BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-027L20
Chromosome10 (Build37)
Map Location 32,241,004 - 32,373,285
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTcba1
Upstream geneIbrdc1, LOC666055, LOC667752, LOC100040638
Downstream geneEG667761, Trdn, A330019N05Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-027L20.bB6Ng01-027L20.g
ACCDH858404DH858405
length1,139984
definitionDH858404|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027L20, 5' end.DH858405|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027L20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,241,004 - 32,242,164)(32,372,291 - 32,373,285)
sequence
gaattctctctacgtcatatcaatttcatccccaaaatttgggagttctt
tcaaagggatcaaatgagatcagggcagtttacatttcaccatggtggca
tatggtaagcatacagtggcatatggaagccttgatcctgaaatacaatc
ccactgattgtagtgaaatcagactacagtagaatacagacttctaggtc
aaggttcttattgtatagtaaaacatctaggactcttctgacaattctac
actagtgattcctttaagtttagtgcagagcattcagaaagatacactca
aatgtctcagacacatcaccctagagcaaaggttttgccatgtgtttatg
ctgaccaagtgcactgtagagtttgagcattgtgagcaagtacagaatta
gctacatactgctgtaccttcctacagttttctaaaaaataattttttcc
tccataacccaaagtaaataatttataatttattagctgaaaaaattgga
attatcctcccctaaacctttagtaggaagaaaaacaattataaaggtaa
atacttcaaaaatacaagcttttcaatcaagtcatttataaaaccaaacc
aggcatattctcctttaaataattacagaattatcagtaccaaacacttt
cctaattatttactagagtctatatctgagaatttcttaaagattttaat
atgtttttgctcttcatataagcattaataattaaatgttaacaaaaata
tctatctgtatcttcaccatttcctctcactcttgtctttactctagtta
tataactacataacaactgcaaactttcaatgttttgatataggactatc
ttcttcataaaaacaacaacaacaacaacaaaactattcccaacaataaa
gaacgtctgatggaatcaccaccactgacttcagctatatgacagagcat
tgtgatgaaactgcatggtactggtacactgacagacaggtagatctggg
gatagattgaagaccgaaaatgaccccacagctacatcacttgcctttga
caaggactaaactattcagtggaagaagccacatcttcaatggtgctagc
tcacttggaggtaccatagaagaatgcaaatgattcatt
gaattcttgagaccattggtttggtaaatggtaaaagtgaaaatcatctc
ctattccccaaagagctaagtaccaccaggggccctgggcaggagaggaa
atggtgtgggcagccgttttagaggatcagaacaaatcccattatgaggg
cttcaagaagaccagctgtaagttggtaatttagaactaggcaggactgt
gacaatgtgcttgcttgcctgtctgtttataggcacgctgatttccttgt
tgctaaaggagaataaccagaaaatgggtcaagctttaaatcttatgttt
gtcatcctgagaagttatcatgataaattgctgtcttggcaacagacagt
acattaaactgacagttgaccagccatataggtaaacttaatgctgccca
agtggacagttgcatacttgtccctcaaatgagtcctgtgagggtgagag
ggaatttatgtaatggctgataaatgggtatgactgtgtgtaatctatag
ctctagccgtctcagggagacatgatgtacacctcatgaatactgcagaa
gctaagacaaggaggactgtgattttagggccagtatgcgctataggatg
agagcaagaacagtcttagcatctaagtgaaaaatatgtctccaaataaa
gacaatgtctccaatgtaaagacatcattggaggtggagtaagagccatg
taaagtgcttgcctcacatgtatgtagccaaaggttcaatcacaggtaat
gtaaaacagaaaacagatctaatatagatttgcttaatcttcagtatttt
tataatgacacaaactttgtgttcacttaaaaatgaatccaagatagaat
tctacctaaaatagctttaacataggttttcataagttagatgacctcaa
ctttatatacatagcttttctctttttcttctttctcctcattctgagac
tttgctaagacttctctcagtgcatacctctctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_32241004_32242164
seq2: B6Ng01-027L20.b_43_1181

seq1  GAATTCTCTCTACGTCATATCAATTTCATCCCCAAAATTTGGGAGTTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTACGTCATATCAATTTCATCCCCAAAATTTGGGAGTTCTT  50

seq1  TCAAAGGGATCAAATGAGATCAGGGCAGTTTACATTTCACCATGGTGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGGGATCAAATGAGATCAGGGCAGTTTACATTTCACCATGGTGGCA  100

seq1  TATGGTAAGCATACAGTGGCATATGGAAGCCTTGATCCTGAAATACAATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTAAGCATACAGTGGCATATGGAAGCCTTGATCCTGAAATACAATC  150

seq1  CCACTGATTGTAGTGAAATCAGACTACAGTAGAATACAGACTTCTAGGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGATTGTAGTGAAATCAGACTACAGTAGAATACAGACTTCTAGGTC  200

seq1  AAGGTTCTTATTGTATAGTAAAACATCTAGGACTCTTCTGACAATTCTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTCTTATTGTATAGTAAAACATCTAGGACTCTTCTGACAATTCTAC  250

seq1  ACTAGTGATTCCTTTAAGTTTAGTGCAGAGCATTCAGAAAGATACACTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTGATTCCTTTAAGTTTAGTGCAGAGCATTCAGAAAGATACACTCA  300

seq1  AATGTCTCAGACACATCACCCTAGAGCAAAGGTTTTGCCATGTGTTTATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTCAGACACATCACCCTAGAGCAAAGGTTTTGCCATGTGTTTATG  350

seq1  CTGACCAAGTGCACTGTAGAGTTTGAGCATTGTGAGCAAGTACAGAATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCAAGTGCACTGTAGAGTTTGAGCATTGTGAGCAAGTACAGAATTA  400

seq1  GCTACATACTGCTGTACCTTCCTACAGTTTTCTAAAAAATAATTTTTTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACATACTGCTGTACCTTCCTACAGTTTTCTAAAAAATAATTTTTTCC  450

seq1  TCCATAACCCAAAGTAAATAATTTATAATTTATTAGCTGAAAAAATTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAACCCAAAGTAAATAATTTATAATTTATTAGCTGAAAAAATTGGA  500

seq1  ATTATCCTCCCCTAAACCTTTAGTAGGAAGAAAAACAATTATAAAGGTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCCTCCCCTAAACCTTTAGTAGGAAGAAAAACAATTATAAAGGTAA  550

seq1  ATACTTCAAAAATACAAGCTTTTCAATCAAGTCATTTATAAAACCAAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTCAAAAATACAAGCTTTTCAATCAAGTCATTTATAAAACCAAACC  600

seq1  AGGCATATTCTCCTTTAAATAATTACAGAATTATCAGTACCAAACACTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATATTCTCCTTTAAATAATTACAGAATTATCAGTACCAAACACTTT  650

seq1  CCTAATTATTTACTAGAGTCTATATCTGAGAATTTCTTAAAGATTTTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATTATTTACTAGAGTCTATATCTGAGAATTTCTTAAAGATTTTAAT  700

seq1  ATGTTTTTGCTCTTCATATAAGCATTAATAATTAAATGTTAACAAAAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTTGCTCTTCATATAAGCATTAATAATTAAATGTTAACAAAAATA  750

seq1  TCTATCTGTATCTTCACCATTTCCTCTCACTCTTGTCTTTACTCTAGTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTGTATCTTCACCATTTCCTCTCACTCTTGTCTTTACTCTAGTTA  800

seq1  TATAACTACATAACAACTGCAAAC-TTCAATGTTTTGATATAGGACTATC  849
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTACATAACAACTGCAAACTTTCAATGTTTTGATATAGGACTATC  850

seq1  TTCTTCATAAAAACAACAACAACAACAACAAAAACTATTCCCAACAATAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  TTCTTCATAAAAACAACAACAACAACAAC-AAAACTATTCCCAACAAT-A  898

seq1  AAGAACGTCTGATGGAATCACCACCACTGACTTCAAGCTATATGACAGAG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAGAACGTCTGATGGAATCACCACCACTGACTTC-AGCTATATGACAGAG  947

seq1  CAATTGTGATGAAAACTGCATGGTACTGGTACACTGACAGACAGGTAGAT  999
      | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-ATTGTGATG-AAACTGCATGGTACTGGTACACTGACAGACAGGTAGAT  995

seq1  CTGTGGAATAGATTGAAGACCGAGAAATGAACCCACACAGCTACAATCAC  1049
      ||| || |||||||||||||||| ||||||  || ||||||||| |||||
seq2  CTG-GGGATAGATTGAAGACCGA-AAATGA--CCCCACAGCTAC-ATCAC  1040

seq1  TTGCTCTTTGACAAAGGAGCTAAAACCATCCAGTGGAAAGAAGGCAACAT  1099
      |||| ||||||| ||||| || |||| || |||||| ||||| || ||||
seq2  TTGC-CTTTGAC-AAGGA-CT-AAACTATTCAGTGG-AAGAA-GCCACAT  1084

seq1  CTTCAAAAATGGTGCTAGCTCAACTGGAGGTTACCATATAGAAGAATGCA  1149
      ||||   |||||||||||||||  |||||| ||||  |||||||||||| 
seq2  CTTC---AATGGTGCTAGCTCACTTGGAGG-TACC--ATAGAAGAATGC-  1127

seq1  AAATGATCCATT  1161
      ||||||| ||||
seq2  AAATGATTCATT  1139

seq1: chr10_32372291_32373285
seq2: B6Ng01-027L20.g_66_1049 (reverse)

seq1  AAGAGAGGTAATGACACAGAGAGAAGTCTTAGCAAAAGTCTCAGATTGAG  50
      ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  AAGAGAGGT-ATG-CACTGAGAGAAGTCTTAGC-AAAGTCTCAGAATGAG  47

seq1  GAGAAAGAAGAAAAAGAGAAAAGCTATGTATTATAAAGTTGAGGTCATCT  100
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGAAGAAAAAGAGAAAAGCTATGTA-TATAAAGTTGAGGTCATCT  96

seq1  AAACTTATGAAAACCTATGTTAAAGCTTATTTTAGGTAGAATTCTATCTT  150
       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  -AACTTATGAAAACCTATGTTAAAGC-TATTTTAGGTAGAATTCTATCTT  144

seq1  GGATTTCATTTTTAAGTGTAACACAAAGTTTGTTGTCATTTATAAAAATA  200
      ||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  GGA-TTCATTTTTAAGTG-AACACAAAGTTTG-TGTCA-TTATAAAAATA  190

seq1  CTGAAGATTAAGCAAATCTAATATTAGATCTGTTTTCTGTTTTTACATTA  250
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTGAAGATTAAGCAAATCT-ATATTAGATCTGTTTTCTG-TTTTACATTA  238

seq1  CCTGTGATTGAACCTTTGGCTACATACATGTGAGGCAAGCACTTTACATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGATTGAACCTTTGGCTACATACATGTGAGGCAAGCACTTTACATG  288

seq1  GCTCTTACTCCACCTCCAATGATGTCTTTACATTGGAGACATTGTCTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTACTCCACCTCCAATGATGTCTTTACATTGGAGACATTGTCTTTA  338

seq1  TTTGGAGACATA-TTTTCACTTAGATGCTAAGACTGTTCTTGCTCTCATC  399
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGACATATTTTTCACTTAGATGCTAAGACTGTTCTTGCTCTCATC  388

seq1  CTATAGCGCATACTGGCCCTAAAATCACAGTCCTCCTTGTCTTAGCTTCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGCGCATACTGGCCCTAAAATCACAGTCCTCCTTGTCTTAGCTTCT  438

seq1  GCAGTATTCATGAGGTGTACATCATGTCTCCCTGAGACGGCTAGAGCTAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTATTCATGAGGTGTACATCATGTCTCCCTGAGACGGCTAGAGCTAT  488

seq1  AGATTACACACAGTCATACCCATTTATCAGCCATTACATAAATTCCCTCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTACACACAGTCATACCCATTTATCAGCCATTACATAAATTCCCTCT  538

seq1  CACCCTCACAGGACTCATTTGAGGGACAAGTATGCAACTGTCCACTTGGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTCACAGGACTCATTTGAGGGACAAGTATGCAACTGTCCACTTGGG  588

seq1  CAGCATTAAGTTTACCTATATGGCTGGTCAACTGTCAGTTTAATGTACTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATTAAGTTTACCTATATGGCTGGTCAACTGTCAGTTTAATGTACTG  638

seq1  TCTGTTGCCAAGACAGCAATTTATCATGATAACTTCTCAGGATGACAAAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGCCAAGACAGCAATTTATCATGATAACTTCTCAGGATGACAAAC  688

seq1  ATAAGATTTAAAGCTTGACCCATTTTCTGGTTATTCTCCTTTAGCAACAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGATTTAAAGCTTGACCCATTTTCTGGTTATTCTCCTTTAGCAACAA  738

seq1  GGAAATCAGCGTGCCTATAAACAGACAGGCAAGCAAGCACATTGTCACAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATCAGCGTGCCTATAAACAGACAGGCAAGCAAGCACATTGTCACAG  788

seq1  TCCTGCCTAGTTCTAAATTACCAACTTACAGCTGGTCTTCTTGAAGCCCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCTAGTTCTAAATTACCAACTTACAGCTGGTCTTCTTGAAGCCCT  838

seq1  CATAATGGGATTTGTTCTGATCCTCTAAAACGGCTGCCCACACCATTTCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATGGGATTTGTTCTGATCCTCTAAAACGGCTGCCCACACCATTTCC  888

seq1  TCTCCTGCCCAGGGCCCCTGGTGGTACTTAGCTCTTTGGGGAATAGGAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGCCCAGGGCCCCTGGTGGTACTTAGCTCTTTGGGGAATAGGAGA  938

seq1  TGATTTTCACTTTTACCATTTACCAAACCAATGGTCTCAAGAATTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTCACTTTTACCATTTACCAAACCAATGGTCTCAAGAATTC  984