BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-347L23
Chromosome1 (Build37)
Map Location 105,340,015 - 105,398,441
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041056, LOC100041067
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-347L23.bB6Ng01-347L23.g
ACCGA129258GA129259
length1,1281,098
definitionB6Ng01-347L23.b B6Ng01-347L23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,340,015 - 105,341,140)(105,397,336 - 105,398,441)
sequence
gaattccctgatagaatttttggagttgcttatgtattctattgtatcat
ctgcaaaatgcaatgctttgacttcttcctttctagtatgtatcccttcc
tgcacctgggaagtggatcttgttactgacatctcatgctcctgtgcatc
tgaaatctgtctgagtggcagtccaggggtgcagcaacaagaaaggactt
agatgtataatgtgactttcacaaaccagccagtgattaaatacacagga
atctcatatattttaaagtggaggcctttagctcatgttccatcccgact
agtctatataaactaattctggcctatatcctgccacatgaccaggtcta
catctctgttcattctattgtccatccgacttcatctcctttgggtgaat
ctctcattcctcattaattatctcagagttattatctctttagggatgtc
caaccttcccttcatgcttcaactattggccctccagaactttgttaaag
acaatctcagactgcttaagcaggtgaaagaggaacaagtacccacatat
ccccccagcaccaggtgctacagcacagcaattaacattacagggacata
cattcatagccagttgatccaatatgtgtgaggtatgtgttctcaacact
gttcctgtaggataatagtggcagtataatgggtcttttagaactaaatt
aaaggagtggggtcattcagataagttgagaacagcgaaacagcttcagg
gtgagcaatgaggttggggagcagttttatgtgcctttgggaactaaatc
taggaagtggggcagttgagggcaagtgggtcacttaccatgtctgactg
gtatgccctgcaaaagtccacctaagtttggggtaagacagaaagggggg
gacagaggatggggttgttggagactcaaatctgtggattggagaaacat
tcacaggctgggaaagccagtcacctgttcttctgactggtgtgcctgca
cctgtgcagttgagtctgctcaattgaggccagtgggccttcgcagcagg
tggtaagagagcatgatcagtctatgtgtagtgggatgggtcttttaaaa
aatagatatgtaggatctaggcagtagg
gaattctttcgagagtatgtgtgagaaattcccaaagcacaggttagtat
ttccttacagagcataggtaagaggtttcttgcacagcatgagggaggga
tttcttatagaggatgagtgaaaatttatttataaaagtacctctgagtg
ttacttaaagaagcatgggtgaggagtgacaggagtacaggtggctaaga
aatatatttatcactaagattgtcacttctttaaggttacagcataaaag
cctcattgtgaaatcctacctccatctaagacccacaacacaagttaaca
tgttacattagctagaagacaggagattgtggtggagaaatattgggaca
gagtttggagaccatgctttatattttctccagtattaattgtcacagtc
ctgtatgacaagacctagctatcaccatattttcttatttcatagacata
acagtaaagccaaggttatttcagctctgcaatggcaatgggacagtaat
gttcattagtaaagctatgctacagcacaagcatatattaaccattgtag
aaattgtagatataatgtattattgtcattatcaggacaacacactcttt
ttgttccatttttttaattaggtatttacttcatttgcatttcaaatgct
atcccgaaagttctctatacccccccccccccgccgctcccctacccacc
cactcccagttcttgggcctggtgttcccctgtactggggcaaataatgt
ttgcaagaccaaggggcttctcttcccaatgatggcccactacgccatct
tctgctacatatgcagctagagacacaagctctgggggtactggttagtt
catatttttgtttcacctatgtggttgcagactgctttcggttccttggg
tacttttctctagctcctccgttaggggccctgtgttccatccaatagct
aactgtgagcattcactctgtgtttgccaggtactggcataacctcacag
gaacagtatatcaggtcttttcagcaaatctgctgtgtatgcaatagtgt
ctgcgttggtgactgatatggaatgattcccgggtggggcagtctctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_105340015_105341140
seq2: B6Ng01-347L23.b_45_1172

seq1  GAATTCCCTGATAGAATTTTTGGAGTTGCTTATGTATTCTATTGTATCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGATAGAATTTTTGGAGTTGCTTATGTATTCTATTGTATCAT  50

seq1  CTGCAAAATGCAATGCTTTGACTTCTTCCTTTCTAGTATGTATCCCTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAAATGCAATGCTTTGACTTCTTCCTTTCTAGTATGTATCCCTTCC  100

seq1  TGCACCTGGGAAGTGGATCTTGTTACTGACATCTCATGCTCCTGTGCATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCTGGGAAGTGGATCTTGTTACTGACATCTCATGCTCCTGTGCATC  150

seq1  TGAAATCTGTCTGAGTGGCAGTCCAGGGGTGCAGCAACAAGAAAGGACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCTGTCTGAGTGGCAGTCCAGGGGTGCAGCAACAAGAAAGGACTT  200

