BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-006N24
Chromosome10 (Build37)
Map Location 12,394,361 - 12,591,596
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUtrn, LOC665172
Upstream genenone
Downstream geneStx11, Sf3b5, Plagl1, 4930519B02Rik, Ltv1, LOC666829, Phactr2, LOC100039475, Fuca2, Pex3, Deadc1, Aig1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-006N24.bB6Ng01-006N24.g
ACCDH843610DH843611
length1,155932
definitionDH843610|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006N24, 5' end.DH843611|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006N24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,394,361 - 12,395,511)(12,590,662 - 12,591,596)
sequence
gaattcaaaattatatatttcacaagcttaccactatttatagtctgtct
tcaaaaatgatagttaacaaaaaaatggaacttatgagaccagaaaaaaa
ggatcatcaaatattagtatatacaactcaatctcacctatatattatat
atgcacacatataaaagcaatcagtaaaaaaaggaaaatgcacatttata
tggtaataaaacaaaataatataaaatagatgcattattcatatacacac
acacacatatatatatacccacgcatatacacacaatgtttatacaggaa
aaaattaagatattatgagggaaagtaaaagaactgaaaggtcaggaaag
tgagacatagcattttaataaggactgaagcctgtcgtggtggtacgtgc
tagtaggatgtgctaaagaggctgaagcaagagaatcaccagggtgaggc
cagcctgggctgcacctagaggccagcctgggctgcacctagaggccagc
ctgggctacacctagaggccagcataatggctcagcagacaaaggcattt
gctgttcaagtctgaaaatccaagttccatccctggaaagcacataaata
tggaaagagaagaccaagttctaaaagttattctgtgaccttcacatcta
tgccctggcacaagtgagcctcactcatacattctctcacatacatgtgc
acgcacacagacatgtatatacacaacaataacaaccaatatttgtttta
tttatttataaatgatttagcaaggctggcagggcactcgcatggcatgg
gccaggacctgggattaatctccagcccccacagaaacaaaaggcaaaat
acataagttctcatctaacaagtctagagctttaaagtaaatccacacaa
aagttattttacaaatatggggactatttctataaaagtacataagccac
gaagagaatcataaagagaacgacctctactgagaattaaaattagctaa
cggaatgactcactcagcagtttgggaactggggggaagggtaaaagacc
agaattgttaaaccagaaaacaacatgatatattaactactggtgttaga
actagagaagactcaaaacctcgaacggacaaaccttgggaccatacgtt
gttct
gaattcttgatcacagccaaactttgatctttttttcctcctctgtgact
cacccacacatatgcttgctcaggttgccaggtaccaaagggcctctctt
cccagtgatggccgactagtccatcttctgatacatatgcagctagagac
acgagctctgggggtactggttagttcatattgttgttccaactataggg
ttgcagaccccttcagctccttgggtgctttctctagcttctccattggg
ggccctgtgttccatcttatagatgactgtgaacatccacttctgtattt
gccaggcactggcatagcctcatatgagacagatataccagggtcccttc
atcaaaattttgctggcatatgcaatagtgtctgggtttggtggctgatt
atgggatggatccccgggtggggtagtatctgaaaagtggatattagccc
agaaacatagaacacccaagatacaatttgcaaaacacaagaaaatcaag
aagtaagaccaatgggtggatactttgttcctccttagaatagggaacaa
aatacccataaaaggagttacagagaccaagtttggaactaagactatca
tggactatccatgaagacttcttatgttggagactcagtcagttgctgaa
aggtaattgttttatgaagtttttgacttaataaatgggttaagtcactt
ggtgaatgcataattcaatggaggcggacctacttggagacagtaagtta
gtggactcatctctttggagggcaggtctttttctggacctccttctgga
tggctttctgcttcctgacagccatgaggtgtgcacactccaccacagct
tctgctactcctcaggtccaaagcaatggccagcctcacctgaatcggat
gaaaccgaagctaacagaagtcttacctgtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_12394361_12395511
seq2: B6Ng01-006N24.b_49_1203

seq1  GAATTCAAAATTATATATTTCACAAGCTTACCACTATTTATAGTCTGTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAATTATATATTTCACAAGCTTACCACTATTTATAGTCTGTCT  50

seq1  TCAAAAATGATAGTTAACAAAAAAATGGAACTTATGAGACCAGAAAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAATGATAGTTAACAAAAAAATGGAACTTATGAGACCAGAAAAAAA  100

seq1  GGATCATCAAATATTAGTATATACAACTCAATCTCACCTATATATTATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCATCAAATATTAGTATATACAACTCAATCTCACCTATATATTATAT  150

seq1  ATGCACACATATAAAAGCAATCAGTAAAAAAAGGAAAATGCACATTTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACACATATAAAAGCAATCAGTAAAAAAAGGAAAATGCACATTTATA  200

seq1  TGGTAATAAAACAAAATAATATAAAATAGATGCATTATTCATATACACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAATAAAACAAAATAATATAAAATAGATGCATTATTCATATACACAC  250

seq1  ACACACATATATATATACCCACGCATATACACACAATGTTTATACAGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATATATATATACCCACGCATATACACACAATGTTTATACAGGAA  300

seq1  AAAATTAAGATATTATGAGGGAAAGTAAAAGAACTGAAAGGTCAGGAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAAGATATTATGAGGGAAAGTAAAAGAACTGAAAGGTCAGGAAAG  350

seq1  TGAGACATAGCATTTTAATAAGGACTGAAGCCTGTCGTGGTGGTACGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACATAGCATTTTAATAAGGACTGAAGCCTGTCGTGGTGGTACGTGC  400

seq1  TAGTAGGATGTGCTAAAGAGGCTGAAGCAAGAGAATCACCAGGGTGAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGGATGTGCTAAAGAGGCTGAAGCAAGAGAATCACCAGGGTGAGGC  450

seq1  CAGCCTGGGCTGCACCTAGAGGCCAGCCTGGGCTGCACCTAGAGGCCAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGGGCTGCACCTAGAGGCCAGCCTGGGCTGCACCTAGAGGCCAGC  500

seq1  CTGGGCTACACCTAGAGGCCAGCATAATGGCTCAGCAGACAAAGGCATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTACACCTAGAGGCCAGCATAATGGCTCAGCAGACAAAGGCATTT  550

seq1  GCTGTTCAAGTCTGAAAATCCAAGTTCCATCCCTGGAAAGCACATAAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTCAAGTCTGAAAATCCAAGTTCCATCCCTGGAAAGCACATAAATA  600

seq1  TGGAAAGAGAAGACCAAGTTCTAAAAGTTATTCTGTGACCTTCACATCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGAGAAGACCAAGTTCTAAAAGTTATTCTGTGACCTTCACATCTA  650

seq1  TGCCCTGGCACAAGTGAGCCTCACTCATACATTCTCTCACATACATGTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTGGCACAAGTGAGCCTCACTCATACATTCTCTCACATACATGTGC  700

seq1  ACGCACACAGACATGTATATACACAACAATAACAACCAATATTTGTTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCACACAGACATGTATATACACAACAATAACAACCAATATTTGTTTTA  750

seq1  TTTATTTATAAATGATTTAGCAAGGCTGGCAGGGCACTCGCATGGCATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTATAAATGATTTAGCAAGGCTGGCAGGGCACTCGCATGGCATGG  800

seq1  GCCAGGACCTGGGATTAATCTCCAGCCCCCACAGAAACAAAAGGCAAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGACCTGGGATTAATCTCCAGCCCCCACAGAAACAAAAGGCAAAAT  850

seq1  ACATAAGTTCTCATCTAACAAGTCTAGAGCTTTAAAGTAAATCCACACAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAGTTCTCATCTAACAAGTCTAGAGCTTTAAAGTAAATCCACACAA  900

seq1  AAGTTATTTTACAAATATGGGGACTATTTCTATAAAAGTACATAAGCCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTATTTTACAAATATGGGGACTATTTCTATAAAAGTACATAAGCCAC  950

seq1  GAAGAGAATCATAAAGAGAAGGACCCTCTACTGAGAATTAAAA-TAGCTA  999
      |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GAAGAGAATCATAAAGAGAACGA-CCTCTACTGAGAATTAAAATTAGCTA  999

seq1  ACGGAATGACTCACTCAGCAGTTTGGGAACTGGGGG--AGGGTAGAAGAC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||
seq2  ACGGAATGACTCACTCAGCAGTTTGGGAACTGGGGGGAAGGGTAAAAGAC  1049

seq1  CAGAATTG-TACAACAGAAAACAACAATGATATATTAACTACT-GTGTTA  1095
      |||||||| || | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGAATTGTTAAACCAGAAAACAAC-ATGATATATTAACTACTGGTGTTA  1098

seq1  G-ACTAGAGAAGAACTCAGAA-CTCAGACCGACAAACC-TGGGAGCATAC  1142
      | |||||||||| ||||| || |||  || |||||||| ||||| |||||
seq2  GAACTAGAGAAG-ACTCAAAACCTCGAACGGACAAACCTTGGGACCATAC  1147

seq1  GTTTGTTCT  1151
      | |||||||
seq2  G-TTGTTCT  1155

seq1: chr10_12590662_12591596
seq2: B6Ng01-006N24.g_66_997 (reverse)

seq1  TGACAGGTAAGACTTCTGTTAGCTCTCGGTTTCATCCGATTCAGGCTGAG  50
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGACAGGTAAGACTTCTGTTAGCT-TCGGTTTCATCCGATTCAGG-TGAG  48

seq1  GCTGGCCTTTGCTTTTGGGCCTGAGGAGTAGCAGAAGCTGTGGTGGAGTG  100
      ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCATTGC-TTTGGACCTGAGGAGTAGCAGAAGCTGTGGTGGAGTG  97

seq1  TGCACACCTCATGGCTGTCAGGAAGCAGAAAGCCATCCAGAAGGAGGTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACCTCATGGCTGTCAGGAAGCAGAAAGCCATCCAGAAGGAGGTCC  147

seq1  AGAAAAAGACCTGCCCTCCAAAGAGATGAGTCCACTAACTTACTGTCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAGACCTGCCCTCCAAAGAGATGAGTCCACTAACTTACTGTCTCC  197

seq1  AAGTAGGTCCGCCTCCATTGAATTATGCATTCACCAAGTGACTTAACCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGGTCCGCCTCCATTGAATTATGCATTCACCAAGTGACTTAACCCA  247

seq1  TTTATTAAGTCAAAAACTTCATAAAACAATTACCTTTCAGCAACTGACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAAGTCAAAAACTTCATAAAACAATTACCTTTCAGCAACTGACTG  297

seq1  AGTCTCCAACATAAGAAGTCTTCATGGATAGTCCATGATAGTCTTAGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCCAACATAAGAAGTCTTCATGGATAGTCCATGATAGTCTTAGTTC  347

seq1  CAAACTTGGTCTCTGTAACTCCTTTTATGGGTATTTTGTTCCCTATTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTGGTCTCTGTAACTCCTTTTATGGGTATTTTGTTCCCTATTCTA  397

seq1  AGGAGGAACAAAGTATCCACCCATTGGTCTTACTTCTTGATTTTCTTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGAACAAAGTATCCACCCATTGGTCTTACTTCTTGATTTTCTTGTG  447

seq1  TTTTGCAAATTGTATCTTGGGTGTTCTATGTTTCTGGGCTAATATCCACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCAAATTGTATCTTGGGTGTTCTATGTTTCTGGGCTAATATCCACT  497

seq1  TTTCAGATACTACCCCACCCGGGGATCCATCCCATAATCAGCCACCAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGATACTACCCCACCCGGGGATCCATCCCATAATCAGCCACCAAAC  547

seq1  CCAGACACTATTGCATATGCCAGCAAAATTTTGATGAAGGGACCCTGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACACTATTGCATATGCCAGCAAAATTTTGATGAAGGGACCCTGGTA  597

seq1  TATCTGTCTCATATGAGGCTATGCCAGTGCCTGGCAAATACAGAAGTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGTCTCATATGAGGCTATGCCAGTGCCTGGCAAATACAGAAGTGGA  647

seq1  TGTTCACAGTCATCTATAAGATGGAACACAGGGCCCCCAATGGAGAAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCACAGTCATCTATAAGATGGAACACAGGGCCCCCAATGGAGAAGCT  697

seq1  AGAGAAAGCACCCAAGGAGCTGAAGGGGTCTGCAACCCTATAGTTGGAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAGCACCCAAGGAGCTGAAGGGGTCTGCAACCCTATAGTTGGAAC  747

seq1  AACAATATGAACTAACCAGTACCCCCAGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATATGAACTAACCAGTACCCCCAGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATA  797

seq1  TGTATCAGAAGATGGACTAGTCGGCCATCACTGGGAAGAGAGGCCCTTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCAGAAGATGGACTAGTCGGCCATCACTGGGAAGAGAGGCCCTTTG  847

seq1  GTACCTGGCAACCTGAGCAAGCATATGTGTGGGTGAGTCACAGAGGAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTGGCAACCTGAGCAAGCATATGTGTGGGTGAGTCACAGAGGAGGA  897

seq1  AAAAAAGATCAAAGTTTGGCTGTGATCAAGAATTC  935
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGATCAAAGTTTGGCTGTGATCAAGAATTC  932