BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080L20
Chromosome10 (Build37)
Map Location 121,201,811 - 121,359,566
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSrgap1
Upstream geneMsrb3, LOC100043488, Lemd3, Wif1, LOC100042911, 4930505D03Rik, LOC100043498, Gns, Rassf3, LOC100043500, Tbk1, Xpot, D930020B18Rik, BC048403
Downstream geneEG216394, LOC668272, Tmem5, LOC100043513, LOC668275, Avpr1a, Ppm1h
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080L20.bB6Ng01-080L20.g
ACCDH895793DH895794
length1,133320
definitionDH895793|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080L20, 5' end.DH895794|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080L20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,201,811 - 121,202,947)(121,359,247 - 121,359,566)
sequence
gaattccaaagcaagacatttggatgctggaaataccagtttatctttat
gtactggaaagacctgccacgtgtgtgagcctgctgcacgctgctgtttg
gatgtattgtcattgactgtattgtcttgctgttggctggattgtcactg
cctatcttcaaaactttcccttccattcagcttgccagtacctcatctga
caaagacagtggcttgccagcagcaaccagtgcctggccttagccacacc
tcggatgtcttgatgctgtaataggagagcagcaggattaaatgccaagg
gcgtggctctacttctgtacttggactgcgtatcttgggcaccaagacaa
tgagagttttgaatttattggggtgtaagtattagacacttgttgaaatt
gatcctccctctccgatatttggttctaacagaagcacgtggagagccaa
atcacacgagaagcttgaaaccgtgatggcttgagtgatggcagagcagc
cttctttgccttgtgtggcttgtgatggcttcccatggccacccaatcag
agagcttgtccttagactaatgcttttcagctggttactatggcaatgat
ggagtactggttgtcatggcaacaaaatggaaattcgggggaccattttc
tttagatgaggtagattcattaagccccgtctttcttgctttaaaacttg
accgtgccacacaatactttgtggtgggtccatttttaccgtctttgctt
acatctctggctttaacaggggtcttttcttattcttggctctcctggct
taaatcctttctactctgtcagtagacaggccctccctgctcctgtcttt
tatggtgtatattaaagaaagaatgatatggcaacagctgggtgtctttt
tatcccccagaaaatattctgtcaaactctattagattcacaccagaata
actctggagcaaacagagcagccagaataaacataacgggctacaaataa
tagagagacattcagcaaggcggtaccaccactcaagtgctgaattggga
ccattctttgaggagactctttgagaagctggagctctgctccttccctc
cctaagcttgtcaaagctctcactgggccctcc
ccaattcgatgcagagtggtagggacctaattcctcgttagatcagagca
gttgtaaaagtccttgcatggggacttgactcagaagaggttatagaagc
agttttatatgaacctgatataaagagcaccaacctctgtgccccagagg
acagatactatctaaaagccacattttggggtgacggaagcgtgtgctca
gggatgtgagctgaagagaaatgctttctacacactctgtctttactcat
aggtgtgagacggtttgtagctactcccgactttcttggttagttggatg
gaggggagataattggttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_121201811_121202947
seq2: B6Ng01-080L20.b_49_1181

seq1  GAATTCCAAAGCAAGACATTTGGATGCTGGAAATACCAGTTTATCTTTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAGCAAGACATTTGGATGCTGGAAATACCAGTTTATCTTTAT  50

seq1  GTACTGGAAAGACCTGCCACGTGTGTGAGCCTGCTGCACGCTGCTGTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGGAAAGACCTGCCACGTGTGTGAGCCTGCTGCACGCTGCTGTTTG  100

seq1  GATGTATTGTCATTGACTGTATTGTCTTGCTGTTGGCTGGATTGTCACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTATTGTCATTGACTGTATTGTCTTGCTGTTGGCTGGATTGTCACTG  150

seq1  CCTATCTTCAAAACTTTCCCTTCCATTCAGCTTGCCAGTACCTCATCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCTTCAAAACTTTCCCTTCCATTCAGCTTGCCAGTACCTCATCTGA  200

seq1  CAAAGACAGTGGCTTGCCAGCAGCAACCAGTGCCTGGCCTTAGCCACACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGACAGTGGCTTGCCAGCAGCAACCAGTGCCTGGCCTTAGCCACACC  250

seq1  TCGGATGTCTTGATGCTGTAATAGGAGAGCAGCAGGATTAAATGCCAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGATGTCTTGATGCTGTAATAGGAGAGCAGCAGGATTAAATGCCAAGG  300

seq1  GCGTGGCTCTACTTCTGTACTTGGACTGCGTATCTTGGGCACCAAGACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGGCTCTACTTCTGTACTTGGACTGCGTATCTTGGGCACCAAGACAA  350

seq1  TGAGAGTTTTGAATTTATTGGGGTGTAAGTATTAGACACTTGTTGAAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGTTTTGAATTTATTGGGGTGTAAGTATTAGACACTTGTTGAAATT  400