seq1  AGATGTATAATGTGACTTTCACAAACCAGCCAGTGATTAAATACACAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTATAATGTGACTTTCACAAACCAGCCAGTGATTAAATACACAGGA  250

seq1  ATCTCATATATTTTAAAGTGGAGGCCTTTAGCTCATGTTCCATCCCGACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATATATTTTAAAGTGGAGGCCTTTAGCTCATGTTCCATCCCGACT  300

seq1  AGTCTATATAAACTAATTCTGGCCTATATCCTGCCACATGACCAGGTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTATATAAACTAATTCTGGCCTATATCCTGCCACATGACCAGGTCTA  350

seq1  CATCTCTGTTCATTCTATTGTCCATCCGACTTCATCTCCTTTGGGTGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTGTTCATTCTATTGTCCATCCGACTTCATCTCCTTTGGGTGAAT  400

seq1  CTCTCATTCCTCATTAATTATCTCAGAGTTATTATCTCTTTAGGGATGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCATTCCTCATTAATTATCTCAGAGTTATTATCTCTTTAGGGATGTC  450

seq1  CAACCTTCCCTTCATGCTTCAACTATTGGCCCTCCAGAACTTTGTTAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTTCCCTTCATGCTTCAACTATTGGCCCTCCAGAACTTTGTTAAAG  500

seq1  ACAATCTCAGACTGCTTAAGCAGGTGAAAGAGGAACAAGTACCCACATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCTCAGACTGCTTAAGCAGGTGAAAGAGGAACAAGTACCCACATAT  550

seq1  CCCCCCAGCACCAGGTGCTACAGCACAGCAATTAACATTACAGGGACATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCAGCACCAGGTGCTACAGCACAGCAATTAACATTACAGGGACATA  600

seq1  CATTCATAGCCAGTTGATCCAATATGTGTGAGGTATGTGTTCTCAACACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATAGCCAGTTGATCCAATATGTGTGAGGTATGTGTTCTCAACACT  650

seq1  GTTCCTGTAGGATAATAGTGGCAGTATAATGGGTCTTTTAGAACTAAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGTAGGATAATAGTGGCAGTATAATGGGTCTTTTAGAACTAAATT  700

seq1  AAAGGAGTGGGGTCATTCAGATAAGTTGAGAACAGCGAAACAGCTTCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGTGGGGTCATTCAGATAAGTTGAGAACAGCGAAACAGCTTCAGG  750

seq1  GTGAGCAATGAGGTTGGGGAGCAGTTTTATGTGCCTTTGGGAACTAAATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCAATGAGGTTGGGGAGCAGTTTTATGTGCCTTTGGGAACTAAATC  800

seq1  TAGGAAGTGGGGCAGTTGAGGGCAAGTGGGTCACTTACCATGTCTGACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGTGGGGCAGTTGAGGGCAAGTGGGTCACTTACCATGTCTGACTG  850

seq1  GTATGCCCTGCAAAAGTCCACCTAAGTTTGGGGTAAGACAGAAAGGGGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCCCTGCAAAAGTCCACCTAAGTTTGGGGTAAGACAGAAAGGGGGG  900

seq1  GACAGAGGATGGGGTTGTTGGAGAC-CAAATCTGTGGATTGGAG-AACAT  948
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  GACAGAGGATGGGGTTGTTGGAGACTCAAATCTGTGGATTGGAGAAACAT  950

seq1  TCACAGGCT-GGAAAGCCAGTCACCTGTTCTTCTGACTGGTGTGGCCTGC  997
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCACAGGCTGGGAAAGCCAGTCACCTGTTCTTCTGACTGGTGT-GCCTGC  999

seq1  ACCTGTGCAGTGGAGGTCTGCTCCAATTGAGGCCAGTGG--CCTCGCAGC  1045
      ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||  | |||||||
seq2  ACCTGTGCAGTTGA-GTCTGCT-CAATTGAGGCCAGTGGGCCTTCGCAGC  1047

seq1  AGGGTGGTAAGAGGAGCATGATCAGGTCTATGTGTAGTGGGATGGGTCTT  1095
      | |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GGTGGTAAGA-GAGCATGATCA-GTCTATGTGTAGTGGGATGGGTCTT  1094

seq1  T--AAAAATAG-TATGTAGGATCTAGGGAGTAGG  1126
      |  |||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  TTAAAAAATAGATATGTAGGATCTAGGCAGTAGG  1128

seq1: chr1_105397336_105398441
seq2: B6Ng01-347L23.g_66_1163 (reverse)

seq1  CAGAGACTGCCCCACCCGGGGATCCATCCCATAATCAGTCACCAAACGCA  50
      |||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||| ||||||
seq2  CAGAGACTGCCCCACCCGGGAAT-CATTCCAT-ATCAGTCACC-AACGCA  47

seq1  GACACTATTGCATACACCAGCAAGATTTTGCTGAAAGAACCCTGATATAA  100
      |||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| |  |||||||| |
seq2  GACACTATTGCATACA-CAGC-AGA-TTTGCTGAAA-AGACCTGATAT-A  92

seq1  CTGTTTCTTGTGAGGTTATGCCAGTACCTGGCAAACACAGAAGTGAATGC  150
      ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTG-TTCCTGTGAGGTTATGCCAGTACCTGGCAAACACAG-AGTGAATGC  140

seq1  TCACAGTTAGCTATTGGATGGAACACAGGGCCCCTAACGGAGGAGCTAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTTAGCTATTGGATGGAACACAGGGCCCCTAACGGAGGAGCTAGA  190

seq1  G-AAAGTACCCAAGGAACCG-AAGCAGTCTGCAACCACATAGGTGAAACA  248
      | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGTACCCAAGGAACCGAAAGCAGTCTGCAACCACATAGGTGAAACA  240

seq1  AAAATATGAACTAACCAGTACCCCCAGAGCTTGTGTCTCTAGCTGCATAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGAACTAACCAGTACCCCCAGAGCTTGTGTCTCTAGCTGCATAT  290

seq1  GTAGCAGAAGATGGCGTAGTGGGCCATCATTGGGAAGAGAAGCCCCTTGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAGAAGATGGCGTAGTGGGCCATCATTGGGAAGAGAAGCCCCTTGG  340

seq1  TCTTGCAAACATTATTTGCCCCAGTACAGGGGAACACCAGGCCCAAGAAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCAAACATTATTTGCCCCAGTACAGGGGAACACCAGGCCCAAGAAC  390

seq1  TGGGAGTGGGTGGGTAGGGGAGCGGCGGGGGGGGGGGGGTATAGAGAACT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGTGGGTGGGTAGGGGAGCGGCGGGGGGGGGGGGGTATAGAGAACT  440

seq1  TTCGGGATAGCATTTGAAATGCAAATGAAGTAAATACCTAATTAAAAAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGGGATAGCATTTGAAATGCAAATGAAGTAAATACCTAATTAAAAAAA  490

seq1  TGGAACAAAAAGAGTGTGTTGTCCTGATAATGACAATAATACATTATATC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACAAAAAGAGTGTGTTGTCCTGATAATGACAATAATACATTATATC  540

seq1  TACAATTTCTACAATGGTTAATATATGCTTGTGCTGTAGCATAGCTTTAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTTCTACAATGGTTAATATATGCTTGTGCTGTAGCATAGCTTTAC  590

seq1  TAATGAACATTACTGTCCCATTGCCATTGCAGAGCTGAAATAACCTTGGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAACATTACTGTCCCATTGCCATTGCAGAGCTGAAATAACCTTGGC  640

seq1  TTTACTGTTATGTCTATGAAATAAGAAAATATGGTGATAGCTAGGTCTTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTGTTATGTCTATGAAATAAGAAAATATGGTGATAGCTAGGTCTTG  690

seq1  TCATACAGGACTGTGACAATTAATACTGGAGAAAATATAAAGCATGGTCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACAGGACTGTGACAATTAATACTGGAGAAAATATAAAGCATGGTCT  740

seq1  CCAAACTCTGTCCCAATATTTCTCCACCACAATCTCCTGTCTTCTAGCTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACTCTGTCCCAATATTTCTCCACCACAATCTCCTGTCTTCTAGCTA  790

seq1  ATGTAACATGTTAACTTGTGTTGTGGGTCTTAGATGGAGGTAGGATTTCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACATGTTAACTTGTGTTGTGGGTCTTAGATGGAGGTAGGATTTCA  840

seq1  CAATGAGGCTTTTATGCTGTAACCTTAAAGAAGTGACAATCTTAGTGATA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAGGCTTTTATGCTGTAACCTTAAAGAAGTGACAATCTTAGTGATA  890

seq1  AATATATTTCTTAGCCACCTGTACTCCTGTCACTCCTCACCCATGCTTCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATTTCTTAGCCACCTGTACTCCTGTCACTCCTCACCCATGCTTCT  940

seq1  TTAAGTAACACTCAGAGGTACTTTTATAAATAAATTTTCACTCATCCTCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTAACACTCAGAGGTACTTTTATAAATAAATTTTCACTCATCCTCT  990

seq1  ATAAGAAATCCCTCCCTCATGCTGTGCAAGAAACCTCTTACCTATGCTCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAAATCCCTCCCTCATGCTGTGCAAGAAACCTCTTACCTATGCTCT  1040

seq1  GTAAGGAAATACTAACCTGTGCTTTGGGAATTTCTCACACATACTCTCGA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGAAATACTAACCTGTGCTTTGGGAATTTCTCACACATACTCTCGA  1090

seq1  AAGAATTC  1106
      ||||||||
seq2  AAGAATTC  1098