BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-079E23
Chromosome10 (Build37)
Map Location 65,370,961 - 65,565,409
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCtnna3, LOC665206, LOC216036
Downstream gene1700023F02Rik, 4930407I19Rik, Reep3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-079E23.bB6Ng01-079E23.g
ACCDH894754DH894755
length1,0071,081
definitionDH894754|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079E23, 5' end.DH894755|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079E23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,564,406 - 65,565,409)(65,370,961 - 65,371,955)
sequence
gaattcattgagctgagaaagatttcttgatgtcaggcaactgtaatttc
ttatgtgagagagagaagggggagggagagagaacagaaagatagagaca
gagatgacagacagacagagacagagatatgcttgtatatttgcatgtgt
gcatatgtctatgtgtgaatgcctatatgtttgtgtatgggtgggtacat
atgggggtatgttggggtgacatcttcaggaaaaacatctatctcctttg
gcatagtaactctccttgctgtgcggcacatccatgaggttagactgact
gcccagtaaacattaaccatctcattgtgtctgactgactaaccacattt
gggatgggaatcttgcttcacatgctccataagttgacatgagcagggac
tggactttgactctcattcttgcatgtcaagcaccttattgaatgaacag
tttctccagccccactaatgtattagtttgcaactgaaaacaatgcttat
gcagtggctgtactttccgttaacccaaggccttctgggaaatcaccatg
acccatcaccctttgcattcttgattttctagctctttcactatctcaca
cagataaagttaattgtttattttttccctatttctcgtcttgagatcac
atgctgtgggagaataggaatgcttttttttttttctttacagtcgtcta
agaacctacactgtgtctaacactcaataaatattaaagatgctgttatc
tctctacatactaaataaatttatttaatatcacccaaaggagtaaatat
gacttcctcgactcttgcatattacttttgggaatagtcactttaatatt
tgtgttttccctttataatttaccggtagtaaattcagtatgctgatttt
acgtgtatcttgacctcttgaatggcttactttacctctcttttaagagg
ctggatcattttccatggtgcactttatattggaggatattcaaatcctg
tctaaca
gaattcttattatagttatgtatggcagactacattacttattagtagaa
agtccccacacacaatcacttaggataaaagccaagccactcacatatac
aggaatttacaggaagtagattggctgtgatttgaggaggaactagaatg
ctgcatttagaatgctgcattgttcatgagaaggttagctagagcagaac
tccctaattagaaccatgacttgggtgtgaaagctcttgccccgggagtg
taaagacctcacacttggcttctaagaatatggctgaccttagatgagct
gactttgtctcacttgttttattgcccagttcctgccagtctttatgttt
gcattcctctgttttgtgttagagtcattaatcatccagtaacctcattg
tacctcgccaatgtgtcacctaacttccctatttccttctgtattaaaag
tctgatgctcaatttgacaaattatattcagattcaacacactcccttgt
gtccctatttgtttgtcatttctcactgactccttcccacctgatcagga
ccctgatttctcctgcaggctgaggggggccaactgaggcgggtgagcag
caagagtcatttactgtttcaagatgctgtggatttccagtgtgagtttg
aaatggttggatggttcttgtgctaacattgctcagcaccagtaacctat
ggaatgatttgactaaatgttaacacctacacggggctgggagttcgttt
gcataatcacctatggtatggccagtgggtacctctgtacttacactact
ggtgttcatggtttccttgggggcagcaaggcaagactcagtctttcgag
tttccaggattctctacctctgtgatatgtattattactgcctcacccaa
agcagttacatggccaagccgaatgtaaggagtatttgggctttcaagag
attagagagagacatgactatttggggaaattattctattcacactttga
gtacttcctatgaatacaattaattgactaagcacaatatgatacattat
cttataattatcaatgaatcatgtagttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_65564406_65565409
seq2: B6Ng01-079E23.b_48_1054 (reverse)

seq1  TGTTAGACAGTATTTGATATTCCTCAAATATAAAGTGCA-CATGGAAAAT  49
      |||||||||| ||||||   ||||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGTTAGACAGGATTTGAATATCCTCCAATATAAAGTGCACCATGGAAAAT  50

seq1  GATCCAGCTTC-TCAGAGGGAGGTAAAGTAAGCCATTCAAGAGGTCAAGA  98
      |||||||| || | | || |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAGCCTCTTAAAAGAGAGGTAAAGTAAGCCATTCAAGAGGTCAAGA  100

seq1  TACACGTAAAATCAGCATACTGAATTTACTACCGGTAAATTATAAAGGGA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACGTAAAATCAGCATACTGAATTTACTACCGGTAAATTATAAAGGGA  150

seq1  AAACACAAATAATAAAGTGACTATTCCCAAAAGTAATATGCAAGAGTCGA  198
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACAAATATTAAAGTGACTATTCCCAAAAGTAATATGCAAGAGTCGA  200

seq1  GGAAGTCATTATTTACTCCTTTGGGTGATATTAAATAAATTTATTTAGTA  248
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTCA-TATTTACTCCTTTGGGTGATATTAAATAAATTTATTTAGTA  249

seq1  TGTAGAGAGATAACAGCATCTTTAATATTTATTGAGTGTTAGACACAGTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAGAGATAACAGCATCTTTAATATTTATTGAGTGTTAGACACAGTG  299

seq1  TAGGTTCTTAGACGACTGTAAAG--AAAAAAAAAAGCATTCCTATTCTCC  346
      |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTCTTAGACGACTGTAAAGAAAAAAAAAAAAGCATTCCTATTCTCC  349

seq1  CACAGCATGTGATCTCAAGACGAGAAATAGGGAAAAAATAAACAATTAAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCATGTGATCTCAAGACGAGAAATAGGGAAAAAATAAACAATTAAC  399

seq1  TTTATCTGTGTGAGATAGTGAAAGAGCTAGAAAATCAAGAATGCAAAGGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTGTGTGAGATAGTGAAAGAGCTAGAAAATCAAGAATGCAAAGGG  449

seq1  TGATGGGTCATGGTGATTTCCCAGAAGGCCTTGGGTTAACGGAAAGTACA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGGTCATGGTGATTTCCCAGAAGGCCTTGGGTTAACGGAAAGTACA  499

seq1  GCCACTGCATAAGCATTGTTTTCAGTTGCAAACTAATACATTAGTGGGGC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTGCATAAGCATTGTTTTCAGTTGCAAACTAATACATTAGTGGGGC  549

seq1  TGGAGAAACTGTTCATTCAATAAGGTGCTTGACATGCAAGAATGAGAGTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAAACTGTTCATTCAATAAGGTGCTTGACATGCAAGAATGAGAGTC  599

seq1  AAAGTCCAGTCCCTGCTCATGTCAACTTATGGAGCATGTGAAGCAAGATT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCAGTCCCTGCTCATGTCAACTTATGGAGCATGTGAAGCAAGATT  649

seq1  CCCATCCCAAATGTGGTTAGTCAGTCAGACACAATGAGATGGTTAATGTT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCCCAAATGTGGTTAGTCAGTCAGACACAATGAGATGGTTAATGTT  699

seq1  TACTGGGCAGTCAGTCTAACCTCATGGATGTGCCGCACAGCAAGGAGAGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGGCAGTCAGTCTAACCTCATGGATGTGCCGCACAGCAAGGAGAGT  749

seq1  TACTATGCCAAAGGAGATAGATGTTTTTCCTGAAGATGTCACCCCAACAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATGCCAAAGGAGATAGATGTTTTTCCTGAAGATGTCACCCCAACAT  799

seq1  ACCCCCATATGTACCCACCCATACACAAACATATAGGCATTCACACATAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCATATGTACCCACCCATACACAAACATATAGGCATTCACACATAG  849

seq1  ACATATGCACACATGCAAATATACAAGCATATCTCTGTCTCTGTCTGTCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGCACACATGCAAATATACAAGCATATCTCTGTCTCTGTCTGTCT  899

seq1  GTCATCTCTGTCTCTATCTTTCTGTTCTCTCTCCCTCCCCCTTCTCTCTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCTCTGTCTCTATCTTTCTGTTCTCTCTCCCTCCCCCTTCTCTCTC  949

seq1  TCACATAAGAAATTACAGTTGCCTGACATCAAGAAATCTTTCTCAGCTCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATAAGAAATTACAGTTGCCTGACATCAAGAAATCTTTCTCAGCTCA  999

seq1  ATGAATTC  1004
      ||||||||
seq2  ATGAATTC  1007

seq1: chr10_65370961_65371955
seq2: B6Ng01-079E23.g_177_1151

seq1  TTACAGGAAGTAGATTGGCTGTGATTTGAGGAGGAACTAGAATGCTGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGGAAGTAGATTGGCTGTGATTTGAGGAGGAACTAGAATGCTGCAT  50

seq1  TTAGAATGCTGCATTGTTCATGAGAAGGTTAGCTAGAGCAGAACTCCCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATGCTGCATTGTTCATGAGAAGGTTAGCTAGAGCAGAACTCCCTA  100

seq1  ATTAGAACCATGACTTGGGTGTGAAAGCTCTTGCCCCGGGAGTGTAAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAACCATGACTTGGGTGTGAAAGCTCTTGCCCCGGGAGTGTAAAGA  150

seq1  CCTCACACTTGGCTTCTAAGAATATGGCTGACCTTAGATGAGCTGACTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACACTTGGCTTCTAAGAATATGGCTGACCTTAGATGAGCTGACTTT  200

seq1  GTCTCACTTGTTTTATTGCCCAGTTCCTGCCAGTCTTTATGTTTGCATTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCACTTGTTTTATTGCCCAGTTCCTGCCAGTCTTTATGTTTGCATTC  250

seq1  CTCTGTTTTGTGTTAGAGTCATTAATCATCCAGTAACCTCATTGTACCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTTTGTGTTAGAGTCATTAATCATCCAGTAACCTCATTGTACCTC  300

seq1  GCCAATGTGTCACCTAACTTCCCTATTTCCTTCTGTATTAAAAGTCTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATGTGTCACCTAACTTCCCTATTTCCTTCTGTATTAAAAGTCTGAT  350

seq1  GCTCAATTTGACAAATTATATTCAGATTCAACACACTCCCTTGTGTCCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAATTTGACAAATTATATTCAGATTCAACACACTCCCTTGTGTCCCT  400

seq1  ATTTGTTTGTCATTTCTCACTGACTCCTTCCCACCTGATCAGGACCCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTTGTCATTTCTCACTGACTCCTTCCCACCTGATCAGGACCCTGA  450

seq1  TTTCTCCTGCAGGCTGAGGGGGGCCAACTGAGGCGGGTGAGCAGCAAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCTGCAGGCTGAGGGGGGCCAACTGAGGCGGGTGAGCAGCAAGAG  500

seq1  TCATTTACTGTTTCAAGATGCTGTGGATTTCCAGTGTGAGTTTGAAATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTACTGTTTCAAGATGCTGTGGATTTCCAGTGTGAGTTTGAAATGG  550

seq1  TTGGATGGTTCTTGTGCTAACATTGCTCAGCACCAGTAACCTATGGAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATGGTTCTTGTGCTAACATTGCTCAGCACCAGTAACCTATGGAATG  600

seq1  ATTTGACTAAATGTTAACACCTACACGGGGCTGGGAGTTCGTTTGCATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGACTAAATGTTAACACCTACACGGGGCTGGGAGTTCGTTTGCATAA  650

seq1  TCACCTATGGTATGGCCAGTGGGTACCTCTGTACTTACACTACTGGTGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTATGGTATGGCCAGTGGGTACCTCTGTACTTACACTACTGGTGTT  700

seq1  CATGGTTTCCTTGGGGGCAGCAAGGCAAGACTCAGTCTTTCGAG-TTCCA  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CATGGTTTCCTTGGGGGCAGCAAGGCAAGACTCAGTCTTTCGAGTTTCCA  750

seq1  GGATTCTCTACCTCTGTGATATGTATTATTACTGCCTCACCCAAAGCAAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGATTCTCTACCTCTGTGATATGTATTATTACTGCCTCACCCAAAGC-AG  799

seq1  TTACATGGCCAAGCCGAATGTAAGGAGTATTTGGGCTTTCAAAGAGAATT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |
seq2  TTACATGGCCAAGCCGAATGTAAGGAGTATTTGGGCTTTC-AAGAGA--T  846

seq1  AAGAGAGAGAACAATGACTAATTTGGGGGAAATTATTCTAATTCACACTT  899
       |||||||||   |||||||  || |||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAGAGAGAGA--CATGACTA--TTTGGGGAAATTATTCT-ATTCACACTT  891

seq1  TGAGTAACTTCCTAATGAAATACAAATATATTGACTAAGTCACAATAATG  949
      ||||| ||||||| ||| ||||||| || |||||||||| |||||| |||
seq2  TGAGT-ACTTCCT-ATG-AATACAATTA-ATTGACTAAG-CACAAT-ATG  935

seq1  AATACATTTATCCTTATAAATTAATCAATGAGTTCATGTAGTTTTT  995
       ||||| |||| |||||||  | ||||||||  |||||||||||||
seq2  -ATACA-TTAT-CTTATAA--TTATCAATGA-ATCATGTAGTTTTT  975