BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349G14
Chromosome1 (Build37)
Map Location 179,660,434 - 179,790,414
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700016C15Rik, Adss, EG631584
Upstream geneCep170, Sdccag8, LOC666235, Akt3, Zfp238, EG631449, LOC100040770
Downstream geneEG545391, LOC666262, 5830417C01Rik, LOC666284, 4930527J03Rik, LOC666295, B230369F24Rik, LOC669454, 2310005N03Rik, Hnrpu, Efcab2, D230039L06Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349G14.bB6Ng01-349G14.g
ACCGA130413GA130414
length1,1621,178
definitionB6Ng01-349G14.b B6Ng01-349G14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(179,789,268 - 179,790,414)(179,660,434 - 179,661,605)
sequence
gaattccagtttcagaaatacctctgctttcatccagttttgtaaattca
tcttctgttcttaggtaaacagtaccgtctactagaaacagagttccttg
gtcaaatatgatcacgtccctcagactgtgcctttgagcatcactcagga
tacctggaggggctcttactctggtccaggtttgaaaggaatcatttgtt
tggaaagtctcctggtcagtggccaagagagcaaatgtagagatacaggt
atcccagctaagcatcaatggacttccaggtggcacggtgaggggctcat
atccaggaggttcagaaattatggtcatgggatatgtcagcatgaagtag
agatttgcaatgaagcagtcctggaaagccactttgttacctcgtatcac
tttggctatatcatctgaagacattggcaggtgaatgacccaggttctaa
ggagaagaaaaatgagaaatagaaaaaacaggagttggcaccctgatcct
tcctttctacaatttatctcagagcgtatacttaaaaaaaaaaaaaagtt
taagcttttatcagcataagctgctatggcttcagttttcattgttcact
ctgacagaggaacgtaatatggacttttgatattctttctccagcaatgt
gtctctctaaccacaaatgaacagttccataaccccgttttttttccatt
ttttattaggtatttagctcatttacatttccaatgctataccaaaagtc
ccccatacccacccacccccactcccctacccacccactccccctttttt
ggccctggcgttcccctgtactggggcatacaaagtttgcgtgtccaatg
ggcctctctttccagtgatgggcgactaggccatcttttgatacatatgc
agctagagtcaagagctctggggttactggttagtttcataaatgttggt
tccacctattagggtttgcagaatccctttagcttccttgggttctttct
ctagctcctccattgggagccctgtgatccatccattagctgacttgagc
atctactttctgtgtttgccaagccccagtcatatgctccaccaagagaa
tagctaccctctgggttccttctcataatcttggctatagggtatgcatt
atatacccgttt
gaattctttgcaaagctaggaattcttccccccaactcgactcaggtgtt
aggtatgtgtatatatctgcgtgcgggtatgtgtacatgagacctgctgc
catgcttcctgccatgaaagctagcaaatcccctggagttggaggttcag
gaagttttagctgcctgagtactgggaactgaacttcgtcctctgaaaaa
acagcaagctcttgaaaccgttaagctatgtctctgcccctaaaaattat
tttagaatgtgaacagtggtctacttgggatgttttgaatattttttttc
tcagtattttataaaagtttggtatacccagctgcagagcaaccctgcag
ccacggggctaagcaggtctaacacccctatgctgtctctatgttgtcat
gtgactatgttaccctgaatgtcctgaatacagacacagctcttccaagg
agaaagggctttacaaaatgtatctagaaagtcaacaggtactatctaca
cacagctgataaccctacacagctgattgctatggtttggatgtaatcag
tcaccaaagggtttcaggtgttagaaggtgttgggaacactaaacattaa
gattaactattaatatatggtaactattaatatattaatattctataata
ttaataactattaaatattaagattaagaattacaataactgtggcaatg
tagaaattatctcacaacattaaaaaaaaacaaaaccaaagattattttc
tagaaaataaataatgccgctttagatatataaattatggatgccttttc
tattatagcattatttttctgagcatattatgttttcagtttaaaaaaaa
atgttttatgatgtccaagtcagctatccattactataacaaagttctga
gataatcaactttataagaattgttattttggctcactgtggtgggtctg
aatgagaatggcttccataggctctcagtgtttgaatgcttgtcccagtt
tggtaagaacgatttaggaacgattagaagcataagtcttactggagtta
agatgtggctcttttgagagtgtgttagaagggaataggctttgaggtgt
caaaagcccacattcaagtcaagtccttctctctctggcctgcaaacttg
aaaacatgtgagcctcaagctactgctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_179789268_179790414
seq2: B6Ng01-349G14.b_44_1205 (reverse)

seq1  AAACGGGGTTATAATTGCATACCCTA---GCAAGATTTTATTGAAAGGAC  47
      |||||||  ||||| |||||||||||    ||||||| |   ||| | ||
seq2  AAACGGGTATATAA-TGCATACCCTATAGCCAAGATTAT-GAGAAGGAAC  48

seq1  CCAGA-TGTAGCTA-TCTCTTG--TGAGACTATG-CCGGGGCTTGGCAAA  92
      |||||  ||||||| |||||||   |||  |||| | |||||||||||||
seq2  CCAGAGGGTAGCTATTCTCTTGGTGGAGCATATGACTGGGGCTTGGCAAA  98

seq1  CACAG-AAGTAGATGCTCAAAGTCAGCTAATGGATGGATCACAGGGCTCC  141
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAAGTAGATGCTC-AAGTCAGCTAATGGATGGATCACAGGGCTCC  147

seq1  CAATGGAGGAGCTAGAGAAAGAACCCAAGG-AGCTAAAGGGA-TCTGC-A  188
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |
seq2  CAATGGAGGAGCTAGAGAAAGAACCCAAGGAAGCTAAAGGGATTCTGCAA  197

seq1  ACCCT-ATAGGTGGAA-CAACA-TTATG-AACTAACCAGT-ACCCCAGAG  233
      ||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  ACCCTAATAGGTGGAACCAACATTTATGAAACTAACCAGTAACCCCAGAG  247

seq1  CTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCA  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGCCCATCA  297

seq1  CTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACACGCAAACTTTGTATGCCCCAGTACAG  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACACGCAAACTTTGTATGCCCCAGTACAG  347

seq1  GGGAACGCCAGGGCC-AAAAAGGGGGAGTGGGTGGGTAGGGGAGTGGGGG  382
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACGCCAGGGCCAAAAAAGGGGGAGTGGGTGGGTAGGGGAGTGGGGG  397

seq1  TGGGTGGGTATGGGGGACTTTTGGTATAGCATTGGAAATGTAAATGAGCT  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGGGTATGGGGGACTTTTGGTATAGCATTGGAAATGTAAATGAGCT  447

seq1  AAATACCTAATAAAAAATGGAAAAAAAACGGGGTTATGGAACTGTTCATT  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACCTAATAAAAAATGGAAAAAAAACGGGGTTATGGAACTGTTCATT  497

seq1  TGTGGTTAGAGAGACACATTGCTGGAGAAAGAATATCAAAAGTCCATATT  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTAGAGAGACACATTGCTGGAGAAAGAATATCAAAAGTCCATATT  547

seq1  ACGTTCCTCTGTCAGAGTGAACAATGAAAACTGAAGCCATAGCAGCTTAT  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTCCTCTGTCAGAGTGAACAATGAAAACTGAAGCCATAGCAGCTTAT  597

seq1  GCTGATAAAAGCTTAAACTTTTTTTTTTTTTTAAGTATACGCTCTGAGAT  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATAAAAGCTTAAACTTTTTTTTTTTTTTAAGTATACGCTCTGAGAT  647

seq1  AAATTGTAGAAAGGAAGGATCAGGGTGCCAACTCCTGTTTTTTCTATTTC  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTAGAAAGGAAGGATCAGGGTGCCAACTCCTGTTTTTTCTATTTC  697

seq1  TCATTTTTCTTCTCCTTAGAACCTGGGTCATTCACCTGCCAATGTCTTCA  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTTCTTCTCCTTAGAACCTGGGTCATTCACCTGCCAATGTCTTCA  747

seq1  GATGATATAGCCAAAGTGATACGAGGTAACAAAGTGGCTTTCCAGGACTG  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATATAGCCAAAGTGATACGAGGTAACAAAGTGGCTTTCCAGGACTG  797

seq1  CTTCATTGCAAATCTCTACTTCATGCTGACATATCCCATGACCATAATTT  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTGCAAATCTCTACTTCATGCTGACATATCCCATGACCATAATTT  847

seq1  CTGAACCTCCTGGATATGAGCCCCTCACCGTGCCACCTGGAAGTCCATTG  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACCTCCTGGATATGAGCCCCTCACCGTGCCACCTGGAAGTCCATTG  897

seq1  ATGCTTAGCTGGGATACCTGTATCTCTACATTTGCTCTCTTGGCCACTGA  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTAGCTGGGATACCTGTATCTCTACATTTGCTCTCTTGGCCACTGA  947

seq1  CCAGGAGACTTTCCAAACAAATGATTCCTTTCAAACCTGGACCAGAGTAA  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGACTTTCCAAACAAATGATTCCTTTCAAACCTGGACCAGAGTAA  997

seq1  GAGCCCCTCCAGGTATCCTGAGTGATGCTCAAAGGCACAGTCTGAGGGAC  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCCTCCAGGTATCCTGAGTGATGCTCAAAGGCACAGTCTGAGGGAC  1047

seq1  GTGATCATATTTGACCAAGGAACTCTGTTTCTAGTAGACGGTACTGTTTA  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCATATTTGACCAAGGAACTCTGTTTCTAGTAGACGGTACTGTTTA  1097

seq1  CCTAAGAACAGAAGATGAATTTACAAAACTGGATGAAAGCAGAGGTATTT  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGAACAGAAGATGAATTTACAAAACTGGATGAAAGCAGAGGTATTT  1147

seq1  CTGAAACTGGAATTC  1147
      |||||||||||||||
seq2  CTGAAACTGGAATTC  1162

seq1: chr1_179660434_179661605
seq2: B6Ng01-349G14.g_70_1247

seq1  GAATTCTTTGCAAAGCTAGGAATTCTTCCCCCCAACTCGACTCAGGTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGCAAAGCTAGGAATTCTTCCCCCCAACTCGACTCAGGTGTT  50

seq1  AGGTATGTGTATATATCTGCGTGCGGGTATGTGTACATGAGACCTGCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATGTGTATATATCTGCGTGCGGGTATGTGTACATGAGACCTGCTGC  100

seq1  CATGCTTCCTGCCATGAAAGCTAGCAAATCCCCTGGAGTTGGAGGTTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTCCTGCCATGAAAGCTAGCAAATCCCCTGGAGTTGGAGGTTCAG  150

seq1  GAAGTTTTAGCTGCCTGAGTACTGGGAACTGAACTTCGTCCTCTGAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTTTAGCTGCCTGAGTACTGGGAACTGAACTTCGTCCTCTGAAAAA  200

seq1  ACAGCAAGCTCTTGAAACCGTTAAGCTATGTCTCTGCCCCTAAAAATTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAAGCTCTTGAAACCGTTAAGCTATGTCTCTGCCCCTAAAAATTAT  250

seq1  TTTAGAATGTGAACAGTGGTCTACTTGGGATGTTTTGAATATTTTTTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAATGTGAACAGTGGTCTACTTGGGATGTTTTGAATATTTTTTTTC  300

seq1  TCAGTATTTTATAAAAGTTTGGTATACCCAGCTGCAGAGCAACCCTGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTATTTTATAAAAGTTTGGTATACCCAGCTGCAGAGCAACCCTGCAG  350

seq1  CCACGGGGCTAAGCAGGTCTAACACCCCTATGCTGTCTCTATGTTGTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGGGGCTAAGCAGGTCTAACACCCCTATGCTGTCTCTATGTTGTCAT  400

seq1  GTGACTATGTTACCCTGAATGTCCTGAATACAGACACAGCTCTTCCAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTATGTTACCCTGAATGTCCTGAATACAGACACAGCTCTTCCAAGG  450

seq1  AGAAAGGGCTTTACAAAATGTATCTAGAAAGTCAACAGGTACTATCTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGGCTTTACAAAATGTATCTAGAAAGTCAACAGGTACTATCTACA  500

seq1  CACAGCTGATAACCCTACACAGCTGATTGCTATGGTTTGGATGTAATCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTGATAACCCTACACAGCTGATTGCTATGGTTTGGATGTAATCAG  550

seq1  TCACCAAAGGGTTTCAGGTGTTAGAAGGTGTTGGGAACACTAAACATTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAAAGGGTTTCAGGTGTTAGAAGGTGTTGGGAACACTAAACATTAA  600

seq1  GATTAACTATTAATATATGGTAACTATTAATATATTAATATTCTATAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAACTATTAATATATGGTAACTATTAATATATTAATATTCTATAATA  650

seq1  TTAATAACTATTAAATATTAAGATTAAGAATTACAATAACTGTGGCAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAACTATTAAATATTAAGATTAAGAATTACAATAACTGTGGCAATG  700

seq1  TAGAAATTATCTCACAACATTAAAAAAAAACAAAACCAAAGATTATTTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATTATCTCACAACATTAAAAAAAAACAAAACCAAAGATTATTTTC  750

seq1  TAGAAAATAAATAATGCCGCTTTAGATATATAAATTATGGATGCCTTTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAATAAATAATGCCGCTTTAGATATATAAATTATGGATGCCTTTTC  800

seq1  TATTATAGCATTATTTTTCTGAGCATATTATGTTTTCAGTTTAAAAAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATAGCATTATTTTTCTGAGCATATTATGTTTTCAGTTTAAAAAAAA  850

seq1  ATGTTTTATGATGTCCAAGTCAGCTATCCATTACTATAACAAAG-TCTGA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATGTTTTATGATGTCCAAGTCAGCTATCCATTACTATAACAAAGTTCTGA  900

seq1  GATAATCAAC-TTATAAGAATTG-TATTTTGGCTCACTGTGGT-GGTCTG  946
      |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GATAATCAACTTTATAAGAATTGTTATTTTGGCTCACTGTGGTGGGTCTG  950

seq1  AATGAGAATGGCTTCCATAGGCTCTCAGTGTTTGAATGCTTGGTCCCCAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   
seq2  AATGAGAATGGCTTCCATAGGCTCTCAGTGTTTGAATGCTT-GTCCCAGT  999

seq1  TTGGT-AGAACGATTTAGGAAGGATTAGGAGGCAT-AGTCTTACTGGAGT  1044
      ||||| ||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||
seq2  TTGGTAAGAACGATTTAGGAACGATTA-GAAGCATAAGTCTTACTGGAGT  1048

seq1  --AGATGTGGCCTCTTTGGAGGAGGTGTGTTAGAAGGG-ATAGGCTTTGA  1091
        |||||||| |||||| |||   |||||||||||||| |||||||||||
seq2  TAAGATGTGG-CTCTTTTGAG--AGTGTGTTAGAAGGGAATAGGCTTTGA  1095

seq1  GGTGTCAAAAGCCCACA-TCAGGTCTAGTCTCTCTCTCTCT-GCCTGC-A  1138
      ||||||||||||||||| ||| ||| ||||  ||||||||| |||||| |
seq2  GGTGTCAAAAGCCCACATTCAAGTCAAGTCCTTCTCTCTCTGGCCTGCAA  1145

seq1  ACTTGAAAAACATGTGAGCTTCCAGCTACTGCTC  1172
      ||||| ||||||||||||| || |||||||||||
seq2  ACTTG-AAAACATGTGAGCCTCAAGCTACTGCTC  1178