BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-345K03
Chromosome1 (Build37)
Map Location 158,427,525 - 158,552,426
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039026, Abl2
Upstream geneAcbd6, Lhx4, Qscn6, Cep350, LOC676894, Tor1aip1, Ifrg15, Tor1aip2, A230106N23Rik, Tdrd5, Nphs2, 9430070O13Rik, LOC100038991, Soat1
Downstream geneTor3a, C530043G21Rik, LOC433368, Ralgps2, Angptl1, 4930439D14Rik, 1700057K13Rik, Rasal2, Gabarapl2-ps1_1522.1, 2810025M15Rik, BC026585, Lztr2, LOC664935, LOC100039217
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-345K03.bB6Ng01-345K03.g
ACCGA127768GA127769
length1,152957
definitionB6Ng01-345K03.b B6Ng01-345K03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(158,551,274 - 158,552,426)(158,427,525 - 158,428,216)
sequence
gaattcaaggcaaggctgagctacatacaactctatcccaaaaaacaaca
cacacacaaagagttggcataggtgctattatttcctgggcttagggcag
caactgacttgttgaaactgtaatactgtagtcaaaggaaagaccataac
cagagaagttagttctggtttatatgcattcacctaaatcagacctaaat
gaacaacaaagatgcagctctctaaaaatgagaaagaaaacttacaaaca
gtaagctagctttataaagcacatgtgatacactgttgtgtaatgacctg
cagctctgtggaggtggggtgagttgagtctcaaatggctcatactggcc
tcagtctcaagcttgctatgacctgagggtggccttccctcctcatcctt
ctgccatctaggcagtgctggcttgacaggagggagtgtccttcacccct
ggctaatgtggtaatgagctgaaatatggatggtaaagttaagaaaccct
tctaagctaggtgcttgctttatgccttcatacaaaacaaagcagggaaa
gtaagtttctcaagaaataaatgtcttacatatcaatatcatgtatatac
aaataacaaatacagacacagtgcttggagcaagattaatcctgacgctc
tctgcctaaacagaaacacatctgaatcaggcatggccgctcgcacctgt
aatgcaccactcaggggactgaggccaggaggttgaggccagcctagatt
acagagtgagacttaccttatgtcaaaaacagtaaagaaagaaaaagaaa
tacattctaatttattacagtactgttagcatccaaaatacggctttata
ttatgatagcttacatttcttcatttctttaatttttaaaaaaactctga
tctcttttcctgagcaggggatttttgtaaactattagtgacttaatcaa
agttctaaataccatccatgtacttctgagtttgaatatgcacaccagct
aagaccttgtaagatctgttttctttcttaagcttttgaagtttctgaat
ctaatctataacattttgttaaaaataaccgaattctccttacctagttg
cttattgcaaaaacaaacaaaccaccaaagcgatctaataagagccactg
tt
gaattccaggtagctggcccaagagcctctggagatgcttctgttaccac
atcctatctttgagcagagatcattgggattacagacacttctatgtggg
tcatcaaactggagcagcaagcatttttatacattgtttaagagactgaa
tctcaaacgacgtcaagaagtaaggatgagcagacattcaaggttgttgt
agtgctgaatatgcttgtcccagggagtggcactactagaaggtgagccc
ttgttggagtaggtatggccttgctggaggaagtgtgtcactgtggaggg
gagctttgagacccttctctcagctgcctggaagagaaccaaaagacagt
cctctcctagttgccttttgatgaatatgtagaactctcagctcctctag
caccatggctgcctggacactgccatgtttcctgccttgaggatattgga
ctgaacctctgaaacctgtaagccagtcccaattaaatgttgtcctttat
aagagttgccttggtcatggtatctgttcacagcaatgaaaccctaagtt
agtaccagggactgagatattgctattggtagccctgaccatgtttatgt
ttggaggaatgtagattctggaactttggaaagaaagcaatggaatactt
taagtggggcttaatggggcatcctaataagaatatggaagacagtggtc
ctgagggtgatttgaactgtgagaccctggatcgagattcttcaagggag
aaatttagtatgtggcctagagactcttgtgatattttggtgaagaatgt
ggctggtttttttttttttttttttccttgtctgaagaatctgcctatgg
ctaagggtgaagagattcatcagattaatttcattgacaaaaagaagtct
caagtaaaccaagtttagactctgtgctgcggtttgctctataaagactg
ttttgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_158551274_158552426
seq2: B6Ng01-345K03.b_45_1196 (reverse)

