BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-074A03
Chromosome10 (Build37)
Map Location 61,368,833 - 61,559,574
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol13a1, EG436164, EG432466
Upstream genePcbd1, Sgpl1, 1700021K02Rik, Adamts14, Prf1, EG237361, X99384, Nodal, Eif4ebp2, D830039M14Rik, Lrrc20, Npffr1, Ppa1, Sar1a, Tysnd1, Aifm2, H2afy2, LOC100039284
Downstream gene2010107G23Rik, Neurog3, Tspan15, Tacr2, Hk1, 2210417K05Rik, Hkdc1, Supv3l1, Vps26a, Srgn, 2510003E04Rik, Ddx21, Ddx50, Stox1, Ccar1, Cxxc6, Slc25a16, Dna2l, Rufy2, Hnrph3, 3110049J23Rik, Pbld
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-074A03.bB6Ng01-074A03.g
ACCDH890975DH890976
length812997
definitionDH890975|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074A03, 5' end.DH890976|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074A03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,368,833 - 61,369,645)(61,558,576 - 61,559,574)
sequence
gaattcaagaggtaagatgcttgcctcatatgcttaaactcttacattga
gtcaccagtattacaaaaaaaggggcagaggtggtaggaggtgaacatag
caaggatgctggacgagtcagagtataaagaaagcaggatgcccagccag
gggttcctttgtcactccagtggcgggcagcctccctccatgcagctccc
aacaggccagtggtgccacctctggtgacgtatgggaatgacccaggaat
ttcacacctggtcattggacactacagtccttatcaagtggcttatgcca
ggccccctagtgagcagccaaatgggccatccacatttaaaatagcacca
gcagtgagaagttccaaagtggctggaaaggagctctgcacaggaggtgg
gaggcttccggtggcccccctacctctccccattgccaccacacaggaag
ctccgatgagggagggcaggaaggaggagccggaagtactttttgcacta
ggcagaacttcctgcaggccagctgctgcacccagcagggggctggcggg
ggtgggggggactcccaacatttacctaaccaagagcaaggtggtaggcc
agttggcttgggtacaaaatcaacttcacctccttccggggtagattttg
cccattaaaggggatcattaaggctatagtgagacttaggtgcatccaat
atgatcgctccaggaaggatggcagggtaactgggtgggacccagtgaca
gcatagacagacccagtgtctatggatggactgatggaacagatacgggg
ggtgggttgggg
gaattccaggcatgagccaccatgcaggatttatacagagctccagtccc
agcccaggagttcctgcatgccaggcaagtgcttctcctgcgtcctcctg
ggggcttggtgtctctcatgatgccactgccctgagagagagacacaaac
tgagggctggggagatggctctgtgggtaaaagctcttgccacctaagtg
taaggacctgtcctagttctggggagaacccacctaacagctaggttcat
agcacacgcacctgcgattccagagctcctgcagggagcagagatgcaga
ggaagccaaaaagcaacagaaagattacacaagctggaatgtgaggacca
aggtaccaatccacacacagtcacactgacattgaacgtccccatacaca
catgggcactcacacacacacacaaacacacagtgcactgacattagacc
ttcccatacatgaatacacacacacacacactcagagctcaggtggtccc
gtggacacccaggtagaggacttcccaagccagtggacaagaagtggcca
tcagcagagggaagccacaacttgccttcctagaatgacagcagtcacat
ggacacagctcccgatagcctgtgagggggacagggccccacaaaactcc
aaaggctcctgactatgcagaattgccagatactgagcacaggcatagcc
acgaaggtggccatgttggttctacggcagaagcttaaacaaacgtacta
cagccggaaaatggaaccttcgggtcctgaggtcccaggctcctttgtaa
gatgggggcatatgttagctacttttcttgttgccgacaaaacacctgac
agagtcgacttgtggaaggaaagggttgcttggctcacagttgcagggtg
gggaattctatcatagtggcaagagtgttctggcttcggctcaatactat
ctcagcccttttcctttctctcctctctctctctctcctctctctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_61368833_61369645
seq2: B6Ng01-074A03.b_47_858

seq1  GAATTCAAGAGGTAAGATGCTTGCCTCATATGCTTAAACTCTTACATTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAGGTAAGATGCTTGCCTCATATGCTTAAACTCTTACATTGA  50

