BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-350A08
Chromosome1 (Build37)
Map Location 42,241,804 - 42,377,136
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041441, LOC383634, LOC666582
Downstream gene2610017I09Rik, Pou3f3, Mrps9, Gpr45, LOC100041588, Tgfbrap1, AI597479, Fhl2, EG666642, EG666644
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-350A08.bB6Ng01-350A08.g
ACCGA130830GA130831
length1,0151,139
definitionB6Ng01-350A08.b B6Ng01-350A08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,376,107 - 42,377,136)(42,241,804 - 42,242,933)
sequence
gaattcatctttaagggcaggtcatagaaactgatttgccctcttgcaca
tcatggggcttgtgccgagattctctgacctatcttatacaatagtagat
cttataaacacttggttaggaggaatcctagtctctacctaggagaaatg
aacagtgcatagagaggccatgaaaactgaatgagggatacacaccccta
gcttcctgagaaggaaagactgtgctcaggatcctttgaggcctcagcct
ataaatttcttcatacagctctttaaaatataacttacaaatacctcatg
tctgatgtggtaaatgtgaccaagatcccatggctgatatctggtatggt
aaacctggccaagaaccacagttggggaggtcataggccatagtgtgaat
ctactattgatattttgctaaatgaacacactatcaaactgccttctaaa
tatgtgtctctctacttgcagatttgtgcagcttccagtccttgtgactg
agaagtctttgtgtagttgatactgagagagacccatgacttggtcccag
tgcatgaccaagtgactgttgagccgtcagtcctaagtgggcattgccat
catgtgtaccctctcccacgcttctgaggttgagtgaacatcacgaagga
tggggtggggagattgcaaggtcagggagtttgaagtcaatcgttgatgg
ctcgtatgggaagaaaatgttttttctgaagagtgaaacctttggtaggt
tcctcgtgtgccaatggctggccctacacccacacatgtacagctagatc
taactggattcagaagcatacagtagggtttggacaaaggaaagagaagg
ggtcattgtatcataatctcaaaaccaaaaagaaataattgtttcctttt
tttttaattggatatttcctttatttatatttcaatgttatcccctttcc
tggttttcctctgaaaaacacctccccatcccctccctctcccctgctga
ccaacccaccacttc

gaattccaaaaattaacctatggaaaaaaacattgtaaagaatgagagat
gtgggaactattgagatgcttcaaacagcttgctattaaacttaagtata
aggaatatttgtcatgtgtgtaattcagtgttataggcatcatattcaat
agttttaagtactggcaactgtgcttttccatttagttattccatactta
tcaggaatcagtactgacaagttacatgtagaattatttttgctggcaca
tggattaagacagaataataaataagctaaatatttatcattataattat
tatatcattggcattatattagtgacattagttattgaaaagcaatgaaa
ttaatctacatgaaatgttctttaaattctctataagagaatgaataact
ggtgttctcgtctcactttcttgtggtctctttggagatgttcataaatg
tttcctgatttttccaaagaaggtgattttcctctgaagccctacaacac
gtcttgtctataaaacatttctgaaatctcacaagggctgtgaggtttgt
acttattgatattgctgtctttatctgcccatatcccccactggaaccag
agcttctcaaatcctgtagcatggcctctgcattttgcactctttataaa
gtactttacaatatctgcatataaactttctaaatatctaaataaccctg
caaactcaagcaaagaggtgctgatgaagcctttcttcctggggggagtg
ggagggatcaaaactgcaggtaggaaggatgcatctagtttatgttagag
acagggaaaacccagccctacatgccctgtacatctcactgtccccaagt
atagcagcaatagcaactatattgcttgctgtttgaaatgttactgaaga
taccaatagctcagacttcctatgtgttagtgtaactcctctcatgctga
tgctatgtcaagatatgtcttgcaatttcattttccacaaagaagcttgg
ggagacacattgtattgagataactgaccgccagtttctagaaagaggaa
tcgaactagcctggctgaagaaagacgcatggaggaaggccgaaattctc
ctagcaaaccaacctgttaactctctgggcacatgcgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_42376107_42377136
seq2: B6Ng01-350A08.b_44_1058 (reverse)

seq1  GAAGTGGGAGTGGGTGGGTTGGTCAGCAGGGGGAGAGGGGAGGGGATGGG  50
      |||||       |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  GAAGT-------GGTGGGTTGGTCAGCA-GGGGAGA-GGGAGGGGATGGG  41

seq1  GGAGGGTGTTTTTCAGAGGGAAAACCAGGAAAGGGGATAACATTTGAAAT  100
      |   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  G--AGGTGTTTTTCAGA-GGAAAACCAGGAAAGGGGATAACA-TTGAAAT  87

seq1  ATAAATAAAGAAAATATCCAATTAAAAAAAAAGGAAAACAATTATTTCTT  150
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATAAATAAAGGAAATATCCAATTAAAAAAAAAGG-AAACAATTATTTCTT  136

seq1  TTTGGTTTTGAGATTATGATACAATTGACCCCTTCTCTTTCCTTTGTCCA  200
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTTTTGAGATTATGATACAA-TGACCCCTTCTCTTTCCTTTGTCCA  185

seq1  AACCCTACTGTATGCTTCTGAATCCAGTTAGATCTAGCTGTACATGTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTACTGTATGCTTCTGAATCCAGTTAGATCTAGCTGTACATGTGTG  235

seq1  GGTGTAGGGCCAGCCATTGGCACACGAGGAACCTACCAAAGGTTTCACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTAGGGCCAGCCATTGGCACACGAGGAACCTACCAAAGGTTTCACTC  285

seq1  TTCAGAAAAAACATTTTCTTCCCATACGAGCCATCAACGATTGACTTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAAAAACATTTTCTTCCCATACGAGCCATCAACGATTGACTTCAA  335

seq1  ACTCCCTGACCTTGCAATCTCCCCACCCCATCCTTCGTGATGTTCACTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCTGACCTTGCAATCTCCCCACCCCATCCTTCGTGATGTTCACTCA  385

seq1  ACCTCAGAAGCGTGGGAGAGGGTACACATGATGGCAATGCCCACTTAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAGAAGCGTGGGAGAGGGTACACATGATGGCAATGCCCACTTAGGA  435

seq1  CTGACGGCTCAACAGTCACTTGGTCATGCACTGGGACCAAGTCATGGGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACGGCTCAACAGTCACTTGGTCATGCACTGGGACCAAGTCATGGGTC  485

seq1  TCTCTCAGTATCAACTACACAAAGACTTCTCAGTCACAAGGACTGGAAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCAGTATCAACTACACAAAGACTTCTCAGTCACAAGGACTGGAAGC  535

seq1  TGCACAAATCTGCAAGTAGAGAGACACATATTTAGAAGGCAGTTTGATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAAATCTGCAAGTAGAGAGACACATATTTAGAAGGCAGTTTGATAG  585

seq1  TGTGTTCATTTAGCAAAATATCAATAGTAGATTCACACTATGGCCTATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCATTTAGCAAAATATCAATAGTAGATTCACACTATGGCCTATGA  635

seq1  CCTCCCCAACTGTGGTTCTTGGCCAGGTTTACCATACCAGATATCAGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCAACTGTGGTTCTTGGCCAGGTTTACCATACCAGATATCAGCCA  685

seq1  TGGGATCTTGGTCACATTTACCACATCAGACATGAGGTATTTGTAAGTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATCTTGGTCACATTTACCACATCAGACATGAGGTATTTGTAAGTTA  735

seq1  TATTTTAAAGAGCTGTATGAAGAAATTTATAGGCTGAGGCCTCAAAGGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTAAAGAGCTGTATGAAGAAATTTATAGGCTGAGGCCTCAAAGGAT  785

seq1  CCTGAGCACAGTCTTTCCTTCTCAGGAAGCTAGGGGTGTGTATCCCTCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGCACAGTCTTTCCTTCTCAGGAAGCTAGGGGTGTGTATCCCTCAT  835

seq1  TCAGTTTTCATGGCCTCTCTATGCACTGTTCATTTCTCCTAGGTAGAGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTTCATGGCCTCTCTATGCACTGTTCATTTCTCCTAGGTAGAGAC  885

seq1  TAGGATTCCTCCTAACCAAGTGTTTATAAGATCTACTATTGTATAAGATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATTCCTCCTAACCAAGTGTTTATAAGATCTACTATTGTATAAGATA  935

seq1  GGTCAGAGAATCTCGGCACAAGCCCCATGATGTGCAAGAGGGCAAATCAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGAGAATCTCGGCACAAGCCCCATGATGTGCAAGAGGGCAAATCAG  985

seq1  TTTCTATGACCTGCCCTTAAAGATGAATTC  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATGACCTGCCCTTAAAGATGAATTC  1015


seq1: chr1_42241804_42242933
seq2: B6Ng01-350A08.g_67_1205

seq1  GAATTCCAAAAATTAACCTATGGAAAAAAACATTGTAAAGAATGAGAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAAATTAACCTATGGAAAAAAACATTGTAAAGAATGAGAGAT  50

seq1  GTGGGAACTATTGAGATGCTTCAAACAGCTTGCTATTAAACTTAAGTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAACTATTGAGATGCTTCAAACAGCTTGCTATTAAACTTAAGTATA  100

seq1  AGGAATATTTGTCATGTGTGTAATTCAGTGTTATAGGCATCATATTCAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATATTTGTCATGTGTGTAATTCAGTGTTATAGGCATCATATTCAAT  150

seq1  AGTTTTAAGTACTGGCAACTGTGCTTTTCCATTTAGTTATTCCATACTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTAAGTACTGGCAACTGTGCTTTTCCATTTAGTTATTCCATACTTA  200

seq1  TCAGGAATCAGTACTGACAAGTTACATGTAGAATTATTTTTGCTGGCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAATCAGTACTGACAAGTTACATGTAGAATTATTTTTGCTGGCACA  250

seq1  TGGATTAAGACAGAATAATAAATAAGCTAAATATTTATCATTATAATTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTAAGACAGAATAATAAATAAGCTAAATATTTATCATTATAATTAT  300

seq1  TATATCATTGGCATTATATTAGTGACATTAGTTATTGAAAAGCAATGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCATTGGCATTATATTAGTGACATTAGTTATTGAAAAGCAATGAAA  350

seq1  TTAATCTACATGAAATGTTCTTTAAATTCTCTATAAGAGAATGAATAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTACATGAAATGTTCTTTAAATTCTCTATAAGAGAATGAATAACT  400

seq1  GGTGTTCTCGTCTCACTTTCTTGTGGTCTCTTTGGAGATGTTCATAAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTCTCGTCTCACTTTCTTGTGGTCTCTTTGGAGATGTTCATAAATG  450

seq1  TTTCCTGATTTTTCCAAAGAAGGTGATTTTCCTCTGAAGCCCTACAACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGATTTTTCCAAAGAAGGTGATTTTCCTCTGAAGCCCTACAACAC  500

seq1  GTCTTGTCTATAAAACATTTCTGAAATCTCACAAGGGCTGTGAGGTTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGTCTATAAAACATTTCTGAAATCTCACAAGGGCTGTGAGGTTTGT  550

seq1  ACTTATTGATATTGCTGTCTTTATCTGCCCATATCCCCCACTGGAACCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTGATATTGCTGTCTTTATCTGCCCATATCCCCCACTGGAACCAG  600

seq1  AGCTTCTCAAATCCTGTAGCATGGCCTCTGCATTTTGCACTCTTTATAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCTCAAATCCTGTAGCATGGCCTCTGCATTTTGCACTCTTTATAAA  650

seq1  GTACTTTACAATATCTGCATATAAACTTTCTAAATATCTAAATAACCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTTACAATATCTGCATATAAACTTTCTAAATATCTAAATAACCCTG  700

seq1  CAAACTCAAGCAAAGAGGTGCTGATGAAGCCTTTCTTCCTGGGGGGAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTCAAGCAAAGAGGTGCTGATGAAGCCTTTCTTCCTGGGGGGAGTG  750

seq1  GGAGGGATCAAAACTGCAGGTA-GAAGGATGCATCTAGTTTATGTTAGAG  799
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGATCAAAACTGCAGGTAGGAAGGATGCATCTAGTTTATGTTAGAG  800

seq1  ACAGGGAAAACCCAGCCTTACATG-CCTGTACATCTCACTGTCCCCAAGT  848
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGAAAACCCAGCCCTACATGCCCTGTACATCTCACTGTCCCCAAGT  850

seq1  ATAGCAGCAATAGCAACTATATTGCTTGCTGTTTGAAATGTTACTGAAAG  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATAGCAGCAATAGCAACTATATTGCTTGCTGTTTGAAATGTTACTG-AAG  899

seq1  ATACCAATAGCTCAGACTTCCTATGTGTTAGTGTAACTCCCTCTCATGCT  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATACCAATAGCTCAGACTTCCTATGTGTTAGTGTAACT-CCTCTCATGCT  948

seq1  GATGCTATGTCAAGATATGTCTTGCAAATTCCATTTCCACAAAG-AGCTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| |||||
seq2  GATGCTATGTCAAGATATGTCTTGCAATTTCATTTTCCACAAAGAAGCTT  998

seq1  -GGGAGACACA-TGTA-TGAGAT-ACTGA-CGCCAGTTTCTAAGAAAGAA  1042
       |||||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||| |
seq2  GGGGAGACACATTGTATTGAGATAACTGACCGCCAGTTTCT-AGAAAG-A  1046

seq1  GGAATCG-ACTAG-CTGGCTGAAG-AAGACGCA-GGAGGAAAGGCAGATA  1088
      ||||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||| || |
seq2  GGAATCGAACTAGCCTGGCTGAAGAAAGACGCATGGAGG-AAGGCCGAAA  1095

seq1  -TCT-CTAGCAGA-CAACCTTGGTTAACT-TCTGGGCACATGCGTA  1130
       ||| |||||| | ||||||  ||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTAGCAAACCAACCT--GTTAACTCTCTGGGCACATGCGTA  1139


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |