BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-013L19
Chromosome10 (Build37)
Map Location 17,258,134 - 17,367,135
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC546472, LOC100039576, LOC627511
Downstream geneCited2, Txlnb, LOC665321, Heca, 3110003A17Rik, Reps1, LOC100039660, Ccdc28a, LOC627646, Nhsl1, Hebp2, EG627729, D10Bwg1379e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-013L19.bB6Ng01-013L19.g
ACCDH848479DH848480
length528978
definitionDH848479|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013L19, 5' end.DH848480|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013L19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,258,134 - 17,258,667)(17,366,155 - 17,367,135)
sequence
tggcctctctgacctttacctctctagaacacagcaaagtgcccaggcat
cactacagtgtgttgagtagatacatctctttgtggccttcagttcagat
attgacaaagatagccagctgcagttagtatgaggctgatgatcatcagc
cagtcacctgcataaaagagctgatgagccagcacttaccaacctaattg
atttccttataaataatcgtatgaggaccctgaggaagggaaatcatgga
tgggatatttctgatcaagattaagatttgattatcttcaaagcacataa
attccagcctctcttcaaacatgtactctcctcagttcccaaacctgcag
tctctgcagatgctaaatgttcagccattttgcaaaaaaacgaactttca
tcttccactaggaattacgactagttaagacactgcttgtcctgagacca
ggagttaagtgtgatgtgccacacactgtgtgtatttgtcagagagggat
atatgtgtaatgtgtgtgtgtgtgggtg
gaattccatgtgtgcacagaggtcgcgatcagtcaactatgacagattca
gagcccatcagtggagtcaagaagagactaggaatgagtcagagtgatcc
tcaattgtttctgcaagatttttgaacagggagcagatatggaaaattgt
atgcatttaaagaataggcttctaagagagagaaatgtttatcaagcagg
gatatggtcacagaaagtttgaatcctcttgcatatttctgaataaagcc
gtgaagagatagaggaagcagcagggcaaactgagtctgtgtggggaaag
ttgaagtaaaaatagttccacggaatgagttgaatgtatttgcagtaaag
ggaatgtttatggtagagtatatgtgtggacttccattcctctcttaaga
atttaatgatgattgggtgtctgattgaagctgtgacattttaagagaga
ttaagaaaggaaaaataagaggtgttccccaacttgccagagctttccag
tcttgttggggagccttcatgcagtaagactagtgaaagtgaaggtgtaa
acacataattgaaattgttgttttctcacggccctcagctcttgtgccta
tagtaaagtccatcccttcctttatgacaagccatgagtattagtgagac
cacaagcatttaccctcattaactcagttaatcatcatacaactgaggac
ggaagggttccagccggggttgcacagctttgaagctggagcgttgggag
cagaacctcaccctgtaggtccagagtccacagtgtagggtaatgatgaa
ttcttccttgtaaactcctataaagtgtatcccaagcataagcatgtatt
tattttcctttccagagttttaatgttccatacagttaatagtttttaga
cttagggagcatctgctatgcttcagaatatgcgatgggatgaatactaa
ctcccttcgccgggtcagcaaagaaggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_17258134_17258667
seq2: B6Ng01-013L19.b_44_577

seq1  GAATTCTGGCCTCTCTGACCTTTACCTCTCTAGAACACAGCAAAGTGCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGCCTCTCTGACCTTTACCTCTCTAGAACACAGCAAAGTGCCC  50

seq1  AGGCATCACTACAGTGTGTTGAGTAGATACATCTCTTTGTGGCCTTCAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATCACTACAGTGTGTTGAGTAGATACATCTCTTTGTGGCCTTCAGT  100

seq1  TCAGATATTGACAAAGATAGCCAGCTGCAGTTAGTATGAGGCTGATGATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATATTGACAAAGATAGCCAGCTGCAGTTAGTATGAGGCTGATGATC  150

seq1  ATCAGCCAGTCACCTGCATAAAAGAGCTGATGAGCCAGCACTTACCAACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCCAGTCACCTGCATAAAAGAGCTGATGAGCCAGCACTTACCAACC  200

seq1  TAATTGATTTCCTTATAAATAATCGTATGAGGACCCTGAGGAAGGGAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGATTTCCTTATAAATAATCGTATGAGGACCCTGAGGAAGGGAAAT  250

seq1  CATGGATGGGATATTTCTGATCAAGATTAAGATTTGATTATCTTCAAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGATGGGATATTTCTGATCAAGATTAAGATTTGATTATCTTCAAAGC  300

seq1  ACATAAATTCCAGCCTCTCTTCAAACATGTACTCTCCTCAGTTCCCAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAATTCCAGCCTCTCTTCAAACATGTACTCTCCTCAGTTCCCAAAC  350

seq1  CTGCAGTCTCTGCAGATGCTAAATGTTCAGCCATTTTGCAAAAAAACGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGTCTCTGCAGATGCTAAATGTTCAGCCATTTTGCAAAAAAACGAA  400

seq1  CTTTCATCTTCCACTAGGAATTACGACTAGTTAAGACACTGCTTGTCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATCTTCCACTAGGAATTACGACTAGTTAAGACACTGCTTGTCCTG  450

