BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-061J16
Chromosome10 (Build37)
Map Location 13,102,739 - 13,223,929
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039475, Fuca2
Upstream geneUtrn, LOC665172, Stx11, Sf3b5, Plagl1, 4930519B02Rik, Ltv1, LOC666829, Phactr2
Downstream genePex3, Deadc1, Aig1, EG666859, Hivep2, Gpr126
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-061J16.bB6Ng01-061J16.g
ACCDH882234DH882235
length1,186939
definitionDH882234|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061J16, 5' end.DH882235|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061J16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,102,739 - 13,103,936)(13,222,985 - 13,223,929)
sequence
gaattctatgctaaccctaggagcatgctatcagccctgtttaatgctct
taattgccagtttcccaatttgtctgaaggtcaacgtctcagtgtgtgta
tctgggagaagtgataagcaggaattagtataagatgctgtatcattcat
gcttgcttctcatctttgctgcccaattacattcttgttggttttccttc
cataacttttccctccagttgttccttttgactgaagccatttgagaagc
cttcctgttttgtcttgtggatacagaaaattcagagtttgtttgctgtt
gtaaagatgagagtttgcaaaagggaaaaacaaaacaaaacccactgagc
acaaattccaatggtcggaaaacaaaagcaagaagctctttgcggcagca
cacgctaagcggagctcctctggtctccggaaatccacgtcactctacag
ctaaaacgaaaaccaggaagaacactcagcgtccacctcagagcagttgg
cattctgacataagctccttttcactttttgaaggtctcttttaaagatg
ataagatggtccatcctttcttctcactccaaactttgtctctgtaactc
cttccatgggtgttttgttctctagctgcatttctaaatagtatagaacc
aacttgcaaacaaatatccccaaaaggagagttaccaactactcattcac
tttagaaaagtctaaagtgagggagctcagtggtctatatgatgagatac
actggtaaccatctgtttcacagtaagcgaaatgtacagtggagtgccaa
ggctgtagctcagtgggagaatgcttgaccagtaagcactggtacctgtg
tgtggtcctcaccactgagacacaaaacaacacagagagaaaagtactca
gtaataagataaagagtatttcagagaataaaaatacatttctttcttta
attacaaagaaatttgtcttaaattgcttttgtgtagtaggatactgtaa
gtatacagttctttataccaagactgttaaccttcccaactagagtgcca
cttagtaatatgggaaggaatgtccaaatatgtgtgtgctaattacatta
atgttacatatacatatatggtaataatgttggtatgctcacatctgtat
ggatctagccacaacttgtatctaacgtatcatggc
gaattccaggactgccagggctacatagagaaacgctgtctcaaaacagc
aacaacaacacagagagagagggagagggagggagagagaaagaacagat
ggacagatggacagaaaggaaagtgcaactatactatactcactatataa
tatatgtatgtatatagatggacagatggacagaaaggaaagtgcaacta
tactatactcactatatatgtatgtatacacacactcactcactcactca
ctcactcactcactatactcattctcttcaaccagctttaaataaatcta
gttatttatttaaatgatgtctaaattagggtttcattgctatgaagaga
caccatgaccaagacaagacttaaagcatttcattggggctggcttacag
gttagagagaggttcagtccattatcatcaggacaggaagcacagcagtt
tctaggcaggcatggtgcaggaggagtccagagttctacatctccatcca
aagacagtcaggcgggactcctctgcactgggcatatgacctcaaagtcc
accccagcaggaacacacttcctccagagaggccacatcacctaatagtg
cctcttctcatgggctaagcatattcaaaccaccataaatggttaaatgt
gtacatagaaattgtgtccatctttcctctcattctgtgaaaccagctgt
ctggatccataatgtttccaacttaagcggaaacatcactatccatctat
ggctattctgagaaaccgggtttcacaggacggccttcctttaatgtctc
catccaaaagaacgaccttacattttttagctcttgtaagcatatatcct
atgtgcccaacttacttcgtgatttagaattgaagactactatttggcac
agaggtctggagatatttgctcattggtttgcataaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_13102739_13103936
seq2: B6Ng01-061J16.b_45_1230

seq1  GAATTCTATGCTAACCCTAGGAGCATGCTATCAGCCCTGTTTAATGCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGCTAACCCTAGGAGCATGCTATCAGCCCTGTTTAATGCTCT  50

seq1  TAATTGCCAGTTTCCCAATTTGTCTGAAGGTCAACGTCTCAGTGTGTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGCCAGTTTCCCAATTTGTCTGAAGGTCAACGTCTCAGTGTGTGTA  100

seq1  TCTGGGAGAAGTGATAAGCAGGAATTAGTATAAGATGCTGTATCATTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGAGAAGTGATAAGCAGGAATTAGTATAAGATGCTGTATCATTCAT  150

seq1  GCTTGCTTCTCATCTTTGCTGCCCAATTACATTCTTGTTGGTTTTCCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCTTCTCATCTTTGCTGCCCAATTACATTCTTGTTGGTTTTCCTTC  200

seq1  CATAACTTTTCCCTCCAGTTGTTCCTTTTGACTGAAGCCATTTGAGAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACTTTTCCCTCCAGTTGTTCCTTTTGACTGAAGCCATTTGAGAAGC  250

seq1  CTTCCTGTTTTGTCTTGTGGATACAGAAAATTCAGAGTTTGTTTGCTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGTTTTGTCTTGTGGATACAGAAAATTCAGAGTTTGTTTGCTGTT  300

seq1  GTAAAGATGAGAGTTTGCAAAAGGGAAAAACAAAACAAAACCCACTGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGATGAGAGTTTGCAAAAGGGAAAAACAAAACAAAACCCACTGAGC  350

seq1  ACAAATTCCAATGGTCGGAAAACAAAAGCAAGAAGCTCTTTGCGGCAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTCCAATGGTCGGAAAACAAAAGCAAGAAGCTCTTTGCGGCAGCA  400

seq1  CACGCTAAGCGGAGCTCCTCTGGTCTCCGGAAATCCACGTCACTCTACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCTAAGCGGAGCTCCTCTGGTCTCCGGAAATCCACGTCACTCTACAG  450

seq1  CTAAAACGAAAACCAGGAAGAACACTCAGCGTCCACCTCAGAGCAGTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAACGAAAACCAGGAAGAACACTCAGCGTCCACCTCAGAGCAGTTGG  500

seq1  CATTCTGACATAAGCTCCTTTTCACTTTTTGAAGGTCTCTTTTAAAGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTGACATAAGCTCCTTTTCACTTTTTGAAGGTCTCTTTTAAAGATG  550

seq1  ATAAGATGGTCCATCCTTTCTTCTCACTCCAAACTTTGTCTCTGTAACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGATGGTCCATCCTTTCTTCTCACTCCAAACTTTGTCTCTGTAACTC  600

seq1  CTTCCATGGGTGTTTTGTTCTCTAGCTGCATTTCTAAATAGTATAGAACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATGGGTGTTTTGTTCTCTAGCTGCATTTCTAAATAGTATAGAACC  650

seq1  AACTTGCAAACAAATATCCCCAAAAGGAGAGTTACCAACTACTCATTCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGCAAACAAATATCCCCAAAAGGAGAGTTACCAACTACTCATTCAC  700

seq1  TTTAGAAAAGTCTAAAGTGAGGGAGCTCAGTGGTCTATATGATGAGATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAAAAGTCTAAAGTGAGGGAGCTCAGTGGTCTATATGATGAGATAC  750

seq1  ACTGGTAACCATCTGTTTCACAGTAAGCGAAATGTACAGTGGAGTGCCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTAACCATCTGTTTCACAGTAAGCGAAATGTACAGTGGAGTGCCAA  800

seq1  GGCTGTAGCTCAGTGGGAGAATGCTTGACCAGTAAGCACTGGTACCTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTAGCTCAGTGGGAGAATGCTTGACCAGTAAGCACTGGTACCTGTG  850

seq1  TGTGGTCCTCACCACTGAGACACAAAACAACACAGAGAGAAAAGTACTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTCCTCACCACTGAGACACAAAACAACACAGAGAGAAAAGTACTCA  900

seq1  GTAATAAGATAAAGAGTATTTCAGAGAATAAAAATACATTTCTTTCTTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAAGATAAAGAGTATTTCAGAGAATAAAAATACATTTCTTTCTTTA  950

seq1  ATTACAAAGAAAATTTGTCTTAAATTGCTTTTGTGTAGTAGGATAACTGT  1000
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATTACAAAG-AAATTTGTCTTAAATTGCTTTTGTGTAGTAGGAT-ACTGT  998

seq1  AAGTATTACAGTCCTTTATACCAAGACTGTTAACCTTCCCAACTAAGAGT  1050
      ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAGTA-TACAGTTCTTTATACCAAGACTGTTAACCTTCCCAACT-AGAGT  1046

seq1  GCCACTTAGGTACATAT-GGAAAGTATGTCCATATATGTGTGTGCTATAT  1099
      |||||||| ||| |||| |||| | ||||||| ||||||||||||||  |
seq2  GCCACTTA-GTA-ATATGGGAAGGAATGTCCAAATATGTGTGTGCTAATT  1094

seq1  ACATATATGTTACATATACATATAT-GTCATATATGTATGTATGCTACAT  1148
      ||||  ||||||||||||||||||| || ||| ||||  ||||||| || 
seq2  ACATTAATGTTACATATACATATATGGTAATA-ATGTTGGTATGCT-CAC  1142

seq1  ACATGTATGTATCTAGTCTACATACTTTGTATCCTACAACGTATCATGGC  1198
      |  |||||| |||||| | ||| || |||||||    |||||||||||||
seq2  ATCTGTATGGATCTAG-CCACA-AC-TTGTATC---TAACGTATCATGGC  1186

seq1: chr10_13222985_13223929
seq2: B6Ng01-061J16.g_64_1002 (reverse)

seq1  TTTTAATGCAAACCAGTGGGCAGATATTCTCCAGGCCTCTGGTGCCAAAT  50
      |||| |||||||||| || ||| ||| ||||||| ||||| |||||||||
seq2  TTTTTATGCAAACCAATGAGCAAATA-TCTCCAGACCTCT-GTGCCAAAT  48

seq1  ATGTGGTCTTCACTTCTAAACATCACGAAGGTAAGTAGGGCACATAGGAT  100
      | || ||||||| ||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  A-GTAGTCTTCAATTCTAA--ATCACGAA-GTAAGTTGGGCACATAGGAT  94

seq1  ATATGCTGACAAGGGCTAGAAAATGTAAGGTCGTTCTTTTGGATGGAGAC  150
      ||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCTTACAAGAGCTAAAAAATGTAAGGTCGTTCTTTTGGATGGAGAC  144

seq1  ATTAAAGGAAGGCCGTCCTGTGAAACCCGGTTTCTCAGAATAGCCATAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATTAAAGGAAGGCCGTCCTGTGAAACCCGGTTTCTCAGAATAGCCATAGA  194

seq1  TGGATAGTGATGTTTCCGCTTAAGTTGGAAACATTATGGATCCAGACAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAGTGATGTTTCCGCTTAAGTTGGAAACATTATGGATCCAGACAGC  244

seq1  TGGTTTCACAGAATGAGAGGAAAGATGGACACAATTTCTATGTACACATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTCACAGAATGAGAGGAAAGATGGACACAATTTCTATGTACACATT  294

seq1  TAACCATTTATGGTGGTTTGAATATGCTTAGCCCATGAGAAGAGGCACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCATTTATGGTGGTTTGAATATGCTTAGCCCATGAGAAGAGGCACTA  344

seq1  TTAGGTGATGTGGCCTCTCTGGAGGAAGTGTGTTCCTGCTGGGGTGGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTGATGTGGCCTCTCTGGAGGAAGTGTGTTCCTGCTGGGGTGGACT  394

seq1  TTGAGGTCATATGCCCAGTGCAGAGGAGTCCCGCCTGACTGTCTTTGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGTCATATGCCCAGTGCAGAGGAGTCCCGCCTGACTGTCTTTGGAT  444

seq1  GGAGATGTAGAACTCTGGACTCCTCCTGCACCATGCCTGCCTAGAAACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGTAGAACTCTGGACTCCTCCTGCACCATGCCTGCCTAGAAACTG  494

seq1  CTGTGCTTCCTGTCCTGATGATAATGGACTGAACCTCTCTCTAACCTGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTTCCTGTCCTGATGATAATGGACTGAACCTCTCTCTAACCTGTA  544

seq1  AGCCAGCCCCAATGAAATGCTTTAAGTCTTGTCTTGGTCATGGTGTCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCCCCAATGAAATGCTTTAAGTCTTGTCTTGGTCATGGTGTCTCT  594

seq1  TCATAGCAATGAAACCCTAATTTAGACATCATTTAAATAAATAACTAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGCAATGAAACCCTAATTTAGACATCATTTAAATAAATAACTAGAT  644

seq1  TTATTTAAAGCTGGTTGAAGAGAATGAGTATAGTGAGTGAGTGAGTGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTAAAGCTGGTTGAAGAGAATGAGTATAGTGAGTGAGTGAGTGAGT  694

seq1  GAGTGAGTGAGTGTGTGTATACATACATATATAGTGAGTATAGTATAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGTGAGTGTGTGTATACATACATATATAGTGAGTATAGTATAGTT  744

seq1  GCACTTTCCTTTCTGTCCATCTGTCCATCTATATACATACATATATTATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTTCCTTTCTGTCCATCTGTCCATCTATATACATACATATATTATA  794

seq1  TAGTGAGTATAGTATAGTTGCACTTTCCTTTCTGTCCATCTGTCCATCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAGTATAGTATAGTTGCACTTTCCTTTCTGTCCATCTGTCCATCTG  844

seq1  TTCTTTCTCTCTCCCTCCCTCTCCCTCTCTCTCTGTGTTGTTGTTGCTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCTCTCTCCCTCCCTCTCCCTCTCTCTCTGTGTTGTTGTTGCTGT  894

seq1  TTTGAGACAGCGTTTCTCTATGTAGCCCTGGCAGTCCTGGAATTC  945
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGACAGCGTTTCTCTATGTAGCCCTGGCAGTCCTGGAATTC  939