BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-048I17
Chromosome10 (Build37)8 (Build37)
Map Location 72,001,084 - 72,002,15430,241,613 - 30,242,595
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneLOC216081, EG216082, LOC622812, EG327767, 1700049L16Rik, LOC100040505
Downstream geneZwint, LOC432471, LOC544705, LOC100039981
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-048I17.bB6Ng01-048I17.g
ACCDH873071DH873072
length1,061972
definitionDH873071|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048I17, 5' end.DH873072|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048I17, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,001,084 - 72,002,154)(30,241,613 - 30,242,595)
sequence
gaattctccctaaagtggagcaaaatgataaaagcatacatcactatgag
tttaaaatatttcttattttgtagattagaagctccctatgaacattcac
aacacatacaatatcaactgctgtcttgatcagctttcgcacttgaaggt
atgcattttggattcaggataatgtactagtgacttttctagccacaggg
gaaggagaatataatgctgagtttcagctgtttaaacagtttaacacttt
aaaaaatatttcctgcttagatagtttttttttctttaaagactgcacaa
ctcatttgcccattttcaagatcacagttgtcagaaatttcatattatgt
tttctccctttcataataatcagagaagccccaattaagagaggaaccaa
ttgtgtgatttcttacagtcggttctaccttgtcataaatgagtgcctat
gaaaatagacagtatacataaaatggtgctaggtactgcagttttgtact
gtttccttaagccagctctggaacccaaagtgcatgccctcaggaactta
tcttgacctagacatcacactgatttcaaatgtatcaagtatattcacac
ggcaagtttgaatatacacaacaaaaaattttgaggtccataccgatgtc
ttcactaaccatgagaattacagaagcggggagttttcggtaacctgaaa
gcaagaggtgtgttgccagtgttataaattctcatatcaaggtgatccag
ggatgttaaatgtgctgtgagaagctacaagtgaaaggagatttttaaag
caagatcttccttcttttgggtagcaaatgtaacataaaggtattttatc
taaattaataaataaatggtcccaagtggaaatatttcaaattatctata
cctatgcactatgcatttcaatcattttgtgtcatatatgtcaatggaca
ttttacacatcatcatataaacaatcaatttaaatgctccaaacacattt
atttgattcctttcttcctaaccattattgctctgaagcattattttaac
aaacttcaagt
gaattcttaatgttcttcatgtcctaggccctgtaggtttttaagtaatg
tcacatcttgtcatttagaaaatgacaaccctaaaggctgggtatgatac
ataagtctgtttaggaaatttatgatatcaaaattggatttgaggcctta
gaagggtatcatccttgtgttctccacttcactcggttctgaaagattag
agatggaactagagcatcaacaccctgaggatttaggctcagtgtatgag
ggatgtgatacctgaatctcacactggaagaacaggggatatcccatcat
gcagctcttcaggcctaagcaggatgttctttcagtggggaattctgtag
aagggctgtgtgtgtgtgtgtgtttctcttttacccttacagtgtgttct
cctaatcttatgaataaaactttattgagcatcacaatgccggagcacgc
tagaagctgagcaggaaaaatgaagacaggcaacgaagggagaggtcgaa
gcagacggtcagaaagcagaagacacacattgaaaggcagtgtgtgcata
gcttgatttgtcataaataaataaataaataaataagcagaagactttcc
agagcccaaagtacaggatttccagtggggaagaaatgagacacagcaca
tcagtacacaaacacattgatctaaaggtgacgtcctctctccctaatgt
cccctgggaacatgcagagggcctagtacagtggagagctctgggtgatg
gcaaatgcttacccgtgtttggcttgaaaggaagggatagatccccgatg
tagcatcatctttaatttgttgtgaaatttagccgtagtggagctataat
gagcattgccccagctggatgacttattgggagaaatttgtctgaatagt
gagatagccagccatgtatctaagatggcaagcatgcaggtgtatacctt
agagcctcagcggaagatgaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_72001084_72002154
seq2: B6Ng01-048I17.b_40_1100 (reverse)

seq1  ACTTGAGGTTTGTTTAAAAATAATGCTTCAGAGCAATAATGGGTTAGGAA  50
      |||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACTTGAAGTTTGTT--AAAATAATGCTTCAGAGCAATAAT-GGTTAGGAA  47

seq1  AGGAAAAGAAATCAAAATAAAATGTGTATGGGAGCATTTAAATTTGATTG  100
          |||| |||||||   |||||||| | |||||||||||| |||||||
seq2  ---GAAAGGAATCAAA--TAAATGTGT-TTGGAGCATTTAAA-TTGATTG  90

seq1  TGTATATGATGATGTGTAAAATGTCCATTGACATATATGACACAAAATGA  150
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATGATGATGTGTAAAATGTCCATTGACATATATGACACAAAATGA  140

seq1  TTGAAATGCATAGTGCATAGGTATAGATAATTTGAAATATTTCCACTTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATGCATAGTGCATAGGTATAGATAATTTGAAATATTTCCACTTGG  190

seq1  GACCATTTATTTATTAATTTAGATAAAATACCTTTATGTTACATTTGCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATTTATTTATTAATTTAGATAAAATACCTTTATGTTACATTTGCTA  240

seq1  CCCAAAAGAAGGAAGATCTTGCTTTAAAAATCTCCTTTCACTTGTAGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAAGAAGGAAGATCTTGCTTTAAAAATCTCCTTTCACTTGTAGCTT  290

seq1  CTCACAGCACATTTAACATCCCTGGATCACCTTGATATGAGAATTTATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGCACATTTAACATCCCTGGATCACCTTGATATGAGAATTTATAA  340

seq1  CACTGGCAACACACCTCTTGCTTTCAGGTTACCGAAAACTCCCCGCTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGCAACACACCTCTTGCTTTCAGGTTACCGAAAACTCCCCGCTTCT  390

seq1  GTAATTCTCATGGTTAGTGAAGACATCGGTATGGACCTCAAAATTTTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTCTCATGGTTAGTGAAGACATCGGTATGGACCTCAAAATTTTTTG  440

seq1  TTGTGTATATTCAAACTTGCCGTGTGAATATACTTGATACATTTGAAATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTATATTCAAACTTGCCGTGTGAATATACTTGATACATTTGAAATC  490

seq1  AGTGTGATGTCTAGGTCAAGATAAGTTCCTGAGGGCATGCACTTTGGGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGATGTCTAGGTCAAGATAAGTTCCTGAGGGCATGCACTTTGGGTT  540

seq1  CCAGAGCTGGCTTAAGGAAACAGTACAAAACTGCAGTACCTAGCACCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCTGGCTTAAGGAAACAGTACAAAACTGCAGTACCTAGCACCATT  590

seq1  TTATGTATACTGTCTATTTTCATAGGCACTCATTTATGACAAGGTAGAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTATACTGTCTATTTTCATAGGCACTCATTTATGACAAGGTAGAAC  640

seq1  CGACTGTAAGAAATCACACAATTGGTTCCTCTCTTAATTGGGGCTTCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTGTAAGAAATCACACAATTGGTTCCTCTCTTAATTGGGGCTTCTCT  690

seq1  GATTATTATGAAAGGGAGAAAACATAATATGAAATTTCTGACAACTGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATTATGAAAGGGAGAAAACATAATATGAAATTTCTGACAACTGTGA  740

seq1  TCTTGAAAATGGGCAAATGAGTTGTGCAGTCTTTAAAGAAAAAAAAACTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAAATGGGCAAATGAGTTGTGCAGTCTTTAAAGAAAAAAAAACTA  790

seq1  TCTAAGCAGGAAATATTTTTTAAAGTGTTAAACTGTTTAAACAGCTGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGCAGGAAATATTTTTTAAAGTGTTAAACTGTTTAAACAGCTGAAA  840

seq1  CTCAGCATTATATTCTCCTTCCCCTGTGGCTAGAAAAGTCACTAGTACAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCATTATATTCTCCTTCCCCTGTGGCTAGAAAAGTCACTAGTACAT  890

seq1  TATCCTGAATCCAAAATGCATACCTTCAAGTGCGAAAGCTGATCAAGACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTGAATCCAAAATGCATACCTTCAAGTGCGAAAGCTGATCAAGACA  940

seq1  GCAGTTGATATTGTATGTGTTGTGAATGTTCATAGGGAGCTTCTAATCTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTGATATTGTATGTGTTGTGAATGTTCATAGGGAGCTTCTAATCTA  990

seq1  CAAAATAAGAAATATTTTAAACTCATAGTGATGTATGCTTTTATCATTTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAAGAAATATTTTAAACTCATAGTGATGTATGCTTTTATCATTTT  1040

seq1  GCTCCACTTTAGGGAGAATTC  1071
      |||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCACTTTAGGGAGAATTC  1061

seq1: chr8_30241613_30242595
seq2: B6Ng01-048I17.g_69_1040 (reverse)