seq1  AGACCAGGAGTTAAGTGTGATGTGCCACACACTGTGTGTATTTGTCAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGGAGTTAAGTGTGATGTGCCACACACTGTGTGTATTTGTCAGAG  500

seq1  AGGGATATATGTGTAATGTGTGTGTGTGTGGGTG  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATATATGTGTAATGTGTGTGTGTGTGGGTG  534

seq1: chr10_17366155_17367135
seq2: B6Ng01-013L19.g_68_1045 (reverse)

seq1  GCCTTCTTTGCTGGCCCGGCGAGGGAGGTTAGTTATCCAT-CCATAGCAT  49
      ||||||||||||| |||||||| ||  ||||| ||| ||| |||| ||||
seq2  GCCTTCTTTGCTGACCCGGCGAAGGGAGTTAG-TATTCATCCCATCGCAT  49

seq1  ATTCTGCAAGCCTAGCAGATGCT-CCTAAGTCTAAAAACTATAAATTGTA  98
      |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||
seq2  ATTCTG-AAGCATAGCAGATGCTCCCTAAGTCTAAAAACTATTAACTGTA  98

seq1  TGGAACATTAAAACTCTGGGAAAGGAAAATAAATACATGCTTATGCTTGG  148
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACATTAAAACTCT-GGAAAGGAAAATAAATACATGCTTATGCTTGG  147

seq1  GATACAACTTTATAGGAGTTTACAAGGAAGAATTTCATCATTACCCTACA  198
      ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GATAC-ACTTTATAGGAGTTTACAAGGAAGAA-TTCATCATTACCCTACA  195

seq1  CTGTGGACTCTGGACCTACAGGGTGAGGTTCTGCTCCCAACGCTCCAGCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGACTCTGGACCTACAGGGTGAGGTTCTGCTCCCAACGCTCCAGCT  245

seq1  TCAAAGCTGTGCAACCCCGGCTGGAACCCTTCCGTCCTCAGTTGTATGAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCTGTGCAACCCCGGCTGGAACCCTTCCGTCCTCAGTTGTATGAT  295

seq1  GATTAACTGAGTTAATGAGGGTAAATGCTTGTGGTCTCACTAATACTCAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAACTGAGTTAATGAGGGTAAATGCTTGTGGTCTCACTAATACTCAT  345

seq1  GGCTTGTCATAAAGGAAGGGATGGACTTTACTATAGGCACAAGAGCTGAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGTCATAAAGGAAGGGATGGACTTTACTATAGGCACAAGAGCTGAG  395

seq1  GGCCGTGAGAAAACAACAATTTCAATTATGTGTTTACACCTTCACTTTCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCGTGAGAAAACAACAATTTCAATTATGTGTTTACACCTTCACTTTCA  445

seq1  CTAGTCTTACTGCATGAAGGCTCCCCAACAAGACTGGAAAGCTCTGGCAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCTTACTGCATGAAGGCTCCCCAACAAGACTGGAAAGCTCTGGCAA  495

seq1  GTTGGGGAACACCTCTTATTTTTCCTTTCTTAATCTCTCTTAAAATGTCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGGAACACCTCTTATTTTTCCTTTCTTAATCTCTCTTAAAATGTCA  545

seq1  CAGCTTCAATCAGACACCCAATCATCATTAAATTCTTAAGAGAGGAATGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTCAATCAGACACCCAATCATCATTAAATTCTTAAGAGAGGAATGG  595

seq1  AAGTCCACACATATACTCTACCATAAACATTCCCTTTACTGCAAATACAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCACACATATACTCTACCATAAACATTCCCTTTACTGCAAATACAT  645

seq1  TCAACTCATTCCGTGGAACTATTTTTACTTCAACTTTCCCCACACAGACT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTCATTCCGTGGAACTATTTTTACTTCAACTTTCCCCACACAGACT  695

seq1  CAGTTTGCCCTGCTGCTTCCTCTATCTCTTCACGGCTTTATTCAGAAATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGCCCTGCTGCTTCCTCTATCTCTTCACGGCTTTATTCAGAAATA  745

seq1  TGCAAGAGGATTCAAACTTTCTGTGACCATATCCCTGCTTGATAAACATT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGAGGATTCAAACTTTCTGTGACCATATCCCTGCTTGATAAACATT  795

seq1  TCTCTCTCTTAGAAGCCTATTCTTTAAATGCATACAATTTTCCATATCTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTTAGAAGCCTATTCTTTAAATGCATACAATTTTCCATATCTG  845

seq1  CTCCCTGTTCAAAAATCTTGCAGAAACAATTGAGGATCACTCTGACTCAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTGTTCAAAAATCTTGCAGAAACAATTGAGGATCACTCTGACTCAT  895

seq1  TCCTAGTCTCTTCTTGACTCCACTGATGGGCTCTGAATCTGTCATAGTTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGTCTCTTCTTGACTCCACTGATGGGCTCTGAATCTGTCATAGTTG  945

seq1  ACTGATCGCGACCTCTGTGCACACATGGAATTC  981
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATCGCGACCTCTGTGCACACATGGAATTC  978