seq1  GATCCTCCCTCTCCGATATTTGGTTCTAACAGAAGCACGTGGAGAGCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTCCCTCTCCGATATTTGGTTCTAACAGAAGCACGTGGAGAGCCAA  450

seq1  ATCACACGAGAAGCTTGAAACCGTGATGGCTTGAGTGATGGCAGAGCAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACACGAGAAGCTTGAAACCGTGATGGCTTGAGTGATGGCAGAGCAGC  500

seq1  CTTCTTTGCCTTGTGTGGCTTGTGATGGCTTCCCATGGCCACCCAATCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTGCCTTGTGTGGCTTGTGATGGCTTCCCATGGCCACCCAATCAG  550

seq1  AGAGCTTGTCCTTAGACTAATGCTTTTCAGCTGGTTACTATGGCAATGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTTGTCCTTAGACTAATGCTTTTCAGCTGGTTACTATGGCAATGAT  600

seq1  GGAGTACTGGTTGTCATGGCAACAAAATGGAAATTCGGGGGACCATTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTACTGGTTGTCATGGCAACAAAATGGAAATTCGGGGGACCATTTTC  650

seq1  TTTAGATGAGGTAGATTCATTAAGCCCCGTCTTTCTTGCTTTAAAACTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGATGAGGTAGATTCATTAAGCCCCGTCTTTCTTGCTTTAAAACTTG  700

seq1  ACCGTGCCACACAATACTTTGTGGTGGGTCCATTTTTACCGTCTTTGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTGCCACACAATACTTTGTGGTGGGTCCATTTTTACCGTCTTTGCTT  750

seq1  ACATCTCTGGCTTTAACAGGGGTCTTTTCTTATTCTTGGCTCTCCTGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTCTGGCTTTAACAGGGGTCTTTTCTTATTCTTGGCTCTCCTGGCT  800

seq1  TAAATCCTTTCTACTCTGTCAGTAGACAGGCCCTCCCTGCTCCTGTCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCCTTTCTACTCTGTCAGTAGACAGGCCCTCCCTGCTCCTGTCTTT  850

seq1  TATGGTGTATATTAAAGAAAGAATGATATGGCAACAGCTGGGTGTCTTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTGTATATTAAAGAAAGAATGATATGGCAACAGCTGGGTGTCTTTT  900

seq1  TATCCCCCAGAAAATATTTCTGTCAAACTCTATTAGATTCACACCAGAAT  950
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCCCAGAAAATA-TTCTGTCAAACTCTATTAGATTCACACCAGAAT  949

seq1  AACTCTGGAGCAAACAGAGCAGGCCAGAATAAACATAACGGGCTACAAAT  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGGAGCAAACAGAGCA-GCCAGAATAAACATAACGGGCTACAAAT  998

seq1  AATAGAGAGACATTCAGCAAGGCGGTACCACCACTCAAGTGCTG-ATTGG  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AATAGAGAGACATTCAGCAAGGCGGTACCACCACTCAAGTGCTGAATTGG  1048

seq1  GACCATTCTTTGAGGAGACTCTTTGAGAAGCTGGAGCTCTGCTCCTTCCC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GACCATTCTTTGAGGAGACTCTTTGAGAAGCTGGAGCTCTGCTCCTT-CC  1097

seq1  CTCCCTAGGCTGGTTCAAAGCTCTTCACTGGGCCCTCC  1137
      ||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTCCCTAAGCTTG-TCAAAGCTC-TCACTGGGCCCTCC  1133

seq1: chr10_121359247_121359566
seq2: B6Ng01-080L20.g_78_397 (reverse)

seq1  ACAACCAATTATCTCCCCTCCATCCAACTAACCAAGAAAGTCGGGAGTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCAATTATCTCCCCTCCATCCAACTAACCAAGAAAGTCGGGAGTAG  50

seq1  CTACAAACCGTCTCACACCTATGAGTAAAGACAGAGTGTGTAGAAAGCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAACCGTCTCACACCTATGAGTAAAGACAGAGTGTGTAGAAAGCAT  100

seq1  TTCTCTTCAGCTCACATCCCTGAGCACACGCTTCCGTCACCCCAAAATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTCAGCTCACATCCCTGAGCACACGCTTCCGTCACCCCAAAATGT  150

seq1  GGCTTTTAGATAGTATCTGTCCTCTGGGGCACAGAGGTTGGTGCTCTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTTAGATAGTATCTGTCCTCTGGGGCACAGAGGTTGGTGCTCTTTA  200

seq1  TATCAGGTTCATATAAAACTGCTTCTATAACCTCTTCTGAGTCAAGTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGGTTCATATAAAACTGCTTCTATAACCTCTTCTGAGTCAAGTCCC  250

seq1  CATGCAAGGACTTTTACAACTGCTCTGATCTAACGAGGAATTAGGTCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAAGGACTTTTACAACTGCTCTGATCTAACGAGGAATTAGGTCCCT  300

seq1  ACCACTCTGCATCGAATTGG  320
      ||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTCTGCATCGAATTGG  320