BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-350K09
Chromosome1 (Build37)
Map Location 103,263,103 - 103,264,301
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneC230078M14Rik, LOC100041909
Downstream geneLOC100040993, LOC383650
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-350K09.bB6Ng01-350K09.g
ACCGA131258GA131259
length1,176140
definitionB6Ng01-350K09.b B6Ng01-350K09.g
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattccaggtttttgtgctctatgactgattgtcattgtcctctcaggg
tgtcatgcttatgtgttccatataaaataatttgtcaggaagttggcctc
atgccttccattttcaattttgagattttaccaggattaggtttgctcaa
atttaccagttcttctgtctgatgatatggtccacttatcccacaaccac
attatgaagaggaaaaaaaagagagagttctaatgatccctagaagtcaa
tattctgtgtaatgctatggctttatatataaacataggaaggacagggg
ctgtgcatgagagacatgcataattaagcatcttgattcaatgagtgggt
cctctgcattgtgctaagatatcctgttgtctcaaaggatggtgactcct
gcttcaatatacacattcacacacatggagaatttcctgtcatctgtgat
tctgcttttccaggagtacaaggttacaaaagaagtaccattaaatacaa
gaatttatctctatagtgaagtaaaggggacacaaaataagggcagaagc
tgtgagactctcaaccttcttttagttatgcaagtaatgagaactgcctt
taagtgaaaacaacttcaaagtgcctatgcacaacctgagcccacagtaa
gatcctgcctcaagaaaaggttggatagactttctgctctggtatagaga
acttggacaatatgcaatgctttaatctcagcactggtaaaaaagaagag
aaggaaatgaacatgatacctgcaatgcaaaaacatgtaggattcctaaa
ttttaagttaatttagtttgtttaatgtgcttgtgtgtgactatatatat
atatatatatatatatatatatatatatatacacacacatacatacacac
acacacacacacacacacacatatatatatatatatatatatatacatac
atacatacatacacacacatatatatatatgtatatatgggcacacattt
tatggaggtaccttctgaagccccaactctaaatcaggactagagagaca
tgcatttgtgacatcagcacaaattatgtgctgaagttgatgactctgat
acattcaagctgaaaccctgttcttacttccttcctcaatctactgcctt
gtgttagctcaagcaaagaatgccct

tgcttttagaggagaggagtacatggtggctgaacaaaagcatggtggct
aacacagctgatagaatatatattgattctcaaactaactgggggaaaga
gaggagagaaagagaggaagggagagggggcagggggagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr1_103263103_103264301
seq2: B6Ng01-350K09.b_48_1223 (reverse)

seq1  AGGGCATTCTTTGCTTAGAGTTTACACAGTGCAGGTAGTATTGAGGGAAG  50
      |||||||||||||||| ||| | |||||  ||| |||| ||||| |||||
seq2  AGGGCATTCTTTGCTT-GAGCTAACACAAGGCA-GTAG-ATTGA-GGAAG  46

seq1  GAAGGTAGACAAGGGTTTTCAAGCTTGTGGAATGGTAATCAGAGGTCCAT  100
      ||||  |||  |||||||   |||||   |||||   |||||||   |||
seq2  GAAGTAAGAACAGGGTTT--CAGCTT---GAATG--TATCAGAG--TCAT  87

seq1  CCAAACCTTCAGCACCATAATTTGGTGCTGAATGGTTCACAAATGCATGT  150
      |   | |||||||| |||||||| |||||| |||  ||||||||||||||
seq2  C---AACTTCAGCA-CATAATTT-GTGCTG-ATG--TCACAAATGCATGT  129

seq1  CTCTCTAGTTCCTTGATTTAGAGTTTGGGCTTCAGAAGGTACCTCCAT-A  199
      |||||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  CTCTCTAGT--CCTGATTTAGAGTTGGGGCTTCAGAAGGTACCTCCATAA  177

seq1  AATGTGGTGCCCATATATACATATATATATATGTGTGTGTATGTATGTAT  249
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGT-GTGCCCATATATACATATATATATATGTGTGTGTATGTATGTAT  226

seq1  GTATGTATATATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTATATATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  276

seq1  GTGTGTATGTATGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTATGTATGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATAT  326

seq1  ATATATATAGACACACACAAGCACATTAAACAAACTAAATTAACTTAAAA  399
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATAGTCACACACAAGCACATTAAACAAACTAAATTAACTTAAAA  376

seq1  TTTAGGAATCCTACATGTTTTTGCATTGCAGGTATCATGTTCATTTCCTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGAATCCTACATGTTTTTGCATTGCAGGTATCATGTTCATTTCCTT  426

seq1  CTCTTCTTTTTTACCAGTGCTGAGATTAAAGCATTGCATATTGTCCAAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTTTTTTACCAGTGCTGAGATTAAAGCATTGCATATTGTCCAAGT  476

seq1  TCTCTATACCAGAGCAGAAAGTCTATCCAACCTTTTCTTGAGGCAGGATC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTATACCAGAGCAGAAAGTCTATCCAACCTTTTCTTGAGGCAGGATC  526

seq1  TTACTGTGGGCTCAGGTTGTGCATAGGCACTTTGAAGTTGTTTTCACTTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGTGGGCTCAGGTTGTGCATAGGCACTTTGAAGTTGTTTTCACTTA  576

seq1  AAGGCAGTTCTCATTACTTGCATAACTAAAAGAAGGTTGAGAGTCTCACA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGTTCTCATTACTTGCATAACTAAAAGAAGGTTGAGAGTCTCACA  626

seq1  GCTTCTGCCCTTATTTTGTGTCCCCTTTACTTCACTATAGAGATAAATTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGCCCTTATTTTGTGTCCCCTTTACTTCACTATAGAGATAAATTC  676

seq1  TTGTATTTAATGGTACTTCTTTTGTAACCTTGTACTCCTGGAAAAGCAGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTTAATGGTACTTCTTTTGTAACCTTGTACTCCTGGAAAAGCAGA  726

seq1  ATCACAGATGACAGGAAATTCTCCATGTGTGTGAATGTGTATATTGAAGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGATGACAGGAAATTCTCCATGTGTGTGAATGTGTATATTGAAGC  776

seq1  AGGAGTCACCATCCTTTGAGACAACAGGATATCTTAGCACAATGCAGAGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTCACCATCCTTTGAGACAACAGGATATCTTAGCACAATGCAGAGG  826

seq1  ACCCACTCATTGAATCAAGATGCTTAATTATGCATGTCTCTCATGCACAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTCATTGAATCAAGATGCTTAATTATGCATGTCTCTCATGCACAG  876

seq1  CCCCTGTCCTTCCTATGTTTATATATAAAGCCATAGCATTACACAGAATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGTCCTTCCTATGTTTATATATAAAGCCATAGCATTACACAGAATA  926

seq1  TTGACTTCTAGGGATCATTAGAACTCTCTCTTTTTTTTCCTCTTCATAAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTTCTAGGGATCATTAGAACTCTCTCTTTTTTTTCCTCTTCATAAT  976

seq1  GTGGTTGTGGGATAAGTGGACCATATCATCAGACAGAAGAACTGGTAAAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTGTGGGATAAGTGGACCATATCATCAGACAGAAGAACTGGTAAAT  1026

seq1  TTGAGCAAACCTAATCCTGGTAAAATCTCAAAATTGAAAATGGAAGGCAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCAAACCTAATCCTGGTAAAATCTCAAAATTGAAAATGGAAGGCAT  1076

seq1  GAGGCCAACTTCCTGACAAATTATTTTATATGGAACACATAAGCATGACA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCAACTTCCTGACAAATTATTTTATATGGAACACATAAGCATGACA  1126

seq1  CCCTGAGAGGACAATGACAATCAGTCATAGAGCACAAAAACCTGGAATTC  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGAGGACAATGACAATCAGTCATAGAGCACAAAAACCTGGAATTC  1176


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |