BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-075A11
Chromosome10 (Build37)
Map Location 72,706,785 - 72,891,095
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC432471
Upstream geneLOC100040505, Zwint, LOC544705
Downstream geneLOC100039981, LOC623191, Pcdh15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-075A11.bB6Ng01-075A11.g
ACCDH891707DH891708
length1,169722
definitionDH891707|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075A11, 5' end.DH891708|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075A11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,706,785 - 72,707,963)(72,890,374 - 72,891,095)
sequence
gaattcatagccactatgcctcaagatccccatgccaagatccaagttag
aaacttctgtctcccagcctccagattagggtcattggtgagccttccag
ttctggattgtagttcattccagatatagtcaagctgacaaccaggagta
gccactacagctagtgggttaggttcatgccttgacttctttccgtatgg
agtataatatatgagtttcaatatactctctccactctaagtcaattttg
gtcatagtatttatcacagcagcagaaaagcacattataccagatagatc
aatggatagattaacaaatatatgggcaaacaatagatgtatgtatgttt
tctatggatgtttacacattagagatatgataactcaatcagagctggac
actaaatgtattttcttttctgcagttattttgtactgcatatacactgt
atttaatcttggatattgtttgtactacatttaactcctatgagtgaata
agagaatgttgcatctcttggactatgatgtgaaccaatgcaatatccca
tcagaggcaaagggaatgtcccacaataggccagggccttgtggtacaat
agaaagaacatagagtgtgtttggaaagcatggattttaacgaagctggg
ggtaattccaaagacatgaccaatgtgccatcccactggtgacattattg
acaagtgattgcaagatggggctactaaatctgtcagttcacagtgagcg
atttcctttcatatctatatcattgggtgatatagataaatattgatgta
ccttataatagtaagaatatatatacatacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacatatatatatatatatatatatatatat
atatatatatatgaatgatacctgaagaacccccaagaacaagaagtttc
cagggtaatagggataggtaaagcagactggtctgtcacatactgatgtg
aacttacagaagtgacattgagtcttcagttaggcatgcacatttttata
taaccaggaaatactttatccaattgaagcctttggaaagctatcatacc
cttttacccatcgattaagactttattaatagtctatgtatgtagagaaa
atgaatccctggcttttca
gaattcactgccctgacaaaaattaatgtctcaataagaatgaatacatt
tgtaacaattaaatgattttactaaatctaagatttgcataatactgttt
atatgagccaagcaaagattataatgggaaggtttaaaataaattggatt
ttattagcagataaagttaaaaataaattggattttattaccagatacag
taaaccaaatcttttctttggatcatcatctttcagatagtgatgttttc
tttgtactgttactgttttattaaatacgagatatactatttctgtgttt
tttcatctgtaaaccccctttctttgaaattcttcactctttgaaaactg
atcagatttggcaagttactcaggcaggagctggaaatcgaaatggtttt
acgtgagtttaaaccacaaaactgtgtatcgaaaaaaaaaatcaatcagt
ctttagagtgtatcatgatgtgtatcacataaaaggagaagttagcacat
caatttccttacagaaaacaagttaaagataaattctcacctcttgtctc
cacctagaatacaggctatgatgtttgagaatgtaagagtcttacattca
tttaatcaagaattacaaataaatttataaaaaattatacatggaaatca
caagaaattgtaaatataaaataaaataaaaggtctgaatgtgtgggaga
gagagggaatgagagggaggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_72706785_72707963
seq2: B6Ng01-075A11.b_48_1216

seq1  GAATTCATAGCCACTATGCCTCAAGATCCCCATGCCAAGATCCAAGTTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGCCACTATGCCTCAAGATCCCCATGCCAAGATCCAAGTTAG  50

seq1  AAACTTCTGTCTCCCAGCCTCCAGATTAGGGTCATTGGTGAGCCTTCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTCTGTCTCCCAGCCTCCAGATTAGGGTCATTGGTGAGCCTTCCAG  100

seq1  TTCTGGATTGTAGTTCATTCCAGATATAGTCAAGCTGACAACCAGGAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGATTGTAGTTCATTCCAGATATAGTCAAGCTGACAACCAGGAGTA  150

seq1  GCCACTACAGCTAGTGGGTTAGGTTCATGCCTTGACTTCTTTCCGTATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTACAGCTAGTGGGTTAGGTTCATGCCTTGACTTCTTTCCGTATGG  200

seq1  AGTATAATATATGAGTTTCAATATACTCTCTCCACTCTAAGTCAATTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAATATATGAGTTTCAATATACTCTCTCCACTCTAAGTCAATTTTG  250

seq1  GTCATAGTATTTATCACAGCAGCAGAAAAGCACATTATACCAGATAGATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAGTATTTATCACAGCAGCAGAAAAGCACATTATACCAGATAGATC  300

seq1  AATGGATAGATTAACAAATATATGGGCAAACAATAGATGTATGTATGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATAGATTAACAAATATATGGGCAAACAATAGATGTATGTATGTTT  350

seq1  TCTATGGATGTTTACACATTAGAGATATGATAACTCAATCAGAGCTGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGGATGTTTACACATTAGAGATATGATAACTCAATCAGAGCTGGAC  400

seq1  ACTAAATGTATTTTCTTTTCTGCAGTTATTTTGTACTGCATATACACTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAATGTATTTTCTTTTCTGCAGTTATTTTGTACTGCATATACACTGT  450

seq1  ATTTAATCTTGGATATTGTTTGTACTACATTTAACTCCTATGAGTGAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATCTTGGATATTGTTTGTACTACATTTAACTCCTATGAGTGAATA  500

seq1  AGAGAATGTTGCATCTCTTGGACTATGATGTGAACCAATGCAATATCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATGTTGCATCTCTTGGACTATGATGTGAACCAATGCAATATCCCA  550

seq1  TCAGAGGCAAAGGGAATGTCCCACAATAGGCCAGGGCCTTGTGGTACAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGCAAAGGGAATGTCCCACAATAGGCCAGGGCCTTGTGGTACAAT  600

seq1  AGAAAGAACATAGAGTGTGTTTGGAAAGCATGGATTTTAACGAAGCTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAACATAGAGTGTGTTTGGAAAGCATGGATTTTAACGAAGCTGGG  650

seq1  GGTAATTCCAAAGACATGACCAATGTGCCATCCCACTGGTGACATTATTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATTCCAAAGACATGACCAATGTGCCATCCCACTGGTGACATTATTG  700

seq1  ACAAGTGATTGCAAGATGGGGCTACTAAATCTGTCAGTTCACAGTGAGCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTGATTGCAAGATGGGGCTACTAAATCTGTCAGTTCACAGTGAGCG  750

seq1  ATTTCCTTTCATATCTATATCATTGGGTGATATAGATAAATATTGATGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTTTCATATCTATATCATTGGGTGATATAGATAAATATTGATGTA  800

seq1  CCTTATAATAGTAAGAATATATATACATACACACACACACACACACACAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATAATAGTAAGAATATATATACATACACACACACACACACACACAC  850

seq1  ACACACACACACACACACACACATATATATATATATATATATATATATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACATATATATATATATATATATATATATAT  900

seq1  ATATATATATATGAATGATACCTGAAGAACCCCCAAGAACAAGAAGTTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATGAATGATACCTGAAGAACCCCCAAGAACAAGAAGTTTC  950

seq1  CAGGGTAATAGGGATAGGTAAAGCAGACTGGTCTGTCAACAATACTGATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  CAGGGTAATAGGGATAGGTAAAGCAGACTGGTCTGTCA--CATACTGATG  998

seq1  TGAACTTACAGAAGGTGACATTGAGTCTTCAGTTAGGCATGCACATTTTT  1050
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTTACAGAA-GTGACATTGAGTCTTCAGTTAGGCATGCACATTTTT  1047

