAGT  100

seq1  GACCCTTATCTGGAGGCTTGGAGATCCTTATCTGGATCTTGGTTTGAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTTATCTGGAGGCTTGGAGATCCTTATCTGGATCTTGGTTTGAAGA  150

seq1  TCTTGAGCCATAGTGGCTATGGATTCCAGAAGATTGAATCTCCGAGTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGCCATAGTGGCTATGGATTCCAGAAGATTGAATCTCCGAGTTTA  200

seq1  AGGAACACACCTTTAATCTGGGCTACTCCTTTCATCTGGGATTAAAGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACACACCTTTAATCTGGGCTACTCCTTTCATCTGGGATTAAAGGTG  250

seq1  TGGTGGAACACACCTTAATCTGGGCTACACCTTCTGCTGGAGACAATATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGAACACACCTTAATCTGGGCTACACCTTCTGCTGGAGACAATATA  300

seq1  AGGACATTGGAAGAAGGGAGTCTAGCTCTTGCTCCTGCTCCTTCGCCTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATTGGAAGAAGGGAGTCTAGCTCTTGCTCCTGCTCCTTCGCCTGC  350

seq1  TTGCTGCGTGAGACTGAGTAACTGCTAGATCCTTGGACTTCCATTCACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCGTGAGACTGAGTAACTGCTAGATCCTTGGACTTCCATTCACAG  400

seq1  CTGTGACTGAACGATTGTTGGGAATTGAGCTGCCGACTGTAAGTCATCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACTGAACGATTGTTGGGAATTGAGCTGCCGACTGTAAGTCATCAA  450

seq1  TAAATTCCTTTATTATCTAGAGACTATCCATAAGTTCTGTGACTCTAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTCCTTTATTATCTAGAGACTATCCATAAGTTCTGTGACTCTAGAG  500

seq1  AACCCTGACTAATACAGAAGTT  522
      ||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGACTAATACAGAAGTT  522


seq1: chr1_169884650_169885773
seq2: B6Ng01-344D12.g_70_1182 (reverse)

seq1  TCTTC-AAGAATTTTACATGGGCTGGGACTGGGTGATACCTTTTCTCTAA  49
      |||||  |||||||||||| | ||  |||| ||||||||||||  |||| 
seq2  TCTTCTCAGAATTTTACAT-GACT--GACTAGGTGATACCTTTCTTCTAG  47

seq1  GAGGTGGCTCACTCCACT-TCTCTTAAGGTTTCCATCTCCCCTTACCCCA  98
       |||||     |||||||  ||||  | |||||||||||||| |||||| 
seq2  AAGGTG-----CTCCACTCACTCTCTAAGTTTCCATCTCCCCCTACCCC-  91

seq1  ATACTTCCTTTAAAAGCATCATTTAAAAGCATCAATCCCAACCACATATC  148
      ||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCCTTTAAAAAGCATCATTTAAAAGCATCAATCCCAACCACATATC  141

seq1  TATTCCTCTAAGCCACTCACTCAATTTTTATATCCATTACTTTTCAAGAT  198
      || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  TA-TCCTCTAAGCCACTCACTCAA-TTTTATATCCATTAC-TTTCAAGAT  188

seq1  TCCATTTATTGGTCTCTCCTTGGATAGAATGTAAGTTCTCGAGGGACGGG  248
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTA-TGGTCTCTCC-TGGATAGAATGTAAGTTCTCGAGGGACGGG  236

seq1  GAGTTTGTTCTTCTTTGAACACTAAAGTGTTTCTGGTGAACACATTCCGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTGTTCTTCTTTGAACACTAAAGTGTTTCTGGTGAACACATTCCGG  286

seq1  CACTTAAAAATAGTTTGTGAATTAATAAAAATGTCCTTGAGGATAAAAAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAAAAATAGTTTGTGAATTAATAAAAATGTCCTTGAGGATAAAAAT  336

seq1  CTCTGTTTACCC-AAACTCTGTATCTACTCCAGCATTAAGAGAACACACA  397
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTTACCCAAAACTCTGTATCTACTCCAGCATTAAGAGAACACACA  386

seq1  CGAGGACTTAATAAATTTTCATTAAGCTCTAATTGTATTTTATTACTAGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGACTTAATAAATTTTCATTAAGCTCTAATTGTATTTTATTACTAGT  436

seq1  TTCATAATGACCTATGGTTGTGAAGCAGTATAAATTCATGTTCGTTTTCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAATGACCTATGGTTGTGAAGCAGTATAAATTCATGTTCGTTTTCA  486

seq1  CACCAAGAGACAGCAGTGCAGGAGGCAGCACCATAAACCCACATGCACAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAGAGACAGCAGTGCAGGAGGCAGCACCATAAACCCACATGCACAT  536

seq1  GCTGACCATGGCTTGTCCTCCCCTCAGTTCTGGCTGTGTCATCTGCCAGC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACCATGGCTTGTCCTCCCCTCAGTTCTGGCTGTGTCATCTGCCAGC  586

seq1  CTTTGCATCTTATCATGTGTCCATATGCTAGTTTTCCTACAGGTGCTTTA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCATCTTATCATGTGTCCATATGCTAGTTTTCCTACAGGTGCTTTA  636

seq1  TGTTGAGTTAATGAAACAAATTGGTAGGATCTCTCTCCTCACTCTTAAGG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAGTTAATGAAACAAATTGGTAGGATCTCTCTCCTCACTCTTAAGG  686

seq1  CTGAAAAGGTTATATTGTTGCTGTACTATGCAAGAACTGCCTCAGTTGAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAAGGTTATATTGTTGCTGTACTATGCAAGAACTGCCTCAGTTGAG  736

seq1  TTGATCTATACAGGATGATCCTTGTTCTTCTAGCCTAAGACCTGACTAAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCTATACAGGATGATCCTTGTTCTTCTAGCCTAAGACCTGACTAAT  786

seq1  CTGACACAGTTGTGATAAGACCCCAAATGGACAGGATCACTGTGTAAGTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACAGTTGTGATAAGACCCCAAATGGACAGGATCACTGTGTAAGTC  836

seq1  TAGGATCTTGCTTCTCCAGATGAGCCAGAGCTCAGTCAGAGCATATGTTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATCTTGCTTCTCCAGATGAGCCAGAGCTCAGTCAGAGCATATGTTA  886

seq1  TGAGCTTGGAGATGCACAGTCTCTCCAGTGTCAGAAAACACTCTTCATTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTTGGAGATGCACAGTCTCTCCAGTGTCAGAAAACACTCTTCATTC  936

seq1  AGCTGTTGGGTGCTGGACCTCCTTATAGGCCAGGGTGGGTATCTCAGCAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTTGGGTGCTGGACCTCCTTATAGGCCAGGGTGGGTATCTCAGCAG  986

seq1  CCTCGTAGGCCTCCACTGATACTGATCATATGACTTACCCTATACTGAGC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGTAGGCCTCCACTGATACTGATCATATGACTTACCCTATACTGAGC  1036

seq1  ATCATAACTCACATCAAGAGTCTATAAGAAATAGATCATTTTAGCTGTGC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAACTCACATCAAGAGTCTATAAGAAATAGATCATTTTAGCTGTGC  1086

seq1  CCAGGGCCCATGAAAACTGATGAATTC  1124
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGCCCATGAAAACTGATGAATTC  1113


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |