BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-023A23
Chromosome10 (Build37)
Map Location 72,895,266 - 72,993,125
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC432471
Upstream geneZwint, LOC544705
Downstream geneLOC100039981, LOC623191, Pcdh15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-023A23.bB6Ng01-023A23.g
ACCDH855088DH855089
length7991,068
definitionDH855088|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023A23, 5' end.DH855089|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023A23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,895,266 - 72,896,064)(72,992,058 - 72,993,125)
sequence
gaattccatcaagggaccacaaatgtattaatgtaattcaatatagtaaa
tggtcaaatattctctcccttgtgcaaaaatggggaatagacttaacctc
ttagctactatatatgatatctctaatagacattcactacagatgtcctc
tcctgttttgtatgaaaatgacttaacttggaggtagaaaatattatgaa
gtttagcccctctctgttgacagtaaagaatggtaaagaatcctatattt
acaaaagtaagaagactggttttgaatattttcaccattaaaaaaaaggt
tccttttttgaagaagtatgtaatcattctaatttaaatataatacaata
cgggcataaattgagacattagatattgaaaatccagttttctgttttca
tttatcatttaaaagcacatatgaccttttaagaattttgaagtcattta
cagctccctcttgagtagttaacactatatgagaattcttattgtgtgtc
ttgccttcagtgtccactatatacctaataattctaaaatatggctgtac
tggctggttttgtgtgtcaacttgacacaagctggagctatcacagagaa
aggagcctcccttgaggaaaggcctcatgagatccagctgtaaggcattt
tctcaattagtgatcaagggtgggagggtccatggtgggtggtgccaccc
ctgcactgatagccctggattctataacaaagcagaaagattggaaacag
gcaacctcgtgagggaggaggttggggagaacctccctatttcacctga
gaattcagtggtaaggttaattgttcctcctggacatcttccgtatttat
ttctataaataagttgtcttttaaaagtcccattttaggctcacagagtc
atcaaaccttctgtaatattccttgattgtggtgggcatttaatgtctta
atttttgcaagtcctatgcacagttatgaagaattttgttctcctatctt
gcataaaataactgatagacatggaagaagtcaccatcctgaaacaaaca
atgcttttgcacaatgaagaaggatggtcagtatggtgatggatagatag
gtccatgcaaaccatccacaaggtaagagtatgtttctatgctagataaa
gtcagagctatgcaggttgagccaccttcaatctctgttacatgatgggc
atgtccagtgtgagaatcagggaagccattttgatctgctcagtagtcca
tgcagagaactatgttatatttctctctaggtcaaagagtttactctata
caattaaaattgtgactcaaatatgagaaatgcatgagccacagagtatt
tgggagctgggatttttagtgacaccataggcagagattatttcaccatg
cctgtattatggaccttcacattattttaaatgaaatgaatcaaattttg
cattgctgaaattacatcaattgttggtttctactactactaccataata
ctaatataatgaatcttactctgataaagccagagacacagacatgccat
ggaattttaatgtacaaactaaaatagattaaattaaaatgtattgatga
ccaagttgtttaagaatcagaattagcattatatcagtagccttggaagg
aatcacatttatttttatgtggcatctcctatgtgaattgttataagaaa
acaattttagaatcgacttgtcatttatctcttgatattatatatgaata
agctatatgtttattcatatatgtcttgtctttttctataatatttggat
gaacctttcctctatttgctatttgccctaggtaatagaacaaagagaga
cattcattactaagactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_72895266_72896064
seq2: B6Ng01-023A23.b_42_840

seq1  GAATTCCATCAAGGGACCACAAATGTATTAATGTAATTCAATATAGTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCAAGGGACCACAAATGTATTAATGTAATTCAATATAGTAAA  50

seq1  TGGTCAAATATTCTCTCCCTTGTGCAAAAATGGGGAATAGACTTAACCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAAATATTCTCTCCCTTGTGCAAAAATGGGGAATAGACTTAACCTC  100

