BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-001D17
Chromosome10 (Build37)
Map Location 31,358,030 - 31,359,182
singlet/doubletsinglet
Overlap geneLOC667752
Upstream geneNcoa7, LOC382354, Hey2, LOC654431, EG432448, Hddc2, Tpd52l1, LOC100041294, Ibrdc1, LOC666055
Downstream geneLOC100040638, Tcba1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-001D17.g
ACCDH839613
length1,148
definitionDH839613|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001D17, 3' end.
singlet/doublet---singlet
BLAST hitno hit dataunique
sequence
gaattcactttgcagatcaggttggccttaaactcacagagatctacttt
cctttgcctccagaatgctgggattaaagatgtgtggaccaagcttggtt
ttgtttgtttgtttgtttgtttatcttctgtccaaagtttcctttgtttg
cagagggttttgtttctttgtttttgagttgggaggaaggtctgtttact
caccagaactcatagatgtctatgtagttttaccggcagtaattagaccg
gcattcaatgatgaccttcttccttgtgtaaactaaagcttgagagctgg
cttttaatttccagagaagcatgcctatttcctatgcagctgggaaacta
ctaactagctttggaagtgagtattccttcttggtcatctctgtgcatca
ggtaagagtggtaagctctaacaacacaaatactgtagcatcaaagccac
caagttataggacctcggtgaaaggggaacagattttggtgagatttggt
caaagcaaacctctctaaatcaggcttctcttagaatgaacagtggttga
gtcagttatcctatgtgaatcaaaactggttcacatcccttgtgatgctt
agatagaaaaccaaaaatatgggctgtctctaattaagttcagagaatct
aagtttctatggaaccaaacaaacaattatgtctaatattggctcaaaca
tgctctctgggtttctgaatagatgatggtgtagtgattgagagtagaag
aaatgatctcaatcttgttggcttatgcaaactacaaatatttctttcgg
tggggcacaaagtaatccttgtccttaagaatctctaatgacgcccagta
caaggagcccgccctgcctgcagtttcctgaactaagtgctttcttgccc
acccagagcaactgattctaaggcctgactctagcaatggctcttcgcaa
tctgtgcaaagtacttttcagtgaccctctgctgccggagattctgcaag
atgagggctgccgtggtgaagacttgagtaggaggactgacagcaagctt
caggactggagttctatcatcgggtcgcttactatgtcctgtccatgtct
atcatgtcaacaaaaactcttcagtggtgagggccagggctggtacag
quality valuesOpen.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_31358030_31359182
seq2: B6Ng01-001D17.g_67_1214

seq1  GAATTCACTTTGCAGATCAGGTTGGCCTTAAACTCACAGAGATCTACTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGCAGATCAGGTTGGCCTTAAACTCACAGAGATCTACTTT  50

seq1  CCTTTGCCTCCAGAATGCTGGGATTAAAGATGTGTGGACCAAGCTTGGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCCTCCAGAATGCTGGGATTAAAGATGTGTGGACCAAGCTTGGTT  100

seq1  TTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTATCTTCTGTCCAAAGTTTCCTTTGTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTATCTTCTGTCCAAAGTTTCCTTTGTTTG  150

seq1  CAGAGGGTTTTGTTTCTTTGTTTTTGAGTTGGGAGGAAGGTCTGTTTACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGGTTTTGTTTCTTTGTTTTTGAGTTGGGAGGAAGGTCTGTTTACT  200

seq1  CACCAGAACTCATAGATGTCTATGTAGTTTTACCGGCAGTAATTAGACCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGAACTCATAGATGTCTATGTAGTTTTACCGGCAGTAATTAGACCG  250

seq1  GCATTCAATGATGACCTTCTTCCTTGTGTAAACTAAAGCTTGAGAGCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCAATGATGACCTTCTTCCTTGTGTAAACTAAAGCTTGAGAGCTGG  300

seq1  CTTTTAATTTCCAGAGAAGCATGCCTATTTCCTATGCAGCTGGGAAACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAATTTCCAGAGAAGCATGCCTATTTCCTATGCAGCTGGGAAACTA  350