seq1  GTCACCAGTATTACAAAAAAAGGGGCAGAGGTGGTAGGAGGTGAACATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCAGTATTACAAAAAAAGGGGCAGAGGTGGTAGGAGGTGAACATAG  100

seq1  CAAGGATGCTGGACGAGTCAGAGTATAAAGAAAGCAGGATGCCCAGCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGATGCTGGACGAGTCAGAGTATAAAGAAAGCAGGATGCCCAGCCAG  150

seq1  GGGTTCCTTTGTCACTCCAGTGGCGGGCAGCCTCCCTCCATGCAGCTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCCTTTGTCACTCCAGTGGCGGGCAGCCTCCCTCCATGCAGCTCCC  200

seq1  AACAGGCCAGTGGTGCCACCTCTGGTGACGTATGGGAATGACCCAGGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGCCAGTGGTGCCACCTCTGGTGACGTATGGGAATGACCCAGGAAT  250

seq1  TTCACACCTGGTCATTGGACACTACAGTCCTTATCAAGTGGCTTATGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACCTGGTCATTGGACACTACAGTCCTTATCAAGTGGCTTATGCCA  300

seq1  GGCCCCCTAGTGAGCAGCCAAATGGGCCATCCACATTTAAAATAGCACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCCCTAGTGAGCAGCCAAATGGGCCATCCACATTTAAAATAGCACCA  350

seq1  GCAGTGAGAAGTTCCAAAGTGGCTGGAAAGGAGCTCTGCACAGGAGGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGAGAAGTTCCAAAGTGGCTGGAAAGGAGCTCTGCACAGGAGGTGG  400

seq1  GAGGCTTCCGGTGGCCCCCCTACCTCTCCCCATTGCCACCACACAGGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTCCGGTGGCCCCCCTACCTCTCCCCATTGCCACCACACAGGAAG  450

seq1  CTCCGATGAGGGAGGGCAGGAAGGAGGAGCCGGAAGTACTTTTTGCACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGATGAGGGAGGGCAGGAAGGAGGAGCCGGAAGTACTTTTTGCACTA  500

seq1  GGCAGAACTTCCTGCAGGCCAGCTGCTGCACCCAGCAGGGGGCTGGCGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAACTTCCTGCAGGCCAGCTGCTGCACCCAGCAGGGGGCTGGCGGG  550

seq1  GGTGGGGGGGACTCCCAACATTTACCTAACCAAGAGCAAGGTGGTAGGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGGGGGACTCCCAACATTTACCTAACCAAGAGCAAGGTGGTAGGCC  600

seq1  AGTTGGCTTGGGTACAAAATCAACTTCACCTCCTTCCGGGGTAGATTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGCTTGGGTACAAAATCAACTTCACCTCCTTCCGGGGTAGATTTTG  650

seq1  CCCATTAAAGGGGATCATTAAGGCTATAGTGAGACTTAGGTGCATCCAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTAAAGGGGATCATTAAGGCTATAGTGAGACTTAGGTGCATCCAAT  700

seq1  ATGATCGCTCCAGGAAGGATGGCAGGGTAACTGGGTGGGACCCAGTGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCGCTCCAGGAAGGATGGCAGGGTAACTGGGTGGGACCCAGTGACA  750

seq1  GCATAGACAGACCCAGTGTCTAATGGATGGACTGATGGAACAGATACGGT  800
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCATAGACAGACCCAGTGTCT-ATGGATGGACTGATGGAACAGATACGGG  799

seq1  GGGTGGGTTGGGG  813
      |||||||||||||
seq2  GGGTGGGTTGGGG  812

seq1: chr10_61558576_61559574
seq2: B6Ng01-074A03.g_69_1065 (reverse)

