BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069G15
Chromosome10 (Build37)
Map Location 42,709,180 - 42,836,399
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC230040G06, Sobp
Upstream gene1700016J18Rik, LOC624784, Foxo3a, Lace1, LOC666540, Snx3, Nr2e1, c222389, Ostm1, Sec63, Scml4, EG666569
Downstream gene9030612E09Rik, Pdss2, LOC100042155, AK122525, LOC100042179, 1700021F05Rik, Cd24a, EG668190, LOC100041418, 1700027J07Rik, EG668192, Qrsl1, Rtn4ip1, Aim1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069G15.bB6Ng01-069G15.g
ACCDH887732DH887733
length1,012982
definitionDH887732|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069G15, 5' end.DH887733|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069G15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,709,180 - 42,710,198)(42,835,406 - 42,836,399)
sequence
gaattccaggacagtcagagctatgtaatagagagaccccttcttagaaa
caaaagaaaacaacaacaactgagttgatacacaaagccaggtgccctgg
tctgtgatcccagccctagagaggctagaacgggggcctctaagcatgtc
tcagcctgggctatacaagaagactctgtctcaaaacaagagcaatagaa
tttaaataattatatgaaaaaagaaaagtaggggccagcgagattggctg
agcaggtaaaggcacttgtcgcataagcctggtgaccagagttcaattcc
tacaatccacataaaggtggaaggagctgactcatcaaaggtgacctctg
gcttttacacatacactctgacttgtgtgcatgtgttcacgcactcctaa
ataaaagaaaaaaaataaagtcatacacacatattatatttcaattattt
tcctacattgcattagcatctatggtcttttattatatctgaatatgaca
taatggcatgtcactgcacaatgtcctcagacagcctgaaatccaacatg
gtagatactcatcatggctaaagtgccgggaattttaatatgattaaact
tagaagtgtatcgcgtctggactagatggtacagctattcagagcatgag
gaggatccaggtttgaattcttagaaccctgtggtgcctctcaaccctct
gtaacccaagtccagggtatctggtgccctcttctggctgctgtaggtac
tgcatgtatgcagtacaaagacacatatgtaaggaaactgcctcttacat
aaactgaaaagtgcatcctatctgtgttggtgtattgtgactagcccaga
tgtttcaggactactctgctagcatttggaaatcatcgcctgattagaag
tcactcgtgccgtgatgaatgtgccagtttcaacctgcgcattcaaggtt
tccttttaacccatacataacggtttagaggcatacttcaccattatgtc
tgagccatactc
gaattctctggttagttggaactgatttgagctttcctctgatgtgtttg
tctgcccctaagctcctcaggctatgaggaagggcaaccatgacaatgaa
agtctgagaagagagaggtcacccaagtgacagctgatggcaggagctgg
cacatgtctggtagagaggcagccatgatctcaagttatgtcatgaggtt
gaattcctcatgcatggaatgtgttgtgtctatctagtcttgttaggttg
atgtaatgtggaatctaaatgtggattaaaagtttaaattgtggtcagca
cttggattgcttcagtgaacaacctcctctactccagaccagctgtttgt
gaaatccaggttttagaatgctgtgtgtggtaccagggctaaagggttga
cattctttgctgttttcagacgctaggatatgagattacaactatgtggt
tagttgttactgctctctattcacggacagtaataaaggtaggtttcaat
cagagagcctggtgcatagtgtattttcattagtgtaaatggcttgggtt
aggctggcccggtaccatcctgcaaatggaaaggcagatgctttggcctg
gatgtgtgatgagatgaggctgtgctttcaagggctcaccacttcacaca
ttaaagccactttctctgtaatgcttaaccatgtctgcgacagggaaggg
aaagtgaagtgttcaaaaaacttgggatgcatggacacatcacattcggg
tggctagaagagagaggctttgaaagctgcaccattcacagatcgatcta
caaatcatccaacaagtatttgtcaagcagcttctgtgagttggcactgg
ggtgtttgttgtgctcatcgtggccacaacaactggctcctgccctcatg
aggattacagacttccgttaaaggagatcaatggcaaattcactgtaggg
ggtggatcaaatgctgtgaaatatggggggtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_42709180_42710198
seq2: B6Ng01-069G15.b_42_1053

seq1  GAATTCCAGGACAGTCAGAGCTATGTAATAGAGAGACCCCTTCTTAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGTCAGAGCTATGTAATAGAGAGACCCCTTCTTAGAAA  50

seq1  CAAAAGAAAACAACAACAACTGAGTTGATACACAAAGCCAGGTGCCCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAAAACAACAACAACTGAGTTGATACACAAAGCCAGGTGCCCTGG  100

seq1  TCTGTGATCCCAGCCCTAGAGAGGCTAGAACGGGGGCCTCTAAGCATGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGATCCCAGCCCTAGAGAGGCTAGAACGGGGGCCTCTAAGCATGTC  150

seq1  TCAGCCTGGGCTATACAAGAAGACTCTGTCTCAAAACAAGAGCAATAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTGGGCTATACAAGAAGACTCTGTCTCAAAACAAGAGCAATAGAA  200

seq1  TTTAAATAATTATATGAAAAAAGAAAAGTAGGGGCCAGCGAGATTGGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATAATTATATGAAAAAAGAAAAGTAGGGGCCAGCGAGATTGGCTG  250

seq1  AGCAGGTAAAGGCACTTGTCGCATAAGCCTGGTGACCAGAGTTCAATTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGTAAAGGCACTTGTCGCATAAGCCTGGTGACCAGAGTTCAATTCC  300

seq1  TACAATCCACATAAAGGTGGAAGGAGCTGACTCATCAAAGGTGACCTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATCCACATAAAGGTGGAAGGAGCTGACTCATCAAAGGTGACCTCTG  350

seq1  GCTTTTACACATACACTCTGACTTGTGTGCATGTGTTCACGCACTCCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTACACATACACTCTGACTTGTGTGCATGTGTTCACGCACTCCTAA  400

seq1  ATAAAAGAAAAAAAATAAAGTCATACACACATATTATATTTCAATTATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGAAAAAAAATAAAGTCATACACACATATTATATTTCAATTATTT  450

seq1  TCCTACATTGCATTAGCATCTATGGTCTTTTATTATATCTGAATATGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACATTGCATTAGCATCTATGGTCTTTTATTATATCTGAATATGACA  500

seq1  TAATGGCATGTCACTGCACAATGTCCTCAGACAGCCTGAAATCCAACATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGCATGTCACTGCACAATGTCCTCAGACAGCCTGAAATCCAACATG  550

seq1  GTAGATACTCATCATGGCTAAAGTGCCGGGAATTTTAATATGATTAAACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATACTCATCATGGCTAAAGTGCCGGGAATTTTAATATGATTAAACT  600

seq1  TAGAAGTGTATCGCGTCTGGACTAGATGGTACAGCTATTCAGAGCATGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTGTATCGCGTCTGGACTAGATGGTACAGCTATTCAGAGCATGAG  650

seq1  GAGGATCCAGGTTTGAATTCTTAGAACCCTGTGGTGCCTCTCAACCCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATCCAGGTTTGAATTCTTAGAACCCTGTGGTGCCTCTCAACCCTCT  700

seq1  GTAACCCAAGTCCAGGGTATCTGGTGCCCTCTTCTGGCTGCTGTAGGTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCCAAGTCCAGGGTATCTGGTGCCCTCTTCTGGCTGCTGTAGGTAC  750

seq1  TGCATGTATGCAGTACAAAGACACATATGTAAGGAAACTGCCTCTTACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTATGCAGTACAAAGACACATATGTAAGGAAACTGCCTCTTACAT  800

seq1  AAACTGAAAAGTGCATCCTATCTGTGTTGGTGTATTGTGACTAGCCCAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGAAAAGTGCATCCTATCTGTGTTGGTGTATTGTGACTAGCCCAGA  850

seq1  TGTTTCAGGAACTACTCTGCTAGCATTTGGAAATCATCGCCTGATTTAGA  900
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGTTTCAGG-ACTACTCTGCTAGCATTTGGAAATCATCGCCTGA-TTAGA  898

seq1  AGTCACTCGTGCCGTTGATGAATGTGCCAAGTTTCAACCTGCGCATTCAA  950
      |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTCGTGCCG-TGATGAATGTGCC-AGTTTCAACCTGCGCATTCAA  946

seq1  GGTTTCCTTTTAACCCATACATTAACGTTTAAGGAGGCATTACTCAACAT  1000
      |||||||||||||||||||||| |  |||||  |||||| ||||  ||  
seq2  GGTTTCCTTTTAACCCATACATAACGGTTTA--GAGGCA-TACTTCACCA  993

seq1  TTATGTCTGAGCCATACTC  1019
      |||||||||||||||||||
seq2  TTATGTCTGAGCCATACTC  1012

seq1: chr10_42835406_42836399
seq2: B6Ng01-069G15.g_70_1051 (reverse)