seq1  TTAGCTACTATATATGATATCTCTAATAGACATTCACTACAGATGTCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTACTATATATGATATCTCTAATAGACATTCACTACAGATGTCCTC  150

seq1  TCCTGTTTTGTATGAAAATGACTTAACTTGGAGGTAGAAAATATTATGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTTTGTATGAAAATGACTTAACTTGGAGGTAGAAAATATTATGAA  200

seq1  GTTTAGCCCCTCTCTGTTGACAGTAAAGAATGGTAAAGAATCCTATATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGCCCCTCTCTGTTGACAGTAAAGAATGGTAAAGAATCCTATATTT  250

seq1  ACAAAAGTAAGAAGACTGGTTTTGAATATTTTCACCATTAAAAAAAAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGTAAGAAGACTGGTTTTGAATATTTTCACCATTAAAAAAAAGGT  300

seq1  TCCTTTTTTGAAGAAGTATGTAATCATTCTAATTTAAATATAATACAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTTTGAAGAAGTATGTAATCATTCTAATTTAAATATAATACAATA  350

seq1  CGGGCATAAATTGAGACATTAGATATTGAAAATCCAGTTTTCTGTTTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGCATAAATTGAGACATTAGATATTGAAAATCCAGTTTTCTGTTTTCA  400

seq1  TTTATCATTTAAAAGCACATATGACCTTTTAAGAATTTTGAAGTCATTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCATTTAAAAGCACATATGACCTTTTAAGAATTTTGAAGTCATTTA  450

seq1  CAGCTCCCTCTTGAGTAGTTAACACTATATGAGAATTCTTATTGTGTGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCCTCTTGAGTAGTTAACACTATATGAGAATTCTTATTGTGTGTC  500

seq1  TTGCCTTCAGTGTCCACTATATACCTAATAATTCTAAAATATGGCTGTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTCAGTGTCCACTATATACCTAATAATTCTAAAATATGGCTGTAC  550

seq1  TGGCTGGTTTTGTGTGTCAACTTGACACAAGCTGGAGCTATCACAGAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGTTTTGTGTGTCAACTTGACACAAGCTGGAGCTATCACAGAGAA  600

seq1  AGGAGCCTCCCTTGAGGAAAGGCCTCATGAGATCCAGCTGTAAGGCATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCCTCCCTTGAGGAAAGGCCTCATGAGATCCAGCTGTAAGGCATTT  650

seq1  TCTCAATTAGTGATCAAGGGTGGGAGGGTCCATGGTGGGTGGTGCCACCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATTAGTGATCAAGGGTGGGAGGGTCCATGGTGGGTGGTGCCACCC  700

seq1  CTGCACTGATAGCCCTGGATTCTATAACAAAGCAGAAAGATTGGAAACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACTGATAGCCCTGGATTCTATAACAAAGCAGAAAGATTGGAAACAG  750

seq1  GCAACCTCGTGAGGGAGGAGGTTGGGGAGAACCTCCCGAATTCACCAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||
seq2  GCAACCTCGTGAGGGAGGAGGTTGGGGAGAACCTCCCTATTTCACCTGA  799

seq1: chr10_72992058_72993125
seq2: B6Ng01-023A23.g_64_1131 (reverse)

seq1  CAGTCTTAGTAATGAATGTCCTCTCTTTG-TCTATTAACTAGGGCAAATA  49
      ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  CAGTCTTAGTAATGAATGT-CTCTCTTTGTTCTATTACCTAGGGCAAATA  49

seq1  GCAAATTAGAGG-AAGGTTCATTCAAATA-TATAG-AAAAGACAAGACAT  96
      ||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  GCAAA-TAGAGGAAAGGTTCATCCAAATATTATAGAAAAAGACAAGACAT  98

seq1  ATATGAATAAACATATAGCTTATTCATATATAATTATCAAGAGATAAATG  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATATGAATAAACATATAGCTTATTCATATATAA-TATCAAGAGATAAATG  147

seq1  ACAAGTCGATTCTAAAATTGTTTTTCTTATAACAATTCACATAGGAGATG  196
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTCGATTCTAAAATTG-TTTTCTTATAACAATTCACATAGGAGATG  196

seq1  CCACATAAAAATAAATGTGATTCCTTCCAAGGCTACTGATATAATGCTAA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATAAAAATAAATGTGATTCCTTCCAAGGCTACTGATATAATGCTAA  246

seq1  TTCTGATTCTTAAACAACTTGGTCATCAATACATTTTAATTTAATCTATT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATTCTTAAACAACTTGGTCATCAATACATTTTAATTTAATCTATT  296

seq1  TTAGTTTGTACATTAAAATTCCATGGCATGTCTGTGTCTCTGGCTTTATC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTGTACATTAAAATTCCATGGCATGTCTGTGTCTCTGGCTTTATC  346

seq1  AGAGTAAGATTCATTATATTAGTATTATGGTAGTAGTAGTAGAAACCAAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAAGATTCATTATATTAGTATTATGGTAGTAGTAGTAGAAACCAAC  396

seq1  AATTGATGTAATTTCAGCAATGCAAAATTTGATTCATTTCATTTAAAATA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGATGTAATTTCAGCAATGCAAAATTTGATTCATTTCATTTAAAATA  446

seq1  ATGTGAAGGTCCATAATACAGGCATGGTGAAATAATCTCTGCCTATGGTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAAGGTCCATAATACAGGCATGGTGAAATAATCTCTGCCTATGGTG  496

seq1  TCACTAAAAATCCCAGCTCCCAAATACTCTGTGGCTCATGCATTTCTCAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTAAAAATCCCAGCTCCCAAATACTCTGTGGCTCATGCATTTCTCAT  546

seq1  ATTTGAGTCACAATTTTAATTGTATAGAGTAAACTCTTTGACCTAGAGAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAGTCACAATTTTAATTGTATAGAGTAAACTCTTTGACCTAGAGAG  596

seq1  AAATATAACATAGTTCTCTGCATGGACTACTGAGCAGATCAAAATGGCTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATAACATAGTTCTCTGCATGGACTACTGAGCAGATCAAAATGGCTT  646

seq1  CCCTGATTCTCACACTGGACATGCCCATCATGTAACAGAGATTGAAGGTG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGATTCTCACACTGGACATGCCCATCATGTAACAGAGATTGAAGGTG  696

seq1  GCTCAACCTGCATAGCTCTGACTTTATCTAGCATAGAAACATACTCTTAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAACCTGCATAGCTCTGACTTTATCTAGCATAGAAACATACTCTTAC  746

seq1  CTTGTGGATGGTTTGCATGGACCTATCTATCCATCACCATACTGACCATC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGGATGGTTTGCATGGACCTATCTATCCATCACCATACTGACCATC  796

seq1  CTTCTTCATTGTGCAAAAGCATTGTTTGTTTCAGGATGGTGACTTCTTCC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCATTGTGCAAAAGCATTGTTTGTTTCAGGATGGTGACTTCTTCC  846

seq1  ATGTCTATCAGTTATTTTATGCAAGATAGGAGAACAAAATTCTTCATAAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTATCAGTTATTTTATGCAAGATAGGAGAACAAAATTCTTCATAAC  896

seq1  TGTGCATAGGACTTGCAAAAATTAAGACATTAAATGCCCACCACAATCAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATAGGACTTGCAAAAATTAAGACATTAAATGCCCACCACAATCAA  946

seq1  GGAATATTACAGAAGGTTTGATGACTCTGTGAGCCTAAAATGGGACTTTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATTACAGAAGGTTTGATGACTCTGTGAGCCTAAAATGGGACTTTT  996

seq1  AAAAGACAACTTATTTATAGAAATAAATACGGAAGATGTCCAGGAGGAAC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGACAACTTATTTATAGAAATAAATACGGAAGATGTCCAGGAGGAAC  1046

seq1  AATTAACCTTACCACTGAATTC  1068
      ||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAACCTTACCACTGAATTC  1068