BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-065D10
Chromosome10 (Build37)
Map Location 39,564,545 - 39,678,259
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRev3l, LOC213332, 4930547M16Rik, LOC667982, 2010001E11Rik, LOC667994, LOC100041085
Upstream geneLOC100040915, Lama4, 1700025K23Rik, Tube1, EG624165, LOC100040964, Fyn, LOC629337, Traf3ip2, LOC667964, EG667970, E130307A14Rik, EG666304
Downstream geneBC021785, AI317395, EG666342, Slc16a10, Bxdc1, 2410016F19Rik, Amd1, Amd2, LOC668051, Cdc2l6, LOC666374, Slc22a16, Ddo, 9030224M15Rik, Cdc40, Wasf1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-065D10.bB6Ng01-065D10.g
ACCDH884755DH884756
length1,059958
definitionDH884755|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065D10, 5' end.DH884756|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065D10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,677,195 - 39,678,259)(39,564,545 - 39,565,473)
sequence
gaattcagaattatcaggactcacttaacattcatggcatggttggaact
aattttggaagctcgcttattgcctactgcatggccagaactaactttgg
atattggctactttggtatgactgtgggaagaatgggaatctcaaggaaa
actattcagaagacaagaaagaactatgtcagacagcaagttctaaatga
gcagagaacctggatagagtcgagaaatgccccatagaccaaccttgggc
cttggggactgaagaaatatggcttcctagggtccctggaactcagtcac
atttgttcactcctaagtctgtatatctcttgaacatggtccagtgggaa
acattttgtggttccttagcatgaaataaaggcacataggatcacatagc
agaaagatctttcctgaagttagtgtgaccactacatgtgacaatagatc
atgtgtgctcaaaaccaacccctgcagacatcgctgagactggtttcctg
tatttgctgatgactaagttattaattgcagagtcagggctgtattccca
gtaagtgtatgaggcacagagtagtgctgtccaacatatccaagagagct
ttctcctcttcctctggggtcctagtgatggattagatacacaaagccac
attggccatagtagcagtgtttcctgatttgaaggtattgattagtccat
aaacccaatagctgctgatttgtctttgtgttgttgttgtatgacattag
ccttagatagcctccatggtactatgtatcttcacataaggaagtggaaa
gggatcaggagagttggtgataggagaaaaggtttttcagtacagatcaa
tcttgatccatgagttaagctgtccgtaccaaggatgtcttctgtttctt
gggggaaacaatcctggtcaggtttgctataagttgccaaaagatgttta
gtttcagagtcttgaagagttgtccatcaggactgaggcattaatgtttt
gtgatacagagcaaaccctagttatgtctcttccaacagaggagcacctt
aatggtgtc
gaattctccctcaatctcccgagtgcaaggattatagttgtataaaacag
aagtcatctccttgttgccttgtgtaagtcgtagagtggattggagggag
tgcgttactcgcttctcctggcccaaccttagtctttggaatgtcttgtt
ttctggggcctagacatgagctttctcagcactcctattcttagcacagt
ggggagaacctctgctttgtgtaactacagtctgggtgcagacaagtcct
ctgcctgtctgcagaggcaggcagtgctatcctgtgtctccttagcagct
gagctccttggcgcgggttctgggatgagaagtaccctgccccttagcag
acctgttgttcatctgtttaatgccaggtctgtgattgcttcctctagaa
acacttctaccttgacaggacttagactccagaagaagaaaaaagcaagg
caggtgttcagtttttaaaaattagtgcattctggcttattaaaatacaa
gagtaaatgatgggaaagatgcaaaagatactgcatttaaaaaacaactc
atgtgtgtggaaaaaaaaaacaattttattggaaatacttttaaaatata
ttctgatcctggtttccttctctcccagctcctctcagatcctcgccatt
ctcccacttacccagattcacactcattctctctctcatggtttctagtc
atcttccattcccttttgaggaacctcagggaagtgatgtagaactacag
taagggctgagtgctgatggttcacacccttgactccagcacttgggaag
cagaggcaggtggagatctaagttcgaggccagcctggcctacattatta
tttccaggacagccaggactacacagagaaattctgtcttggaaaacaga
caaaacaagcaaaagtaaataaaaacacacacacacaaacaagcctacat
taggacta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_39677195_39678259
seq2: B6Ng01-065D10.b_47_1105 (reverse)

seq1  GACACCATTAAGTGGCTTCCTCTGTTGGAAGAGACCATACTAGTGTTTGC  50
      ||||||||||||  || ||||||||||||||||||   ||||| ||||||
seq2  GACACCATTAAGGTGC-TCCTCTGTTGGAAGAGACATAACTAGGGTTTGC  49

seq1  TCTGGTATCACAAAACATTAATGCCCTCAGTCCCTGATGGACAACTC-TC  99
      ||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||
seq2  TCT-GTATCACAAAACATTAATG-CCTCAGT-CCTGATGGACAACTCTTC  96

seq1  AAGACTCTTGAAACTAAACATCTTTTGGCAACCTTATAGCAAACCTGACC  149
      ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAGACTC-TGAAACTAAACATCTTTTGGCAA-CTTATAGCAAACCTGACC  144

seq1  AGGATTGTTTCCCCCAAGAAACAGAAGACATCCTTGGTACGGACAGCTTA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTGTTTCCCCCAAGAAACAGAAGACATCCTTGGTACGGACAGCTTA  194

seq1  ACTCATGGATCAAGATTGATCTGTTACTGAAAAACCTTTTCTCCTATCAC  249
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGGATCAAGATTGATCTG-TACTGAAAAACCTTTTCTCCTATCAC  243

seq1  CAACTCTCCTGATCCCTTTCCACTTCCTTATGTGAAGATACATAGTACCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTCCTGATCCCTTTCCACTTCCTTATGTGAAGATACATAGTACCA  293

seq1  TGGAGGCTATCTAAGGCTAATGTCATACAACAACAACACAAAGACAAATC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGCTATCTAAGGCTAATGTCATACAACAACAACACAAAGACAAATC  343

seq1  AGCAGCTATTGGGTTTATGGACTAATCAATACCTTCAAATCAGGAAACAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTATTGGGTTTATGGACTAATCAATACCTTCAAATCAGGAAACAC  393

seq1  TGCTACTATGGCCAATGTGGCTTTGTGTATCTAATCCATCACTAGGACCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACTATGGCCAATGTGGCTTTGTGTATCTAATCCATCACTAGGACCC  443

seq1  CAGAGGAAGAGGAGAAAGCTCTCTTGGATATGTTGGACAGCACTACTCTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGAAGAGGAGAAAGCTCTCTTGGATATGTTGGACAGCACTACTCTG  493

seq1  TGCCTCATACACTTACTGGGAATACAGCCCTGACTCTGCAATTAATAACT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCATACACTTACTGGGAATACAGCCCTGACTCTGCAATTAATAACT  543

seq1  TAGTCATCAGCAAATACAGGAAACCAGTCTCAGCGATGTCTGCAGGGGTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATCAGCAAATACAGGAAACCAGTCTCAGCGATGTCTGCAGGGGTT  593

seq1  GGTTTTGAGCACACATGATCTATTGTCACATGTAGTGGTCACACTAACTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGAGCACACATGATCTATTGTCACATGTAGTGGTCACACTAACTT  643

seq1  CAGGAAAGATCTTTCTGCTATGTGATCCTATGTGCCTTTATTTCATGCTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAGATCTTTCTGCTATGTGATCCTATGTGCCTTTATTTCATGCTA  693

seq1  AGGAACCACAAAATGTTTCCCACTGGACCATGTTCAAGAGATATACAGAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACCACAAAATGTTTCCCACTGGACCATGTTCAAGAGATATACAGAC  743

seq1  TTAGGAGTGAACAAATGTGACTGAGTTCCAGGGACCCTAGGAAGCCATAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAGTGAACAAATGTGACTGAGTTCCAGGGACCCTAGGAAGCCATAT  793

seq1  TTCTTCAGTCCCCAAGGCCCAAGGTTGGTCTATGGGGCATTTCTCGACTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCAGTCCCCAAGGCCCAAGGTTGGTCTATGGGGCATTTCTCGACTC  843

seq1  TATCCAGGTTCTCTGCTCATTTAGAACTTGCTGTCTGACATAGTTCTTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCAGGTTCTCTGCTCATTTAGAACTTGCTGTCTGACATAGTTCTTTC  893

seq1  TTGTCTTCTGAATAGTTTTCCTTGAGATTCCCATTCTTCCCACAGTCATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTCTGAATAGTTTTCCTTGAGATTCCCATTCTTCCCACAGTCATA  943

seq1  CCAAAGTAGCCAATATCCAAAGTTAGTTCTGGCCATGCAGTAGGCAATAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGTAGCCAATATCCAAAGTTAGTTCTGGCCATGCAGTAGGCAATAA  993

seq1  GCGAGCTTCCAAAATTAGTTCCAACCATGCCATGAATGTTAAGTGAGTCC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGCTTCCAAAATTAGTTCCAACCATGCCATGAATGTTAAGTGAGTCC  1043