seq1  AACCCCCCATGCTCTCACAGCACTCTGCTCCACTCCCCATACAGTGAACT  50
      ||||||||||  | |||||||| | || ||||  |||| ||||||||| |
seq2  AACCCCCCAT-ATTTCACAGCA-TTTGATCCA--CCCCCTACAGTGAA-T  45

seq1  TTGCCATCTGTGTCCTCCTTTAACGGAATGTCTGTAATCCTCATGAGGGC  100
      |||||||   ||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAT---TGATCTCCTTTAACGGAA-GTCTGTAATCCTCATGAGGGC  91

seq1  AGGAGCCAGGTTGTTGTTGGCCACGATGAGCACAACAAACCACCCCAGTG  150
      |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGGAGCCA-GTTGTTG-TGGCCACGATGAGCACAACAAA-CACCCCAGTG  138

seq1  CCAACTCACAGAAGCTGCTTGACAAATACTTGTTGGATGATTTGTAGATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTCACAGAAGCTGCTTGACAAATACTTGTTGGATGATTTGTAGATC  188

seq1  GATCTGTGAATGGTGCAGCTTTCAAAGCCTCTCTCTTCTAGCCACCCGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGTGAATGGTGCAGCTTTCAAAGCCTCTCTCTTCTAGCCACCCGAA  238

seq1  TGTGATGTGTCCATGCATCCCAAGTTTTTTGAACACTTCACTTTCCCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGTGTCCATGCATCCCAAGTTTTTTGAACACTTCACTTTCCCTTC  288

seq1  CCTGTCGCAGACATGGTTAAGCATTACAGAGAAAGTGGCTTTAATGTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCGCAGACATGGTTAAGCATTACAGAGAAAGTGGCTTTAATGTGTG  338

seq1  AAGTGGTGAGCCCTTGAAAGCACAGCCTCATCTCATCACACATCCAGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGTGAGCCCTTGAAAGCACAGCCTCATCTCATCACACATCCAGGCC  388

seq1  AAAGCATCTGCCTTTCCATTTGCAGGATGGTACCGGGCCAGCCTAACCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATCTGCCTTTCCATTTGCAGGATGGTACCGGGCCAGCCTAACCCA  438

seq1  AGCCATTTACACTAATGAAAATACACTATGCACCAGGCTCTCTGATTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTTACACTAATGAAAATACACTATGCACCAGGCTCTCTGATTGAA  488

seq1  ACCTACCTTTATTACTGTCCGTGAATAGAGAGCAGTAACAACTAACCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACCTTTATTACTGTCCGTGAATAGAGAGCAGTAACAACTAACCACA  538

seq1  TAGTTGTAATCTCATATCCTAGCGTCTGAAAACAGCAAAGAATGTCAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGTAATCTCATATCCTAGCGTCTGAAAACAGCAAAGAATGTCAACC  588

seq1  CTTTAGCCCTGGTACCACACACAGCATTCTAAAACCTGGATTTCACAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGCCCTGGTACCACACACAGCATTCTAAAACCTGGATTTCACAAAC  638

seq1  AGCTGGTCTGGAGTAGAGGAGGTTGTTCACTGAAGCAATCCAAGTGCTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGTCTGGAGTAGAGGAGGTTGTTCACTGAAGCAATCCAAGTGCTGA  688

seq1  CCACAATTTAAACTTTTAATCCACATTTAGATTCCACATTACATCAACCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAATTTAAACTTTTAATCCACATTTAGATTCCACATTACATCAACCT  738

seq1  AACAAGACTAGATAGACACAACACATTCCATGCATGAGGAATTCAACCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGACTAGATAGACACAACACATTCCATGCATGAGGAATTCAACCTC  788

seq1  ATGACATAACTTGAGATCATGGCTGCCTCTCTACCAGACATGTGCCAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACATAACTTGAGATCATGGCTGCCTCTCTACCAGACATGTGCCAGCT  838

seq1  CCTGCCATCAGCTGTCACTTGGGTGACCTCTCTCTTCTCAGACTTTCATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCATCAGCTGTCACTTGGGTGACCTCTCTCTTCTCAGACTTTCATT  888

seq1  GTCATGGTTGCCCTTCCTCATAGCCTGAGGAGCTTAGGGGCAGACAAACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGGTTGCCCTTCCTCATAGCCTGAGGAGCTTAGGGGCAGACAAACA  938

seq1  CATCAGAGGAAAGCTCAAATCAGTTCCAACTAACCAGAGAATTC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGAGGAAAGCTCAAATCAGTTCCAACTAACCAGAGAATTC  982