BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-061K08
Chromosome10 (Build37)
Map Location 14,416,435 - 14,593,107
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVta1, D230044M03Rik, EG666904, Nmbr
Upstream geneAig1, EG666859, Hivep2, Gpr126, LOC100039571, LOC100039409
Downstream geneLOC666917, LOC637043, LOC100039492, LOC671439
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-061K08.bB6Ng01-061K08.g
ACCDH882262DH882263
length6821,066
definitionDH882262|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061K08, 5' end.DH882263|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061K08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,416,435 - 14,417,116)(14,592,043 - 14,593,107)
sequence
gaattctctgggatggcaaagaaggaaattaaagttgaggggttgcacag
actgtatttctgcaatcccagcttttttctgaagagctttatttaaacaa
aggagaatactcgaattactaaaatgactacagtatagaacaaaacatgg
gtgtccttatgcctgcacaaataaaaataatgcagcacatgccggcgagg
atgtggagaaagaggagcactcctccattgctggtgggattgcaagctgg
tacaaccactctggaagtcagtctggaggttcctcagaaaattggaagac
ccagctatatcactcttgggaatatacccaaaagatgccccaccatgccc
agaagcacatgttccactatattcatatcaccttatttgtgatagccaga
agctggaaacaacccaaatgtcccataacagaaaaatggatacagaaaac
gtggttcatttacacaatggaatactactcagctattaagaacaacaaca
tcttgagttttgcaggcaaatggatggaactagaaactatcaccctgagt
gagataacagaccccccccccaaaaaaaaagtacagaatacccaagatac
agtccacagacgacttcaaaaaggtcaacaggatgaagggtccaagtgag
gatgccttagtcctacttgggagggagaagaa
gaattcaattcaacacacacacacagagagatacatatatacatatgtac
atatatgtgtgtaaaatatatatacacataatgtatatgttcatgtgcaa
tatatttatatacataatgtacatatattgtgtatacatacatacttatg
tacattatgtacatgtatgtatgcaatatattcataataatgtacacata
tttgtatgtcatatatagtgtgtattgcactatttatattatatatactg
tatctacatatagtgtatacacaaacacacacatgcatgcacttgcacat
gcacacacaagcacatgcacacacaatgcaagaaaaaaagaaacatacat
tatcttagctggaaagctacatctccaaaggtttcttttaaaagatatac
taagttctgattttttcttcccccatttcccccaaaataattatactcca
caaagaaaggaagcagtagacccactgcccagatcaggcagctcagtgag
tcatgcaaccaagagtccgcaagcccacagattcaggtctcttgtaggtg
ggttacagaagagtcatcttttattatttgtctatttagtgtgcacatgt
ctggggtcagggtggcatgtgctggtacccacgaaagacaaaagagcatc
agatctctgagagatggatataattgtggaactctcttgttcttgttcat
tggtgctggaatctgaactctgggcctcatgattgtgcagcaagttcttt
tcgtcgcttaaccatttcgtccagtgattcaatgaactccagtcccttat
tttttcttttcgagtcatctgtgagttaaagtggggggatccaaacaata
acaaatttctctagaaaaacaaatcttatggatctcaaatcagaggctaa
gcatgagggattcgagagaacagtatgaaaagtggacacaatgtttcatt
gagcagacaacaggagaaaaatgttattcttcttaaaatgtagaacttgt
gaatagtgacaaacaccgtagttacccttgttatcagaactttttacatt
tcttggagatagaaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_14416435_14417116
seq2: B6Ng01-061K08.b_49_730

seq1  GAATTCTCTGGGATGGCAAAGAAGGAAATTAAAGTTGAGGGGTTGCACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGGGATGGCAAAGAAGGAAATTAAAGTTGAGGGGTTGCACAG  50

