BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-013P13
Chromosome10 (Build37)
Map Location 107,651,967 - 107,798,947
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpp1r12a, Pawr
Upstream geneLin7a, Myf5, Myf6, Ptprq, EG628870
Downstream geneEG667814, Syt1, EG368203
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-013P13.bB6Ng01-013P13.g
ACCDH848651DH848652
length1,0551,142
definitionDH848651|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013P13, 5' end.DH848652|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013P13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,651,967 - 107,653,014)(107,797,815 - 107,798,947)
sequence
gaattcttggtggaggaagcaaggagcacagggtggggaggagcttgatg
tgttcaaagctgcagcagacgagcatgttaattttgctgcgcctgtttga
cattcaggtagttgaatatgtgagtttggagagaggtacaagggagatac
acagttagaggtatctctgtctaagggagtggttgctcatgggtacagag
ctgcctcaggtgtcatgaggattatctatagacttgattctagtaacagg
tgcaccactggattttctaagaatactgaactgtatacaaaatgatgtgt
ctcgtgatggaaggtttaaaacacatatataatactgtaattctgcttct
ggaaataggtccaaaaacaaaagaaagtccctaaagataaatgtgtgtgt
ccccatgtctgtagcagcattgttctctagcttgactgcgattatgcctc
cgtaaacatgtgtatctattaaaactatctcagtcctacacaaaatgtct
gccttgtgtcaggtgtgcttgaatttaaaaataataattttagtccaaaa
agagaacggaagtgcagtcagggatagagtattcacttagtatatcaaac
attccagtctctgttctcaccactgcaaaacaaaagacagacgcgtgttt
aagagggaacttttgctatgtgtgttttgccataataaaatatttacatt
ttttaaatgtaaaatatgtatttataaaattactttgtatggtttcccac
atttaggcaatgatcatacaggttttatcaaaactgttatactaaagtta
aataattggagaaaagataagggatgttgttttaaagagttggcttatgc
tgaagtatgcttcattcaggaagtagaagataagatttataaggaataga
aactagggtaagtcaagagaaatggaatccttcttggtcctccgaattag
aagaaatgtgtgacctactggcttattgaaaatggaaggaccagacctgg
caaccgtcccaccagttaggaaattatcctgaacagtggaaaaggttgca
ccaca
gaattctcagtggacagtgaagaaaacctacaactcccaggtacccaaag
cttcctgcactgcccttctaaccttcatgatatattcaacataagcaaga
attaattgcccttaattgagtctttaaaagaaattaaatcagaattaagc
agagtcattaatgcacaccctcattaagcacgaggaaaagttgaatctgc
agagctatcttttcatctaactgtaataggaaactaaatacttgaaatcc
atccagtttttcttttttaatgagtaacagggctatttattttcctagca
gacaaccaaagacagaaacgcttttttttaacttcgcatgctataataaa
agcctgtttacatgcagatgcccatcacctacccgtacctgctacactat
ctctacagacgaaatgagtgagcagtcttcaaaacacatgtagattcctg
gtgcagagggtatacgtgttacgagacaaggccagtcattccttaaagga
gatgtgggaaggtggctatgttcaatacctaatttttttttgcatttaat
ttactaagtatctcaaagtgaatagttttattaaacagcttatctagtct
gccatcacttaaaaacatttaagcttaaacttaaaaaaaacgtcatatat
cataaagcattaaaaaaagtcaaatattatggagggatattttagagtga
ttaaaataagcaaatgtggaatgcaaaacacaaaacaaaacaaaacaaaa
aacccatatatagttcacaactggctgtattgctcatgtccttaaaaaac
acttgccttggtcatgtccccatgacgtctccatggtcagtagctaaacc
tccattgtacagacgtgacacaggagaaagctaccagcgcacacagagtc
ccaaacagccaataatccctgaataagaatctcaacgttttaacagcaaa
taccccagcaggctgtttcacaactatgcaacattttttatctggcgact
ctcagaaatatttattgcattctatgcactaaaagagaggaactcaatgg
ctgaaagagaccacattaataaacgtctatgcatgaataaaacattgcaa
cttacttcgggaaaaataatttggctgtattccgagaaaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_107651967_107653014
seq2: B6Ng01-013P13.b_46_1100

seq1  GAATTCTTGGTGGAGGAAGCAAGGAGCACAGGGTGGGGAGGAGCTTGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGTGGAGGAAGCAAGGAGCACAGGGTGGGGAGGAGCTTGATG  50

seq1  TGTTCAAAGCTGCAGCAGACGAGCATGTTAATTTTGCTGCGCCTGTTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAAAGCTGCAGCAGACGAGCATGTTAATTTTGCTGCGCCTGTTTGA  100

seq1  CATTCAGGTAGTTGAATATGTGAGTTTGGAGAGAGGTACAAGGGAGATAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAGGTAGTTGAATATGTGAGTTTGGAGAGAGGTACAAGGGAGATAC  150

