BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042H23
Chromosome10 (Build37)
Map Location 74,264,720 - 74,397,953
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG630453, EG623346
Upstream genePcdh15
Downstream geneGnaz, LOC100040057, Rab36, Bcr, Specc1l, LOC100040670, Adora2a, EG544707, Upb1, 1110038D17Rik, Snrpd3, AI646023, Ggt1, Ggtla1, Susd2, Cabin1, Ddt, Gstt3, Gstt1, Gstt4, Gstt2, Mif, Derl3, Smarcb1, Mmp11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042H23.bB6Ng01-042H23.g
ACCDH868858DH868859
length1,1621,133
definitionDH868858|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042H23, 5' end.DH868859|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042H23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,264,720 - 74,265,893)(74,396,820 - 74,397,953)
sequence
gaattctttgttcagttctgagccccattttttaatggggttatttgatt
ttctgaagtccaccttcttgagttctttatatatgttggatattagtccc
ctatctgatttaggataggtaaagatcctttcccaatctgttggtggtct
ttttgtcttattgacggtgtcttttgccttgcagaaactttggagtttca
ttaggtcccatttgtcaattctcgatcttacggagcaagccattgctgtt
ctgttcaggaatttttcccctgtacccatatcttcaaggcttttccccac
tttctcctctataagtttcagtgtctctggttttatgtgaagttccttga
tccacttagatttgaccttagtacaaggagataagtatggatcgattcgc
attcttctacatgataacaaccagttgtgccagcaccaattgttgaaaat
gctgtctttcttccactggatggttttagctcgacaagggtgaattcttg
atggctgatcttggttgtcaacgtgactacatctggaaattaactgaaac
ccatgttgctgagcatgcctctgagggattttctcatcagattatttgag
atgggaagactcacaatagatctagacctcaccttctagaggcagttcct
ggaaaaggacatttgctttcggcctacttgtctgccctctagctggcaag
tttgaatgtgaccaacataagctaatggcttttaagatgatagaggataa
gaaagagaaatcaatacaatctttatcagggagtgcattacaagaatttt
gtttattaaaaaaaagggggggctggtgagatggctcagtgggtaagagc
acctgactgctcttccaggctgctcttccgaaggtccgagttcaaatccc
agcaaccacatggtggctcacaccatccgtaacaagatctgactccctct
tctggagtgtctgcagacagctacgtgtacttacaaataaataaataaat
cttttattttaaaaagattgactaaaatgcatgtagtaagtttgtgtgtg
tggcattaaaagctatcatttatccatgattctttggaaagaagacagaa
attaatgttcttctcagaactattactaggattctccaacatagcgaatg
ggaatatatatt
gaattcaacggatgcatgaacagctttgcccacgccaccacattttggca
ctggagcacagtagctgtgtgaacaaacacgtttgcaaagccaggtggcc
acactgggatacaacaggagcacacaagtgtgcctgcactgccacatggt
ggtactggaccacagcagatgtgaacaagcatgcacaaactgccacaaag
gtgcaagcaggcaatgctgggacatgataagcgagtgactggccatgcct
gtgccaccacatggcatggctgggataggacagccacacaaacagccgtt
tgtggcgttgctgagacacagcaagcatgcaaacatatgagcttgtgctg
ctgtgctggcagcactgtgacacagtagctgtgaacaggtgtgtctgggc
cacccggaagtagtgatagaggtacggcaggtgtgcaaacaggcaagcca
gtggcactgggtggtggcactgggacacagtgggcacacactcggacata
cttgcgccaccgtgtggcacagacctgacacacccacgcaccacatggtg
gacgtgcacacagacctgtgccaccacgtgctggcactagggcctcttca
ggttcccagacgtgttctgtgacattgcatggtggctgtggatttggccc
ttgtgtaaacagttaatatacacgccaccacatgtcaccactgggatagg
ggatgtatgtaaacaggcatgtacctaccacatggttggatatggcagaa
aaccaaacacatccgtccctgtggccatgaggcagtgctgtgacatagca
tatgcaaataagcatgtctgtgccgctacaaagcagtgacaggacatggc
aagcgtacaaacaagcacacatgtgctgccaggttctgggacacacactt
gtacacatgtgtacaaatgtactcgtgctaccaaatggcagcactggaca
gggtaggcaggtaacagatatgctgttccatgacaatgccatctctggga
tattggcagacagtggatggcacgcatgcgagaagtatggctgtgtgctc
cacttggaatgatgagagatggccgcaatgcttcgcactcacaggcagca
ctgctgaaaccagcgaacgttagcaaacctgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_74264720_74265893
seq2: B6Ng01-042H23.b_28_1189

seq1  GAATTCTTTGTTCAGTTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGGGTTATTTGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTCAGTTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGGGTTATTTGATT  50

seq1  TTCTGAAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATGTTGGATATTAGTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATGTTGGATATTAGTCCC  100

seq1  CTATCTGATTTAGGATAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGATTTAGGATAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGTCT  150

seq1  TTTTGTCTTATTGACGGTGTCTTTTGCCTTGCAGAAACTTTGGAGTTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCTTATTGACGGTGTCTTTTGCCTTGCAGAAACTTTGGAGTTTCA  200

seq1  TTAGGTCCCATTTGTCAATTCTCGATCTTACGGAGCAAGCCATTGCTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTCCCATTTGTCAATTCTCGATCTTACGGAGCAAGCCATTGCTGTT  250

seq1  CTGTTCAGGAATTTTTCCCCTGTACCCATATCTTCAAGGCTTTTCCCCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCAGGAATTTTTCCCCTGTACCCATATCTTCAAGGCTTTTCCCCAC  300

seq1  TTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGAAGTTCCTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGAAGTTCCTTGA  350

seq1  TCCACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAAGTATGGATCGATTCGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAAGTATGGATCGATTCGC  400

seq1  ATTCTTCTACATGATAACAACCAGTTGTGCCAGCACCAATTGTTGAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCTACATGATAACAACCAGTTGTGCCAGCACCAATTGTTGAAAAT  450

seq1  GCTGTCTTTCTTCCACTGGATGGTTTTAGCTCGACAAGGGTGAATTCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCTTTCTTCCACTGGATGGTTTTAGCTCGACAAGGGTGAATTCTTG  500

seq1  ATGGCTGATCTTGGTTGTCAACGTGACTACATCTGGAAATTAACTGAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGATCTTGGTTGTCAACGTGACTACATCTGGAAATTAACTGAAAC  550

seq1  CCATGTTGCTGAGCATGCCTCTGAGGGATTTTCTCATCAGATTATTTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTGCTGAGCATGCCTCTGAGGGATTTTCTCATCAGATTATTTGAG  600

seq1  ATGGGAAGACTCACAATAGATCTAGACCTCACCTTCTAGAGGCAGTTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAAGACTCACAATAGATCTAGACCTCACCTTCTAGAGGCAGTTCCT  650

seq1  GGAAAAGGACATTTGCTTTCGGCCTACTTGTCTGCCCTCTAGCTGGCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGGACATTTGCTTTCGGCCTACTTGTCTGCCCTCTAGCTGGCAAG  700

seq1  TTTGAATGTGACCAACATAAGCTAATGGCTTTTAAGATGATAGAGGATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATGTGACCAACATAAGCTAATGGCTTTTAAGATGATAGAGGATAA  750

seq1  GAAAGAGAAATCAATACAATCTTTATCAGGGAGTGCATTACAAGAATTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGAAATCAATACAATCTTTATCAGGGAGTGCATTACAAGAATTTT  800

seq1  GTTTATTAAAAAAAAGGGGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTAAAAAAAAGGGGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGC  850

seq1  ACCTGACTGCTCTTCCAGGCTGCTCTTCCGAAGGTCCGAGTTCAAATCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGACTGCTCTTCCAGGCTGCTCTTCCGAAGGTCCGAGTTCAAATCCC  900

seq1  AGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCGTAACAAGATCTGACTCCCTC  950
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACCACATGGTGGCTCAC-ACCATCCGTAACAAGATCTGACTCCCTC  949

seq1  TTCTGGAGTGTCTGCAGACAGCTACAGTGTACTTACAAATAAATAAATAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAGTGTCTGCAGACAGCTAC-GTGTACTTACAAATAAATAAATAA  998

seq1  ATC-TTTATTTTAAAAAAAGAATTTTGACTAAAATGCATGTAGTA--TGT  1047
      ||| ||||||||||||| |     |||||||||||||||||||||  | |
seq2  ATCTTTTATTTTAAAAAGA-----TTGACTAAAATGCATGTAGTAAGTTT  1043

seq1  GTGTGTGTGGCATTAAAAGGCTATCATTTATCCATTGATCTTATGAAAAG  1097
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  | || ||||
seq2  GTGTGTGTGGCATTAAAA-GCTATCATTTATCCA-TGATTCTTTGGAAAG  1091

seq1  AAAAACAGAAATAAATGTTCTTCTCAGTAACTATTTACTAAGTATTCTCC  1147
       || |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||
seq2  -AAGACAGAAATTAATGTTCTTCTCAG-AACTA-TTACT-AGGATTCTCC  1137

seq1  AAACAATAGCAGATGGGAATATATATT  1174
      ||   |||||  |||||||||||||||
seq2  AA--CATAGCGAATGGGAATATATATT  1162

seq1: chr10_74396820_74397953
seq2: B6Ng01-042H23.g_70_1202 (reverse)

seq1  AACAGGTTTGCTTACGTGTCTGCTGTGTTTCAGCAGTGCTGCCTGGTGGT  50
      |||||||||||| |||| || |||| |||||||||||||||||||   ||
seq2  AACAGGTTTGCTAACGT-TC-GCTG-GTTTCAGCAGTGCTGCCTGTGAGT  47

seq1  GCG-AGCATGCCGGCCATCTCTCATCATTCCAAGTGGGG--CACAGGCAT  97
      ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||
seq2  GCGAAGCATTGCGGCCATCTCTCATCATTCCAAGTGGAGCACACAGCCAT  97

seq1  ACATCTTCGCATGCGTGCCATCACATGTCTGCC-ATATCCCAGAGATGGC  146
      || || ||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACTTC-TCGCATGCGTGCCATCCACTGTCTGCCAATATCCCAGAGATGGC  146

seq1  A-TGTCATGGAACAGGCATATCTGTTTACCTGCCTACCCTGTCCAGTGCT  195
      | |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCATGGAACA-GCATATCTG-TTACCTGCCTACCCTGTCCAGTGCT  194

seq1  GCCATTTGGTAGCACGAGTACATTTGTACACATGTGTACAAGTGTGTGTC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTTGGTAGCACGAGTACATTTGTACACATGTGTACAAGTGTGTGTC  244

seq1  CCAGAACCTGGCAGCACATGTGTGCTTGTTTGTACGCTTGCCATGTCCTG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAACCTGGCAGCACATGTGTGCTTGTTTGTACGCTTGCCATGTCCTG  294

seq1  TCACTGCTTTGTAGCGGCACAGACATGCTTATTTGCATATGCTATGTCAC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGCTTTGTAGCGGCACAGACATGCTTATTTGCATATGCTATGTCAC  344

seq1  AGCACTGCCTCATGGCCACAGGGACGGATGTGTTTGGTTTTCTGCCATAT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGCCTCATGGCCACAGGGACGGATGTGTTTGGTTTTCTGCCATAT  394

seq1  CCAACCATGTGGTAGGTACATGCCTGTTTACATACATCCCCTATCCCAGT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCATGTGGTAGGTACATGCCTGTTTACATACATCCCCTATCCCAGT  444

seq1  GGTGACATGTGGTGGCGTGTATATTAACTGTTTACACAAGGGCCAAATCC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACATGTGGTGGCGTGTATATTAACTGTTTACACAAGGGCCAAATCC  494

seq1  ACAGCCACCATGCAATGTCACAGAACACGTCTGGGAACCTGAAGAGGCCC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCACCATGCAATGTCACAGAACACGTCTGGGAACCTGAAGAGGCCC  544

seq1  TAGTGCCAGCACGTGGTGGCACAGGTCTGTGTGCACGTCCACCATGTGGT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCCAGCACGTGGTGGCACAGGTCTGTGTGCACGTCCACCATGTGGT  594

seq1  GCGTGGGTGTGTCAGGTCTGTGCCACACGGTGGCGCAAGTATGTCCGAGT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGGGTGTGTCAGGTCTGTGCCACACGGTGGCGCAAGTATGTCCGAGT  644

seq1  GTGTGCCCACTGTGTCCCAGTGCCACCACCCAGTGCCACTGGCTTGCCTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCCCACTGTGTCCCAGTGCCACCACCCAGTGCCACTGGCTTGCCTG  694

seq1  TTTGCACACCTGCCGTACCTCTATCACTACTTCCGGGTGGCCCAGACACA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCACACCTGCCGTACCTCTATCACTACTTCCGGGTGGCCCAGACACA  744

seq1  CCTGTTCACAGCTACTGTGTCACAGTGCTGCCAGCACAGCAGCACAAGCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCACAGCTACTGTGTCACAGTGCTGCCAGCACAGCAGCACAAGCT  794

seq1  CATATGTTTGCATGCTTGCTGTGTCTCAGCAACGCCACAAACGGCTGTTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTTTGCATGCTTGCTGTGTCTCAGCAACGCCACAAACGGCTGTTT  844

seq1  GTGTGGCTGTCCTATCCCAGCCATGCCATGTGGTGGCACAGGCATGGCCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCTGTCCTATCCCAGCCATGCCATGTGGTGGCACAGGCATGGCCA  894

seq1  GTCACTCGCTTATCATGTCCCAGCATTGCCTGCTTGCACCTTTGTGGCAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTCGCTTATCATGTCCCAGCATTGCCTGCTTGCACCTTTGTGGCAG  944

seq1  TTTGTGCATGCTTGTTCACATCTGCTGTGGTCCAGTACCACCATGTGGCA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGCATGCTTGTTCACATCTGCTGTGGTCCAGTACCACCATGTGGCA  994

seq1  GTGCAGGCACACTTGTGTGCTCCTGTTGTATCCCAGTGTGGCCACCTGGC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGGCACACTTGTGTGCTCCTGTTGTATCCCAGTGTGGCCACCTGGC  1044

seq1  TTTGCAAACGTGTTTGTTCACACAGCTACTGTGCTCCAGTGCCAAAATGT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAAACGTGTTTGTTCACACAGCTACTGTGCTCCAGTGCCAAAATGT  1094

seq1  GGTGGCGTGGGCAAAGCTGTTCATGCATCCGTTGAATTC  1134
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCGTGGGCAAAGCTGTTCATGCATCCGTTGAATTC  1133