seq1  ATATAACCAGGAAAATACCTTAGTTCAAATGAAAGCCTTTTGAAAGCTAT  1100
      ||||||||||| |||||| |||  || |||  |||||||| |||||||||
seq2  ATATAACCAGG-AAATACTTTA--TCCAATTGAAGCCTTTGGAAAGCTAT  1094

seq1  CATAACCTTTTAACCAATCAGATAAAGACTTATATATATAAGTC-ATGTA  1149
      |||| |||||| ||| ||| ||| ||||||| ||| ||  |||| |||||
seq2  CATACCCTTTT-ACCCATC-GATTAAGACTT-TAT-TAATAGTCTATGTA  1140

seq1  TGTAGAGAAAATGAATCTCTGCACTTTTCA  1179
      ||||||||||||||||| |||  |||||||
seq2  TGTAGAGAAAATGAATCCCTG-GCTTTTCA  1169

seq1: chr10_72890374_72891095
seq2: B6Ng01-075A11.g_67_788 (reverse)

seq1  TCCCTCCCTCTCATTCCCTCTCTCTCCCACACATTCAGACCTTTTATTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCCTCTCATTCCCTCTCTCTCCCACACATTCAGACCTTTTATTTT  50

seq1  ATTTTATATTTACAATTTCTTGTGATTTCCATGTATAATTTTTTATAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATATTTACAATTTCTTGTGATTTCCATGTATAATTTTTTATAAAT  100

seq1  TTATTTGTAATTCTTGATTAAATGAATGTAAGACTCTTACATTCTCAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGTAATTCTTGATTAAATGAATGTAAGACTCTTACATTCTCAAAC  150

seq1  ATCATAGCCTGTATTCTAGGTGGAGACAAGAGGTGAGAATTTATCTTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAGCCTGTATTCTAGGTGGAGACAAGAGGTGAGAATTTATCTTTAA  200

seq1  CTTGTTTTCTGTAAGGAAATTGATGTGCTAACTTCTCCTTTTATGTGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTTCTGTAAGGAAATTGATGTGCTAACTTCTCCTTTTATGTGATA  250

seq1  CACATCATGATACACTCTAAAGACTGATTGATTTTTTTTTTCGATACACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCATGATACACTCTAAAGACTGATTGATTTTTTTTTTCGATACACA  300

seq1  GTTTTGTGGTTTAAACTCACGTAAAACCATTTCGATTTCCAGCTCCTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTGGTTTAAACTCACGTAAAACCATTTCGATTTCCAGCTCCTGCC  350

seq1  TGAGTAACTTGCCAAATCTGATCAGTTTTCAAAGAGTGAAGAATTTCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAACTTGCCAAATCTGATCAGTTTTCAAAGAGTGAAGAATTTCAAA  400

seq1  GAAAGGGGGTTTACAGATGAAAAAACACAGAAATAGTATATCTCGTATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGGGTTTACAGATGAAAAAACACAGAAATAGTATATCTCGTATTT  450

seq1  AATAAAACAGTAACAGTACAAAGAAAACATCACTATCTGAAAGATGATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAACAGTAACAGTACAAAGAAAACATCACTATCTGAAAGATGATGA  500

seq1  TCCAAAGAAAAGATTTGGTTTACTGTATCTGGTAATAAAATCCAATTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGAAAAGATTTGGTTTACTGTATCTGGTAATAAAATCCAATTTAT  550

seq1  TTTTAACTTTATCTGCTAATAAAATCCAATTTATTTTAAACCTTCCCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAACTTTATCTGCTAATAAAATCCAATTTATTTTAAACCTTCCCATT  600

seq1  ATAATCTTTGCTTGGCTCATATAAACAGTATTATGCAAATCTTAGATTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTTTGCTTGGCTCATATAAACAGTATTATGCAAATCTTAGATTTA  650

seq1  GTAAAATCATTTAATTGTTACAAATGTATTCATTCTTATTGAGACATTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATCATTTAATTGTTACAAATGTATTCATTCTTATTGAGACATTAA  700

seq1  TTTTTGTCAGGGCAGTGAATTC  722
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTCAGGGCAGTGAATTC  722