BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349D07
Chromosome1 (Build37)
Map Location 73,171,839 - 73,280,856
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMreg, Pecr, Tmem169, Xrcc5, March4, Smarcal1, Ankar, Rpl37a, Igfbp2, Igfbp5, LOC672187, LOC100042860, Tnp1, 1700027A15Rik
Downstream genePinc, LOC672208, LOC100043291, Tns1, Rufy4, Il8rb, Il8ra
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349D07.bB6Ng01-349D07.g
ACCGA130265GA130266
length1,206181
definitionB6Ng01-349D07.b B6Ng01-349D07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,279,645 - 73,280,856)(73,171,839 - 73,172,019)
sequence
gaattcttaagagagtaactcagaaatgagaaaagcagcgtcctatcagg
tgagcccacagacactcagtttggcccagataggggccatgggctgtggc
tgcaccaacctgctacagtttaaaacctggccaagcaagtccgagtgtct
ctgacttaatcctccaaactctgcagagcagtggctcttctctatgccct
acccaggtctttttatttaagactgagttccccctgggctccaggcccag
tcttccagcagtggtaaacagcattctgtttcaggtttctagaatgctgt
gtctcacctgggtcctgtccctgctaagttcaatatctctgtactttctt
ggttttgttttgtatgaaaattcctttgaaccacagctgtcaggggccta
gagatttctgttcttttctggacaaactagagagatagttgcaagttaac
tattctcctcataacaatcatggtccattggattcaatcactcattgcag
gaaccttcatatctcaaaagtcatgtccataattaacaaagaaatagact
cctggtgagaggatggatggcctcaaaactaacatcactcttgaatatac
actgattcatgtgtacccaaacatgcatacatacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacactcacatacacacacctcttcacatccaa
ttttaacaagtggaagacaatagtttctgatgtagatagttttacttacg
tataaattgagaaacgaccagttggtagttacataacattttctacctta
tgctataaagaaatgaagcacctgtcaactaagcatcaagcccatcataa
ggataaagacctgaataagtcagcgaggggatgagtcaagacaggagatt
tatagagtgacacatgaaagttttgatccagtccagaagaaaagaacccc
tggcattttagactcaatcgtttaggtcttggttaatagacaatgaatgg
ggcttagagatgcttgagtcagcaaagtgctagccatgcaagcatgaagg
ccttattctgatgccagaactacataaaagcttagtgcaatagcatctgt
catcgtaaggcctgggcaagaagatggaggaatcccttggggcttgccaa
ccacctacctttctagttaatcatggaaactgcattccgaggaggatctg
gttcaa
tcctgacctcggtggtttcagtgtgtgctattccagaagtacccttggat
tctgttgcagtttgagactgtacatgtggttggggaagaaggacaacggc
ctgcctctcagtgttctgcctgctcccaacacccctctcgtgttttgtag
actagatctctgggggcggggggggggggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_73279645_73280856
seq2: B6Ng01-349D07.b_48_1253 (reverse)

seq1  TTGAAACAGATCCTCCTTCTGAATGCAGTCTCACTGATTCACCTAGGATA  50
      ||||| |||||||||| || ||||||||| ||  ||||| | |||| |  
seq2  TTGAACCAGATCCTCC-TCGGAATGCAGTTTCCATGATT-AACTAGAAAG  48

seq1  GTAGGTGGTTGGCAAGCCCCAAAGGA-TCCTCCTATCTTCCTTGCCCCAG  99
      |||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||  |
seq2  GTAGGTGGTTGGCAAGCCCCAAGGGATTCCTCC-ATCTT-CTTGCCCAGG  96

seq1  CCCTACGATGACAGATGCTATTGCACTTAGCTTTTATGTAGTTTCTGGGC  149
      || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||
seq2  CCTTACGATGACAGATGCTATTGCACTAAGCTTTTATGTAG-TTCT-GGC  144

seq1  ATCAGAATTAAGGCCTTCATGCTTGCATGGCTAGCACTTTGCTGACTCAA  199
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAA-TAAGGCCTTCATGCTTGCATGGCTAGCACTTTGCTGACTCAA  193

seq1  GCATCTCTAAGCCCCATTCATTGTCTATTAACCAAGACCTAAACGATTGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTCTAAGCCCCATTCATTGTCTATTAACCAAGACCTAAACGATTGA  243

seq1  GTCTAAAATGCCAGGGGTTCTTTTCTTCTGGACTGGATCAAAACTTTCAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAAAATGCCAGGGGTTCTTTTCTTCTGGACTGGATCAAAACTTTCAT  293

seq1  GTGTCACTCTATAAAATCTCCTGTCTTGACTCATCCCCTCGCTGACTTAT  349
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCACTCTAT-AAATCTCCTGTCTTGACTCATCCCCTCGCTGACTTAT  342

