BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-028J13
Chromosome10 (Build37)
Map Location 106,944,749 - 107,073,966
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprq
Upstream genePpfia2, 8430416H19Rik, Lin7a, Myf5, Myf6
Downstream geneEG628870, Ppp1r12a, Pawr, EG667814, Syt1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028J13.bB6Ng01-028J13.g
ACCDH859033DH859034
length1,0071,163
definitionDH859033|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028J13, 5' end.DH859034|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028J13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,073,406 - 107,073,966)(106,944,749 - 106,945,938)
sequence
gaattccaataaaacatacctgctttgctttctaacaccactgttgagcc
tggaatagcgatggttgatcatttctgttgaaaaatgttcagtaataagt
attgagaatgctgcacagtcatgactaaggaagctggcatccctatacat
tcctctgttgaaggacatctgggttcttaccagatggctattataaataa
gacttctatgaacatagtggaacatgtgtttttgttttatgttggagcat
cttttgggtatatgcccaggagtggtatagctgggctttcaggtagtatt
atgtccaattttctgaggaactgccaaactgaactccagtgtgcttgtac
cagcttgcaatcccaccagcaattaagagtgttcctctttttctacatcc
tcaccagtatctgctgtcacctgagtttttgatcttagccattctaatta
gtgtgaagtagaatctcacagatgttttgagagactgccccacctcagga
ttcatcccatatacagacaccaaacccagacactattgtggatgccaaga
agtacttgctgacaggagcctgatttagctctctcctaagaggctctgtc
agtgcatgacatatacagagatggatgctctccaccaaccattggactga
gcacagggtccccaatggaggagttagagaaaggactgaaggagctgaag
ggattcacaacccataggaagaacaatatcaaccaaccagacacacacac
cccgcccccgccccagagcttccaggaactaaactaccaaccaaagagta
cacatggagggacccatggctccagctgcatatgtagcagaagatggcct
tattggacattaatgggaggagaggcccttggtcctgggaaggcttgatg
tcccagagtagggaatgtgagggccgggaggcaggagtgcatggatgggt
gggtgagtaccctcatagaagcagggcaaggcagaagggataggggtttc
tggaggg
gaattctcagcagtttgtgtttacactcctctttcatatgtaattatgtt
gaatgggacacaggtaaaactacaagaagcttttagtttatgattacaag
aagcaaacagatggagaatagcaaatgaataattccatcagagaagatca
tgggaaaattgcctcaaagatactgggaaacatgagaaatccaatggatg
cctggagtgagaatgtgaagggtatagtttagcaagcaacagaagaccag
ggctcgttgctctaatctaattgtaactttgtaactaacctctgtacttt
tctattcataaacaaatttgacttaagtctacaccagtggttctaagtct
gggggtcaaataacccttccacaggggtcacctaggatcatttgaaaaca
cggatatttactttacaattcataacagtagccaaatcatagttatggag
aagcaacagaaacaattttatggttggaggaatcactacaacatgaagac
atgcattaaagggccatagcattacagagattgagaagcagtaggaaagc
agaggtaatactgcaggaaaggtaatttttaatgcattatttagttcagt
gggtaatgaagagttaccgaagagatcagtgaagttatcagagctgtgaa
taagttgtataattatggcaacaaactgtagaaaatttacatagaaaata
atatggcttggttaggaccaaacatattttggaagaggcagcaaacaata
gaaagactaatgaacaagttatcttaatgcaatgactgtacaagcattga
ctgtgtgataccatctaactacatagattatagaaaatgaactagatacc
tgaatacaaaggctgtactaacattggccatgtgatgcaatctaactaca
tagattaccacagactgctgagagattttaattccaatccagggttttag
cccacctgatctttcagttcccagataaaagacacagacaacctgtttat
tacaaaagccttagaactagagctggcagatttcttcaaaatctactttc
tatataacccataatactacatgttttatctgggctgctattactcatgg
ctggccttcgggcccgtttcttgactcacctatcatagcggcttctctgc
ttcagtgtttctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_107073406_107073966
seq2: B6Ng01-028J13.b_46_606 (reverse)

seq1  CAGCAAGTACTTCTTGGCATCCACAATAGTGTCTGGGTTTGGTGTCTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGTACTTCTTGGCATCCACAATAGTGTCTGGGTTTGGTGTCTGTA  50

seq1  TATGGGATGAATCCTGAGGTGGGGCAGTCTCTCAAAACATCTGTGAGATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGATGAATCCTGAGGTGGGGCAGTCTCTCAAAACATCTGTGAGATT  100

seq1  CTACTTCACACTAATTAGAATGGCTAAGATCAAAAACTCAGGTGACAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTCACACTAATTAGAATGGCTAAGATCAAAAACTCAGGTGACAGCA  150

seq1  GATACTGGTGAGGATGTAGAAAAAGAGGAACACTCTTAATTGCTGGTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTGGTGAGGATGTAGAAAAAGAGGAACACTCTTAATTGCTGGTGGG  200

seq1  ATTGCAAGCTGGTACAAGCACACTGGAGTTCAGTTTGGCAGTTCCTCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAAGCTGGTACAAGCACACTGGAGTTCAGTTTGGCAGTTCCTCAGA  250

seq1  AAATTGGACATAATACTACCTGAAAGCCCAGCTATACCACTCCTGGGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGGACATAATACTACCTGAAAGCCCAGCTATACCACTCCTGGGCAT  300

seq1  ATACCCAAAAGATGCTCCAACATAAAACAAAAACACATGTTCCACTATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCAAAAGATGCTCCAACATAAAACAAAAACACATGTTCCACTATGT  350

seq1  TCATAGAAGTCTTATTTATAATAGCCATCTGGTAAGAACCCAGATGTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGAAGTCTTATTTATAATAGCCATCTGGTAAGAACCCAGATGTCCT  400

seq1  TCAACAGAGGAATGTATAGGGATGCCAGCTTCCTTAGTCATGACTGTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAGAGGAATGTATAGGGATGCCAGCTTCCTTAGTCATGACTGTGCA  450

seq1  GCATTCTCAATACTTATTACTGAACATTTTTCAACAGAAATGATCAACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCTCAATACTTATTACTGAACATTTTTCAACAGAAATGATCAACCA  500

seq1  TCGCTATTCCAGGCTCAACAGTGGTGTTAGAAAGCAAAGCAGGTATGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTATTCCAGGCTCAACAGTGGTGTTAGAAAGCAAAGCAGGTATGTTT  550

seq1  TATTGGAATTC  561
      |||||||||||
seq2  TATTGGAATTC  561

seq1: chr10_106944749_106945938
seq2: B6Ng01-028J13.g_66_1228

seq1  GAATTCTCAGCAGTTTGTGTTTACACTCCTCTTTCATATGTAATTATGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCAGTTTGTGTTTACACTCCTCTTTCATATGTAATTATGTT  50

seq1  GAATGGGACACAGGTAAAACTACAAGAAGCTTTTAGTTTATGATTACAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGGACACAGGTAAAACTACAAGAAGCTTTTAGTTTATGATTACAAG  100

seq1  AAGCAAACAGATGGAGAATAGCAAATGAATAATTCCATCAGAGAAGATCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAACAGATGGAGAATAGCAAATGAATAATTCCATCAGAGAAGATCA  150

seq1  TGGGAAAATTGCCTCAAAGATACTGGGAAACATGAGAAATCCAATGGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAAATTGCCTCAAAGATACTGGGAAACATGAGAAATCCAATGGATG  200

seq1  CCTGGAGTGAGAATGTGAAGGGTATAGTTTAGCAAGCAACAGAAGACCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGTGAGAATGTGAAGGGTATAGTTTAGCAAGCAACAGAAGACCAG  250

seq1  GGCTCGTTGCTCTAATCTAATTGTAACTTTGTAACTAACCTCTGTACTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCGTTGCTCTAATCTAATTGTAACTTTGTAACTAACCTCTGTACTTT  300

seq1  TCTATTCATAAACAAATTTGACTTAAGTCTACACCAGTGGTTCTAAGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTCATAAACAAATTTGACTTAAGTCTACACCAGTGGTTCTAAGTCT  350

seq1  GGGGGTCAAATAACCCTTCCACAGGGGTCACCTAGGATCATTTGAAAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTCAAATAACCCTTCCACAGGGGTCACCTAGGATCATTTGAAAACA  400

seq1  CGGATATTTACTTTACAATTCATAACAGTAGCCAAATCATAGTTATGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATATTTACTTTACAATTCATAACAGTAGCCAAATCATAGTTATGGAG  450

seq1  AAGCAACAGAAACAATTTTATGGTTGGAGGAATCACTACAACATGAAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAACAGAAACAATTTTATGGTTGGAGGAATCACTACAACATGAAGAC  500

seq1  ATGCATTAAAGGGCCATAGCATTACAGAGATTGAGAAGCAGTAGGAAAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATTAAAGGGCCATAGCATTACAGAGATTGAGAAGCAGTAGGAAAGC  550

seq1  AGAGGTAATACTGCAGGAAAGGTAATTTTTAATGCATTATTTAGTTCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTAATACTGCAGGAAAGGTAATTTTTAATGCATTATTTAGTTCAGT  600

seq1  GGGTAATGAAGAGTTACCGAAGAGATCAGTGAAGTTATCAGAGCTGTGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAATGAAGAGTTACCGAAGAGATCAGTGAAGTTATCAGAGCTGTGAA  650

seq1  TAAGTTGTATAATTATGGCAACAAACTGTAGAAAATTTACATAGAAAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTGTATAATTATGGCAACAAACTGTAGAAAATTTACATAGAAAATA  700

seq1  ATATGGCTTGGTTAGGACCAAACATATTTTGGAAGAGGCAGCAAACAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGCTTGGTTAGGACCAAACATATTTTGGAAGAGGCAGCAAACAATA  750

seq1  GAAAGACTAATGAACAAGTTATCTTAATGCAATGACTGTACAAGCATTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACTAATGAACAAGTTATCTTAATGCAATGACTGTACAAGCATTGA  800

seq1  CTGTGTGATACCATCTAACTACATAGATTATAGAAAATGAACTAGATACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGATACCATCTAACTACATAGATTATAGAAAATGAACTAGATACC  850

seq1  TGAATACAAAGGCTGTACTAACATTGGCCATGTGATGCAATCTAACTACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATACAAAGGCTGTACTAACATTGGCCATGTGATGCAATCTAACTACA  900

seq1  TAGATTACCACAGACTGCTGAAGAGATTTTTAATTCCAATCCAGGGTTTT  950
      |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  TAGATTACCACAGACTGCTG-AGAGA-TTTTAATTCCAATCCAGGG-TTT  947

seq1  TAGCCCACCTTGATCTTTCAGTTCCCAGATAAAAGACACAGACAACCTGT  1000
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCACC-TGATCTTTCAGTTCCCAGATAAAAGACACAGACAACCTGT  996

seq1  TTATTTACAAAAAGCCTTAGAACTAGAGCTGGGCAGATATCTTCCAAAAT  1050
      ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||
seq2  TTA-TTAC-AAAAGCCTTAGAACTAGAGCT-GGCAGATTTCTT-CAAAAT  1042

seq1  CTACTTTCCTATTAATAAACCCAATTATTACTTACTATGTTTTATCTGAG  1100
      ||||||| ||||  || ||||||  || ||| ||| |||||||||||| |
seq2  CTACTTT-CTAT--AT-AACCCA--TAATAC-TAC-ATGTTTTATCTGGG  1084

seq1  CTGCTTATTAACTCCAATTGGCTGGCCTTCAGGGCCACGTTTTCATGACT  1150
      |||| |||| ||||    |||||||||||| ||||| || |||| |||||
seq2  CTGC-TATT-ACTC---ATGGCTGGCCTTC-GGGCC-CG-TTTCTTGACT  1126

seq1  CACCTAATCCATAGCAGCTTCTCCTGCTTCCCTGTTTCTC  1190
      ||||||   |||||| |||||| |||||||  ||||||||
seq2  CACCTA--TCATAGCGGCTTCT-CTGCTTCAGTGTTTCTC  1163