BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042D11
Chromosome10 (Build37)
Map Location 63,962,709 - 64,093,932
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnna3
Upstream geneLrrtm3
Downstream geneLOC665206, LOC216036
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042D11.bB6Ng01-042D11.g
ACCDH868655DH868656
length1,2281,135
definitionDH868655|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042D11, 5' end.DH868656|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042D11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,092,696 - 64,093,932)(63,962,709 - 63,963,846)
sequence
gaattcttaccctttaaatttgaatgaagatattaaccgtctatctatag
gctcactagtgttccgtggtattccaatagatttcaatctattatcctta
cttcttctcacaacaaagttttataataaatattattagcatttgataaa
taagaaggcatattgctgtgctattaattggagttaatgaagcagatatg
tgattcaaaatcaggagatcataattttccagtatttttaggttaagtgt
tatcaaggaacagcaaggacacacctttggcatccagaagactacctgga
tgttacgctctcactccctgctaccataatgagtgattacagaaccttgt
catttcaaactctttacaaactagaaagtatgtcaattttccttctatta
tcaatgcagcttggatgagttctctgtgcaagagtcttggtgatcataat
tgtcttttctggggcttaatgcttatttcatatatactatatattatgac
tgggagatagatacatagttaatgaagtcactagggagagaaatcccaag
atctgcccactgccagctgccaatggtggaggtaccagtctccattctca
tggtaaaacatcaaagaatattaggtaaggcggtctttctcaagtagtgg
cagaaaaagaagggtcaagtcatatttcttctttgatttgttttacataa
acagtaatcagtggatcgaatgatgcctgagcacaatgaggactaaccat
tatctttgcagtactgattcaaatgctaatgtcatctagaaatactctct
cacgcaacctgtacataatgcttattctggtcagattattgactacacaa
gtggatacttaactttcacaggctgccatcaaatgcaatacatagtccta
cactgagcacaccagtcttcattttccttagtgagcataaggactgacca
taacttcttaccctgtcttactcaaaaattagtcaaatactttttttata
tctaacttccaaacccttgattgtaggaaaagaatctttaaaggaatata
tggaaaataatcttccttactaagagtaccatggagttcagaaccatcag
ccaccagtttcttcaagcacattctagattggcccacgaggcttctgagt
tgatactgtcagctatacaaatgaatgcttgtgcttgtgaatgaaattaa
tgggcaagggtttctgaggtggtatgta
gaattcttttgccaggcagtagtggcacacacctttaatctcagcacttg
ggagacagaggcaggtggatttctgagttcgaggccagcctggtctacag
agtgagttccaggagagccaggactatacagagaaaccctgtcttgaaaa
acaaaaaacaaaaacaacaacaacaacaaaaacaacaaaaagtgtctcct
tttgcctcaataaatgttttattctctctctgggatatttagatggtgag
acctacattagtcagaataccccagaagagcagatctgtagaatgaatat
atattagatggggtaacatcttcttaataagatttgtgtagtcctacagt
ggttgtctcatacaggagaacccaagaatgcagtagctgcccattccaca
aaggcagttgtctcaatagacatagctgctggaaagcttcatgtcttcac
aatacattggaagcccaaagaatcttgtgatatccgcgaaagaaagcccc
agtagcagcagcagccacagaatagatgatcttgcatgtcagaatgacaa
ggaagagaaatgtaatgtttcatccttcagttttctttcttccccttgtg
aaggagcacatctgatgcagatgtgcccagaagttttaattcagtacatt
ccagatgtggtcaacttgacaagcaagattaagggtcattagaagccagt
cagactggatttctataaaataaattaattgtgtaaataaaactgaattg
gaattaaactagaatgaggggctggagagaaggtgcatcaagattaaggg
tgcttaatgcttagttctcttttagaggacctaagtttgattcatatcac
tcacatttggcagcttctagccagttataagcagtgacaggggtatctga
cagctctgccttccttggtcacctgctgttatgtgcagagacacacagct
acatactgtagatacaagtctgccaaaaaatatatataaataaactcagt
tgaaaatactactcatcattattgatgctgaaaattttttctaataccaa
tatgggttatttaggctttattaattatttataataataaagttcaggtg
aataaaaactaaatatgagggtataaggtaggtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_64092696_64093932
seq2: B6Ng01-042D11.b_46_1273 (reverse)

seq1  TACATACACACCTACAGAAACACTTGCACATTAATTTTCATATCCACAAG  50
      ||||||| ||||| ||||||| ||||| |||||||||    || ||||||
seq2  TACATAC-CACCT-CAGAAACCCTTGCCCATTAATTT---CATTCACAAG  45

seq1  CAACAAGCATTCATTTGTATAGCTGACAGTATCAAACTACAGAAGCCTCG  100
      | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  C-ACAAGCATTCATTTGTATAGCTGACAGTATC-AACT-CAGAAGCCTCG  92

seq1  TTGGGCAA-CTAGAATGTGCCTATGAGATACTGGTGGCTGATGTTCCTGA  149
      | || ||| |||||||||| ||   ||| |||||||||||||| | ||||
seq2  TGGGCCAATCTAGAATGTG-CTTGAAGAAACTGGTGGCTGATGGTTCTGA  141

seq1  ACTCCATGGTAACTCTTAGTAAGGGAGATTATGTTCCATATATTCCTTTA  199
      |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACTCCATGGT-ACTCTTAGTAAGGAAGATTATTTTCCATATATTCCTTTA  190

seq1  AAGATTCTTTTCTTACAATCAAGGGTTTGGAAGTTAGATATAAAAAAAGT  249
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTCTTTTCCTACAATCAAGGGTTTGGAAGTTAGATATAAAAAAAGT  240

seq1  ATTTGACTAATTTTTGAGTAAGACAGGGTAAGAAGTTATGGTCAGTCCTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGACTAATTTTTGAGTAAGACAGGGTAAGAAGTTATGGTCAGTCCTT  290

seq1  ATGCTCACTAAGGAAAATGAAGACTGGTGTGCTCAGTGTAGGACTATGTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCACTAAGGAAAATGAAGACTGGTGTGCTCAGTGTAGGACTATGTA  340

seq1  TTGCATTTGATGGCAGCCTGTGAAAGTTAAGTATCCACTTGTGTAGTCAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATTTGATGGCAGCCTGTGAAAGTTAAGTATCCACTTGTGTAGTCAA  390

seq1  TAATCTGACCAGAATAAGCATTATGTACAGGTTGCCTGAGAGAGTATTTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TAATCTGACCAGAATAAGCATTATGTACAGGTTGCGTGAGAGAGTATTTC  440

seq1  TAGATGACATTAGCATTTGAATCAGTACTGCAAAGATAATGGTTAGTCCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGACATTAGCATTTGAATCAGTACTGCAAAGATAATGGTTAGTCCT  490

seq1  CATTGTGCTCAGGCATCATTCGATCCACTGATTACTGTTTATGTAAAACA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTGCTCAGGCATCATTCGATCCACTGATTACTGTTTATGTAAAACA  540

seq1  AATCAAAGAAGAAATATGACTTGACCCTTCTTTTTCTGCCACTACTTGAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAAGAAGAAATATGACTTGACCCTTCTTTTTCTGCCACTACTTGAG  590

seq1  AAAGACCGCCTTACCTAATATTCTTTGATGTTTTACCATGAGAATGGAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACCGCCTTACCTAATATTCTTTGATGTTTTACCATGAGAATGGAGA  640

seq1  CTGGTACCTCCACCATTGGCAGCTGGCAGTGGGCAGATCTTGGGATTTCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTACCTCCACCATTGGCAGCTGGCAGTGGGCAGATCTTGGGATTTCT  690

seq1  CTCCCTAGTGACTTCATTAACTATGTATCTATCTCCCAGTCATAATATAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTAGTGACTTCATTAACTATGTATCTATCTCCCAGTCATAATATAT  740

seq1  AGTATATATGAAATAAGCATTAAGCCCCAGAAAAGACAATTATGATCACC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATATATGAAATAAGCATTAAGCCCCAGAAAAGACAATTATGATCACC  790

seq1  AAGACTCTTGCACAGAGAACTCATCCAAGCTGCATTGATAATAGAAGGAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTCTTGCACAGAGAACTCATCCAAGCTGCATTGATAATAGAAGGAA  840

seq1  AATTGACATACTTTCTAGTTTGTAAAGAGTTTGAAATGACAAGGTTCTGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGACATACTTTCTAGTTTGTAAAGAGTTTGAAATGACAAGGTTCTGT  890

seq1  AATCACTCATTATGGTAGCAGGGAGTGAGAGCGTAACATCCAGGTAGTCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACTCATTATGGTAGCAGGGAGTGAGAGCGTAACATCCAGGTAGTCT  940

seq1  TCTGGATGCCAAAGGTGTGTCCTTGCTGTTCCTTGATAACACTTAACCTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGATGCCAAAGGTGTGTCCTTGCTGTTCCTTGATAACACTTAACCTA  990

seq1  AAAATACTGGAAAATTATGATCTCCTGATTTTGAATCACATATCTGCTTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACTGGAAAATTATGATCTCCTGATTTTGAATCACATATCTGCTTC  1040

seq1  ATTAACTCCAATTAATAGCACAGCAATATGCCTTCTTATTTATCAAATGC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACTCCAATTAATAGCACAGCAATATGCCTTCTTATTTATCAAATGC  1090

seq1  TAATAATATTTATTATAAAACTTTGTTGTGAGAAGAAGTAAGGATAATAG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATATTTATTATAAAACTTTGTTGTGAGAAGAAGTAAGGATAATAG  1140

seq1  ATTGAAATCTATTGGAATACCACGGAACACTAGTGAGCCTATAGATAGAC  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAATCTATTGGAATACCACGGAACACTAGTGAGCCTATAGATAGAC  1190

seq1  GGTTAATATCTTCATTCAAATTTAAAGGGTAAGAATTC  1237
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAATATCTTCATTCAAATTTAAAGGGTAAGAATTC  1228

seq1: chr10_63962709_63963846
seq2: B6Ng01-042D11.g_65_1199

seq1  GAATTCTTTTGCCAGGCAGTAGTGGCACACACCTTTAATCTCAGCACTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGCCAGGCAGTAGTGGCACACACCTTTAATCTCAGCACTTG  50

seq1  GGAGACAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAG  100

seq1  AGTGAGTTCCAGGAGAGCCAGGACTATACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTTCCAGGAGAGCCAGGACTATACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAA  150

seq1  ACAAAAAACAAAAACAACAACAACAACAAAAACAACAAAAAGTGTCTCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAAACAAAAACAACAACAACAACAAAAACAACAAAAAGTGTCTCCT  200

seq1  TTTGCCTCAATAAATGTTTTATTCTCTCTCTGGGATATTTAGATGGTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTCAATAAATGTTTTATTCTCTCTCTGGGATATTTAGATGGTGAG  250

seq1  ACCTACATTAGTCAGAATACCCCAGAAGAGCAGATCTGTAGAATGAATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACATTAGTCAGAATACCCCAGAAGAGCAGATCTGTAGAATGAATAT  300

seq1  ATATTAGATGGGGTAACATCTTCTTAATAAGATTTGTGTAGTCCTACAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAGATGGGGTAACATCTTCTTAATAAGATTTGTGTAGTCCTACAGT  350

seq1  GGTTGTCTCATACAGGAGAACCCAAGAATGCAGTAGCTGCCCATTCCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTCTCATACAGGAGAACCCAAGAATGCAGTAGCTGCCCATTCCACA  400

seq1  AAGGCAGTTGTCTCAATAGACATAGCTGCTGGAAAGCTTCATGTCTTCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGTTGTCTCAATAGACATAGCTGCTGGAAAGCTTCATGTCTTCAC  450

seq1  AATACATTGGAAGCCCAAAGAATCTTGTGATATCCGCGAAAGAAAGCCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATTGGAAGCCCAAAGAATCTTGTGATATCCGCGAAAGAAAGCCCC  500

seq1  AGTAGCAGCAGCAGCCACAGAATAGATGATCTTGCATGTCAGAATGACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCAGCAGCAGCCACAGAATAGATGATCTTGCATGTCAGAATGACAA  550

seq1  GGAAGAGAAATGTAATGTTTCATCCTTCAGTTTTCTTTCTTCCCCTTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGAAATGTAATGTTTCATCCTTCAGTTTTCTTTCTTCCCCTTGTG  600

seq1  AAGGAGCACATCTGATGCAGATGTGCCCAGAAGTTTTAATTCAGTACATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGCACATCTGATGCAGATGTGCCCAGAAGTTTTAATTCAGTACATT  650

seq1  CCAGATGTGGTCAACTTGACAAGCAAGATTAAGGGTCATTAGAAGCCAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGTGGTCAACTTGACAAGCAAGATTAAGGGTCATTAGAAGCCAGT  700

seq1  CAGACTGGATTTCTATAAAATAAATTAATTGTGTAAATAAAACTGAATTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGGATTTCTATAAAATAAATTAATTGTGTAAATAAAACTGAATTG  750

seq1  GAATTAAACTAGAATGAGGGGCTGGAGAGAAGGTGCATCAAGATTAAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAAACTAGAATGAGGGGCTGGAGAGAAGGTGCATCAAGATTAAGGG  800

seq1  TGCTTAATGCTTAGTTCTCTTTTAGAGGACCTAAGTTTGATTCATATCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAATGCTTAGTTCTCTTTTAGAGGACCTAAGTTTGATTCATATCAC  850

seq1  TCACATTTGGCAGCTTCTAGCCAGTTATAAGCAGTGACAGGGGTATCTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTTGGCAGCTTCTAGCCAGTTATAAGCAGTGACAGGGGTATCTGA  900

seq1  CAGCTCTGCCTTCCTTGGTCACCTGCTGTTATGTGCAGAGACACACAGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTGCCTTCCTTGGTCACCTGCTGTTATGTGCAGAGACACACAGCT  950

seq1  ACATACTGTAAGATACAAGTCTGCCAAAAAATTATATATAAATAAAACTC  1000
      ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  ACATACTGT-AGATACAAGTCTGCCAAAAAA-TATATATAAAT-AAACTC  997

seq1  AGTGGAAAATACTACTCATCATTATTGATGCTGAAAATTATTTTCT-ATA  1049
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  AGTTGAAAATACTACTCATCATTATTGATGCTGAAAATT-TTTTCTAATA  1046

seq1  CC-ATATGGTTATTTTAGCCTTTATTAAATATTTATAATAATAAAGTTCA  1098
      || |||||| |  ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCAATATGGGTTATTTAGGCTTTATTAATTATTTATAATAATAAAGTTCA  1096

seq1  AGTGAATAGAAACTAAATATAGAGGTATAAGGGTAGGTGG  1138
       ||||||| |||||||||||   ||||||| |||||||||
seq2  GGTGAATAAAAACTAAATATGAGGGTATAA-GGTAGGTGG  1135