seq1  AACAGTGGCTCTTTTTGGTTTTGGTTTTGGTTGGTTTGTTTG-TTTTGC-  48
      ||||||||||||| || |   | | ||||| ||||||||||| |||||| 
seq2  AACAGTGGCTCTTATTAG--ATCGCTTTGG-TGGTTTGTTTGTTTTTGCA  47

seq1  ATAACCAAACTAGGGTATGAGAATCGGGTAATTTTTAAC-AAATGTATAA  97
      |||| | |||||||  | ||||||  ||| ||||||||| ||||||   |
seq2  ATAAGC-AACTAGGTAAGGAGAATTCGGTTATTTTTAACAAAATGTTATA  96

seq1  GATTAGATTCAGAAACTTCAAAAGCCTTAAGAAAG-AAACAGATCTTACA  146
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
seq2  GATTAGATTCAGAAACTTCAAAAG-CTTAAGAAAGAAAACAGATCTTACA  145

seq1  AGGTCTTAGCTGGTGTGCATATTCAAACTCAGAAGTACATGGATGGTATT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTTAGCTGGTGTGCATATTCAAACTCAGAAGTACATGGATGGTATT  195

seq1  TAGAACTTTGATTAAGTCACTAATAGTTTACAAAAATCCCCTGCTCAGGA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACTTTGATTAAGTCACTAATAGTTTACAAAAATCCCCTGCTCAGGA  245

seq1  AAAGAGATCAGAGTTTTTTTAAAAATTAAAGAAATGAAGAAATGTAAGCT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGATCAGAGTTTTTTTAAAAATTAAAGAAATGAAGAAATGTAAGCT  295

seq1  ATCATAATATAAAGCCGTATTTTGGATGCTAACAGTACTGTAATAAATTA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAATATAAAGCCGTATTTTGGATGCTAACAGTACTGTAATAAATTA  345

seq1  GAATGTATTTCTTTTTCTTTCTTTACTGTTTTTGACATAAGGTAAGTCTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTATTTCTTTTTCTTTCTTTACTGTTTTTGACATAAGGTAAGTCTC  395

seq1  ACTCTGTAATCTAGGCTGGCCTCAACCTCCTGGCCTCAGTCCCCTGAGTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTAATCTAGGCTGGCCTCAACCTCCTGGCCTCAGTCCCCTGAGTG  445

seq1  GTGCATTACAGGTGCGAGCGGCCATGCCTGATTCAGATGTGTTTCTGTTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATTACAGGTGCGAGCGGCCATGCCTGATTCAGATGTGTTTCTGTTT  495

seq1  AGGCAGAGAGCGTCAGGATTAATCTTGCTCCAAGCACTGTGTCTGTATTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAGAGCGTCAGGATTAATCTTGCTCCAAGCACTGTGTCTGTATTT  545

seq1  GTTATTTGTATATACATGATATTGATATGTAAGACATTTATTTCTTGAGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTGTATATACATGATATTGATATGTAAGACATTTATTTCTTGAGA  595

seq1  AACTTACTTTCCCTGCTTTGTTTTGTATGAAGGCATAAAGCAAGCACCTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTACTTTCCCTGCTTTGTTTTGTATGAAGGCATAAAGCAAGCACCTA  645

seq1  GCTTAGAAGGGTTTCTTAACTTTACCATCCATATTTCAGCTCATTACCAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGAAGGGTTTCTTAACTTTACCATCCATATTTCAGCTCATTACCAC  695

seq1  ATTAGCCAGGGGTGAAGGACACTCCCTCCTGTCAAGCCAGCACTGCCTAG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCCAGGGGTGAAGGACACTCCCTCCTGTCAAGCCAGCACTGCCTAG  745

seq1  ATGGCAGAAGGATGAGGAGGGAAGGCCACCCTCAGGTCATAGCAAGCTTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGAAGGATGAGGAGGGAAGGCCACCCTCAGGTCATAGCAAGCTTG  795

seq1  AGACTGAGGCCAGTATGAGCCATTTGAGACTCAACTCACCCCACCTCCAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGAGGCCAGTATGAGCCATTTGAGACTCAACTCACCCCACCTCCAC  845

seq1  AGAGCTGCAGGTCATTACACAACAGTGTATCACATGTGCTTTATAAAGCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGCAGGTCATTACACAACAGTGTATCACATGTGCTTTATAAAGCT  895

seq1  AGCTTACTGTTTGTAAGTTTTCTTTCTCATTTTTAGAGAGCTGCATCTTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTACTGTTTGTAAGTTTTCTTTCTCATTTTTAGAGAGCTGCATCTTT  945

seq1  GTTGTTCATTTAGGTCTGATTTAGGTGAATGCATATAAACCAGAACTAAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTCATTTAGGTCTGATTTAGGTGAATGCATATAAACCAGAACTAAC  995

seq1  TTCTCTGGTTATGGTCTTTCCTTTGACTACAGTATTACAGTTTCAACAAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGGTTATGGTCTTTCCTTTGACTACAGTATTACAGTTTCAACAAG  1045

seq1  TCAGTTGCTGCCCTAAGCCCAGGAAATAATAGCACCTATGCCAACTCTTT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTGCTGCCCTAAGCCCAGGAAATAATAGCACCTATGCCAACTCTTT  1095

seq1  GTGTGTGTGTTGTTTTTTGGGATAGAGTTGTATGTAGCTCAGCCTTGCCT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTTGTTTTTTGGGATAGAGTTGTATGTAGCTCAGCCTTGCCT  1145

seq1  TGAATTC  1153
      |||||||
seq2  TGAATTC  1152

seq1: chr1_158427525_158428216
seq2: B6Ng01-345K03.g_64_755

seq1  GAATTCCAGGTAGCTGGCCCAAGAGCCTCTGGAGATGCTTCTGTTACCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGTAGCTGGCCCAAGAGCCTCTGGAGATGCTTCTGTTACCAC  50

seq1  ATCCTATCTTTGAGCAGAGATCATTGGGATTACAGACACTTCTATGTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTATCTTTGAGCAGAGATCATTGGGATTACAGACACTTCTATGTGGG  100

seq1  TCATCAAACTGGAGCAGCAAGCATTTTTATACATTGTTTAAGAGACTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAAACTGGAGCAGCAAGCATTTTTATACATTGTTTAAGAGACTGAA  150

seq1  TCTCAAACGACGTCAAGAAGTAAGGATGAGCAGACATTCAAGGTTGTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAACGACGTCAAGAAGTAAGGATGAGCAGACATTCAAGGTTGTTGT  200

seq1  AGTGCTGAATATGCTTGTCCCAGGGAGTGGCACTACTAGAAGGTGAGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGAATATGCTTGTCCCAGGGAGTGGCACTACTAGAAGGTGAGCCC  250

seq1  TTGTTGGAGTAGGTATGGCCTTGCTGGAGGAAGTGTGTCACTGTGGAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGGAGTAGGTATGGCCTTGCTGGAGGAAGTGTGTCACTGTGGAGGG  300

seq1  GAGCTTTGAGACCCTTCTCTCAGCTGCCTGGAAGAGAACCAAAAGACAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTTGAGACCCTTCTCTCAGCTGCCTGGAAGAGAACCAAAAGACAGT  350

seq1  CCTCTCCTAGTTGCCTTTTGATGAATATGTAGAACTCTCAGCTCCTCTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCTAGTTGCCTTTTGATGAATATGTAGAACTCTCAGCTCCTCTAG  400

seq1  CACCATGGCTGCCTGGACACTGCCATGTTTCCTGCCTTGAGGATATTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGGCTGCCTGGACACTGCCATGTTTCCTGCCTTGAGGATATTGGA  450

seq1  CTGAACCTCTGAAACCTGTAAGCCAGTCCCAATTAAATGTTGTCCTTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACCTCTGAAACCTGTAAGCCAGTCCCAATTAAATGTTGTCCTTTAT  500

seq1  AAGAGTTGCCTTGGTCATGGTATCTGTTCACAGCAATGAAACCCTAAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTGCCTTGGTCATGGTATCTGTTCACAGCAATGAAACCCTAAGTT  550

seq1  AGTACCAGGGACTGAGATATTGCTATTGGTAGCCCTGACCATGTTTATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCAGGGACTGAGATATTGCTATTGGTAGCCCTGACCATGTTTATGT  600

seq1  TTGGAGGAATGTAGATTCTGGAACTTTGGAAAGAAAGCAATGGAATACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGGAATGTAGATTCTGGAACTTTGGAAAGAAAGCAATGGAATACTT  650

seq1  TAAGTGGGGCTTAATGGGGCATCCTAATAAGAATATGGAAGA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGGGGCTTAATGGGGCATCCTAATAAGAATATGGAAGA  692