seq1  TCAGGTCTTTATCCTTATGATGGGCTTGATGCTTAGTTGACAGGTGCTTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTCTTTATCCTTATGATGGGCTTGATGCTTAGTTGACAGGTGCTTC  392

seq1  ATTTCTTTATAGCATAAGGTAGAAAATGTTATGTAACTACCAACTGGTCG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTTATAGCATAAGGTAGAAAATGTTATGTAACTACCAACTGGTCG  442

seq1  TTTCTCAATTTATACGTAAGT-AAACTATCTACATCAGAAACTATTGTCT  498
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCAATTTATACGTAAGTAAAACTATCTACATCAGAAACTATTGTCT  492

seq1  TCCACTTGTTAAAATTGGATGTGAAGAGGTGTGTGTATGTGAGTGTGTGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTTGTTAAAATTGGATGTGAAGAGGTGTGTGTATGTGAGTGTGTGT  542

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATGCATGTTTGGGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATGCATGTTTGGGT  592

seq1  ACACATGAATCAGTGTATATTCAAGAGTGATGTTAGTTTTGAGGCCATCC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGAATCAGTGTATATTCAAGAGTGATGTTAGTTTTGAGGCCATCC  642

seq1  ATCCTCTCACCAGGAGTCTATTTCTTTGTTAATTATGGACATGACTTTTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCTCACCAGGAGTCTATTTCTTTGTTAATTATGGACATGACTTTTG  692

seq1  AGATATGAAGGTTCCTGCAATGAGTGATTGAATCCAATGGACCATGATTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGAAGGTTCCTGCAATGAGTGATTGAATCCAATGGACCATGATTG  742

seq1  TTATGAGGAGAATAGTTAACTTGCAACTATCTCTCTAGTTTGTCCAGAAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGGAGAATAGTTAACTTGCAACTATCTCTCTAGTTTGTCCAGAAA  792

seq1  AGAACAGAAATCTCTAGGCCCCTGACAGCTGTGGTTCAAAGGAATTTTCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGAAATCTCTAGGCCCCTGACAGCTGTGGTTCAAAGGAATTTTCA  842

seq1  TACAAAACAAAACCAAGAAAGTACAGAGATATTGAACTTAGCAGGGACAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAACAAAACCAAGAAAGTACAGAGATATTGAACTTAGCAGGGACAG  892

seq1  GACCCAGGTGAGACACAGCATTCTAGAAACCTGAAACAGAATGCTGTTTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAGGTGAGACACAGCATTCTAGAAACCTGAAACAGAATGCTGTTTA  942

seq1  CCACTGCTGGAAGACTGGGCCTGGAGCCCAGGGGGAACTCAGTCTTAAAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGCTGGAAGACTGGGCCTGGAGCCCAGGGGGAACTCAGTCTTAAAT  992

seq1  AAAAAGACCTGGGTAGGGCATAGAGAAGAGCCACTGCTCTGCAGAGTTTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGACCTGGGTAGGGCATAGAGAAGAGCCACTGCTCTGCAGAGTTTG  1042

seq1  GAGGATTAAGTCAGAGACACTCGGACTTGCTTGGCCAGGTTTTAAACTGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATTAAGTCAGAGACACTCGGACTTGCTTGGCCAGGTTTTAAACTGT  1092

seq1  AGCAGGTTGGTGCAGCCACAGCCCATGGCCCCTATCTGGGCCAAACTGAG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGTTGGTGCAGCCACAGCCCATGGCCCCTATCTGGGCCAAACTGAG  1142

seq1  TGTCTGTGGGCTCACCTGATAGGACGCTGCTTTTCTCATTTCTGAGTTAC  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTGGGCTCACCTGATAGGACGCTGCTTTTCTCATTTCTGAGTTAC  1192

seq1  TCTCTTAAGAATTC  1212
      ||||||||||||||
seq2  TCTCTTAAGAATTC  1206

seq1: chr1_73171839_73172019
seq2: B6Ng01-349D07.g_73_253

seq1  TCCTGACCTCGGTGGTTTCAGTGTGTGCTATTCCAGAAGTACCCTTGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACCTCGGTGGTTTCAGTGTGTGCTATTCCAGAAGTACCCTTGGAT  50

seq1  TCTGTTGCAGTTTGAGACTGTACATGTGGTTGGGGAAGAAGGACAACGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGCAGTTTGAGACTGTACATGTGGTTGGGGAAGAAGGACAACGGC  100

seq1  CTGCCTCTCAGTGTTCTGCCTGCTCCCAACACCCCTCTCGTGTTTTGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCTCAGTGTTCTGCCTGCTCCCAACACCCCTCTCGTGTTTTGTAG  150

seq1  ACTAGATCTCTGGGGGCGGGGGGGGGGGGAG  181
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGATCTCTGGGGGCGGGGGGGGGGGGAG  181