BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-022K20
Chromosome10 (Build37)
Map Location 114,857,791 - 114,966,265
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcdc131, Lgr5
Upstream geneTrhde, 4930473D10Rik, Tph2, Tbc1d15, LOC668041, Rab21, Tmem19, Thap2
Downstream geneA930009A15Rik, LOC668071, EG668073, Tspan8, Ptprr, 4933416C03Rik, Ptprb, Kcnmb4, Cnot2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-022K20.bB6Ng01-022K20.g
ACCDH854818DH854819
length1,0261,114
definitionDH854818|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-022K20, 5' end.DH854819|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-022K20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,857,791 - 114,858,824)(114,965,151 - 114,966,265)
sequence
gaattcaatagtctcccttcaaaactttatgatccatctaatgctaatcc
ttcaagaattgttaacacagaaccgtttgtaatgccatggcaagcagctc
aagatgtcaagaccaatcctgacttattgttagcagtgtttgaaggtaag
tgatgtttataaattataatatcaagcattacaagtcacaaaaccgttgt
tctgaacatcagttcatttatttattatcattctttataaaatgggatag
cttatgctgtaattgcacttcattatctaagtatttttactattactata
ttatttgtcattagatatatgaactgaaaatctacactgtggcttttttt
aattatggcaaaggatgcaagattaaggtattgttattaagtgcatgtgc
atctgattgcacacacttactgataacataatcaggttagaggagttgat
tgaattgtagaactaagtttgcttgttttttattttgttctgacagtctt
ttaaggatgtgttttgatttttttaatgtagttaatattttatccaaagt
taattttatgactattatatgttaaacatatatctgccattgaacatgca
attgagtttaaaacctgttcctccctaaaataagtatataatcctgtcag
aagatctatgcacttgacataattatgaagtatataagaccatatatata
gtgtattagtatgtagtgtaaattgtgtgctacagaagtaagaatttggc
atttgtagaattattttggtacaaatcctagactcaagatggggcgatta
ctgtaggttttcatgttcaagaaaggtgtctgagagtcgagctgagcttt
gagcatgaccacaatatgtccaagggtccctctcaagactctgagagctc
tgcttgcttctctgtatttcctaagggctggggatgaatctctatattta
ctaagtattagataatctttttgaatgtcccatgtggaaagggaagaaag
gcactctgttaaggaacttatggaaa
gaattctagttatttccatgaagtaaaggggaaggcatccccagggcatg
atgagagaggctgcttgattaagaggtgcacagtaactcgtgaagtaggg
aacagttcccagaggaaggggttgggcaataacagaaaaacaggtttgtg
tagcacagttggaaacacacgaagacctggaatttatagacattgctctg
tacattgtgagtttccctttcctagtagcactcggcaccctggaataatc
acagaaaaaaacaaattctgatccgttttccagggctggggtcttgccag
gagatgaaagcaaaggagagttatggaattcggggcatccattacacagt
gacccagctgatctgagccaagctgttcagcaggagcgtgggattggccc
ctcaagcctccaaagtctagctgcaaacttggaaagacaagagtctgtgc
cccaaacataggagtgtgttgaacggtgtcatgggtgaagagggacagta
cagaagagaactcattaagacatggagagagcatatgttaagccaggtct
caggaggctgagatatttaaacaatgtttttcccaaagcgttcaggagcc
agcagaagctctgaaacacggccatcagagccatcccacgcatcctattt
tgttggtgatacaggctgggtcctgcacagagacgactcctcaggccctc
aactctgggccaaaccacgtttgccaagccattcattcttctctacaact
gctacaggggaagaactctttgtttttttaagttagcatacaaagtaaca
ctttcattcccgcactttcacacgtgaatacttattttgcgctgtcctat
ggatcctcgctttcccctcccctctccaatcctctctccatcctctcctc
tgttacttcctcttgctgaccgcctacatcgcccagcatcgtctttccgt
gccatgtattcaccacccccacacaccggaagatcacttcctccctctta
tcatgatctttgtacttccatgggtttattgcaccgcgcgcggtgatcac
aaacaaccaacaccaactccatagttaaccgcttacacaccacaatgcga
ttttgtaatcttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_114857791_114858824
seq2: B6Ng01-022K20.b_46_1071

seq1  GAATTCAATAGTCTCCCTTCAAAACTTTATGATCCATCTAATGCTAATCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAGTCTCCCTTCAAAACTTTATGATCCATCTAATGCTAATCC  50

seq1  TTCAAGAATTGTTAACACAGAACCGTTTGTAATGCCATGGCAAGCAGCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGAATTGTTAACACAGAACCGTTTGTAATGCCATGGCAAGCAGCTC  100

seq1  AAGATGTCAAGACCAATCCTGACTTATTGTTAGCAGTGTTTGAAGGTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTCAAGACCAATCCTGACTTATTGTTAGCAGTGTTTGAAGGTAAG  150

