BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344D19
Chromosome1 (Build37)
Map Location 103,038,768 - 103,194,540
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041909
Upstream geneC230078M14Rik, EG666200
Downstream geneLOC100040993, LOC383650
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344D19.bB6Ng01-344D19.g
ACCGA126780GA126781
length6971,123
definitionB6Ng01-344D19.b B6Ng01-344D19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,193,844 - 103,194,540)(103,038,768 - 103,039,874)
sequence
gaattccacagtaatggatgttaatctccatgattttctaggattggcag
agagaaaatcctacatgtgtctctttgtaccattccaggcagtctattct
ttaagtcaatactctaccatttattcaaattttgttaccatttaaatgaa
ggttaccagttattaggtagaattcattaggtagagacatcctaaacaac
agtaatctgtttactgtagtattcaagtaggaatgcatctataaaagtaa
gaaaaggaatgacacacaaaaaatcccacatgttaaggattttgccagtc
acttcagacttctaactcagctggattggtatgactcttcaatgttgctg
taataaaacaccttgccaaaaaatcaatctaagtgagaagtggcttactc
tgggttaaggtttgaagggataaattccatcatgctggggaactcatggc
agcaggtggcaacattgtatccttaaccagaaagcagagattgatgagac
atgaaattcagtttcctttcttacttttttccaacataatacttttattg
attatttgggaactttatatcatgcaacccaccaaacttacttcccattc
ttgaagatcttctcccaacccttgtaaaccatatcctcaaaaaagatgaa
taagaataggaggaggagaaagaggaggatgaggaggatgaggagga

gaattctaggtctttgtgagatattgaaactgtaactcaggtcagagagc
aacaggtgttcttaatcactaagtgatctcttcagccacactcatgattc
ttttctttaatatgcttttacttcctctaatcattgataccaatacagat
ttcttggaaagcattccatagacttattagactttgttgcttggtgtcta
ttatttgtctttcctctttccttcctcaaactaccatcaccctttcttct
ttccctgaccttattgatgaattttcacatgatggcatttaaattgattt
tagggtcaacaacaattcttcaggatatttttcttgcaatatgcaaagga
tatatatatatatatatatatatatatatatatatgcaatatgcaaagga
tatatatatatatatatatatatatacacacacacacatatatgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtatgtgtatgtgtgtactgtttagaaacatatttta
taggtgagtaaagacagagttttcaataccggaaagtgaatagattctat
ttttctacacaatggcttctggacaactaatgtgtttggaactctggcta
ttagatggtttgtattctctaacatgatcagaggtaatgacttaaattca
atagaagtcacaaagttattaggagctatggttcctttggcaggtgctta
ctaaatgttaagctactttagtaaaacctctccattacacttgtggccag
atgctacaaggcatatgaaaaaagccataatgaaacaaatacatacccct
tcttcacacctgcccccttactatacaccctatagttagtcacaaagaag
atattttaatgatctgagagaccttggtggagctctgtcaagatatagga
aggggtacattggctcattcatttcaacttgcattcttgagtgccaggat
tataaaagaacaggacaggaaatttgtgtatttactcatgacttacatgt
ttcccttaaaaaaatggtgaatcttatgttaatgtagtatgacattctgg
gatcactttactttttaataatgcaaaatcccttagctcgtctcaccaat
gggtccaatgtctttaagagttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_103193844_103194540
seq2: B6Ng01-344D19.b_45_741 (reverse)

seq1  TCCTCCTCATCCTCCTCATCCTCCTCTTTCTCCTCCTCCTATTCTTATTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTCATCCTCCTCATCCTCCTCTTTCTCCTCCTCCTATTCTTATTC  50

seq1  ATCTTTTTTGAGGATATGGTTTACAAGGGTTGGGAGAAGATCTTCAAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTTTGAGGATATGGTTTACAAGGGTTGGGAGAAGATCTTCAAGAA  100

seq1  TGGGAAGTAAGTTTGGTGGGTTGCATGATATAAAGTTCCCAAATAATCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAGTAAGTTTGGTGGGTTGCATGATATAAAGTTCCCAAATAATCAA  150

seq1  TAAAAGTATTATGTTGGAAAAAAGTAAGAAAGGAAACTGAATTTCATGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTATTATGTTGGAAAAAAGTAAGAAAGGAAACTGAATTTCATGTC  200

seq1  TCATCAATCTCTGCTTTCTGGTTAAGGATACAATGTTGCCACCTGCTGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAATCTCTGCTTTCTGGTTAAGGATACAATGTTGCCACCTGCTGCC  250

seq1  ATGAGTTCCCCAGCATGATGGAATTTATCCCTTCAAACCTTAACCCAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTTCCCCAGCATGATGGAATTTATCCCTTCAAACCTTAACCCAGAG  300

seq1  TAAGCCACTTCTCACTTAGATTGATTTTTTGGCAAGGTGTTTTATTACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCACTTCTCACTTAGATTGATTTTTTGGCAAGGTGTTTTATTACAG  350

seq1  CAACATTGAAGAGTCATACCAATCCAGCTGAGTTAGAAGTCTGAAGTGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATTGAAGAGTCATACCAATCCAGCTGAGTTAGAAGTCTGAAGTGAC  400

seq1  TGGCAAAATCCTTAACATGTGGGATTTTTTGTGTGTCATTCCTTTTCTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAAATCCTTAACATGTGGGATTTTTTGTGTGTCATTCCTTTTCTTA  450

seq1  CTTTTATAGATGCATTCCTACTTGAATACTACAGTAAACAGATTACTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATAGATGCATTCCTACTTGAATACTACAGTAAACAGATTACTGTT  500

seq1  GTTTAGGATGTCTCTACCTAATGAATTCTACCTAATAACTGGTAACCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGGATGTCTCTACCTAATGAATTCTACCTAATAACTGGTAACCTTC  550

seq1  ATTTAAATGGTAACAAAATTTGAATAAATGGTAGAGTATTGACTTAAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAATGGTAACAAAATTTGAATAAATGGTAGAGTATTGACTTAAAGA  600

seq1  ATAGACTGCCTGGAATGGTACAAAGAGACACATGTAGGATTTTCTCTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTGCCTGGAATGGTACAAAGAGACACATGTAGGATTTTCTCTCTG  650

seq1  CCAATCCTAGAAAATCATGGAGATTAACATCCATTACTGTGGAATTC  697
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCCTAGAAAATCATGGAGATTAACATCCATTACTGTGGAATTC  697


seq1: chr1_103038768_103039874
seq2: B6Ng01-344D19.g_64_1186

seq1  GAATTCTAGGTCTTTGTGAGATATTGAAACTGTAACTCAGGTCAGAGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGTCTTTGTGAGATATTGAAACTGTAACTCAGGTCAGAGAGC  50

seq1  AACAGGTGTTCTTAATCACTAAGTGATCTCTTCAGCCACACTCATGATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGTGTTCTTAATCACTAAGTGATCTCTTCAGCCACACTCATGATTC  100

seq1  TTTTCTTTAATATGCTTTTACTTCCTCTAATCATTGATACCAATACAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTAATATGCTTTTACTTCCTCTAATCATTGATACCAATACAGAT  150

seq1  TTCTTGGAAAGCATTCCATAGACTTATTAGACTTTGTTGCTTGGTGTCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGAAAGCATTCCATAGACTTATTAGACTTTGTTGCTTGGTGTCTA  200

seq1  TTATTTGTCTTTCCTCTTTCCTTCCTCAAACTACCATCACCCTTTCTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGTCTTTCCTCTTTCCTTCCTCAAACTACCATCACCCTTTCTTCT  250

seq1  TTCCCTGACCTTATTGATGAATTTTCACATGATGGCATTTAAATTGATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTGACCTTATTGATGAATTTTCACATGATGGCATTTAAATTGATTT  300

seq1  TAGGGTCAACAACAATTCTTCAGGATATTTTTCTTGCAATATGCAAAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTCAACAACAATTCTTCAGGATATTTTTCTTGCAATATGCAAAGGA  350

seq1  TATATATATATATATATATATATATATATATATATGCAATATGCAAAGG-  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TATATATATATATATATATATATATATATATATATGCAATATGCAAAGGA  400

seq1  ---ATATATATATATATATATATATACACACACACACATATATGTGTGTG  446
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATATATATATATACACACACACACATATATGTGTGTG  450

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATGTGTGTACTGTTTAGAAACATATTTTA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATGTGTGTACTGTTTAGAAACATATTTTA  500

seq1  TAGGTGAGTAAAGACAGAGTTTTCAATACCGGAAAGTGAATAGATTCTAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGAGTAAAGACAGAGTTTTCAATACCGGAAAGTGAATAGATTCTAT  550

seq1  TTTTCTACACAATGGCTTCTGGACAACTAATGTGTTTGGAACTCTGGCTA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTACACAATGGCTTCTGGACAACTAATGTGTTTGGAACTCTGGCTA  600

seq1  TTAGATGGTTTGTATTCTCTAACATGATCAGAGGTAATGACTTAAATTCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATGGTTTGTATTCTCTAACATGATCAGAGGTAATGACTTAAATTCA  650

seq1  ATAGAAGTCAC-AAGTTATTAGGAGCTATGGTTCC-TTGGCAGGTGCTTA  694
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATAGAAGTCACAAAGTTATTAGGAGCTATGGTTCCTTTGGCAGGTGCTTA  700

seq1  CTAAATGTTAAGCTACTTTAGT-AAACCTCTCCATTACACTTGTGGCCAG  743
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATGTTAAGCTACTTTAGTAAAACCTCTCCATTACACTTGTGGCCAG  750

seq1  ATGCTACAAGGCATATGAAAAAAGCCATAATGAAACAAATACATACCCCT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTACAAGGCATATGAAAAAAGCCATAATGAAACAAATACATACCCCT  800

seq1  TCTTCACACCTGCCCCCTTACTATACACCCTATAGTTAGTCACAAAGAAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCTTCACACCTGCCCCCTTACTATACACCCTATAGTTAGTCACAAAG-AA  849

seq1  GATATTTTAATGATCTGAGAGACCTT-GTTGAGCTCTGTCAAGATATAGG  892
      |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
seq2  GATATTTTAATGATCTGAGAGACCTTGGTGGAGCTCTGTCAAGATATAGG  899

seq1  AA-GGGTACATTGGCTCATTCA-TTCAACTTGCATTCTTGAGTGCCAGGA  940
      || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGTACATTGGCTCATTCATTTCAACTTGCATTCTTGAGTGCCAGGA  949

seq1  TTATAAAAGGACAGGACAGGAAATTTGTGTA-TTACTCATGACTTACATG  989
      ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTATAAAAGAACAGGACAGGAAATTTGTGTATTTACTCATGACTTACATG  999

seq1  TTTCCCTTAAAAAAATGGTG-ATC-TATGTT-ATGTAGTATTGCATTCCT  1036
      |||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||  |||||  
seq2  TTTCCCTTAAAAAAATGGTGAATCTTATGTTAATGTAGTATGACATTCTG  1049

seq1  GGTTCACTTATCTTTTT-ATTATGCAAAATCCCTTAGCT-GTCTCACCCA  1084
      || ||||||  |||||| || |||||||||||||||||| |||||||| |
seq2  GGATCACTTTACTTTTTAATAATGCAAAATCCCTTAGCTCGTCTCACCAA  1099

seq1  TTGGGCCAATGTCTTTAA-AGTTG  1107
      | || ||||||||||||| |||||
seq2  TGGGTCCAATGTCTTTAAGAGTTG  1123


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |