BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-022D16
Chromosome10 (Build37)
Map Location 31,217,975 - 31,380,216
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIbrdc1, LOC666055, LOC667752
Upstream geneTrmt11, Hint3, Ncoa7, LOC382354, Hey2, LOC654431, EG432448, Hddc2, Tpd52l1, LOC100041294
Downstream geneLOC100040638, Tcba1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-022D16.bB6Ng01-022D16.g
ACCDH854505DH854506
length1,0431,042
definitionDH854505|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-022D16, 5' end.DH854506|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-022D16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,217,975 - 31,219,022)(31,379,169 - 31,380,216)
sequence
gaattcatagactatgaaatacagttaaatactattaaaactttcactag
aaattaatattttaaacaaagattcaagtgaaattatcacatagcagcat
tattagctgtgagctctaaacagcaaaattgttgcaaacatgtctcagga
ctactaaaatttttggaggtctatatttgagtgctttatactcaaataat
atttaaaaatgatttacataaagtgcttagcttctgattcctcatgtttg
aagaatttagacatatttgctggcacgaatccattctcgttgctgaaaag
catacacgtgttctcttctgttttatcagttaattacttaaacaggacaa
atgctggggaaaagtgcatccatgttaaggctggcaattataacagacat
tagcataaaacaatagcagagacagacttaaccactgacatggaaggact
catgttaaggcttgtttgtaactcgtttctaatatccaaagttagatttt
cttggttttgtacttatatactgcctaatattatttaggccactagcttt
gtttataagcaggacaatggcatcataaatctctgatagtaaaacagttt
tatctgttggggggaggagctatgttggcagacgcagtgaatctgagaga
agccagtagaaacactgaggccacgcaggccagggtgagctgttcccctc
aacatgctttctcctcttctctgatggtgactcaagtgtggacaaaaaca
tgtttggacctaacataggacacacagtgactgcagaggtgtaggatatt
gcaggaacactgggcatatatctgggcagtgagatgaaaagatgaagact
caagcagggtcctaggatttgggatgatgctacagagctgggcgtttcca
gaagtaccactgaatattgatcccacagcagagagatatagataccatgt
tgcaacacgtttggtgtctaatcatctttaatttgtttcctatctgttcc
tgtagatatgctaagtgctaatgcctggacacatacgtgggaa
gaattccaccaacagaactacatcctgagtcccactaactttccattatt
ttaatggggtcacttttatcacttgtgtgactctatgaagctgggttttt
ctggggagctaaattacatggtaggtctcactaaactaagttaatttatg
aaattggaaaaagtgtgtgatcaggtgtgaaaatccatatccaaatgcag
aaactactactgaagacataggctgcatgggtggcttcagcatgaaggag
ctttgcatgcatttagtgagtttaaaatacaaacttaaatttgtgtgtaa
gaaaaattctatggaaaggagtactgcaatccttaattttttctatattt
tagagatgcgttcacttatcttttttctttttattactcttattgtttga
gattcaatacatgcatgtattgtctctgatcaaatccatacccctattct
gactactgcttttcccttctagctctatgcattcttcttaaatatgtcac
acatgtatgtaactttgatggtgttcagtcccacagccttctcttgtccc
cttttcatacccaccatttccttcctcttcccaaacagtcccactttcac
tttcataagaagataccccatacttggcactgagatttttaacccatgtc
tcctcagagcaatagcatcctaaaaactctgagtcatctctccagttcct
gtgagcatgacaattttgaggacccatacataacactgaatttctgaact
tacaaacatatgaactgaattttggaatataatgacctctgtccaacagt
tttacagtagaagacaactgcttctgggaagcctgtgtcctggctcactt
cctgttggtctgagagaaataccatgaccaaaacagctaaggaggatagg
tttccttaactgacaggtctataattaggggcaaccaggcagaaattcat
tggcaggtaccttggggagaaggaaaaactgaggatcactgaatgatgaa
tggctcccctggtttctcaactacttgcttggcttgcttgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_31217975_31219022
seq2: B6Ng01-022D16.b_45_1087

seq1  GAATTCATAGACTATGAAATACAGTTAAATACTATTAAAACTTTCACTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGACTATGAAATACAGTTAAATACTATTAAAACTTTCACTAG  50

seq1  AAATTAATATTTTAAACAAAGATTCAAGTGAAATTATCACATAGCAGCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAATATTTTAAACAAAGATTCAAGTGAAATTATCACATAGCAGCAT  100

seq1  TATTAGCTGTGAGCTCTAAACAGCAAAATTGTTGCAAACATGTCTCAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGCTGTGAGCTCTAAACAGCAAAATTGTTGCAAACATGTCTCAGGA  150

seq1  CTACTAAAATTTTTGGAGGTCTATATTTGAGTGCTTTATACTCAAATAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTAAAATTTTTGGAGGTCTATATTTGAGTGCTTTATACTCAAATAAT  200

seq1  ATTTAAAAATGATTTACATAAAGTGCTTAGCTTCTGATTCCTCATGTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAAATGATTTACATAAAGTGCTTAGCTTCTGATTCCTCATGTTTG  250

seq1  AAGAATTTAGACATATTTGCTGGCACGAATCCATTCTCGTTGCTGAAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTTAGACATATTTGCTGGCACGAATCCATTCTCGTTGCTGAAAAG  300

seq1  CATACACGTGTTCTCTTCTGTTTTATCAGTTAATTACTTAAACAGGACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACGTGTTCTCTTCTGTTTTATCAGTTAATTACTTAAACAGGACAA  350

seq1  ATGCTGGGGAAAAGTGCATCCATGTTAAGGCTGGCAATTATAACAGACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGGGGAAAAGTGCATCCATGTTAAGGCTGGCAATTATAACAGACAT  400

seq1  TAGCATAAAACAATAGCAGAGACAGACTTAACCACTGACATGGAAGGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATAAAACAATAGCAGAGACAGACTTAACCACTGACATGGAAGGACT  450

seq1  CATGTTAAGGCTTGTTTGTAACTCGTTTCTAATATCCAAAGTTAGATTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTAAGGCTTGTTTGTAACTCGTTTCTAATATCCAAAGTTAGATTTT  500

seq1  CTTGGTTTTGTACTTATATACTGCCTAATATTATTTAGGCCACTAGCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTTTGTACTTATATACTGCCTAATATTATTTAGGCCACTAGCTTT  550

seq1  GTTTATAAGCAGGACAATGGCATCATAAATCTCTGATAGTAAAACAGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATAAGCAGGACAATGGCATCATAAATCTCTGATAGTAAAACAGTTT  600

seq1  TATCTGTTGGGGGGAGGAGCTATGTTGGCAGACGCAGTGAATCTGAGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGTTGGGGGGAGGAGCTATGTTGGCAGACGCAGTGAATCTGAGAGA  650

seq1  AGCCAGTAGAAACACTGAGGCCACGCAGGCCAGGGTGAGCTGTTCCCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGTAGAAACACTGAGGCCACGCAGGCCAGGGTGAGCTGTTCCCCTC  700

seq1  AACATGC-TTCTCCTCTTCTCTGATGGTGACTCAAGTGTGGACAAAAACA  749
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGCTTTCTCCTCTTCTCTGATGGTGACTCAAGTGTGGACAAAAACA  750

seq1  TGTTTGGACCTAACATAGGACACACAGTGACTGCAGAGGTGTAGGATATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGACCTAACATAGGACACACAGTGACTGCAGAGGTGTAGGATATT  800

seq1  GCAGGAACACTGGGCATATATCTGGGCAGTGAGATGAAAAGATGAAGACT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAACACTGGGCATATATCTGGGCAGTGAGATGAAAAGATGAAGACT  850

seq1  CAAGCAGGGTCCTAGGATTTGGGATGATGCTACAGAGCTGGGCGTTTCCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAAGCAGGGTCCTAGGATTTGGGATGATGCTACAGAGCTGGGCGTTTCC-  899

seq1  AAGAAGTACCACTGAATATTGATCCCACAGCAGAGAGATATAGATACCAT  949
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AGAAGTACCACTGAATATTGATCCCACAGCAGAGAGATATAGATACCAT  948

seq1  GTTGCAACACGTTTGGTGTCTAATTCATCTTTAATTGTTTTCCTATCTGT  999
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||
seq2  GTTGCAACACGTTTGGTGTCTAA-TCATCTTTAATTTGTTTCCTATCTGT  997

seq1  TCTTGTAGGATATGCTAAGTGGCTAAGTGCTGGACCATAAACGTGGGAA  1048
      || |||| |||||||||||| |||||   ||||| || | |||||||||
seq2  TCCTGTA-GATATGCTAAGT-GCTAATGCCTGGA-CACATACGTGGGAA  1043

seq1: chr10_31379169_31380216
seq2: B6Ng01-022D16.g_67_1108 (reverse)

seq1  AGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAAGTAGCTGAGGAAACCAGGGAAGCCAGTC  50
      |||||||||||   ||||| |||||| ||| |||||||||| ||||| ||
seq2  AGCAAGCAAGC---CAAGC-AAGTAGTTGA-GAAACCAGGGGAGCCATTC  45

seq1  ATCAATCAGTGATCCTCTGTTTTTCCTTCTGCCCCAGGTTCCTGCCATTG  100
      |||| |||||||||||| |||||||||||| ||| |||| ||||||| ||
seq2  ATCATTCAGTGATCCTCAGTTTTTCCTTCTCCCCAAGGTACCTGCCAATG  95

seq1  AATTTCTGCCTTGGTTGCCCCTAATTATAGACCTGTCAGTTAAGGAAATC  150
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AATTTCTGCC-TGGTTGCCCCTAATTATAGACCTGTCAGTTAAGGAAA-C  143

seq1  CTATCCTCCCTAAGCTGTTTTGGTCATGGTATTCATCTCAGACCAACAGG  200
      ||||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||
seq2  CTATCCT-CCTTAGCTGTTTTGGTCATGGTATTTCTCTCAGACCAACAGG  192

seq1  AAGTGAGCCAGGACACAGGCTTCCCAG-AGCAGTTGTCTTCTACTGTAAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGCCAGGACACAGGCTTCCCAGAAGCAGTTGTCTTCTACTGTAAA  242

seq1  ACTGTTGGACAGAGGTCATTATATTCCAAAATTCAGTTCATATGTTTGTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTGGACAGAGGTCATTATATTCCAAAATTCAGTTCATATGTTTGTA  292

seq1  AGTTCAGAAATTCAGTGTTATGTATGGGTCCTCAAAATTGTCATGCTCAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAGAAATTCAGTGTTATGTATGGGTCCTCAAAATTGTCATGCTCAC  342

seq1  AGGAACTGGAGAGATGACTCAGAG-TTTTAGGATGCTATTGCTCTGAGGA  398
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACTGGAGAGATGACTCAGAGTTTTTAGGATGCTATTGCTCTGAGGA  392

seq1  GACATGGGTTAAAAATCTCAGTGCCAAGTATGGGGTATCTTCTTATGAAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGGGTTAAAAATCTCAGTGCCAAGTATGGGGTATCTTCTTATGAAA  442

seq1  GTGAAAGTGGGACTGTTTGGGAAGAGGAAGGAAATGGTGGGTATGAAAAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAGTGGGACTGTTTGGGAAGAGGAAGGAAATGGTGGGTATGAAAAG  492

seq1  GGGACAAGAGAAGGCTGTGGGACTGAACACCATCAAAGTTACATACATGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAAGAGAAGGCTGTGGGACTGAACACCATCAAAGTTACATACATGT  542

seq1  GTGACATATTTAAGAAGAATGCATAGAGCTAGAAGGGAAAAGCAGTAGTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACATATTTAAGAAGAATGCATAGAGCTAGAAGGGAAAAGCAGTAGTC  592

seq1  AGAATAGGGGTATGGATTTGATCAGAGACAATACATGCATGTATTGAATC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAGGGGTATGGATTTGATCAGAGACAATACATGCATGTATTGAATC  642

seq1  TCAAACAATAAGAGTAATAAAAAGAAAAAAGATAAGTGAACGCATCTCTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACAATAAGAGTAATAAAAAGAAAAAAGATAAGTGAACGCATCTCTA  692

seq1  AAATATAGAAAAAATTAAGGATTGCAGTACTCCTTTCCATAGAATTTTTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATAGAAAAAATTAAGGATTGCAGTACTCCTTTCCATAGAATTTTTC  742

seq1  TTACACACAAATTTAAGTTTGTATTTTAAACTCACTAAATGCATGCAAAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACACAAATTTAAGTTTGTATTTTAAACTCACTAAATGCATGCAAAG  792

seq1  CTCCTTCATGCTGAAGCCACCCATGCAGCCTATGTCTTCAGTAGTAGTTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCATGCTGAAGCCACCCATGCAGCCTATGTCTTCAGTAGTAGTTT  842

seq1  CTGCATTTGGATATGGATTTTCACACCTGATCACACACTTTTTCCAATTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATTTGGATATGGATTTTCACACCTGATCACACACTTTTTCCAATTT  892

seq1  CATAAATTAACTTAGTTTAGTGAGACCTACCATGTAATTTAGCTCCCCAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAATTAACTTAGTTTAGTGAGACCTACCATGTAATTTAGCTCCCCAG  942

seq1  AAAAACCCAGCTTCATAGAGTCACACAAGTGATAAAAGTGACCCCATTAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCCAGCTTCATAGAGTCACACAAGTGATAAAAGTGACCCCATTAA  992

seq1  AATAATGGAAAGTTAGTGGGACTCAGGATGTAGTTCTGTTGGTGGAATTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGGAAAGTTAGTGGGACTCAGGATGTAGTTCTGTTGGTGGAATTC  1042