BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054J17
Chromosome10 (Build37)
Map Location 59,922,170 - 60,069,739
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh23
Upstream geneLOC100039225, Cbara1, EG664907, LOC664936, Dnajb12, Ddit4, D10Ertd641e, Ascc1, Spock2, Chst3, LOC100039080, Psap, 4632428N05Rik
Downstream geneSlc29a3, Unc5b, Pcbd1, Sgpl1, 1700021K02Rik, Adamts14, Prf1, EG237361, X99384, Nodal, Eif4ebp2, D830039M14Rik, Lrrc20, Npffr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054J17.bB6Ng01-054J17.g
ACCDH877305DH877306
length1,094985
definitionDH877305|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054J17, 5' end.DH877306|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054J17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,922,170 - 59,923,286)(60,068,742 - 60,069,739)
sequence
gaattctaggttaaggcagtacaggggccttagaagtctgggttcgcgag
caactgcacaagccccaaaccctatagcaccctctctctgcctcttccca
gaatcttgtcctgtccccccggctctgctagcctcatctgtgtttggcgc
cttgaggccgggtgttgggctcctgtgcctacattggcaaggctcagtgt
gcatagggagcctggagcctggggagccagagtggaaggaggggcaggta
gagctccggagacccaaagcgtggcagccagtgctttcaagctgcttgga
caatcatagctgtcacccacccaaggcactccaggtacgagctgttctgt
ctcatgtttaaaattacttatttttatgtgtaggggtgttttcctgcatg
tatgcctatgcactgagtccccatggaggccaccaaaggatgttggatcc
ccttgaactggagtcacagatggttgtgagccaccatgtgggtgctggga
attgaactcaggtcctctggaagagcagccagtgctcttaagcactgagc
catctctccagccctgttctgtctcttaactataagatgagttttcgttc
atcacccccacagtacattatggagtctgggggaccaggacacagctaag
cacctacttggggtcaggctcagccatcagcaaagcttggacagaaacct
agtactctggtttcagagccttgttctaagccagcatcctcctgcagtag
ctgttgtagttctagaaagccccccacggaagctatggggcaatgtgtcc
tcctcctgggaacagagggatggggaggacctagggtgagttttagggag
caccatctgatgtagaggcaagggatggcctccctagattctgtatctgg
gctctaagttcaattgcttgggctcaacagatggtgggctgggcagcatg
ggtgctgcagtcacagagctgagccagccttgcagctgataggagagacc
ctgctgaatggaagtcagctctcaaagctgactataccgattgaagtgct
tcacaagccagcctgggcatgaatcacttcttgagattgtgaag
gaattccttactttctggtcatctcatactctacctgctgtttctgaaca
ggaaggaaaaaaaaagtcttcctgttccctgagtatggcatctttgaaat
tgtgaggggcatctaggcagtctagtttccaatgtcaagcattgacattg
tgtgaggtgtgaccaacagagccttaataggactggttgtaatcatagtg
ggaggcgggggaatgcctggggaccaattcagatgtcagatgtagcaggc
ttagctgcccggccccgatttctttgtgagtttgttgggcgcatcaagaa
ccagaatgtgtggcaggtgttaagattcccctactggagtcaggtgtttg
aatcaaagcctctttctcgttaagtaagttctgaggcagcccaccttacc
aacttttcctcaggacaccctagtgctgtgggagactgattccaggtccc
tcctgatgttggtgatggaggagccagtcagagaggttagcatcttttct
gatgtctcacacagcaagtggtggctgagtcgaaaccagggcatgcagag
gtactctatcccctgctggttctgttttaaagcagagaatcactgaaggc
agccctgtccacaaagtatctactgggctgtttgcttgtttgtttttcca
gacagggtttctcagtgtagccttggctatcctggaactaactctctttg
taaaccaggctggcttcgaactcacagagatctgcctgcctctgcctctc
cagtgctgggattaaaggcgtgtgctaccaccatcctggctatcccatcc
tggctatttactgggcctttcatcctgagtccaagccctcactgccctga
agatggtcactctgcctgtgtgagccttggttttcttacccatgtagcac
gtgtgaccttctatgtagggctctcgttagaatactaaaaataaataaaa
tagtaaaaagtttaagtgatactctcagtctctcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_59922170_59923286
seq2: B6Ng01-054J17.b_40_1133

seq1  GAATTCTAGGTTAAGGCAGTACAGGGGCCTTAGAAGTCTGGGTTCGCGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGTTAAGGCAGTACAGGGGCCTTAGAAGTCTGGGTTCGCGAG  50

seq1  CAACTGCACAAGCCCCAAACCCTATAGCACCCTCTCTCTGCCTCTTCCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGCACAAGCCCCAAACCCTATAGCACCCTCTCTCTGCCTCTTCCCA  100

seq1  GAATCTTGTCCTGTCCCCCCGGCTCTGCTAGCCTCATCTGTGTTTGGCGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTTGTCCTGTCCCCCCGGCTCTGCTAGCCTCATCTGTGTTTGGCGC  150

seq1  CTTGAGGCCGGGTGTTGGGCTCCTGTGCCTACATTGGCAAGGCTCAGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGGCCGGGTGTTGGGCTCCTGTGCCTACATTGGCAAGGCTCAGTGT  200

seq1  GCATAGGGAGCCTGGAGCCTGGGGAGCCAGAGTGGAAGGAGGGGCAGGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGGGAGCCTGGAGCCTGGGGAGCCAGAGTGGAAGGAGGGGCAGGTA  250

seq1  GAGCTCCGGAGACCCAAAGCGTGGCAGCCAGTGCTTTCAAGCTGCTTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCCGGAGACCCAAAGCGTGGCAGCCAGTGCTTTCAAGCTGCTTGGA  300

seq1  CAATCATAGCTGTCACCCACCCAAGGCACTCCAGGTACGAGCTGTTCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCATAGCTGTCACCCACCCAAGGCACTCCAGGTACGAGCTGTTCTGT  350

seq1  CTCATGTTTAAAATTACTTATTTTTATGTGTAGGGGTGTTTTCCTGCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGTTTAAAATTACTTATTTTTATGTGTAGGGGTGTTTTCCTGCATG  400

seq1  TATGCCTATGCACTGAGTCCCCATGGAGGCCACCAAAGGATGTTGGATCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCTATGCACTGAGTCCCCATGGAGGCCACCAAAGGATGTTGGATCC  450

seq1  CCTTGAACTGGAGTCACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGGTGCTGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAACTGGAGTCACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGGTGCTGGGA  500

seq1  ATTGAACTCAGGTCCTCTGGAAGAGCAGCCAGTGCTCTTAAGCACTGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAACTCAGGTCCTCTGGAAGAGCAGCCAGTGCTCTTAAGCACTGAGC  550

seq1  CATCTCTCCAGCCCTGTTCTGTCTCTTAACTATAAGATGAGTTTTCGTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTCCAGCCCTGTTCTGTCTCTTAACTATAAGATGAGTTTTCGTTC  600

seq1  ATCACCCCCACAGTACATTATGGAGTCTGGGGGACCAGGACACAGCTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCCCCACAGTACATTATGGAGTCTGGGGGACCAGGACACAGCTAAG  650

seq1  CACCTACTTGGGGTCAGGCTCAGCCATCAGCAAAGCTTGGACAGAAACCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTACTTGGGGTCAGGCTCAGCCATCAGCAAAGCTTGGACAGAAACCT  700

seq1  AGTACTCTGGTTTCAGAGCCTTGTTCTAAGCCAGCATCCTCCTGCAGTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTCTGGTTTCAGAGCCTTGTTCTAAGCCAGCATCCTCCTGCAGTAG  750

seq1  CTGTTGTAGTTCTAGAAGGCCCCCCACGGAAGCTATGGGGCAATGTGTCC  800
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGTAGTTCTAGAAAGCCCCCCACGGAAGCTATGGGGCAATGTGTCC  800

seq1  TCCTCCTGGGAACAGAGGGATGGGGAGGACCTAGGGTGAGTTTTAGGGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTGGGAACAGAGGGATGGGGAGGACCTAGGGTGAGTTTTAGGGAG  850

seq1  CACCATCTGATGTAGAGGCAAGGGATGGCCTCCCTAGATTCTGTATCTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATCTGATGTAGAGGCAAGGGATGGCCTCCCTAGATTCTGTATCTGG  900

seq1  GCTCTAAGTTCAATTGCTTGGGCTCAACAGAAGGGGTGGGCTGGGGCAGG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||| |
seq2  GCTCTAAGTTCAATTGCTTGGGCTCAACAGA--TGGTGGGCT-GGGCA-G  946

seq1  CATGGGTGCTGGCAGTCACAGAGCTGGAAGCCAGGCCTTGCAGCTGATAG  1000
      |||||||||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||
seq2  CATGGGTGCT-GCAGTCACAGAGCTG--AGCCA-GCCTTGCAGCTGATAG  992

seq1  GAGAGACCCTGCTGTATTGGAAGTCAGCTCTCAGAGCCTGACTATACAGG  1050
      |||||||||||||| | |||||||||||||||| || ||||||||||  |
seq2  GAGAGACCCTGCTG-AATGGAAGTCAGCTCTCAAAG-CTGACTATAC-CG  1039

seq1  ATTGAAGTTGGCCTCCAGCAAGGCCAGCCTGGGGCAGTGATATCACTTTC  1100
      ||||||||  || ||   ||| |||||||| ||||| ||| |||||||  
seq2  ATTGAAGT--GCTTC--ACAA-GCCAGCCT-GGGCA-TGA-ATCACTT--  1079

seq1  CTTGAGTATTTGTGAAG  1117
      ||||||   ||||||||
seq2  CTTGAG--ATTGTGAAG  1094

seq1: chr10_60068742_60069739
seq2: B6Ng01-054J17.g_67_1051 (reverse)

seq1  GGAGAGACTGAGAGTATCCACTTTAAAACCCTTTTTTACTTATTTTTATT  50
      ||||||||||||||||| |||||  ||||   ||||||| ||||||   |
seq2  GGAGAGACTGAGAGTAT-CACTT--AAAC---TTTTTAC-TATTTT--AT  41

seq1  TTATTTTTTATGTATTTCTAACGAGAGCCCTACATAGAAGGGTCACACCT  100
      ||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |
seq2  TTATTTTT--AGTA-TTCTAACGAGAGCCCTACATAGAA-GGTCACACGT  87

seq1  GCTACATGGGTAAGAAAACCAAGGCTCACACAGGCAGAGTGACCATCTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACATGGGTAAGAAAACCAAGGCTCACACAGGCAGAGTGACCATCTTC  137

seq1  AGGGCAGTGAGGGCTTGGACTCAGGATGAAAGGCCCAGTAAATAGCCAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGTGAGGGCTTGGACTCAGGATGAAAGGCCCAGTAAATAGCCAGG  187

seq1  ATGGGATAGCCAGGATGGTGGTAGCACACGCCTTTAATCCCAGCACTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGATAGCCAGGATGGTGGTAGCACACGCCTTTAATCCCAGCACTGGA  237

seq1  GAGGCAGAGGCAGGCAGATCTCTGTGAGTTCGAAGCCAGCCTGGTTTACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGAGGCAGGCAGATCTCTGTGAGTTCGAAGCCAGCCTGGTTTACA  287

seq1  AAGAGAGTTAGTTCCAGGATAGCCAAGGCTACACTGAGAAACCCTGTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGTTAGTTCCAGGATAGCCAAGGCTACACTGAGAAACCCTGTCTG  337

seq1  GAAAAACAAACAAGCAAACAGCCCAGTAGATACTTTGTGGACAGGGCTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACAAACAAGCAAACAGCCCAGTAGATACTTTGTGGACAGGGCTGC  387

seq1  CTTCAGTGATTCTCTGCTTTAAAACAGAACCAGCAGGGGATAGAGTACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGTGATTCTCTGCTTTAAAACAGAACCAGCAGGGGATAGAGTACCT  437

seq1  CTGCATGCCCTGGTTTCGACTCAGCCACCACTTGCTGTGTGAGACATCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATGCCCTGGTTTCGACTCAGCCACCACTTGCTGTGTGAGACATCAG  487

seq1  AAAAGATGCTAACCTCTCTGACTGGCTCCTCCATCACCAACATCAGGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATGCTAACCTCTCTGACTGGCTCCTCCATCACCAACATCAGGAGG  537

seq1  GACCTGGAATCAGTCTCCCACAGCACTAGGGTGTCCTGAGGAAAAGTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGGAATCAGTCTCCCACAGCACTAGGGTGTCCTGAGGAAAAGTTGG  587

seq1  TAAGGTGGGCTGCCTCAGAACTTACTTAACGAGAAAGAGGCTTTGATTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTGGGCTGCCTCAGAACTTACTTAACGAGAAAGAGGCTTTGATTCA  637

seq1  AACACCTGACTCCAGTAGGGGAATCTTAACACCTGCCACACATTCTGGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCTGACTCCAGTAGGGGAATCTTAACACCTGCCACACATTCTGGTT  687

seq1  CTTGATGCGCCCAACAAACTCACAAAGAAATCGGGGCCGGGCAGCTAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATGCGCCCAACAAACTCACAAAGAAATCGGGGCCGGGCAGCTAAGC  737

seq1  CTGCTACATCTGACATCTGAATTGGTCCCCAGGCATTCCCCCGCCTCCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTACATCTGACATCTGAATTGGTCCCCAGGCATTCCCCCGCCTCCCA  787

seq1  CTATGATTACAACCAGTCCTATTAAGGCTCTGTTGGTCACACCTCACACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGATTACAACCAGTCCTATTAAGGCTCTGTTGGTCACACCTCACACA  837

seq1  ATGTCAATGCTTGACATTGGAAACTAGACTGCCTAGATGCCCCTCACAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAATGCTTGACATTGGAAACTAGACTGCCTAGATGCCCCTCACAAT  887

seq1  TTCAAAGATGCCATACTCAGGGAACAGGAAGACTTTTTTTTTCCTTCCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGATGCCATACTCAGGGAACAGGAAGACTTTTTTTTTCCTTCCTG  937

seq1  TTCAGAAACAGCAGGTAGAGTATGAGATGACCAGAAAGTAAGGAATTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAACAGCAGGTAGAGTATGAGATGACCAGAAAGTAAGGAATTC  985