BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-028K13
Chromosome10 (Build37)
Map Location 16,175,291 - 16,313,788
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC637043, LOC100039492, LOC671439, LOC382457
Downstream geneLOC546472, LOC100039576, LOC627511
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028K13.bB6Ng01-028K13.g
ACCDH859079DH859080
length941997
definitionDH859079|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028K13, 5' end.DH859080|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028K13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,175,291 - 16,176,230)(16,312,800 - 16,313,788)
sequence
gaattcaaactaaaagagtaactttgcttaactatatatctaccttaagt
tttaagtgtaatgtcgtgtcatcaaattaacttgtacaaaatttgacagc
tcataggatgtggagggttgttcaaaagaatatagtagaacagtttggca
atgatttaataaacagcatattccctggaactcttggcactttagagtgg
ataaatgaaaaaaatcatgttacacaaatgttcatagcccgatttggtaa
cagccctaaactaaaaataacccatgttccttcagtgagtgcttaaatat
aaggcctatattcttgtcatattcatcaataaaatgagaaatgatatgaa
tatatacaacttagattaaccaacagggttttttattatgagtgataatc
taaaaatacacagtatagatttcctttcaggaagaattttataaaaataa
aattgatggataataacatagtggagattagtaagctgggacctggggtc
tgaggcaaatcatttagctccagagaaataatatgtaggtgatgggaaat
aggatcagccaccaaatgcagacactattgcacatgccatcaagattttg
ctgaaaggaccctgatatagctgtctcgtgtaaggctatgccagtgcctg
gcaaatacagaagtggatgctcacagtcatctattggatggaacacaggg
cccccaatggaggagctagagaaagtacccaaggagctgaagggatctgc
aaccctataggtggaacaacaatatgaactaaccagtacccccagagctt
gtgtctctagctgcatatgtatcagaagatggcctagtcggccatcattg
ggaagtgaggccccttggtcttgccaactttatatgcctcagtacagggg
aacgccggggccaagaagtgggagtaggtgggtaggggaaa
gaattccagggagcagcaccttcttttttgggccatgcatgtggacatca
ctctgcttaccttgtcatccagaactctatccttatcacagcactcattg
gcatgtccttttcttccttgggctttctaggtctacatttccattcttat
acatccactagtcaccagggctgcaagccctgctctgatatgacttcact
gtgactaattatgtatgaaatggcacttttacatgaagttctgagggata
gaacctcaatatgtacatttatagggaatgggttggaggagcatttcaac
acaataggttgaaatgaccctaaaactccacggaactcaacagggtattc
aaattcatttcgtcattgtgtgtttcagggggaaaaaaaaaaaaactctt
aatttccctatttttcttttataacctgtagaatagatctaataacttcg
gcctgatacattacatggattctgtggaaagtcttgatatgcgttatcaa
gtcaaatgtgaatcagttctttcgaatgaacttgagggaacaaatctgtg
aattgaaggagaacttttgaactcacatcaaaaaaacccacaaaacctta
tatatgaaagtggaatttttataatatctggtccaggtactccttcatcc
tgtattgatcacattaccagagggacctaaatgttgccagtgtttcttct
tctctctcagtgcagcgattagcttgtagtattaaagctatcttttagtt
ggtctttcgatctccattctcccttatggctgtccttcctgttttttcaa
tattattttattaaaagaagtaagtcaacttgtcatttaaaggtgcaaac
gagaataaggaacaatcttttgttgggtgtctttggtggtcatagcagca
aaatagagaagtagtaaaagcttagtattacttctgttaagttttggatt
ctggttttagacgtggctgatgtttgaaggggaaaatgagagtaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_16175291_16176230
seq2: B6Ng01-028K13.b_43_982

seq1  GAATTCAAACTAAAAGAGTAACTTTGCTTAACTATATATCTACCTTAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACTAAAAGAGTAACTTTGCTTAACTATATATCTACCTTAAGT  50

seq1  TTTAAGTGTAATGTCGTGTCATCAAATTAACTTGTACAAAATTTGACAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTGTAATGTCGTGTCATCAAATTAACTTGTACAAAATTTGACAGC  100

seq1  TCATAGGATGTGGAGGGTTGTTCAAAAGAATATAGTAGAACAGTTTGGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGGATGTGGAGGGTTGTTCAAAAGAATATAGTAGAACAGTTTGGCA  150

seq1  ATGATTTAATAAACAGCATATTCCCTGGAACTCTTGGCACTTTAGAGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTAATAAACAGCATATTCCCTGGAACTCTTGGCACTTTAGAGTGG  200

seq1  ATAAATGAAAAAAATCATGTTACACAAATGTTCATAGCCCGATTTGGTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGAAAAAAATCATGTTACACAAATGTTCATAGCCCGATTTGGTAA  250

seq1  CAGCCCTAAACTAAAAATAACCCATGTTCCTTCAGTGAGTGCTTAAATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCTAAACTAAAAATAACCCATGTTCCTTCAGTGAGTGCTTAAATAT  300

seq1  AAGGCCTATATTCTTGTCATATTCATCAATAAAATGAGAAATGATATGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCTATATTCTTGTCATATTCATCAATAAAATGAGAAATGATATGAA  350

seq1  TATATACAACTTAGATTAACCAACAGGGTTTTTTATTATGAGTGATAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACAACTTAGATTAACCAACAGGGTTTTTTATTATGAGTGATAATC  400

seq1  TAAAAATACACAGTATAGATTTCCTTTCAGGAAGAATTTTATAAAAATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATACACAGTATAGATTTCCTTTCAGGAAGAATTTTATAAAAATAA  450

seq1  AATTGATGGATAATAACATAGTGGAGATTAGTAAGCTGGGACCTGGGGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGATGGATAATAACATAGTGGAGATTAGTAAGCTGGGACCTGGGGTC  500

seq1  TGAGGCAAATCATTTAGCTCCAGAGAAATAATATGTAGGTGATGGGAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCAAATCATTTAGCTCCAGAGAAATAATATGTAGGTGATGGGAAAT  550

seq1  AGGATCAGCCACCAAATGCAGACACTATTGCACATGCCATCAAGATTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCAGCCACCAAATGCAGACACTATTGCACATGCCATCAAGATTTTG  600

seq1  CTGAAAGGACCCTGATATAGCTGTCTCGTGTAAGGCTATGCCAGTGCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGGACCCTGATATAGCTGTCTCGTGTAAGGCTATGCCAGTGCCTG  650

seq1  GCAAATACAGAAGTGGATGCTCACAGTCATCTATTGGATGGAACACAGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATACAGAAGTGGATGCTCACAGTCATCTATTGGATGGAACACAGGG  700

seq1  CCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTGAAGGGATCTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTGAAGGGATCTGC  750

seq1  AACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCCCAGAGCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCCCAGAGCTT  800

seq1  GTGTCTCTAGCTGCATATGTATCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCATTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTCTAGCTGCATATGTATCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCATTG  850

seq1  GGAAGTGAGGCCCCTTGGTCTTGCCAACTTTATATGCCTCAGTACAGGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTGAGGCCCCTTGGTCTTGCCAACTTTATATGCCTCAGTACAGGGG  900

seq1  AACGCCGGGGCCAAGAAGTGGGAGTAGGTGGGTAGGGGAA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCCGGGGCCAAGAAGTGGGAGTAGGTGGGTAGGGGAA  940

seq1: chr10_16312800_16313788
seq2: B6Ng01-028K13.g_64_1052 (reverse)

seq1  TCATTTTCCCCTTCAAACATCAGCCACTGTCTAAAATCAGAATCCAAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  TCATTTTCCCCTTCAAACATCAGCCAC-GTCTAAAACCAGAATCCAAAAC  49

seq1  TTAACAGAAGTAATTACTAAGCTTTTACTACTTCTCTATTTTGCTGCTGT  100
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTAACAGAAGTAA-TACTAAGCTTTTACTACTTCTCTATTTTGCTGCTAT  98

seq1  GACCACC-AAGGCACCCCAACAAAGATTGTTCCTTATTCTCGTTTGCACC  149
      ||||||| ||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACCAAAGACACCCAACAAAAGATTGTTCCTTATTCTCGTTTGCACC  148

seq1  TTT-AATGACAAGTTGACTTACTTCTTTTAATAAAATAATATTGAAAAAA  198
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATGACAAGTTGACTTACTTCTTTTAATAAAATAATATTGAAAAAA  198

seq1  CAGGAAGGACAGCCATAAGGGAGAATGGAGATCGAAAGACCAACTAAAAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGGACAGCCATAAGGGAGAATGGAGATCGAAAGACCAACTAAAAG  248

seq1  ATAGCTTTAATACTACAAGCTAATCGCTGCACTGAGAGAGAAGAAGAAAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTTTAATACTACAAGCTAATCGCTGCACTGAGAGAGAAGAAGAAAC  298

seq1  ACTGGCAACATTTAGGTCCCTCTGGTAATGTGATCAATACAGGATGAAGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCAACATTTAGGTCCCTCTGGTAATGTGATCAATACAGGATGAAGG  348

seq1  AGTACCTGGACCAGATATTATAAAAATTCCACTTTCATATATAAGGTTTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCTGGACCAGATATTATAAAAATTCCACTTTCATATATAAGGTTTT  398

seq1  GTGGGTTTTTTTGATGTGAGTTCAAAAGTTCTCCTTCAATTCACAGATTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTTTTTTTGATGTGAGTTCAAAAGTTCTCCTTCAATTCACAGATTT  448

seq1  GTTCCCTCAAGTTCATTCGAAAGAACTGATTCACATTTGACTTGATAACG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCTCAAGTTCATTCGAAAGAACTGATTCACATTTGACTTGATAACG  498

seq1  CATATCAAGACTTTCCACAGAATCCATGTAATGTATCAGGCCGAAGTTAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCAAGACTTTCCACAGAATCCATGTAATGTATCAGGCCGAAGTTAT  548

seq1  TAGATCTATTCTACAGGTTATAAAAGAAAAATAGGGAAATTAAGAGTTTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCTATTCTACAGGTTATAAAAGAAAAATAGGGAAATTAAGAGTTTT  598

seq1  TTTTTTTTTCCCCCTGAAACACACAATGACGAAATGAATTTGAATACCCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTCCCCCTGAAACACACAATGACGAAATGAATTTGAATACCCT  648

seq1  GTTGAGTTCCGTGGAGTTTTAGGGTCATTTCAACCTATTGTGTTGAAATG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGTTCCGTGGAGTTTTAGGGTCATTTCAACCTATTGTGTTGAAATG  698

seq1  CTCCTCCAACCCATTCCCTATAAATGTACATATTGAGGTTCTATCCCTCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCAACCCATTCCCTATAAATGTACATATTGAGGTTCTATCCCTCA  748

seq1  GAACTTCATGTAAAAGTGCCATTTCATACATAATTAGTCACAGTGAAGTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTCATGTAAAAGTGCCATTTCATACATAATTAGTCACAGTGAAGTC  798

seq1  ATATCAGAGCAGGGCTTGCAGCCCTGGTGACTAGTGGATGTATAAGAATG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAGAGCAGGGCTTGCAGCCCTGGTGACTAGTGGATGTATAAGAATG  848

seq1  GAAATGTAGACCTAGAAAGCCCAAGGAAGAAAAGGACATGCCAATGAGTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTAGACCTAGAAAGCCCAAGGAAGAAAAGGACATGCCAATGAGTG  898

seq1  CTGTGATAAGGATAGAGTTCTGGATGACAAGGTAAGCAGAGTGATGTCCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGATAAGGATAGAGTTCTGGATGACAAGGTAAGCAGAGTGATGTCCA  948

seq1  CATGCATGGCCCAAAAAAGAAGGTGCTGCTCCCTGGAATTC  989
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATGGCCCAAAAAAGAAGGTGCTGCTCCCTGGAATTC  989