seq1  CTAACTAGCTTTGGAAGTGAGTATTCCTTCTTGGTCATCTCTGTGCATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTAGCTTTGGAAGTGAGTATTCCTTCTTGGTCATCTCTGTGCATCA  400

seq1  GGTAAGAGTGGTAAGCTCTAACAACACAAATACTGTAGCATCAAAGCCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGAGTGGTAAGCTCTAACAACACAAATACTGTAGCATCAAAGCCAC  450

seq1  CAAGTTATAGGACCTCGGTGAAAGGGGAACAGATTTTGGTGAGATTTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTATAGGACCTCGGTGAAAGGGGAACAGATTTTGGTGAGATTTGGT  500

seq1  CAAAGCAAACCTCTCTAAATCAGGCTTCTCTTAGAATGAACAGTGGTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCAAACCTCTCTAAATCAGGCTTCTCTTAGAATGAACAGTGGTTGA  550

seq1  GTCAGTTATCCTATGTGAATCAAAACTGGTTCACATCCCTTGTGATGCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTTATCCTATGTGAATCAAAACTGGTTCACATCCCTTGTGATGCTT  600

seq1  AGATAGAAAACCAAAAATATGGGCTGTCTCTAATTAAGTTCAGAGAATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGAAAACCAAAAATATGGGCTGTCTCTAATTAAGTTCAGAGAATCT  650

seq1  AAGTTCCTATGGAACCAAACAAACAATTATGTCTAATATTGGCTCAAACA  700
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTCTATGGAACCAAACAAACAATTATGTCTAATATTGGCTCAAACA  700

seq1  TGCTCTCTGGG-TTCTGAATAGATGATGGTGTAGTGATTGAGAGTAGAAG  749
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCTGGGTTTCTGAATAGATGATGGTGTAGTGATTGAGAGTAGAAG  750

seq1  AAATGATCTCAATCTTGTTGGCTTATGCAAACTACAAATATTTCTTTCGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATCTCAATCTTGTTGGCTTATGCAAACTACAAATATTTCTTTCGG  800

seq1  TAGGGCACAAAGTAATCCTTGTCCTTAAGAATCTCTAATGACGCCCAGTC  849
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGGGGCACAAAGTAATCCTTGTCCTTAAGAATCTCTAATGACGCCCAGTA  850

seq1  ACAGGAGCCCGCCCTGCCTGCAGTTTCCTGAACTAAGTGCTT--CTGCCC  897
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||
seq2  CAAGGAGCCCGCCCTGCCTGCAGTTTCCTGAACTAAGTGCTTTCTTGCCC  900

seq1  ACCCAGAGCAACTGATTCTAAGGCCTGACTCTAGCAATGGC-CTTCGCAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
seq2  ACCCAGAGCAACTGATTCTAAGGCCTGACTCTAGCAATGGCTCTTCGC-A  949

seq1  ATCTGTGCAAAGTACTTTTCAGTGACCC-CTGCTGCCGGAAGATCCTGCA  995
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||
seq2  ATCTGTGCAAAGTACTTTTCAGTGACCCTCTGCTGCCGG-AGATTCTGCA  998

seq1  AGATGGAGGGCTGCCGGTGGTGAAGAACTTGAGTAAGGAGGAGCTGACAG  1045
      |||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||
seq2  AGAT-GAGGGCTGCC-GTGGTGAAG-ACTTGAGT-AGGAGGA-CTGACAG  1043

seq1  CAAAGCTTCAGGACTGTGAAGGTCCTATCATCCGGTCAGCTACTAATGTC  1095
      | |||||||||||||| ||  || |||||||| ||||   |||| |||||
seq2  C-AAGCTTCAGGACTG-GA--GTTCTATCATCGGGTCGCTTACT-ATGTC  1088

seq1  ACTGTCCATGTC-ATCAATGCAGCAGAGAAGCTCCA--GGTGGTGGGCAA  1142
       ||||||||||| ||||   || || | |  || ||  ||||  || || 
seq2  -CTGTCCATGTCTATCATGTCAACAAAAACTCTTCAGTGGTGAGGGCCAG  1137

seq1  GGCTGGTACAG  1153
      |||||||||||
seq2  GGCTGGTACAG  1148