seq1  TGATAATTCTGAATTC  1065
      ||||||||||||||||
seq2  TGATAATTCTGAATTC  1059

seq1: chr10_39564545_39565473
seq2: B6Ng01-065D10.g_67_991

seq1  GAATTCTCCCTCAATCTCCCGAGTGCAAGGATTATAGTTGTATAAAACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCTCAATCTCCCGAGTGCAAGGATTATAGTTGTATAAAACAG  50

seq1  AAGTCATCTCCTTGTTGCCTTGTGTAAGTCGTAGAGTGGATTGGAGGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATCTCCTTGTTGCCTTGTGTAAGTCGTAGAGTGGATTGGAGGGAG  100

seq1  TGCGTTACTCGCTTCTCCTGGCCCAACCTTAGTCTTTGGAATGTCTTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTTACTCGCTTCTCCTGGCCCAACCTTAGTCTTTGGAATGTCTTGTT  150

seq1  TTCTGGGGCCTAGACATGAGCTTTCTCAGCACTCCTATTCTTAGCACAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGGCCTAGACATGAGCTTTCTCAGCACTCCTATTCTTAGCACAGT  200

seq1  GGGGAGAACCTCTGCTTTGTGTAACTACAGTCTGGGTGCAGACAAGTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGAACCTCTGCTTTGTGTAACTACAGTCTGGGTGCAGACAAGTCCT  250

seq1  CTGCCTGTCTGCAGAGGCAGGCAGTGCTATCCTGTGTCTCCTTAGCAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGTCTGCAGAGGCAGGCAGTGCTATCCTGTGTCTCCTTAGCAGCT  300

seq1  GAGCTCCTTGGCGCGGGTTCTGGGATGAGAAGTACCCTGCCCCTTAGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCCTTGGCGCGGGTTCTGGGATGAGAAGTACCCTGCCCCTTAGCAG  350

seq1  ACCTGTTGTTCATCTGTTTAATGCCAGGTCTGTGATTGCTTCCTCTAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTTGTTCATCTGTTTAATGCCAGGTCTGTGATTGCTTCCTCTAGAA  400

seq1  ACACTTCTACCTTGACAGGACTTAGACTCCAGAAGAAGAAAAAAGCAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCTACCTTGACAGGACTTAGACTCCAGAAGAAGAAAAAAGCAAGG  450

seq1  CAGGTGTTCAGTTTTTAAAAATTAGTGCATTCTGGCTTATTAAAATACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGTTCAGTTTTTAAAAATTAGTGCATTCTGGCTTATTAAAATACAA  500

seq1  GAGTAAATGATGGGAAAGATGCAAAAGATACTGCATTTAAAAAACAACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAATGATGGGAAAGATGCAAAAGATACTGCATTTAAAAAACAACTC  550

seq1  ATGTGTGTGGAAAAAAAAAACAATTTTATTGGAAATACTTTTAAAATATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGGAAAAAAAAAACAATTTTATTGGAAATACTTTTAAAATATA  600

seq1  TTCTGATCCTGGTTTCCTTCTCTCCCAGCTCCTCTCAGATCCTCGCCATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATCCTGGTTTCCTTCTCTCCCAGCTCCTCTCAGATCCTCGCCATT  650

seq1  CTCCCACTTACCCAGATTCACACTCATTCTCTCTCTCATGGTTTCTAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCACTTACCCAGATTCACACTCATTCTCTCTCTCATGGTTTCTAGTC  700

seq1  ATCTTCCATTCCCTTTTGAGGAACCTCAGGGAAGTGATGTAGAACTACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCCATTCCCTTTTGAGGAACCTCAGGGAAGTGATGTAGAACTACAG  750

seq1  TAAGGGCTGAGTGCTGATGGTTCACACCCTTGACTCCAGCACTTGGGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGCTGAGTGCTGATGGTTCACACCCTTGACTCCAGCACTTGGGAAG  800

seq1  CAGAGGCAGGTGGAGATCTAAGTTCGAGGCCAGCCTGGCCTACATTATTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCAGGTGGAGATCTAAGTTCGAGGCCAGCCTGGCCTACATTATTA  850

seq1  TTTCCAGGACAGCCAGGACTACACAGAGAAATTCTGTCTTGGAAAACAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTCCAGGACAGCCAGGACTACACAGAGAAATTCTGTCTTGGAAAACAG-  899

seq1  ACAAAACAAAGCAAAAAAGTAAATAAAAA  929
      ||||||| ||||  |||||||||||||||
seq2  ACAAAAC-AAGC--AAAAGTAAATAAAAA  925