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAAAAAGAGCTGAGA  50
      |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||
seq2  AGAGAGAGAG-GAGAGAGAGAGAGAG-GAGAGAAAGGAAAAGGGCTGAGA  48

seq1  TAGTATTGAGCCGAAGCCAGAACACTCTTGCCACTATGATAGAATTCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATTGAGCCGAAGCCAGAACACTCTTGCCACTATGATAGAATTCCCC  98

seq1  ACCCCTGCAACTGTGAGCCAAGCAACCCTTTCCTTCCACAAGTCGACTCT  150
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-CCCTGCAACTGTGAGCCAAGCAACCCTTTCCTTCCACAAGTCGACTCT  147

seq1  GTCAGGTGTTTTGTCGGCAACAAG-AAAGTAGCTAACATATGCCCCCATC  199
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGTGTTTTGTCGGCAACAAGAAAAGTAGCTAACATATGCCCCCATC  197

seq1  TTACAAAGGAGCCTGGGACCTCAGGACCCGAAGGTTCCATTTTCCGGCTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAAGGAGCCTGGGACCTCAGGACCCGAAGGTTCCATTTTCCGGCTG  247

seq1  TAGTACGTTTGTTTAAGCTTCTGCCGTAGAACCAACATGGCCACCTTCGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACGTTTGTTTAAGCTTCTGCCGTAGAACCAACATGGCCACCTTCGT  297

seq1  GGCTATGCCTGTGCTCAGTATCTGGCAATTCTGCATAGTCAGGAGCCTTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATGCCTGTGCTCAGTATCTGGCAATTCTGCATAGTCAGGAGCCTTT  347

seq1  GGAGTTTTGTGGGGCCCTGTCCCCCTCACAGGCTATCGGGAGCTGTGTCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTTTGTGGGGCCCTGTCCCCCTCACAGGCTATCGGGAGCTGTGTCC  397

seq1  ATGTGACTGCTGTCATTCTAGGAAGGCAAGTTGTGGCTTCCCTCTGCTGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGACTGCTGTCATTCTAGGAAGGCAAGTTGTGGCTTCCCTCTGCTGA  447

seq1  TGGCCACTTCTTGTCCACTGGCTTGGGAAGTCCTCTACCTGGGTGTCCAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCACTTCTTGTCCACTGGCTTGGGAAGTCCTCTACCTGGGTGTCCAC  497

seq1  GGGACCACCTGAGCTCTGAGTGTGTGTGTGTGTGTATTCATGTATGGGAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCACCTGAGCTCTGAGTGTGTGTGTGTGTGTATTCATGTATGGGAA  547

seq1  GGTCTAATGTCAGTGCACTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGAGTGCCCATG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTAATGTCAGTGCACTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGAGTGCCCATG  597

seq1  TGTGTATGGGGACGTTCAATGTCAGTGTGACTGTGTGTGGATTGGTACCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATGGGGACGTTCAATGTCAGTGTGACTGTGTGTGGATTGGTACCT  647

seq1  TGGTCCTCACATTCCAGCTTGTGTAATCTTTCTGTTGCTTTTTGGCTTCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCTCACATTCCAGCTTGTGTAATCTTTCTGTTGCTTTTTGGCTTCC  697

seq1  TCTGCATCTCTGCTCCCTGCAGGAGCTCTGGAATCGCAGGTGCGTGTGCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATCTCTGCTCCCTGCAGGAGCTCTGGAATCGCAGGTGCGTGTGCT  747

seq1  ATGAACCTAGCTGTTAGGTGGGTTCTCCCCAGAACTAGGACAGGTCCTTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACCTAGCTGTTAGGTGGGTTCTCCCCAGAACTAGGACAGGTCCTTA  797

seq1  CACTTAGGTGGCAAGAGCTTTTACCCACAGAGCCATCTCCCCAGCCCTCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAGGTGGCAAGAGCTTTTACCCACAGAGCCATCTCCCCAGCCCTCA  847

seq1  GTTTGTGTCTCTCTCTCAGGGCAGTGGCATCATGAGAGACACCAAGCCCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGTCTCTCTCTCAGGGCAGTGGCATCATGAGAGACACCAAGCCCC  897

seq1  CAGGAGGACGCAGGAGAAGCACTTGCCTGGCATGCAGGAACTCCTGGGCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGACGCAGGAGAAGCACTTGCCTGGCATGCAGGAACTCCTGGGCT  947

seq1  GGGACTGGAGCTCTGTATAAATCCTGCATGGTGGCTCATGCCTGGAATTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTGGAGCTCTGTATAAATCCTGCATGGTGGCTCATGCCTGGAATTC  997