seq1  ACTGTATTTCTGCAATCCCAGCTTTTTTCTGAAGAGCTTTATTTAAACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATTTCTGCAATCCCAGCTTTTTTCTGAAGAGCTTTATTTAAACAA  100

seq1  AGGAGAATACTCGAATTACTAAAATGACTACAGTATAGAACAAAACATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAATACTCGAATTACTAAAATGACTACAGTATAGAACAAAACATGG  150

seq1  GTGTCCTTATGCCTGCACAAATAAAAATAATGCAGCACATGCCGGCGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCTTATGCCTGCACAAATAAAAATAATGCAGCACATGCCGGCGAGG  200

seq1  ATGTGGAGAAAGAGGAGCACTCCTCCATTGCTGGTGGGATTGCAAGCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGAGAAAGAGGAGCACTCCTCCATTGCTGGTGGGATTGCAAGCTGG  250

seq1  TACAACCACTCTGGAAGTCAGTCTGGAGGTTCCTCAGAAAATTGGAAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACCACTCTGGAAGTCAGTCTGGAGGTTCCTCAGAAAATTGGAAGAC  300

seq1  CCAGCTATATCACTCTTGGGAATATACCCAAAAGATGCCCCACCATGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTATATCACTCTTGGGAATATACCCAAAAGATGCCCCACCATGCCC  350

seq1  AGAAGCACATGTTCCACTATATTCATATCACCTTATTTGTGATAGCCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCACATGTTCCACTATATTCATATCACCTTATTTGTGATAGCCAGA  400

seq1  AGCTGGAAACAACCCAAATGTCCCATAACAGAAAAATGGATACAGAAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGAAACAACCCAAATGTCCCATAACAGAAAAATGGATACAGAAAAC  450

seq1  GTGGTTCATTTACACAATGGAATACTACTCAGCTATTAAGAACAACAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTCATTTACACAATGGAATACTACTCAGCTATTAAGAACAACAACA  500

seq1  TCTTGAGTTTTGCAGGCAAATGGATGGAACTAGAAACTATCACCCTGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGTTTTGCAGGCAAATGGATGGAACTAGAAACTATCACCCTGAGT  550

seq1  GAGATAACAGACCCCCCCCCCAAAAAAAAAGTACAGAATACCCAAGATAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAACAGACCCCCCCCCCAAAAAAAAAGTACAGAATACCCAAGATAC  600

seq1  AGTCCACAGACGACTTCAAAAAGGTCAACAGGATGAAGGGTCCAAGTGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCACAGACGACTTCAAAAAGGTCAACAGGATGAAGGGTCCAAGTGAG  650

seq1  GATGCCTTAGTCCTACTTGGGAGGGAGAAGAA  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCTTAGTCCTACTTGGGAGGGAGAAGAA  682

seq1: chr10_14592043_14593107
seq2: B6Ng01-061K08.g_72_1137 (reverse)

seq1  GTTTCTTACTCCAAGGAAATGTAAAATG-TCTGGTAACAGGGGTAACTAC  49
      ||||||  |||||| ||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||
seq2  GTTTCTATCTCCAA-GAAATGTAAAAAGTTCTGATAACAAGGGTAACTAC  49

seq1  -GTGTTTGTCACTATATCACAAGTTCTACATTTTAAGAAGAATACCATTT  98
       |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGTGTTTGTCACTAT-TCACAAGTTCTACATTTTAAGAAGAATAACATTT  98

seq1  TTCTCCTGTTCGTCTGCTTCAGTGAGACATTGTGTCCAC-TTTCATACTG  147
      |||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTCTCCTGTT-GTCTGC-TCAATGAAACATTGTGTCCACTTTTCATACTG  146

seq1  TTCTCTCGAATCCCTCATGCTTAGCCTCTGATTTGAGATCCATAAGGCTT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  TTCTCTCGAATCCCTCATGCTTAGCCTCTGATTTGAGATCCATAAGATTT  196

seq1  GTTCTTCTAGAG-AATTTGTTATTGTTTGGAT-CCCCCACTTTAACTCAC  245
      ||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTTTTTCTAGAGAAATTTGTTATTGTTTGGATCCCCCCACTTTAACTCAC  246

seq1  AGATGACTCGAAAAG-AAAAATAAGGGACTGGAGTTCATTGAATCACTGG  294
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACTCGAAAAGAAAAAATAAGGGACTGGAGTTCATTGAATCACTGG  296

seq1  AACGAAATGGTTAAGCGACGAAAAGAACTTGCTGCACAATCATGAGGCCC  344
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -ACGAAATGGTTAAGCGACGAAAAGAACTTGCTGCACAATCATGAGGCCC  345

seq1  AGAGTTCAGATTCCAGCACCAATGAACAAGAACAAGAGAGTTCCACAATT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTCAGATTCCAGCACCAATGAACAAGAACAAGAGAGTTCCACAATT  395

seq1  ATATCCATCTCTCAGAGATCTGATGCTCTTTTGTCTTTCGTGGGTACCAG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCATCTCTCAGAGATCTGATGCTCTTTTGTCTTTCGTGGGTACCAG  445

seq1  CACATGCCACCCTGACCCCAGACATGTGCACACTAAATAGACAAATAATA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCCACCCTGACCCCAGACATGTGCACACTAAATAGACAAATAATA  495

seq1  AAAGATGACTCTTCTGTAACCCACCTACAAGAGACCTGAATCTGTGGGCT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGACTCTTCTGTAACCCACCTACAAGAGACCTGAATCTGTGGGCT  545

seq1  TGCGGACTCTTGGTTGCATGACTCACTGAGCTGCCTGATCTGGGCAGTGG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGGACTCTTGGTTGCATGACTCACTGAGCTGCCTGATCTGGGCAGTGG  595

seq1  GTCTACTGCTTCCTTTCTTTGTGGAGTATAATTATTTTGGGGGAAATGGG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACTGCTTCCTTTCTTTGTGGAGTATAATTATTTTGGGGGAAATGGG  645

seq1  GGAAGAAAAAATCAGAACTTAGTATATCTTTTAAAAGAAACCTTTGGAGA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAAAAAATCAGAACTTAGTATATCTTTTAAAAGAAACCTTTGGAGA  695

seq1  TGTAGCTTTCCAGCTAAGATAATGTATGTTTCTTTTTTTCTTGCATTGTG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCTTTCCAGCTAAGATAATGTATGTTTCTTTTTTTCTTGCATTGTG  745

seq1  TGTGCATGTGCTTGTGTGTGCATGTGCAAGTGCATGCATGTGTGTGTTTG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATGTGCTTGTGTGTGCATGTGCAAGTGCATGCATGTGTGTGTTTG  795

seq1  TGTATACACTATATGTAGATACAGTATATATAATATAAATAGTGCAATAC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATACACTATATGTAGATACAGTATATATAATATAAATAGTGCAATAC  845

seq1  ACACTATATATGACATACAAATATGTGTACATTATTATGAATATATTGCA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTATATATGACATACAAATATGTGTACATTATTATGAATATATTGCA  895

seq1  TACATACATGTACATAATGTACATAAGTATGTATGTATACACAATATATG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACATGTACATAATGTACATAAGTATGTATGTATACACAATATATG  945

seq1  TACATTATGTATATAAATATATTGCACATGAACATATACATTATGTGTAT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTATGTATATAAATATATTGCACATGAACATATACATTATGTGTAT  995

seq1  ATATATTTTACACACATATATGTACATATGTATATATGTATCTCTCTGTG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTTTACACACATATATGTACATATGTATATATGTATCTCTCTGTG  1045

seq1  TGTGTGTGTTTAATTGAATTC  1065
      |||||||||| ||||||||||
seq2  TGTGTGTGTTGAATTGAATTC  1066