seq1  ACAGTTAGAGGTATCTCTGTCTAAGGGAGTGGTTGCTCATGGGTACAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTAGAGGTATCTCTGTCTAAGGGAGTGGTTGCTCATGGGTACAGAG  200

seq1  CTGCCTCAGGTGTCATGAGGATTATCTATAGACTTGATTCTAGTAACAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCAGGTGTCATGAGGATTATCTATAGACTTGATTCTAGTAACAGG  250

seq1  TGCACCACTGGATTTTCTAAGAATACTGAACTGTATACAAAATGATGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCACTGGATTTTCTAAGAATACTGAACTGTATACAAAATGATGTGT  300

seq1  CTCGTGATGGAAGGTTTAAAACACATATATAATACTGTAATTCTGCTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTGATGGAAGGTTTAAAACACATATATAATACTGTAATTCTGCTTCT  350

seq1  GGAAATAGGTCCAAAAACAAAAGAAAGTCCCTAAAGATAAATGTGTGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATAGGTCCAAAAACAAAAGAAAGTCCCTAAAGATAAATGTGTGTGT  400

seq1  CCCCATGTCTGTAGCAGCATTGTTCTCTAGCTTGACTGCGATTATGCCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATGTCTGTAGCAGCATTGTTCTCTAGCTTGACTGCGATTATGCCTC  450

seq1  CGTAAACATGTGTATCTATTAAAACTATCTCAGTCCTACACAAAATGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAAACATGTGTATCTATTAAAACTATCTCAGTCCTACACAAAATGTCT  500

seq1  GCCTTGTGTCAGGTGTGCTTGAATTTAAAAATAATAATTTTAGTCCAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGTGTCAGGTGTGCTTGAATTTAAAAATAATAATTTTAGTCCAAAA  550

seq1  AGAGAACGGAAGTGCAGTCAGGGATAGAGTATTCACTTAGTATATCAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACGGAAGTGCAGTCAGGGATAGAGTATTCACTTAGTATATCAAAC  600

seq1  ATTCCAGTCTCTGTTCTCACCACTGCAAAACAAAAGACAGACGCGTGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAGTCTCTGTTCTCACCACTGCAAAACAAAAGACAGACGCGTGTTT  650

seq1  AAGAGGGAACTTTTGCTATGTGTGTTTTGCCATAATAAAATATTTACATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGAACTTTTGCTATGTGTGTTTTGCCATAATAAAATATTTACATT  700

seq1  TTTTAAATGTAAAATATGTATTTATAAAATTACTTTGTATGGTTT-CCAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTTTAAATGTAAAATATGTATTTATAAAATTACTTTGTATGGTTTCCCAC  750

seq1  ATTTAGGCAATGATCATACAGGTTTTATCAAAACTGTTATACTAAAGTTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGGCAATGATCATACAGGTTTTATCAAAACTGTTATACTAAAGTTA  800

seq1  AATAATT-GAGAAAAGATAAGGGATGTTGTTTTAAAGAGTTGGCTTATGC  848
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTGGAGAAAAGATAAGGGATGTTGTTTTAAAGAGTTGGCTTATGC  850

seq1  TGAAGTATGCTTCA-TCAGGAAGTAGAAGATAAAGATTATAAAGGAATAG  897
      |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||   |||||||||
seq2  TGAAGTATGCTTCATTCAGGAAGTAGAAGAT-AAGATTTATAAGGAATAG  899

seq1  AAACTA-GGTAAGTCAAGAGAAATGGAAT-CTTCTTGGTCCTCAGAATAA  945
      |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |
seq2  AAACTAGGGTAAGTCAAGAGAAATGGAATCCTTCTTGGTCCTCCGAATTA  949

seq1  GAGAAATTGTGTGA-CTACTGGTTTATTGAAAATG--AGGGACAGAGCTG  992
      ||  || ||||||| ||||||| ||||||||||||  |||  |||| |||
seq2  GAAGAAATGTGTGACCTACTGGCTTATTGAAAATGGAAGGACCAGACCTG  999

seq1  GCAACCGTCCCAACCAGTTAGGAAATTAGTCTGAACAG-GTGAGAGGGTG  1041
      ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| |  | ||| ||
seq2  GCAACCGTCCC-ACCAGTTAGGAAATTATCCTGAACAGTGGAAAAGGTTG  1048

seq1  CACCACA  1048
      |||||||
seq2  CACCACA  1055

seq1: chr10_107797815_107798947
seq2: B6Ng01-013P13.g_69_1210 (reverse)

seq1  TCTTTTCT--GAATACAGCAAAATAATTTTT-CAGAAGTTAGTTGC-ATG  46
      ||||||||  ||||||||| |||| |||||| | ||||| |||||| |||
seq2  TCTTTTCTCGGAATACAGCCAAATTATTTTTCCCGAAGTAAGTTGCAATG  50

seq1  TTTTA-TCATGGATAGACGTTTTATTAATGTGGTCTC--TCAGCAATGGA  93
      ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||| || ||
seq2  TTTTATTCATGCATAGACG-TTTATTAATGTGGTCTCTTTCAGCCATTGA  99

seq1  GTT-CTCTCTCTAGTTGCATAAGAATGCAATAAATA-TTCTGAGGAGTCG  141
      ||| |||||| |   ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  GTTCCTCTCTTTTAGTGCAT-AGAATGCAATAAATATTTCTGA-GAGTCG  147

seq1  -CAGAT-AAAAATG-TGCATAGTTGTGAAACAGCCTGCTGGGGATATTTG  188
       ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCAGATAAAAAATGTTGCATAGTTGTGAAACAGCCTGCTGGGG-TATTTG  196

seq1  CTGTTAAAACGTTGAGA-TCTTATTCAGGGATTATTGGCTGTTTGGGACT  237
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAAAACGTTGAGATTCTTATTCAGGGATTATTGGCTGTTTGGGACT  246

seq1  CTGTGTGCGCTGGTAGCCTTTCTCCTGTGTCACGTCTGTACAATTGGAGG  287
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTGTGTGCGCTGGTAG-CTTTCTCCTGTGTCACGTCTGTACAA-TGGAGG  294

seq1  TTTAGCTACTGA-CATGGAGACGTCATGGGGACATGACCAAGGCAAGTG-  335
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTAGCTACTGACCATGGAGACGTCATGGGGACATGACCAAGGCAAGTGT  344

seq1  TTTTTAAGGACATGAGCAAATACAGCCAGTTGTG-ACTATATATGGGTTT  384
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTTTTAAGGACATGAGC-AATACAGCCAGTTGTGAACTATATATGGGTTT  393

seq1  TTTGTTTTGTTTTGTTTTGTGTTTTGCATTCCACATTTGCTTATTTTAAT  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTGTTTTGTTTTGTGTTTTGCATTCCACATTTGCTTATTTTAAT  443

seq1  CACTCTAAAATATCCCTCCATAATATTTGACTTTTTTTAATGCTTTATGA  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTAAAATATCCCTCCATAATATTTGACTTTTTTTAATGCTTTATGA  493

seq1  TATATGACGTTTTTTTTAAGTTTAAGCTTAAATGTTTTTAAGTGATGGCA  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGACGTTTTTTTTAAGTTTAAGCTTAAATGTTTTTAAGTGATGGCA  543

seq1  GACTAGATAAGCTGTTTAATAAAACTATTCACTTTGAGATACTTAGTAAA  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGATAAGCTGTTTAATAAAACTATTCACTTTGAGATACTTAGTAAA  593

seq1  TTAAATGCAAAAAAAAATTAGGTATTGAACATAGCCACCTTCCCACATCT  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGCAAAAAAAAATTAGGTATTGAACATAGCCACCTTCCCACATCT  643

seq1  CCTTTAAGGAATGACTGGCCTTGTCTCGTAACACGTATACCCTCTGCACC  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAAGGAATGACTGGCCTTGTCTCGTAACACGTATACCCTCTGCACC  693

seq1  AGGAATCTACATGTGTTTTGAAGACTGCTCACTCATTTCGTCTGTAGAGA  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATCTACATGTGTTTTGAAGACTGCTCACTCATTTCGTCTGTAGAGA  743

seq1  TAGTGTAGCAGGTACGGGTAGGTGATGGGCATCTGCATGTAAACAGGCTT  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTAGCAGGTACGGGTAGGTGATGGGCATCTGCATGTAAACAGGCTT  793

seq1  TTATTATAGCATGCGAAGTTAAAAAAAAGCGTTTCTGTCTTTGGTTGTCT  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATAGCATGCGAAGTTAAAAAAAAGCGTTTCTGTCTTTGGTTGTCT  843

seq1  GCTAGGAAAATAAATAGCCCTGTTACTCATTAAAAAAGAAAAACTGGATG  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGAAAATAAATAGCCCTGTTACTCATTAAAAAAGAAAAACTGGATG  893

seq1  GATTTCAAGTATTTAGTTTCCTATTACAGTTAGATGAAAAGATAGCTCTG  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCAAGTATTTAGTTTCCTATTACAGTTAGATGAAAAGATAGCTCTG  943

seq1  CAGATTCAACTTTTCCTCGTGCTTAATGAGGGTGTGCATTAATGACTCTG  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTCAACTTTTCCTCGTGCTTAATGAGGGTGTGCATTAATGACTCTG  993

seq1  CTTAATTCTGATTTAATTTCTTTTAAAGACTCAATTAAGGGCAATTAATT  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTCTGATTTAATTTCTTTTAAAGACTCAATTAAGGGCAATTAATT  1043

seq1  CTTGCTTATGTTGAATATATCATGAAGGTTAGAAGGGCAGTGCAGGAAGC  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTATGTTGAATATATCATGAAGGTTAGAAGGGCAGTGCAGGAAGC  1093

seq1  TTTGGGTACCTGGGAGTTGTAGGTTTTCTTCACTGTCCACTGAGAATTC  1133
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGTACCTGGGAGTTGTAGGTTTTCTTCACTGTCCACTGAGAATTC  1142