seq1  GTTCATCTTTCCGCTGAGGCTCTAAGGTAATACACCCTGCATGCTTTGCC  50
      ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||   |
seq2  GTTCATC-TTCCGCTGAGGCTCTAAGGT-ATACA-CCTGCATGCTT--GC  45

seq1  CATCTTAAGATACATGGCTGGCTATCTCCACTAATTCAGACAAATTTCTC  100
      |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| 
seq2  CATCTT-AGATACATGGCTGGCTATCT-CACT-ATTCAGACAAATTTCT-  91

seq1  CCCAATAAGTCATTCCAGCTGGGGGCAATGCTCATTATAGCTCCACTACG  150
      |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATAAGTCA-TCCAGCT-GGGGCAATGCTCATTATAGCTCCACTACG  139

seq1  GCTAAATTTCACAACAAATTAAAGATGATGCTACATCGGGGATCTATCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAATTTCACAACAAATTAAAGATGATGCTACATCGGGGATCTATCCC  189

seq1  TTCCTTTCAAGCCAAACACGGGTAAGCATTTGCCATCACCCAGAGCTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTCAAGCCAAACACGGGTAAGCATTTGCCATCACCCAGAGCTCTC  239

seq1  CACTGTACTAGGCCCTCTGCATGTTCCCAGGGGACATTAGGGAGAGAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTACTAGGCCCTCTGCATGTTCCCAGGGGACATTAGGGAGAGAGGA  289

seq1  CGTCACCTTTAGATCAATGTGTTTGTGTACTGATGTGCTGTGTCTCATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCACCTTTAGATCAATGTGTTTGTGTACTGATGTGCTGTGTCTCATTT  339

seq1  CTTCCCCACTGGAAATCCTGTACTTTGGGCTCTGGAAAGTCTTCTGCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCACTGGAAATCCTGTACTTTGGGCTCTGGAAAGTCTTCTGCTTA  389

seq1  TTTATTTATTTATTTATTTATGACAAATCAAGCTATGCACACACTGCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTATTTATTTATTTATGACAAATCAAGCTATGCACACACTGCCTT  439

seq1  TCAATGTGTGTCTTCTGCTTTCTGACCGTCTGCTTCGACCTCTCCCTTCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGTGTGTCTTCTGCTTTCTGACCGTCTGCTTCGACCTCTCCCTTCG  489

seq1  TTGCCTGTCTTCATTTTTCCTGCTCAGCTTCTAGCGTGCTCCGGCATTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTGTCTTCATTTTTCCTGCTCAGCTTCTAGCGTGCTCCGGCATTGT  539

seq1  GATGCTCAATAAAGTTTTATTCATAAGATTAGGAGAACACACTGTAAGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTCAATAAAGTTTTATTCATAAGATTAGGAGAACACACTGTAAGGG  589

seq1  TAAAAGAGAAACACACACACACACACAGCCCTTCTACAGAATTCCCCACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGAGAAACACACACACACACACAGCCCTTCTACAGAATTCCCCACT  639

seq1  GAAAGAACATCCTGCTTAGGCCTGAAGAGCTGCATGATGGGATATCCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAACATCCTGCTTAGGCCTGAAGAGCTGCATGATGGGATATCCCCT  689

seq1  GTTCTTCCAGTGTGAGATTCAGGTATCACATCCCTCATACACTGAGCCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTCCAGTGTGAGATTCAGGTATCACATCCCTCATACACTGAGCCTA  739

seq1  AATCCTCAGGGTGTTGATGCTCTAGTTCCATCTCTAATCTTTCAGAACCG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTCAGGGTGTTGATGCTCTAGTTCCATCTCTAATCTTTCAGAACCG  789

seq1  AGTGAAGTGGAGAACACAAGGATGATACCCTTCTAAGGCCTCAAATCCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGTGGAGAACACAAGGATGATACCCTTCTAAGGCCTCAAATCCAA  839

seq1  TTTTGATATCATAAATTTCCTAAACAGACTTATGTATCATACCCAGCCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATATCATAAATTTCCTAAACAGACTTATGTATCATACCCAGCCTT  889

seq1  TAGGGTTGTCATTTTCTAAATGACAAGATGTGACATTACTTAAAAACCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTTGTCATTTTCTAAATGACAAGATGTGACATTACTTAAAAACCTA  939

seq1  CAGGGCCTAGGACATGAAGAACATTAAGAATTC  983
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCCTAGGACATGAAGAACATTAAGAATTC  972