seq1  TGATGTTTATAAATTATAATATCAAGCATTACAAGTCACAAAACCGTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTTTATAAATTATAATATCAAGCATTACAAGTCACAAAACCGTTGT  200

seq1  TCTGAACATCAGTTCATTTATTTATTATCATTCTTTATAAAATGGGATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAACATCAGTTCATTTATTTATTATCATTCTTTATAAAATGGGATAG  250

seq1  CTTATGCTGTAATTGCACTTCATTATCTAAGTATTTTTACTATTACTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGCTGTAATTGCACTTCATTATCTAAGTATTTTTACTATTACTATA  300

seq1  TTATTTGTCATTAGATATATGAACTGAAAATCTACACTGTGGCTTTTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGTCATTAGATATATGAACTGAAAATCTACACTGTGGCTTTTTTT  350

seq1  AATTATGGCAAAGGATGCAAGATTAAGGTATTGTTATTAAGTGCATGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGGCAAAGGATGCAAGATTAAGGTATTGTTATTAAGTGCATGTGC  400

seq1  ATCTGATTGCACACACTTACTGATAACATAATCAGGTTAGAGGAGTTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGATTGCACACACTTACTGATAACATAATCAGGTTAGAGGAGTTGAT  450

seq1  TGAATTGTAGAACTAAGTTTGCTTGTTTTTTATTTTGTTCTGACAGTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTGTAGAACTAAGTTTGCTTGTTTTTTATTTTGTTCTGACAGTCTT  500

seq1  TTAAGGATGTGTTTTGATTTTTTTAATGTAGTTAATATTTTATCCAAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGATGTGTTTTGATTTTTTTAATGTAGTTAATATTTTATCCAAAGT  550

seq1  TAATTTTATGACTATTATATGTTAAACATATATCTGCCATTGAACATGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTATGACTATTATATGTTAAACATATATCTGCCATTGAACATGCA  600

seq1  ATTGAGTTTAAAACCTGTTCCTCCCTAAAATAAGTATATAATCCTGTCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGTTTAAAACCTGTTCCTCCCTAAAATAAGTATATAATCCTGTCAG  650

seq1  AAGATCTATGCACTTGACATAATTATGAAGTATATAAGACCATATATATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCTATGCACTTGACATAATTATGAAGTATATAAGACCATATATATA  700

seq1  GTGTATTAGTATGTAGTGTAAATTGTGTGCTACAGAAGTAAGAATTTGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATTAGTATGTAGTGTAAATTGTGTGCTACAGAAGTAAGAATTTGGC  750

seq1  ATTTGTAGAATTA-TTTGGTACAAATCCTAGACTCAAGATGGGGCGATTA  799
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTAGAATTATTTTGGTACAAATCCTAGACTCAAGATGGGGCGATTA  800

seq1  CTGTAGGTTTTCATGTTCAAGAAAGGTGTCTGAGAGTCGGAGCTGAGCTT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTGTAGGTTTTCATGTTCAAGAAAGGTGTCTGAGAGTC-GAGCTGAGCTT  849

seq1  TGAAGCAGGACCACAATATGTCCAAGGGTCCCTCTCAAAGACTCTGAGAG  899
      || |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TG-AGCATGACCACAATATGTCCAAGGGTCCCTCTC-AAGACTCTGAGAG  897

seq1  CTCTGCTTGCTTCTCTGTATTTCCTAAGGGCTGGGGATGAATCTCTATAA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTCTGCTTGCTTCTCTGTATTTCCTAAGGGCTGGGGATGAATCTCTAT-A  946

seq1  TTTACTAAGTATTTAGTAAATCCTTTTGAATGTCCCAGTGAGGAAAGGGA  999
      ||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||| || |||||||||
seq2  TTTACTAAGTA-TTAGATAATCTTTTTGAATGTCCCA-TGTGGAAAGGGA  994

seq1  AGAAAGGTCACTCCTGTTAGAGGAGCTTAGGGAAA  1034
      ||||||| |||| |||||| |||| |||| |||||
seq2  AGAAAGG-CACT-CTGTTA-AGGAACTTATGGAAA  1026

seq1: chr10_114965151_114966265
seq2: B6Ng01-022K20.g_70_1183 (reverse)

seq1  TTAAGTTTACAAATATGCATATGTGTGTGTGTAAGCGTGTAA-TGTGTGA  49
      ||||| |||||||   |||| |||| |||||||||||  ||| | || ||
seq2  TTAAGATTACAAAATCGCAT-TGTG-GTGTGTAAGCGGTTAACTATG-GA  47

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACA-CGCGCGC-GTGC-ATAGA-CCATG  95
      ||  |||| ||  ||| ||||  || ||||||| |||| ||| | |||||
seq2  GTTGGTGT-TGGTTGTTTGTGATCACCGCGCGCGGTGCAATAAACCCATG  96

seq1  GAAGTACAAAGATCATGATAAGAGGGAGGAAGTGATCTTCCGGTGTGTGG  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTACAAAGATCATGATAAGAGGGAGGAAGTGATCTTCCGGTGTGTGG  146

seq1  GGGTGGTGGAATACATGGCACGGGAAAGACGATGCTGGGCGATGTAGGCG  195
      ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGT-GAATACATGGCAC-GGAAAGACGATGCTGGGCGATGTAGGCG  194

seq1  GTCAGCAAGAGGAAGTTACAGAGGAGAGGATGGAGAGAGGATTGGAGAGG  245
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCAAGAGGAAGTAACAGAGGAGAGGATGGAGAGAGGATTGGAGAGG  244

seq1  GGAGGGGAAAGCGAGGATCCATAGGAACAGCGCAAAAT-AGTATTCACGT  294
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  GGAGGGGAAAGCGAGGATCCATAGG-ACAGCGCAAAATAAGTATTCACGT  293

seq1  GTGAAAGTGCGGGAATGAAAGTGTTACTTTGTATGCTAACTTAAAAAAAC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAGTGCGGGAATGAAAGTGTTACTTTGTATGCTAACTTAAAAAAAC  343

seq1  AAAGAGTTCTTCCCCTGTAGCAGTTGTAGAGAAGAATGAATGGCTTGGCA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTTCTTCCCCTGTAGCAGTTGTAGAGAAGAATGAATGGCTTGGCA  393

seq1  AACGTGGTTTGGCCCAGAGTTGAGGGCCTGAGGAGTCGTCTCTGTGCAGG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTGGTTTGGCCCAGAGTTGAGGGCCTGAGGAGTCGTCTCTGTGCAGG  443

seq1  ACCCAGCCTGTATCACCAACAAAATAGGATGCGTGGGATGGCTCTGATGG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGCCTGTATCACCAACAAAATAGGATGCGTGGGATGGCTCTGATGG  493

seq1  CCGTGTTTCAGAGCTTCTGCTGGCTCCTGAACGCTTTGGGAAAAACATTG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGTTTCAGAGCTTCTGCTGGCTCCTGAACGCTTTGGGAAAAACATTG  543

seq1  TTTAAATATCTCAGCCTCCTGAGACCTGGCTTAACATATGCTCTCTCCAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATATCTCAGCCTCCTGAGACCTGGCTTAACATATGCTCTCTCCAT  593

seq1  GTCTTAATGAGTTCTCTTCTGTACTGTCCCTCTTCACCCATGACACCGTT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAATGAGTTCTCTTCTGTACTGTCCCTCTTCACCCATGACACCGTT  643

seq1  CAACACACTCCTATGTTTGGGGCACAGACTCTTGTCTTTCCAAGTTTGCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACACTCCTATGTTTGGGGCACAGACTCTTGTCTTTCCAAGTTTGCA  693

seq1  GCTAGACTTTGGAGGCTTGAGGGGCCAATCCCACGCTCCTGCTGAACAGC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGACTTTGGAGGCTTGAGGGGCCAATCCCACGCTCCTGCTGAACAGC  743

seq1  TTGGCTCAGATCAGCTGGGTCACTGTGTAATGGATGCCCCGAATTCCATA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTCAGATCAGCTGGGTCACTGTGTAATGGATGCCCCGAATTCCATA  793

seq1  ACTCTCCTTTGCTTTCATCTCCTGGCAAGACCCCAGCCCTGGAAAACGGA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCCTTTGCTTTCATCTCCTGGCAAGACCCCAGCCCTGGAAAACGGA  843

seq1  TCAGAATTTGTTTTTTTCTGTGATTATTCCAGGGTGCCGAGTGCTACTAG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAATTTGTTTTTTTCTGTGATTATTCCAGGGTGCCGAGTGCTACTAG  893

seq1  GAAAGGGAAACTCACAATGTACAGAGCAATGTCTATAAATTCCAGGTCTT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGAAACTCACAATGTACAGAGCAATGTCTATAAATTCCAGGTCTT  943

seq1  CGTGTGTTTCCAACTGTGCTACACAAACCTGTTTTTCTGTTATTGCCCAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTGTTTCCAACTGTGCTACACAAACCTGTTTTTCTGTTATTGCCCAA  993

seq1  CCCCTTCCTCTGGGAACTGTTCCCTACTTCACGAGTTACTGTGCACCTCT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTCCTCTGGGAACTGTTCCCTACTTCACGAGTTACTGTGCACCTCT  1043

seq1  TAATCAAGCAGCCTCTCTCATCATGCCCTGGGGATGCCTTCCCCTTTACT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAAGCAGCCTCTCTCATCATGCCCTGGGGATGCCTTCCCCTTTACT  1093

seq1  TCATGGAAATAACTAGAATTC  1115
      |||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGAAATAACTAGAATTC  1114