Query= MSMg01no261_o17.b1 MSMg01no261_o17.b1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no261_o17.b1 PHD_FILE: MSMg01no261_o17.b1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Tue May 17 20:58:25 2005
(433 letters)
>mm_chr1_68800280_68801111
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Sbjct: 201 caaaaccattgcataaaatcaattttctgttgcattcttttaaattttcat-tgctcagg 259
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 260 tgtgtttgccacctgattagaacttacataaaaatacaagttgttttcttaatagtttaa 319
Query: 121 aatgagtacatttttaagacatcagttttgtatggttattccgtttttattgttatctca 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 320 aatgagtacatttttaagacatcagttttgtatggttattccgtttttattgttatctca 379
Query: 181 agcataataagccaaccctttaatgcaatcaattgtttctaaagatgctttttaggaatg 240
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Sbjct: 380 agcataataagccaaccctttaatgcaatcaattgtttctaaagatgctttttaggaatg 439
Query: 241 taagtgaatctgggtgtctgcctgtattatcagctacttctgggattgataatgaggcaa 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct: 440 taagtgaatctgggtgtctgcctgtattatcagctacttctgggattgagaaggaggcaa 499
Query: 301 ccataacaccaggaattctaagtaaaataggatctcatataacaaggaataggatatata 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 500 ccataacaccaggaattctaagtaaaataggatctcatataacaaggaataggatatata 559
Query: 361 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 413
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 560 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 612
Score = 116 bits (60), Expect = 3e-30
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Strand = Plus / Minus
Query: 374 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 433
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Sbjct: 612 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 553
Score = 116 bits (60), Expect = 3e-30
Identities = 60/60 (100%)
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Query: 372 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 431
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Sbjct: 612 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 553
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Query: 370 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 429
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Sbjct: 612 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 553
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Query: 368 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 427
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Sbjct: 612 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 553
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Query: 366 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 425
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Sbjct: 612 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 553
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Query: 364 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 423
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Query: 362 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 421
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Query: 360 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 419
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Sbjct: 612 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 553
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Query: 358 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 417
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Sbjct: 612 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 553
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Query: 356 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 415
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Sbjct: 612 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 553
Score = 116 bits (60), Expect = 3e-30
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Strand = Plus / Minus
Query: 354 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 612 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 553
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 164
Number of extensions: 94
Number of successful extensions: 79
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 58
Number of HSP's successfully gapped: 19
Length of query: 433
Length of database: 832
Length adjustment: 9
Effective length of query: 424
Effective length of database: 823
Effective search space: 348952
Effective search space used: 348952
X1: 8 (15.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
S1: 8 (16.4 bits)
S2: 8 (16.2 bits)
| Query= MSMg01no261_o17.g1 MSMg01no261_o17.g1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no261_o17.g1 PHD_FILE: MSMg01no261_o17.g1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Tue May 17 20:58:25 2005
(624 letters)
>mm_chr1_68962729_68963752
Length = 1024
Score = 1207 bits (624), Expect = 0.0
Identities = 624/624 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1 agtggcaataattccataggtgttttaaatgctgtcttactctcaagaaagtctgaaatt 60
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Sbjct: 797 agtggcaataattccataggtgttttaaatgctgtcttactctcaagaaagtctgaaatt 738
Query: 61 taagtctagttatcagcaagtacactaattttgttttttttttattctcttttataagca 120
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Sbjct: 737 taagtctagttatcagcaagtacactaattttgttttttttttattctcttttataagca 678
Query: 121 gttcagtacctatgatttcattagattttgattaagttaagccttatcaactttgctata 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 677 gttcagtacctatgatttcattagattttgattaagttaagccttatcaactttgctata 618
Query: 181 gaaacagatttatttggcaagcatttgtttgactttattaccttagtgaatttatattcc 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 617 gaaacagatttatttggcaagcatttgtttgactttattaccttagtgaatttatattcc 558
Query: 241 ctcaattaatctgttaataagaatagttttttaattactttaagatcaggaacatcttac 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 557 ctcaattaatctgttaataagaatagttttttaattactttaagatcaggaacatcttac 498
Query: 301 tctgtcatagtcagagaaaacaaaacaatgaacattgtgataatatagctgctgaatgct 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 497 tctgtcatagtcagagaaaacaaaacaatgaacattgtgataatatagctgctgaatgct 438
Query: 361 attaagagacacatagactttaagaaatgtatatatctaactaacattggtttgtaatgg 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 437 attaagagacacatagactttaagaaatgtatatatctaactaacattggtttgtaatgg 378
Query: 421 tgttttgattacctgatattattatgcattaatattctacaatttgagtatggttgcatt 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 377 tgttttgattacctgatattattatgcattaatattctacaatttgagtatggttgcatt 318
Query: 481 ttccagtgactgaggctattgctgatttttctattttcattataaaacttcaaaggcaag 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 317 ttccagtgactgaggctattgctgatttttctattttcattataaaacttcaaaggcaag 258
Query: 541 tcctttcatgtattaatttgttttactctgggagtttgtattcaaaagctgatattgtca 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 257 tcctttcatgtattaatttgttttactctgggagtttgtattcaaaagctgatattgtca 198
Query: 601 tcgtcatcatcatcattatcatca 624
||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 197 tcgtcatcatcatcattatcatca 174
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 32
Number of extensions: 1
Number of successful extensions: 1
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 1
Number of HSP's successfully gapped: 1
Length of query: 624
Length of database: 1024
Length adjustment: 10
Effective length of query: 614
Effective length of database: 1014
Effective search space: 622596
Effective search space used: 622596
X1: 8 (15.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
S1: 8 (16.4 bits)
S2: 8 (16.2 bits)
|
